# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5880 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.767 0.141 0.075 0.013 0.003 0.001 0.001 2 A 0.491 0.294 0.159 0.048 0.007 0.001 0.001 3 I 0.323 0.283 0.280 0.087 0.024 0.003 0.001 4 D 0.182 0.338 0.368 0.083 0.025 0.004 0.001 5 Y 0.004 0.015 0.040 0.167 0.371 0.380 0.023 6 K 0.024 0.128 0.332 0.309 0.168 0.037 0.001 7 T 0.018 0.111 0.194 0.331 0.259 0.075 0.013 8 A 0.002 0.005 0.008 0.018 0.077 0.531 0.359 9 F 0.002 0.007 0.017 0.091 0.200 0.432 0.251 10 H 0.015 0.094 0.169 0.297 0.224 0.126 0.075 11 L 0.005 0.027 0.065 0.154 0.264 0.286 0.199 12 A 0.002 0.010 0.018 0.047 0.123 0.412 0.388 13 P 0.004 0.027 0.059 0.168 0.282 0.307 0.153 14 I 0.006 0.026 0.057 0.153 0.280 0.289 0.190 15 G 0.002 0.005 0.010 0.024 0.082 0.404 0.474 16 L 0.002 0.003 0.007 0.016 0.052 0.348 0.572 17 V 0.004 0.010 0.022 0.061 0.140 0.431 0.332 18 L 0.009 0.026 0.072 0.175 0.270 0.325 0.123 19 S 0.016 0.050 0.120 0.198 0.269 0.275 0.072 20 R 0.062 0.172 0.210 0.246 0.184 0.104 0.022 21 D 0.331 0.337 0.182 0.104 0.030 0.013 0.002 22 R 0.241 0.299 0.245 0.126 0.064 0.023 0.002 23 V 0.041 0.122 0.237 0.283 0.221 0.086 0.009 24 I 0.010 0.023 0.058 0.159 0.349 0.356 0.045 25 E 0.041 0.173 0.261 0.254 0.167 0.092 0.012 26 D 0.039 0.155 0.249 0.276 0.180 0.085 0.016 27 C 0.008 0.017 0.033 0.096 0.297 0.431 0.117 28 N 0.017 0.057 0.131 0.283 0.280 0.190 0.042 29 D 0.170 0.327 0.278 0.135 0.059 0.026 0.005 30 E 0.047 0.183 0.274 0.290 0.151 0.048 0.009 31 L 0.018 0.028 0.045 0.125 0.320 0.402 0.062 32 A 0.078 0.216 0.253 0.266 0.141 0.041 0.006 33 A 0.156 0.343 0.243 0.180 0.058 0.017 0.002 34 I 0.052 0.076 0.137 0.245 0.304 0.172 0.013 35 F 0.065 0.110 0.169 0.280 0.243 0.124 0.010 36 R 0.250 0.413 0.211 0.083 0.031 0.011 0.001 37 C 0.127 0.155 0.224 0.312 0.140 0.040 0.002 38 A 0.344 0.344 0.172 0.089 0.036 0.013 0.001 39 R 0.301 0.265 0.181 0.176 0.060 0.016 0.001 40 A 0.657 0.203 0.101 0.029 0.008 0.002 0.001 41 D 0.257 0.359 0.212 0.122 0.038 0.010 0.001 42 L 0.091 0.099 0.168 0.245 0.276 0.115 0.006 43 I 0.105 0.178 0.219 0.268 0.158 0.068 0.005 44 G 0.318 0.294 0.213 0.113 0.045 0.014 0.002 45 R 0.252 0.288 0.195 0.158 0.077 0.026 0.003 46 S 0.195 0.263 0.256 0.158 0.082 0.039 0.007 47 F 0.056 0.068 0.107 0.228 0.290 0.214 0.036 48 E 0.129 0.217 0.235 0.226 0.128 0.056 0.008 49 V 0.137 0.245 0.238 0.201 0.119 0.050 0.009 50 L 0.085 0.095 0.126 0.176 0.242 0.238 0.039 51 Y 0.101 0.128 0.166 0.259 0.213 0.118 0.015 52 P 0.219 0.254 0.212 0.183 0.095 0.033 0.004 53 S 0.406 0.332 0.161 0.067 0.025 0.008 0.001 54 S 0.294 0.255 0.203 0.156 0.075 0.016 0.001 55 D 0.551 0.301 0.084 0.052 0.010 0.003 0.001 56 E 0.475 0.252 0.163 0.069 0.035 0.007 0.001 57 F 0.185 0.201 0.257 0.246 0.091 0.020 0.001 58 E 0.484 0.327 0.133 0.044 0.009 0.002 0.001 59 R 0.204 0.373 0.223 0.135 0.053 0.011 0.001 60 I 0.040 0.059 0.113 0.245 0.367 0.168 0.008 61 G 0.068 0.184 0.302 0.297 0.113 0.034 0.003 62 E 0.306 0.378 0.205 0.078 0.026 0.007 0.001 63 R 0.047 0.170 0.292 0.280 0.163 0.043 0.004 64 I 0.010 0.016 0.033 0.116 0.343 0.420 0.061 65 S 0.043 0.171 0.304 0.288 0.141 0.047 0.005 66 P 0.093 0.312 0.298 0.188 0.078 0.028 0.004 67 V 0.032 0.076 0.162 0.290 0.293 0.137 0.010 68 M 0.049 0.070 0.113 0.222 0.341 0.184 0.021 69 I 0.210 0.307 0.249 0.161 0.058 0.014 0.001 70 A 0.543 0.273 0.126 0.042 0.013 0.003 0.001 71 H 0.509 0.290 0.123 0.055 0.017 0.005 0.001 72 G 0.422 0.275 0.147 0.099 0.042 0.013 0.001 73 S 0.286 0.257 0.195 0.142 0.085 0.032 0.003 74 Y 0.150 0.172 0.196 0.261 0.158 0.059 0.005 75 A 0.290 0.279 0.203 0.129 0.065 0.030 0.005 76 D 0.143 0.147 0.168 0.208 0.189 0.121 0.024 77 D 0.154 0.163 0.201 0.199 0.153 0.099 0.030 78 R 0.127 0.170 0.184 0.210 0.162 0.112 0.034 79 I 0.115 0.162 0.219 0.225 0.170 0.091 0.018 80 M 0.076 0.085 0.119 0.188 0.263 0.226 0.043 81 K 0.119 0.178 0.226 0.218 0.156 0.089 0.013 82 R 0.179 0.197 0.212 0.200 0.141 0.063 0.009 83 A 0.240 0.246 0.199 0.193 0.086 0.032 0.004 84 G 0.490 0.271 0.142 0.059 0.023 0.012 0.002 85 G 0.178 0.205 0.193 0.199 0.147 0.066 0.012 86 E 0.209 0.289 0.229 0.168 0.062 0.035 0.009 87 L 0.042 0.089 0.142 0.231 0.284 0.181 0.031 88 F 0.026 0.050 0.089 0.172 0.258 0.317 0.089 89 W 0.012 0.019 0.038 0.079 0.175 0.383 0.293 90 C 0.010 0.018 0.028 0.052 0.115 0.379 0.397 91 H 0.023 0.061 0.110 0.209 0.213 0.206 0.180 92 V 0.013 0.025 0.041 0.086 0.180 0.347 0.307 93 T 0.023 0.058 0.097 0.162 0.216 0.286 0.158 94 G 0.025 0.052 0.092 0.171 0.280 0.296 0.084 95 R 0.059 0.179 0.231 0.249 0.163 0.102 0.018 96 A 0.060 0.104 0.189 0.236 0.246 0.151 0.015 97 L 0.064 0.083 0.154 0.297 0.275 0.119 0.008 98 D 0.356 0.313 0.210 0.090 0.025 0.006 0.001 99 R 0.637 0.238 0.091 0.025 0.007 0.001 0.001 100 T 0.687 0.230 0.059 0.019 0.003 0.001 0.001 101 A 0.381 0.252 0.177 0.120 0.057 0.012 0.001 102 P 0.356 0.335 0.174 0.093 0.031 0.010 0.001 103 L 0.100 0.129 0.181 0.248 0.234 0.096 0.012 104 A 0.116 0.184 0.193 0.220 0.164 0.101 0.023 105 A 0.062 0.106 0.133 0.198 0.245 0.190 0.066 106 G 0.034 0.046 0.064 0.111 0.186 0.321 0.237 107 V 0.022 0.025 0.041 0.069 0.141 0.363 0.338 108 W 0.015 0.026 0.044 0.088 0.150 0.299 0.378 109 T 0.010 0.012 0.016 0.035 0.084 0.329 0.514 110 F 0.015 0.028 0.053 0.110 0.214 0.326 0.254 111 E 0.037 0.108 0.171 0.234 0.182 0.173 0.094 112 D 0.018 0.032 0.089 0.168 0.304 0.305 0.084 113 L 0.024 0.032 0.057 0.131 0.270 0.388 0.098 114 S 0.141 0.262 0.265 0.197 0.093 0.036 0.005 115 A 0.240 0.333 0.234 0.127 0.047 0.017 0.003 116 T 0.101 0.118 0.154 0.244 0.244 0.128 0.010 117 R 0.214 0.209 0.221 0.209 0.108 0.035 0.004 118 R 0.497 0.272 0.132 0.071 0.022 0.006 0.001 119 V 0.580 0.235 0.114 0.047 0.019 0.005 0.001 120 A 0.349 0.204 0.184 0.152 0.080 0.029 0.002