# TARGET T0520 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2516 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 N 0.017 0.016 0.027 0.059 0.007 0.080 0.795 3 A 0.023 0.007 0.059 0.073 0.176 0.234 0.428 4 E 0.039 0.014 0.077 0.126 0.220 0.194 0.329 5 R 0.107 0.019 0.036 0.115 0.150 0.090 0.481 6 R 0.169 0.009 0.018 0.077 0.164 0.054 0.510 7 L 0.535 0.016 0.016 0.066 0.113 0.031 0.222 8 C 0.828 0.007 0.004 0.033 0.017 0.005 0.106 9 A 0.889 0.002 0.003 0.041 0.023 0.003 0.038 10 I 0.942 0.003 0.002 0.035 0.002 0.002 0.013 11 L 0.929 0.002 0.006 0.039 0.002 0.008 0.014 12 A 0.825 0.002 0.007 0.080 0.018 0.014 0.054 13 A 0.729 0.006 0.015 0.087 0.037 0.015 0.111 14 D 0.513 0.014 0.031 0.094 0.051 0.046 0.251 15 M 0.316 0.014 0.058 0.145 0.077 0.167 0.222 16 A 0.110 0.016 0.084 0.278 0.118 0.224 0.169 17 G 0.051 0.013 0.062 0.246 0.159 0.336 0.133 18 Y 0.044 0.010 0.066 0.494 0.102 0.153 0.130 19 S 0.040 0.019 0.074 0.575 0.083 0.070 0.138 20 R 0.022 0.004 0.074 0.701 0.047 0.095 0.057 21 L 0.014 0.002 0.110 0.705 0.026 0.106 0.035 22 M 0.011 0.006 0.217 0.557 0.038 0.124 0.047 23 E 0.013 0.002 0.185 0.444 0.055 0.247 0.054 24 R 0.011 0.004 0.117 0.298 0.113 0.361 0.097 25 N 0.008 0.026 0.014 0.100 0.433 0.078 0.341 26 E 0.003 0.006 0.001 0.035 0.120 0.013 0.821 27 T 0.001 0.001 0.009 0.931 0.015 0.024 0.021 28 D 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.009 0.002 29 V 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.005 0.002 30 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 31 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.012 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.002 38 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.014 0.002 39 E 0.001 0.001 0.002 0.966 0.002 0.026 0.002 40 L 0.001 0.001 0.002 0.961 0.003 0.026 0.006 41 I 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.012 0.007 42 D 0.001 0.001 0.004 0.980 0.003 0.008 0.004 43 P 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.007 0.002 44 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.008 0.002 45 I 0.003 0.001 0.003 0.975 0.003 0.012 0.003 46 A 0.008 0.001 0.008 0.921 0.008 0.045 0.009 47 Q 0.009 0.001 0.013 0.756 0.030 0.173 0.017 48 A 0.008 0.002 0.011 0.282 0.096 0.546 0.055 49 G 0.009 0.002 0.006 0.023 0.126 0.717 0.118 50 G 0.164 0.006 0.007 0.018 0.161 0.060 0.584 51 Q 0.663 0.011 0.005 0.015 0.041 0.009 0.255 52 I 0.872 0.007 0.004 0.013 0.016 0.003 0.085 53 V 0.856 0.007 0.005 0.014 0.010 0.003 0.106 54 K 0.842 0.007 0.005 0.010 0.023 0.007 0.105 55 T 0.789 0.013 0.006 0.011 0.031 0.015 0.134 56 T 0.526 0.012 0.019 0.054 0.086 0.122 0.181 57 G 0.335 0.009 0.031 0.098 0.185 0.170 0.171 58 D 0.358 0.004 0.024 0.110 0.234 0.070 0.199 59 G 0.584 0.008 0.015 0.198 0.067 0.037 0.092 60 M 0.593 0.009 0.018 0.277 0.024 0.026 0.055 61 L 0.596 0.005 0.024 0.279 0.019 0.035 0.042 62 A 0.571 0.009 0.032 0.262 0.020 0.041 0.066 63 R 0.354 0.022 0.040 0.257 0.064 0.090 0.172 64 F 0.162 0.012 0.022 0.088 0.220 0.176 0.319 65 D 0.045 0.010 0.021 0.017 0.335 0.167 0.406 66 T 0.027 0.018 0.041 0.021 0.283 0.074 0.535 67 A 0.012 0.011 0.073 0.044 0.206 0.089 0.565 68 Q 0.003 0.006 0.188 0.150 0.193 0.210 0.251 69 A 0.002 0.007 0.147 0.214 0.140 0.195 0.295 70 A 0.001 0.002 0.095 0.508 0.069 0.081 0.244 71 L 0.001 0.001 0.037 0.807 0.033 0.051 0.070 72 R 0.001 0.001 0.017 0.884 0.027 0.033 0.038 73 C 0.001 0.001 0.005 0.935 0.014 0.019 0.025 74 A 0.001 0.001 0.001 0.978 0.007 0.008 0.007 75 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.006 0.003 76 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 77 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.002 81 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.011 0.003 82 Q 0.001 0.001 0.001 0.963 0.004 0.028 0.004 83 Q 0.001 0.001 0.003 0.926 0.005 0.056 0.009 84 R 0.001 0.002 0.009 0.873 0.017 0.054 0.045 85 E 0.002 0.003 0.030 0.834 0.020 0.071 0.040 86 E 0.004 0.002 0.065 0.651 0.036 0.197 0.046 87 D 0.003 0.004 0.059 0.488 0.056 0.320 0.070 88 T 0.006 0.006 0.049 0.244 0.168 0.186 0.341 89 P 0.010 0.006 0.091 0.118 0.135 0.259 0.381 90 R 0.012 0.005 0.108 0.064 0.176 0.436 0.198 91 K 0.026 0.008 0.084 0.031 0.251 0.219 0.381 92 E 0.062 0.013 0.033 0.020 0.317 0.084 0.471 93 R 0.287 0.025 0.016 0.007 0.142 0.077 0.446 94 I 0.493 0.010 0.005 0.002 0.052 0.014 0.425 95 Q 0.799 0.005 0.002 0.001 0.052 0.005 0.135 96 Y 0.944 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.041 97 R 0.968 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 98 I 0.947 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 99 G 0.867 0.002 0.002 0.001 0.020 0.007 0.101 100 I 0.737 0.006 0.009 0.003 0.068 0.048 0.128 101 N 0.551 0.028 0.018 0.010 0.110 0.064 0.217 102 I 0.463 0.011 0.015 0.013 0.157 0.086 0.255 103 G 0.436 0.019 0.016 0.009 0.188 0.094 0.238 104 D 0.528 0.023 0.017 0.007 0.092 0.060 0.273 105 I 0.723 0.019 0.015 0.012 0.066 0.055 0.110 106 V 0.830 0.030 0.010 0.015 0.023 0.028 0.064 107 L 0.698 0.010 0.017 0.017 0.034 0.074 0.149 108 E 0.606 0.020 0.013 0.017 0.102 0.123 0.119 109 D 0.576 0.032 0.011 0.015 0.098 0.062 0.206 110 G 0.251 0.012 0.026 0.019 0.158 0.277 0.258 111 D 0.121 0.009 0.022 0.014 0.248 0.399 0.187 112 I 0.192 0.036 0.030 0.027 0.221 0.190 0.304 113 F 0.181 0.049 0.020 0.084 0.176 0.167 0.323 114 G 0.090 0.023 0.027 0.178 0.211 0.125 0.344 115 D 0.044 0.007 0.040 0.570 0.119 0.087 0.134 116 A 0.041 0.003 0.010 0.822 0.031 0.045 0.048 117 V 0.008 0.001 0.004 0.957 0.009 0.007 0.014 118 N 0.006 0.002 0.003 0.964 0.006 0.005 0.015 119 V 0.002 0.001 0.002 0.983 0.002 0.007 0.003 120 A 0.002 0.001 0.002 0.984 0.002 0.008 0.003 121 A 0.002 0.001 0.002 0.979 0.002 0.012 0.003 122 R 0.002 0.001 0.003 0.964 0.006 0.017 0.007 123 L 0.002 0.001 0.010 0.963 0.004 0.013 0.008 124 E 0.002 0.001 0.024 0.936 0.005 0.028 0.005 125 A 0.002 0.001 0.027 0.873 0.007 0.083 0.008 126 I 0.004 0.002 0.039 0.696 0.025 0.210 0.024 127 S 0.025 0.010 0.020 0.293 0.218 0.203 0.230 128 E 0.040 0.009 0.020 0.048 0.217 0.149 0.517 129 P 0.040 0.006 0.034 0.032 0.212 0.514 0.162 130 G 0.059 0.002 0.025 0.016 0.248 0.510 0.140 131 A 0.578 0.012 0.013 0.012 0.100 0.050 0.235 132 I 0.924 0.008 0.001 0.006 0.005 0.005 0.051 133 C 0.928 0.007 0.001 0.004 0.007 0.003 0.050 134 V 0.768 0.025 0.001 0.012 0.035 0.007 0.152 135 S 0.278 0.006 0.001 0.028 0.058 0.009 0.620 136 D 0.001 0.001 0.023 0.954 0.004 0.016 0.002 137 I 0.001 0.001 0.018 0.970 0.003 0.008 0.001 138 V 0.001 0.001 0.021 0.970 0.001 0.008 0.001 139 H 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.003 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.008 0.968 0.001 0.020 0.002 141 I 0.001 0.001 0.012 0.928 0.003 0.052 0.003 142 T 0.004 0.002 0.017 0.845 0.040 0.069 0.024 143 Q 0.007 0.003 0.051 0.705 0.036 0.153 0.045 144 D 0.006 0.002 0.051 0.514 0.072 0.294 0.061 145 R 0.008 0.003 0.071 0.283 0.114 0.384 0.137 146 V 0.020 0.005 0.044 0.078 0.177 0.472 0.203 147 S 0.083 0.008 0.044 0.035 0.207 0.199 0.424 148 E 0.298 0.022 0.022 0.035 0.125 0.035 0.463 149 P 0.500 0.027 0.012 0.023 0.058 0.018 0.361 150 F 0.631 0.023 0.015 0.017 0.034 0.018 0.262 151 T 0.633 0.017 0.025 0.012 0.055 0.030 0.228 152 D 0.532 0.025 0.037 0.014 0.083 0.065 0.244 153 L 0.360 0.011 0.041 0.011 0.176 0.154 0.247 154 G 0.309 0.007 0.021 0.004 0.219 0.140 0.300 155 L 0.544 0.010 0.011 0.002 0.105 0.032 0.296 156 Q 0.825 0.016 0.002 0.001 0.026 0.004 0.126 157 K 0.864 0.027 0.002 0.001 0.012 0.002 0.091 158 V 0.768 0.020 0.003 0.002 0.013 0.007 0.187 159 K 0.476 0.028 0.012 0.003 0.124 0.193 0.165 160 N 0.145 0.015 0.016 0.003 0.268 0.308 0.246 161 I 0.107 0.023 0.011 0.002 0.247 0.151 0.460 162 T 0.084 0.020 0.007 0.001 0.368 0.119 0.400 163 R 0.104 0.011 0.004 0.001 0.581 0.027 0.273 164 P 0.286 0.013 0.003 0.001 0.104 0.018 0.575 165 I 0.791 0.011 0.001 0.001 0.022 0.003 0.171 166 R 0.946 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.039 167 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 168 W 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 169 Q 0.934 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.054 170 W 0.768 0.011 0.002 0.003 0.025 0.005 0.185 171 V 0.391 0.017 0.006 0.006 0.138 0.028 0.415 172 P 0.100 0.013 0.020 0.011 0.230 0.121 0.505 173 D 0.027 0.014 0.061 0.023 0.271 0.304 0.300 174 A 0.017 0.009 0.085 0.025 0.281 0.266 0.317 175 D 0.019 0.011 0.111 0.040 0.253 0.220 0.346 176 R 0.027 0.021 0.097 0.046 0.198 0.190 0.421 177 D 0.033 0.023 0.058 0.042 0.220 0.110 0.514 178 Q 0.036 0.042 0.040 0.039 0.162 0.084 0.596 179 S 0.024 0.024 0.023 0.034 0.122 0.050 0.723 180 H 0.017 0.019 0.021 0.035 0.103 0.053 0.752 181 D 0.018 0.022 0.029 0.047 0.091 0.070 0.723 182 P 0.010 0.013 0.037 0.055 0.095 0.081 0.708 183 Q 0.009 0.017 0.053 0.052 0.078 0.051 0.741 184 P 0.011 0.012 0.133 0.081 0.129 0.172 0.462 185 S 0.012 0.010 0.147 0.073 0.162 0.200 0.396 186 H 0.009 0.023 0.091 0.058 0.256 0.084 0.478 187 V 0.012 0.014 0.057 0.067 0.192 0.197 0.462 188 Q 0.005 0.007 0.023 0.037 0.007 0.128 0.793 189 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998