# TARGET T0520 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2516 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.134 0.129 0.030 0.084 0.074 0.084 0.127 0.108 0.101 0.077 0.051 2 N 0.230 0.134 0.032 0.119 0.091 0.090 0.096 0.069 0.063 0.046 0.031 3 A 0.431 0.114 0.042 0.093 0.086 0.076 0.074 0.034 0.026 0.015 0.009 4 E 0.120 0.098 0.065 0.194 0.126 0.106 0.142 0.069 0.045 0.023 0.011 5 R 0.024 0.027 0.040 0.100 0.126 0.140 0.195 0.132 0.114 0.069 0.033 6 R 0.013 0.029 0.070 0.164 0.174 0.154 0.194 0.108 0.057 0.027 0.010 7 L 0.003 0.015 0.065 0.111 0.160 0.216 0.221 0.112 0.058 0.028 0.011 8 C 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.012 0.086 0.184 0.270 0.275 0.156 9 A 0.001 0.001 0.004 0.010 0.016 0.030 0.135 0.221 0.226 0.207 0.149 10 I 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.010 0.057 0.121 0.241 0.296 0.262 11 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.012 0.081 0.179 0.279 0.261 0.171 12 A 0.001 0.002 0.005 0.006 0.006 0.015 0.083 0.142 0.236 0.272 0.233 13 A 0.002 0.004 0.011 0.017 0.020 0.030 0.104 0.162 0.259 0.229 0.162 14 D 0.005 0.019 0.023 0.070 0.096 0.122 0.222 0.196 0.144 0.070 0.035 15 M 0.015 0.018 0.030 0.038 0.036 0.045 0.101 0.139 0.206 0.206 0.167 16 A 0.037 0.048 0.040 0.133 0.176 0.161 0.180 0.103 0.071 0.032 0.018 17 G 0.108 0.130 0.055 0.145 0.125 0.125 0.138 0.075 0.053 0.031 0.015 18 Y 0.016 0.020 0.018 0.039 0.048 0.065 0.129 0.140 0.192 0.189 0.146 19 S 0.101 0.103 0.091 0.139 0.108 0.111 0.139 0.078 0.064 0.037 0.029 20 R 0.136 0.114 0.110 0.223 0.162 0.105 0.075 0.034 0.021 0.012 0.007 21 L 0.026 0.032 0.037 0.058 0.064 0.086 0.151 0.138 0.159 0.140 0.110 22 M 0.030 0.027 0.056 0.075 0.093 0.106 0.192 0.130 0.142 0.091 0.058 23 E 0.071 0.063 0.158 0.150 0.120 0.117 0.161 0.075 0.045 0.026 0.014 24 R 0.058 0.098 0.171 0.191 0.146 0.118 0.110 0.049 0.031 0.018 0.009 25 N 0.106 0.073 0.072 0.083 0.094 0.096 0.133 0.106 0.098 0.085 0.055 26 E 0.236 0.399 0.098 0.104 0.054 0.037 0.033 0.015 0.011 0.009 0.005 27 T 0.112 0.095 0.065 0.129 0.153 0.156 0.145 0.067 0.047 0.022 0.009 28 D 0.534 0.182 0.063 0.092 0.054 0.033 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 29 V 0.025 0.062 0.092 0.268 0.192 0.140 0.121 0.050 0.031 0.013 0.007 30 L 0.007 0.005 0.019 0.014 0.016 0.026 0.091 0.141 0.239 0.235 0.207 31 N 0.007 0.007 0.056 0.097 0.121 0.228 0.246 0.118 0.072 0.034 0.013 32 R 0.006 0.026 0.396 0.248 0.144 0.089 0.056 0.020 0.010 0.004 0.001 33 Q 0.001 0.004 0.038 0.026 0.031 0.074 0.226 0.182 0.180 0.144 0.094 34 K 0.003 0.004 0.030 0.027 0.030 0.055 0.185 0.181 0.218 0.171 0.097 35 L 0.008 0.021 0.331 0.136 0.111 0.105 0.124 0.065 0.050 0.032 0.017 36 Y 0.008 0.031 0.232 0.178 0.188 0.170 0.121 0.040 0.020 0.009 0.004 37 R 0.003 0.008 0.031 0.022 0.023 0.041 0.163 0.168 0.232 0.201 0.108 38 R 0.005 0.009 0.027 0.070 0.130 0.198 0.297 0.130 0.082 0.037 0.016 39 E 0.074 0.077 0.512 0.171 0.078 0.045 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 40 L 0.003 0.011 0.042 0.078 0.127 0.193 0.275 0.130 0.077 0.046 0.018 41 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.006 0.045 0.105 0.240 0.301 0.292 42 D 0.001 0.008 0.047 0.152 0.290 0.262 0.154 0.049 0.024 0.009 0.004 43 P 0.096 0.117 0.533 0.149 0.058 0.030 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 44 A 0.002 0.004 0.009 0.032 0.050 0.098 0.291 0.208 0.162 0.097 0.048 45 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.011 0.064 0.121 0.224 0.291 0.276 46 A 0.006 0.030 0.208 0.278 0.229 0.136 0.068 0.025 0.011 0.005 0.003 47 Q 0.028 0.080 0.442 0.184 0.113 0.082 0.046 0.014 0.007 0.003 0.002 48 A 0.013 0.011 0.007 0.036 0.061 0.136 0.308 0.194 0.120 0.079 0.036 49 G 0.504 0.269 0.037 0.095 0.042 0.024 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 50 G 0.021 0.022 0.014 0.040 0.044 0.052 0.098 0.121 0.189 0.195 0.204 51 Q 0.032 0.112 0.066 0.222 0.195 0.171 0.127 0.041 0.020 0.009 0.005 52 I 0.006 0.016 0.010 0.047 0.069 0.101 0.233 0.185 0.164 0.101 0.068 53 V 0.010 0.007 0.006 0.027 0.035 0.062 0.123 0.160 0.197 0.196 0.177 54 K 0.008 0.023 0.019 0.106 0.152 0.159 0.180 0.137 0.113 0.063 0.039 55 T 0.020 0.027 0.023 0.061 0.061 0.083 0.165 0.152 0.167 0.135 0.106 56 T 0.015 0.025 0.016 0.094 0.115 0.120 0.216 0.154 0.111 0.085 0.048 57 G 0.048 0.053 0.029 0.107 0.132 0.116 0.155 0.124 0.115 0.075 0.044 58 D 0.013 0.028 0.020 0.074 0.090 0.101 0.175 0.150 0.146 0.119 0.082 59 G 0.007 0.008 0.009 0.028 0.042 0.069 0.174 0.175 0.185 0.164 0.140 60 M 0.006 0.006 0.008 0.017 0.019 0.031 0.106 0.178 0.242 0.218 0.170 61 L 0.002 0.002 0.005 0.011 0.014 0.026 0.083 0.154 0.220 0.236 0.248 62 A 0.001 0.001 0.006 0.005 0.005 0.010 0.037 0.084 0.192 0.292 0.367 63 R 0.003 0.006 0.012 0.035 0.048 0.071 0.187 0.207 0.216 0.137 0.079 64 F 0.006 0.008 0.014 0.025 0.026 0.046 0.136 0.170 0.230 0.199 0.139 65 D 0.067 0.072 0.067 0.139 0.145 0.128 0.147 0.088 0.068 0.049 0.031 66 T 0.027 0.071 0.027 0.062 0.062 0.072 0.135 0.133 0.150 0.142 0.120 67 A 0.066 0.056 0.026 0.085 0.118 0.145 0.156 0.113 0.109 0.073 0.052 68 Q 0.346 0.151 0.063 0.129 0.113 0.076 0.066 0.026 0.018 0.008 0.004 69 A 0.079 0.109 0.077 0.185 0.127 0.117 0.119 0.068 0.055 0.035 0.029 70 A 0.005 0.007 0.011 0.018 0.024 0.049 0.120 0.142 0.219 0.209 0.196 71 L 0.021 0.012 0.043 0.064 0.085 0.164 0.273 0.145 0.106 0.057 0.031 72 R 0.015 0.054 0.340 0.281 0.153 0.082 0.046 0.016 0.008 0.003 0.001 73 C 0.001 0.002 0.013 0.015 0.023 0.049 0.156 0.169 0.210 0.190 0.172 74 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.010 0.066 0.127 0.236 0.276 0.275 75 L 0.001 0.005 0.139 0.155 0.207 0.233 0.172 0.049 0.025 0.010 0.003 76 E 0.001 0.005 0.077 0.141 0.183 0.217 0.216 0.095 0.042 0.018 0.006 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.071 0.212 0.320 0.365 78 Q 0.001 0.001 0.016 0.011 0.016 0.049 0.249 0.202 0.208 0.154 0.095 79 Q 0.001 0.006 0.316 0.318 0.201 0.096 0.043 0.013 0.004 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.079 0.341 0.213 0.175 0.109 0.051 81 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.087 0.250 0.342 0.280 82 Q 0.001 0.002 0.119 0.126 0.178 0.191 0.236 0.087 0.041 0.015 0.004 83 Q 0.002 0.015 0.343 0.193 0.183 0.159 0.071 0.021 0.008 0.003 0.001 84 R 0.001 0.002 0.008 0.007 0.014 0.051 0.237 0.208 0.233 0.170 0.070 85 E 0.013 0.014 0.036 0.054 0.073 0.113 0.309 0.199 0.120 0.050 0.017 86 E 0.036 0.080 0.630 0.132 0.066 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 87 D 0.325 0.179 0.139 0.146 0.087 0.057 0.041 0.013 0.008 0.004 0.001 88 T 0.068 0.041 0.015 0.027 0.035 0.060 0.163 0.152 0.172 0.151 0.115 89 P 0.469 0.246 0.053 0.075 0.051 0.037 0.031 0.016 0.011 0.007 0.003 90 R 0.460 0.141 0.053 0.109 0.076 0.062 0.047 0.022 0.016 0.009 0.005 91 K 0.276 0.184 0.069 0.169 0.119 0.070 0.057 0.028 0.016 0.008 0.004 92 E 0.131 0.141 0.096 0.237 0.157 0.113 0.071 0.029 0.015 0.007 0.004 93 R 0.055 0.101 0.092 0.247 0.223 0.150 0.083 0.028 0.013 0.005 0.003 94 I 0.003 0.002 0.002 0.006 0.010 0.023 0.115 0.202 0.251 0.225 0.162 95 Q 0.009 0.044 0.060 0.278 0.266 0.159 0.110 0.040 0.021 0.009 0.005 96 Y 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.058 0.130 0.248 0.290 0.250 97 R 0.002 0.006 0.012 0.059 0.095 0.163 0.228 0.165 0.124 0.078 0.068 98 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.053 0.128 0.252 0.323 0.226 99 G 0.002 0.004 0.005 0.025 0.032 0.054 0.126 0.169 0.203 0.190 0.192 100 I 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.010 0.042 0.095 0.223 0.301 0.313 101 N 0.004 0.007 0.005 0.049 0.100 0.132 0.226 0.198 0.148 0.084 0.047 102 I 0.007 0.026 0.018 0.066 0.065 0.080 0.155 0.165 0.176 0.138 0.105 103 G 0.014 0.014 0.010 0.060 0.114 0.133 0.205 0.177 0.143 0.085 0.044 104 D 0.085 0.190 0.085 0.296 0.157 0.105 0.048 0.018 0.009 0.004 0.003 105 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.015 0.057 0.127 0.229 0.299 0.257 106 V 0.007 0.014 0.008 0.051 0.063 0.087 0.179 0.168 0.172 0.118 0.134 107 L 0.003 0.006 0.005 0.022 0.030 0.046 0.130 0.156 0.215 0.199 0.188 108 E 0.067 0.066 0.044 0.198 0.159 0.149 0.127 0.076 0.058 0.033 0.022 109 D 0.149 0.122 0.040 0.150 0.130 0.115 0.127 0.073 0.047 0.030 0.016 110 G 0.125 0.077 0.024 0.094 0.091 0.079 0.115 0.111 0.112 0.097 0.075 111 D 0.120 0.151 0.037 0.156 0.154 0.141 0.110 0.052 0.040 0.022 0.017 112 I 0.016 0.018 0.008 0.032 0.040 0.054 0.124 0.148 0.194 0.184 0.183 113 F 0.015 0.024 0.012 0.052 0.072 0.097 0.172 0.156 0.164 0.125 0.110 114 G 0.026 0.028 0.017 0.058 0.081 0.104 0.155 0.149 0.161 0.125 0.095 115 D 0.061 0.060 0.036 0.136 0.164 0.164 0.156 0.095 0.064 0.039 0.024 116 A 0.009 0.015 0.017 0.036 0.044 0.063 0.171 0.172 0.187 0.160 0.125 117 V 0.013 0.008 0.021 0.024 0.022 0.030 0.084 0.113 0.189 0.230 0.266 118 N 0.013 0.017 0.049 0.083 0.092 0.123 0.201 0.129 0.121 0.095 0.078 119 V 0.002 0.009 0.044 0.046 0.052 0.082 0.202 0.180 0.161 0.132 0.089 120 A 0.003 0.003 0.034 0.015 0.016 0.027 0.101 0.110 0.185 0.229 0.277 121 A 0.019 0.015 0.111 0.097 0.083 0.093 0.174 0.125 0.115 0.097 0.073 122 R 0.003 0.013 0.083 0.137 0.149 0.149 0.176 0.107 0.083 0.061 0.040 123 L 0.001 0.002 0.023 0.009 0.008 0.012 0.052 0.087 0.201 0.286 0.318 124 E 0.003 0.004 0.025 0.048 0.088 0.143 0.288 0.160 0.132 0.070 0.038 125 A 0.019 0.035 0.232 0.127 0.108 0.123 0.151 0.081 0.058 0.042 0.026 126 I 0.007 0.016 0.023 0.052 0.072 0.136 0.248 0.152 0.129 0.098 0.068 127 S 0.020 0.011 0.012 0.012 0.011 0.019 0.071 0.106 0.207 0.238 0.293 128 E 0.472 0.219 0.090 0.106 0.051 0.030 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 129 P 0.245 0.172 0.090 0.171 0.114 0.085 0.068 0.028 0.015 0.008 0.004 130 G 0.181 0.140 0.057 0.138 0.126 0.089 0.104 0.069 0.046 0.030 0.018 131 A 0.013 0.057 0.048 0.211 0.240 0.211 0.142 0.044 0.020 0.009 0.005 132 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.032 0.102 0.173 0.263 0.243 0.163 133 C 0.002 0.003 0.003 0.019 0.040 0.081 0.219 0.239 0.180 0.126 0.086 134 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.045 0.110 0.223 0.306 0.299 135 S 0.001 0.003 0.002 0.018 0.036 0.068 0.160 0.172 0.222 0.172 0.146 136 D 0.291 0.140 0.077 0.183 0.118 0.073 0.060 0.028 0.017 0.009 0.005 137 I 0.018 0.033 0.027 0.166 0.198 0.170 0.203 0.096 0.051 0.027 0.012 138 V 0.001 0.002 0.005 0.009 0.008 0.011 0.049 0.101 0.235 0.287 0.292 139 H 0.001 0.002 0.010 0.038 0.088 0.204 0.304 0.148 0.116 0.060 0.030 140 Q 0.028 0.051 0.557 0.199 0.080 0.044 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 141 I 0.001 0.002 0.006 0.018 0.048 0.150 0.340 0.201 0.125 0.076 0.032 142 T 0.002 0.002 0.005 0.007 0.006 0.011 0.052 0.105 0.224 0.296 0.291 143 Q 0.026 0.058 0.151 0.193 0.212 0.161 0.121 0.042 0.023 0.009 0.003 144 D 0.154 0.155 0.290 0.206 0.095 0.055 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 145 R 0.152 0.110 0.057 0.123 0.111 0.110 0.152 0.080 0.054 0.035 0.015 146 V 0.150 0.066 0.028 0.067 0.071 0.110 0.162 0.119 0.101 0.071 0.055 147 S 0.244 0.272 0.104 0.148 0.092 0.051 0.040 0.020 0.014 0.008 0.004 148 E 0.178 0.114 0.051 0.108 0.103 0.112 0.132 0.084 0.062 0.038 0.019 149 P 0.311 0.266 0.077 0.156 0.090 0.044 0.031 0.012 0.007 0.004 0.002 150 F 0.029 0.017 0.011 0.036 0.053 0.070 0.137 0.149 0.200 0.170 0.129 151 T 0.128 0.157 0.113 0.237 0.158 0.091 0.063 0.028 0.016 0.007 0.004 152 D 0.199 0.160 0.115 0.176 0.119 0.092 0.074 0.032 0.019 0.008 0.005 153 L 0.031 0.029 0.022 0.062 0.080 0.126 0.211 0.172 0.124 0.094 0.049 154 G 0.388 0.244 0.059 0.113 0.070 0.042 0.036 0.019 0.014 0.010 0.006 155 L 0.094 0.098 0.081 0.179 0.141 0.107 0.114 0.069 0.058 0.036 0.024 156 Q 0.063 0.068 0.051 0.109 0.120 0.141 0.187 0.103 0.078 0.048 0.031 157 K 0.074 0.153 0.150 0.304 0.174 0.077 0.044 0.014 0.007 0.002 0.001 158 V 0.015 0.009 0.009 0.016 0.026 0.044 0.128 0.165 0.219 0.206 0.163 159 K 0.046 0.115 0.110 0.261 0.206 0.117 0.077 0.034 0.020 0.009 0.005 160 N 0.276 0.214 0.090 0.140 0.088 0.065 0.063 0.028 0.020 0.011 0.006 161 I 0.047 0.038 0.031 0.096 0.099 0.115 0.187 0.137 0.107 0.081 0.062 162 T 0.330 0.179 0.070 0.124 0.086 0.064 0.065 0.032 0.024 0.016 0.011 163 R 0.146 0.233 0.084 0.214 0.125 0.077 0.062 0.029 0.017 0.010 0.004 164 P 0.121 0.090 0.041 0.137 0.134 0.128 0.138 0.077 0.063 0.043 0.029 165 I 0.012 0.020 0.015 0.054 0.071 0.100 0.195 0.166 0.174 0.120 0.074 166 R 0.027 0.100 0.059 0.311 0.221 0.132 0.090 0.032 0.016 0.007 0.004 167 V 0.003 0.004 0.004 0.016 0.022 0.035 0.103 0.174 0.241 0.231 0.166 168 W 0.002 0.006 0.008 0.053 0.098 0.156 0.243 0.178 0.145 0.076 0.035 169 Q 0.006 0.034 0.044 0.156 0.161 0.137 0.186 0.116 0.094 0.048 0.019 170 W 0.003 0.008 0.008 0.047 0.077 0.105 0.218 0.198 0.179 0.111 0.044 171 V 0.015 0.038 0.023 0.115 0.143 0.148 0.214 0.145 0.097 0.046 0.016 172 P 0.143 0.202 0.071 0.206 0.149 0.093 0.077 0.033 0.017 0.007 0.002 173 D 0.299 0.267 0.084 0.174 0.086 0.045 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 174 A 0.397 0.185 0.055 0.121 0.086 0.054 0.047 0.026 0.016 0.010 0.004 175 D 0.403 0.269 0.068 0.111 0.063 0.036 0.026 0.012 0.008 0.004 0.002 176 R 0.168 0.138 0.062 0.152 0.138 0.106 0.111 0.060 0.037 0.019 0.009 177 D 0.290 0.183 0.080 0.136 0.094 0.071 0.070 0.035 0.023 0.013 0.006 178 Q 0.258 0.131 0.090 0.144 0.116 0.084 0.084 0.041 0.028 0.016 0.007 179 S 0.275 0.143 0.054 0.126 0.099 0.069 0.092 0.057 0.046 0.028 0.012 180 H 0.281 0.132 0.058 0.109 0.091 0.082 0.096 0.059 0.047 0.031 0.014 181 D 0.397 0.153 0.051 0.127 0.089 0.057 0.061 0.030 0.020 0.009 0.004 182 P 0.166 0.081 0.034 0.083 0.097 0.118 0.149 0.110 0.083 0.055 0.024 183 Q 0.300 0.325 0.076 0.140 0.071 0.034 0.025 0.013 0.009 0.005 0.002 184 P 0.288 0.084 0.038 0.121 0.122 0.114 0.110 0.063 0.037 0.018 0.005 185 S 0.403 0.236 0.087 0.105 0.063 0.038 0.033 0.017 0.011 0.006 0.003 186 H 0.061 0.121 0.106 0.288 0.170 0.101 0.082 0.039 0.020 0.009 0.004 187 V 0.173 0.064 0.039 0.084 0.100 0.115 0.135 0.111 0.091 0.059 0.030 188 Q 0.092 0.210 0.187 0.238 0.136 0.064 0.041 0.017 0.009 0.004 0.002 189 H 0.079 0.078 0.047 0.105 0.101 0.099 0.156 0.123 0.100 0.075 0.037