# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5880 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.724 0.124 0.059 0.033 0.022 0.017 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 A 0.448 0.175 0.165 0.083 0.053 0.036 0.027 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.371 0.196 0.135 0.121 0.092 0.047 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 D 0.240 0.227 0.197 0.127 0.085 0.073 0.027 0.010 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.028 0.025 0.038 0.106 0.173 0.201 0.176 0.141 0.062 0.023 0.015 0.007 0.004 0.001 6 K 0.169 0.199 0.201 0.165 0.111 0.081 0.037 0.017 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 7 T 0.195 0.139 0.155 0.173 0.133 0.095 0.050 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 8 A 0.023 0.027 0.030 0.087 0.133 0.195 0.202 0.164 0.076 0.027 0.020 0.009 0.005 0.002 9 F 0.030 0.046 0.064 0.127 0.196 0.196 0.156 0.103 0.045 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 10 H 0.249 0.270 0.194 0.116 0.070 0.053 0.023 0.011 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.033 0.059 0.078 0.182 0.223 0.172 0.113 0.071 0.035 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 12 A 0.008 0.021 0.030 0.084 0.139 0.191 0.209 0.172 0.069 0.035 0.025 0.008 0.005 0.003 13 P 0.025 0.048 0.067 0.112 0.167 0.161 0.141 0.117 0.079 0.045 0.017 0.010 0.005 0.004 14 I 0.015 0.019 0.022 0.043 0.079 0.109 0.141 0.147 0.157 0.115 0.071 0.043 0.023 0.014 15 G 0.002 0.002 0.006 0.010 0.025 0.048 0.091 0.111 0.157 0.182 0.158 0.113 0.059 0.034 16 L 0.002 0.002 0.004 0.007 0.016 0.029 0.056 0.082 0.162 0.186 0.171 0.134 0.093 0.055 17 V 0.003 0.003 0.003 0.006 0.009 0.021 0.039 0.069 0.144 0.186 0.207 0.159 0.108 0.042 18 L 0.005 0.010 0.012 0.027 0.049 0.070 0.124 0.158 0.132 0.125 0.125 0.078 0.043 0.043 19 S 0.005 0.010 0.016 0.031 0.051 0.084 0.111 0.144 0.187 0.142 0.107 0.060 0.034 0.018 20 R 0.021 0.048 0.066 0.138 0.153 0.157 0.138 0.129 0.072 0.039 0.023 0.008 0.004 0.003 21 D 0.148 0.157 0.170 0.137 0.101 0.099 0.074 0.040 0.040 0.019 0.012 0.003 0.001 0.001 22 R 0.162 0.182 0.178 0.140 0.109 0.091 0.062 0.035 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 23 V 0.087 0.103 0.094 0.160 0.176 0.150 0.102 0.063 0.037 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 24 I 0.035 0.038 0.047 0.092 0.142 0.164 0.168 0.158 0.077 0.047 0.020 0.008 0.004 0.002 25 E 0.200 0.134 0.126 0.142 0.132 0.087 0.064 0.049 0.030 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 26 D 0.189 0.150 0.143 0.140 0.128 0.083 0.060 0.052 0.025 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 27 C 0.028 0.023 0.028 0.060 0.113 0.157 0.183 0.162 0.128 0.058 0.037 0.013 0.008 0.003 28 N 0.032 0.063 0.093 0.165 0.211 0.176 0.116 0.072 0.046 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 29 D 0.542 0.238 0.106 0.050 0.026 0.020 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.106 0.156 0.182 0.220 0.158 0.108 0.037 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.016 0.017 0.026 0.073 0.143 0.191 0.231 0.177 0.084 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 32 A 0.121 0.187 0.184 0.188 0.156 0.092 0.041 0.016 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.545 0.250 0.094 0.046 0.022 0.029 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.037 0.049 0.071 0.175 0.222 0.206 0.128 0.064 0.027 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 35 F 0.046 0.047 0.077 0.131 0.226 0.184 0.141 0.089 0.037 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 36 R 0.368 0.211 0.157 0.107 0.074 0.044 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 C 0.280 0.125 0.106 0.151 0.154 0.086 0.046 0.030 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 38 A 0.230 0.145 0.184 0.152 0.123 0.080 0.047 0.016 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.154 0.119 0.163 0.181 0.167 0.109 0.059 0.024 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.580 0.210 0.100 0.045 0.027 0.021 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.423 0.246 0.142 0.075 0.045 0.048 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.073 0.071 0.073 0.161 0.202 0.181 0.116 0.078 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 43 I 0.082 0.077 0.093 0.180 0.218 0.153 0.090 0.058 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.395 0.173 0.157 0.092 0.066 0.053 0.027 0.012 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 45 R 0.314 0.153 0.173 0.119 0.094 0.065 0.037 0.019 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 46 S 0.141 0.130 0.157 0.164 0.156 0.108 0.070 0.032 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 47 F 0.047 0.042 0.044 0.101 0.144 0.173 0.148 0.140 0.079 0.041 0.021 0.012 0.007 0.002 48 E 0.164 0.138 0.130 0.138 0.133 0.105 0.081 0.050 0.033 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 49 V 0.166 0.126 0.137 0.141 0.129 0.110 0.068 0.048 0.035 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 50 L 0.056 0.047 0.053 0.108 0.148 0.163 0.139 0.128 0.069 0.042 0.025 0.013 0.008 0.002 51 Y 0.083 0.088 0.108 0.168 0.185 0.136 0.099 0.067 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 52 P 0.249 0.164 0.122 0.150 0.124 0.083 0.049 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 53 S 0.425 0.183 0.154 0.086 0.065 0.040 0.026 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.451 0.167 0.157 0.092 0.056 0.036 0.025 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.663 0.140 0.089 0.051 0.030 0.012 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.521 0.185 0.137 0.061 0.042 0.026 0.018 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.205 0.154 0.134 0.169 0.163 0.087 0.054 0.018 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.701 0.165 0.056 0.030 0.018 0.015 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.347 0.201 0.165 0.114 0.081 0.057 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 I 0.062 0.049 0.061 0.141 0.241 0.190 0.118 0.071 0.043 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 61 G 0.166 0.146 0.192 0.182 0.143 0.088 0.045 0.017 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.725 0.142 0.068 0.028 0.016 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.127 0.158 0.180 0.185 0.155 0.112 0.045 0.019 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.032 0.031 0.043 0.106 0.181 0.196 0.174 0.133 0.061 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 65 S 0.198 0.207 0.186 0.155 0.108 0.077 0.036 0.014 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 P 0.390 0.205 0.152 0.095 0.060 0.055 0.019 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 67 V 0.055 0.059 0.074 0.160 0.215 0.183 0.119 0.074 0.031 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 68 M 0.079 0.067 0.095 0.146 0.194 0.151 0.119 0.081 0.039 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 69 I 0.295 0.168 0.135 0.141 0.112 0.067 0.039 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 A 0.404 0.175 0.121 0.100 0.077 0.055 0.034 0.014 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 71 H 0.318 0.163 0.163 0.124 0.094 0.068 0.038 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 72 G 0.400 0.169 0.122 0.109 0.082 0.054 0.035 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.305 0.142 0.092 0.123 0.124 0.085 0.065 0.031 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 74 Y 0.169 0.102 0.097 0.134 0.159 0.120 0.088 0.061 0.033 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 75 A 0.300 0.144 0.121 0.106 0.100 0.076 0.060 0.032 0.026 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 76 D 0.170 0.111 0.107 0.129 0.133 0.116 0.085 0.060 0.036 0.028 0.014 0.007 0.003 0.002 77 D 0.142 0.094 0.088 0.120 0.139 0.118 0.102 0.066 0.049 0.046 0.019 0.010 0.004 0.003 78 R 0.107 0.071 0.084 0.116 0.134 0.135 0.104 0.097 0.059 0.048 0.024 0.013 0.006 0.003 79 I 0.079 0.067 0.078 0.116 0.154 0.133 0.117 0.097 0.068 0.046 0.025 0.012 0.005 0.003 80 M 0.071 0.054 0.065 0.097 0.120 0.131 0.111 0.112 0.093 0.064 0.041 0.024 0.011 0.004 81 K 0.169 0.145 0.144 0.148 0.123 0.099 0.070 0.047 0.026 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 82 R 0.165 0.137 0.149 0.159 0.141 0.094 0.062 0.040 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 83 A 0.176 0.153 0.149 0.176 0.141 0.090 0.051 0.034 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 84 G 0.395 0.213 0.147 0.097 0.057 0.041 0.026 0.009 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 85 G 0.217 0.175 0.139 0.146 0.107 0.094 0.066 0.028 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 86 E 0.205 0.155 0.173 0.145 0.116 0.079 0.061 0.027 0.022 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 87 L 0.042 0.049 0.060 0.104 0.143 0.160 0.137 0.121 0.082 0.051 0.025 0.015 0.008 0.003 88 F 0.027 0.025 0.037 0.061 0.104 0.119 0.138 0.146 0.119 0.098 0.064 0.040 0.014 0.007 89 W 0.010 0.010 0.015 0.026 0.053 0.065 0.100 0.139 0.149 0.133 0.141 0.083 0.046 0.030 90 C 0.003 0.003 0.004 0.007 0.014 0.028 0.041 0.073 0.142 0.194 0.167 0.196 0.096 0.031 91 H 0.009 0.013 0.015 0.028 0.051 0.065 0.105 0.134 0.144 0.141 0.129 0.076 0.040 0.051 92 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.024 0.046 0.073 0.150 0.203 0.239 0.139 0.072 0.032 93 T 0.005 0.010 0.016 0.036 0.071 0.097 0.135 0.169 0.141 0.126 0.093 0.043 0.028 0.030 94 G 0.005 0.007 0.009 0.018 0.031 0.052 0.081 0.108 0.168 0.190 0.141 0.116 0.054 0.019 95 R 0.023 0.045 0.063 0.097 0.129 0.137 0.145 0.146 0.096 0.059 0.037 0.013 0.005 0.005 96 A 0.028 0.037 0.054 0.083 0.115 0.134 0.140 0.132 0.114 0.070 0.053 0.025 0.011 0.006 97 L 0.044 0.075 0.079 0.150 0.191 0.163 0.116 0.096 0.045 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 98 D 0.225 0.211 0.169 0.150 0.097 0.071 0.036 0.019 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 99 R 0.264 0.184 0.189 0.139 0.089 0.066 0.034 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 100 T 0.416 0.189 0.170 0.096 0.055 0.032 0.025 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.284 0.206 0.147 0.138 0.086 0.068 0.042 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 102 P 0.184 0.184 0.172 0.165 0.122 0.085 0.042 0.023 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 103 L 0.038 0.046 0.059 0.120 0.167 0.154 0.149 0.131 0.062 0.037 0.020 0.010 0.005 0.002 104 A 0.031 0.038 0.053 0.095 0.133 0.140 0.143 0.144 0.097 0.057 0.036 0.022 0.008 0.004 105 A 0.019 0.016 0.023 0.039 0.072 0.087 0.133 0.148 0.148 0.130 0.081 0.061 0.029 0.014 106 G 0.006 0.005 0.008 0.014 0.031 0.056 0.089 0.114 0.174 0.168 0.152 0.103 0.050 0.028 107 V 0.007 0.006 0.009 0.015 0.030 0.048 0.082 0.111 0.146 0.168 0.152 0.113 0.072 0.040 108 W 0.013 0.013 0.014 0.021 0.033 0.050 0.085 0.112 0.149 0.168 0.127 0.118 0.065 0.032 109 T 0.006 0.007 0.009 0.019 0.036 0.068 0.109 0.140 0.172 0.161 0.116 0.083 0.047 0.027 110 F 0.005 0.009 0.013 0.028 0.053 0.092 0.153 0.185 0.150 0.121 0.100 0.048 0.028 0.017 111 E 0.051 0.070 0.076 0.114 0.142 0.135 0.129 0.098 0.073 0.051 0.033 0.015 0.007 0.006 112 D 0.052 0.071 0.096 0.145 0.187 0.150 0.106 0.082 0.053 0.029 0.013 0.009 0.004 0.002 113 L 0.032 0.025 0.031 0.061 0.114 0.150 0.173 0.169 0.104 0.064 0.041 0.020 0.011 0.004 114 S 0.123 0.118 0.134 0.142 0.148 0.131 0.087 0.057 0.032 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 115 A 0.463 0.166 0.112 0.082 0.058 0.050 0.034 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 116 T 0.215 0.116 0.136 0.153 0.140 0.109 0.062 0.032 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 117 R 0.254 0.116 0.122 0.137 0.141 0.100 0.064 0.034 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 118 R 0.391 0.156 0.128 0.104 0.095 0.054 0.034 0.017 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 119 V 0.242 0.111 0.095 0.120 0.136 0.103 0.075 0.055 0.030 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 120 A 0.248 0.123 0.116 0.116 0.127 0.096 0.074 0.041 0.028 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001