# TARGET T0520 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2516 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.221 0.026 0.014 0.018 0.270 0.451 2 N 0.213 0.022 0.038 0.018 0.395 0.313 3 A 0.139 0.006 0.093 0.022 0.493 0.247 4 E 0.221 0.010 0.099 0.026 0.381 0.263 5 R 0.410 0.026 0.068 0.025 0.272 0.199 6 R 0.517 0.013 0.019 0.013 0.189 0.249 7 L 0.713 0.005 0.005 0.006 0.080 0.192 8 C 0.952 0.003 0.001 0.002 0.010 0.033 9 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 10 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 11 L 0.984 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 12 A 0.931 0.002 0.004 0.007 0.017 0.039 13 A 0.725 0.003 0.010 0.012 0.090 0.160 14 D 0.473 0.014 0.016 0.028 0.240 0.228 15 M 0.195 0.016 0.052 0.272 0.329 0.137 16 A 0.075 0.004 0.047 0.485 0.300 0.089 17 G 0.077 0.009 0.041 0.624 0.187 0.062 18 Y 0.073 0.008 0.026 0.675 0.133 0.086 19 S 0.040 0.009 0.021 0.746 0.089 0.096 20 R 0.027 0.003 0.040 0.832 0.062 0.037 21 L 0.011 0.002 0.050 0.844 0.067 0.027 22 M 0.009 0.002 0.081 0.775 0.105 0.028 23 E 0.006 0.001 0.100 0.673 0.175 0.044 24 R 0.005 0.002 0.053 0.469 0.316 0.155 25 N 0.004 0.007 0.012 0.192 0.280 0.505 26 E 0.001 0.003 0.003 0.057 0.125 0.809 27 T 0.001 0.001 0.012 0.922 0.036 0.030 28 D 0.001 0.001 0.010 0.949 0.030 0.011 29 V 0.001 0.001 0.013 0.965 0.017 0.005 30 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.005 31 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.004 34 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 35 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.982 0.008 0.009 37 R 0.001 0.001 0.002 0.981 0.007 0.010 38 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.005 0.008 39 E 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.009 40 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.015 41 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 42 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 43 P 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 46 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 47 Q 0.001 0.001 0.003 0.967 0.014 0.014 48 A 0.004 0.001 0.004 0.777 0.057 0.157 49 G 0.009 0.001 0.001 0.010 0.094 0.885 50 G 0.188 0.003 0.001 0.008 0.108 0.692 51 Q 0.837 0.005 0.002 0.005 0.041 0.109 52 I 0.938 0.004 0.001 0.004 0.013 0.040 53 V 0.928 0.002 0.004 0.004 0.022 0.039 54 K 0.901 0.004 0.003 0.004 0.034 0.054 55 T 0.778 0.011 0.005 0.008 0.106 0.092 56 T 0.459 0.011 0.006 0.007 0.348 0.168 57 G 0.218 0.008 0.008 0.008 0.588 0.169 58 D 0.285 0.008 0.010 0.007 0.506 0.184 59 G 0.840 0.006 0.003 0.007 0.072 0.072 60 M 0.961 0.005 0.001 0.004 0.011 0.017 61 L 0.974 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 62 A 0.943 0.002 0.003 0.007 0.019 0.026 63 R 0.845 0.005 0.003 0.010 0.041 0.095 64 F 0.440 0.005 0.006 0.021 0.161 0.366 65 D 0.130 0.013 0.005 0.010 0.224 0.619 66 T 0.030 0.012 0.004 0.008 0.212 0.734 67 A 0.011 0.008 0.026 0.041 0.296 0.618 68 Q 0.006 0.004 0.078 0.160 0.358 0.395 69 A 0.003 0.004 0.099 0.247 0.339 0.308 70 A 0.003 0.003 0.077 0.532 0.211 0.173 71 L 0.003 0.002 0.034 0.748 0.116 0.098 72 R 0.002 0.003 0.032 0.805 0.079 0.079 73 C 0.001 0.003 0.028 0.914 0.025 0.029 74 A 0.001 0.001 0.006 0.978 0.007 0.008 75 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 76 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 77 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 81 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 82 Q 0.001 0.001 0.002 0.982 0.008 0.008 83 Q 0.001 0.001 0.003 0.967 0.016 0.013 84 R 0.001 0.001 0.005 0.944 0.021 0.029 85 E 0.002 0.001 0.015 0.883 0.044 0.055 86 E 0.005 0.002 0.027 0.845 0.066 0.055 87 D 0.007 0.002 0.036 0.719 0.114 0.122 88 T 0.009 0.006 0.053 0.357 0.286 0.289 89 P 0.011 0.004 0.086 0.136 0.470 0.293 90 R 0.010 0.004 0.073 0.055 0.576 0.281 91 K 0.019 0.008 0.075 0.019 0.605 0.273 92 E 0.066 0.014 0.035 0.007 0.472 0.406 93 R 0.153 0.006 0.022 0.003 0.292 0.523 94 I 0.579 0.009 0.009 0.003 0.136 0.266 95 Q 0.867 0.005 0.002 0.001 0.031 0.094 96 Y 0.957 0.002 0.001 0.001 0.008 0.032 97 R 0.961 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 98 I 0.954 0.002 0.001 0.001 0.009 0.034 99 G 0.922 0.003 0.001 0.001 0.021 0.053 100 I 0.867 0.006 0.002 0.002 0.043 0.080 101 N 0.753 0.010 0.005 0.004 0.119 0.109 102 I 0.483 0.017 0.007 0.007 0.246 0.238 103 G 0.309 0.008 0.009 0.008 0.377 0.289 104 D 0.431 0.010 0.021 0.017 0.314 0.206 105 I 0.712 0.023 0.022 0.023 0.126 0.094 106 V 0.761 0.030 0.017 0.029 0.108 0.055 107 L 0.663 0.008 0.022 0.042 0.151 0.114 108 E 0.397 0.011 0.010 0.023 0.263 0.296 109 D 0.332 0.031 0.007 0.012 0.362 0.257 110 G 0.320 0.010 0.006 0.018 0.316 0.330 111 D 0.324 0.021 0.010 0.017 0.374 0.254 112 I 0.292 0.064 0.011 0.027 0.412 0.194 113 F 0.291 0.039 0.014 0.095 0.272 0.288 114 G 0.102 0.014 0.021 0.153 0.405 0.305 115 D 0.032 0.010 0.032 0.435 0.319 0.172 116 A 0.021 0.013 0.026 0.705 0.124 0.111 117 V 0.010 0.003 0.008 0.901 0.040 0.037 118 N 0.011 0.001 0.005 0.935 0.019 0.028 119 V 0.005 0.001 0.005 0.979 0.005 0.005 120 A 0.004 0.001 0.004 0.985 0.005 0.002 121 A 0.004 0.001 0.004 0.982 0.007 0.003 122 R 0.004 0.001 0.003 0.977 0.011 0.005 123 L 0.002 0.001 0.004 0.973 0.014 0.007 124 E 0.001 0.001 0.006 0.968 0.017 0.007 125 A 0.002 0.001 0.009 0.950 0.027 0.012 126 I 0.002 0.002 0.015 0.905 0.048 0.027 127 S 0.007 0.003 0.017 0.371 0.288 0.315 128 E 0.013 0.005 0.012 0.057 0.499 0.416 129 P 0.025 0.007 0.010 0.027 0.629 0.301 130 G 0.036 0.003 0.010 0.008 0.601 0.343 131 A 0.470 0.021 0.010 0.007 0.238 0.254 132 I 0.858 0.013 0.002 0.003 0.032 0.091 133 C 0.856 0.017 0.001 0.003 0.019 0.105 134 V 0.611 0.035 0.001 0.003 0.029 0.321 135 S 0.041 0.003 0.001 0.009 0.031 0.915 136 D 0.001 0.001 0.021 0.929 0.022 0.027 137 I 0.001 0.001 0.032 0.946 0.020 0.002 138 V 0.001 0.001 0.045 0.929 0.025 0.001 139 H 0.001 0.001 0.034 0.927 0.033 0.004 140 Q 0.001 0.001 0.035 0.925 0.031 0.007 141 I 0.002 0.001 0.035 0.908 0.042 0.013 142 T 0.005 0.002 0.026 0.797 0.099 0.072 143 Q 0.010 0.006 0.165 0.534 0.194 0.091 144 D 0.012 0.003 0.203 0.395 0.253 0.135 145 R 0.020 0.007 0.306 0.229 0.311 0.128 146 V 0.065 0.009 0.162 0.129 0.415 0.219 147 S 0.094 0.004 0.060 0.039 0.410 0.393 148 E 0.267 0.018 0.034 0.034 0.251 0.396 149 P 0.491 0.025 0.020 0.027 0.153 0.283 150 F 0.650 0.020 0.017 0.030 0.099 0.184 151 T 0.577 0.011 0.022 0.035 0.166 0.189 152 D 0.500 0.014 0.022 0.027 0.257 0.180 153 L 0.266 0.007 0.018 0.017 0.434 0.258 154 G 0.193 0.007 0.007 0.005 0.394 0.393 155 L 0.565 0.013 0.005 0.003 0.142 0.272 156 Q 0.810 0.016 0.003 0.003 0.046 0.122 157 K 0.878 0.013 0.003 0.003 0.032 0.071 158 V 0.815 0.012 0.005 0.004 0.080 0.083 159 K 0.567 0.008 0.009 0.007 0.199 0.210 160 N 0.291 0.011 0.011 0.006 0.475 0.206 161 I 0.129 0.012 0.014 0.006 0.635 0.204 162 T 0.094 0.011 0.008 0.003 0.475 0.409 163 R 0.260 0.036 0.004 0.003 0.266 0.432 164 P 0.418 0.008 0.002 0.002 0.076 0.494 165 I 0.810 0.008 0.001 0.002 0.026 0.154 166 R 0.941 0.002 0.001 0.001 0.010 0.045 167 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 168 W 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 169 Q 0.951 0.002 0.001 0.002 0.009 0.036 170 W 0.792 0.007 0.002 0.004 0.040 0.156 171 V 0.286 0.013 0.004 0.004 0.166 0.526 172 P 0.062 0.009 0.010 0.004 0.345 0.571 173 D 0.022 0.011 0.031 0.011 0.514 0.411 174 A 0.019 0.013 0.062 0.021 0.580 0.306 175 D 0.023 0.016 0.097 0.033 0.576 0.256 176 R 0.033 0.015 0.069 0.037 0.478 0.368 177 D 0.065 0.030 0.070 0.046 0.372 0.416 178 Q 0.077 0.034 0.039 0.037 0.246 0.568 179 S 0.062 0.024 0.023 0.028 0.182 0.680 180 H 0.052 0.018 0.019 0.037 0.140 0.734 181 D 0.029 0.011 0.015 0.046 0.130 0.769 182 P 0.021 0.011 0.022 0.082 0.162 0.702 183 Q 0.018 0.011 0.026 0.100 0.192 0.652 184 P 0.014 0.020 0.052 0.125 0.323 0.467 185 S 0.015 0.006 0.046 0.103 0.382 0.448 186 H 0.019 0.012 0.068 0.079 0.476 0.346 187 V 0.015 0.015 0.073 0.116 0.382 0.400 188 Q 0.008 0.007 0.036 0.076 0.230 0.644 189 H 0.001 0.002 0.004 0.011 0.066 0.916