# TARGET T0520 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2516 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.112 0.129 0.091 0.061 0.155 0.061 0.061 0.107 0.069 0.099 0.056 2 N 0.102 0.101 0.047 0.033 0.150 0.032 0.041 0.164 0.140 0.131 0.058 3 A 0.059 0.095 0.075 0.055 0.090 0.044 0.052 0.158 0.142 0.177 0.052 4 E 0.105 0.107 0.047 0.025 0.157 0.025 0.066 0.162 0.131 0.125 0.049 5 R 0.163 0.138 0.048 0.013 0.215 0.009 0.014 0.087 0.096 0.148 0.068 6 R 0.031 0.167 0.094 0.047 0.107 0.058 0.162 0.195 0.079 0.052 0.008 7 L 0.324 0.074 0.013 0.005 0.262 0.005 0.015 0.058 0.034 0.078 0.131 8 C 0.153 0.207 0.018 0.013 0.544 0.008 0.005 0.015 0.004 0.010 0.023 9 A 0.170 0.054 0.004 0.001 0.741 0.001 0.006 0.012 0.001 0.002 0.009 10 I 0.362 0.026 0.001 0.001 0.591 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 11 L 0.233 0.050 0.004 0.009 0.618 0.017 0.011 0.022 0.002 0.004 0.030 12 A 0.421 0.018 0.003 0.001 0.379 0.001 0.004 0.020 0.007 0.021 0.125 13 A 0.079 0.192 0.055 0.083 0.199 0.091 0.061 0.120 0.059 0.032 0.030 14 D 0.275 0.100 0.045 0.011 0.303 0.007 0.013 0.052 0.017 0.039 0.137 15 M 0.113 0.017 0.005 0.007 0.056 0.024 0.028 0.242 0.241 0.199 0.068 16 A 0.010 0.133 0.067 0.132 0.033 0.157 0.188 0.204 0.059 0.013 0.004 17 G 0.058 0.060 0.043 0.052 0.058 0.015 0.018 0.203 0.075 0.311 0.106 18 Y 0.038 0.029 0.021 0.024 0.040 0.024 0.028 0.436 0.200 0.126 0.034 19 S 0.021 0.085 0.033 0.012 0.059 0.007 0.023 0.620 0.112 0.018 0.010 20 R 0.008 0.014 0.007 0.003 0.011 0.005 0.024 0.768 0.120 0.033 0.007 21 L 0.007 0.006 0.003 0.002 0.009 0.007 0.026 0.711 0.189 0.036 0.006 22 M 0.011 0.016 0.004 0.003 0.021 0.004 0.020 0.613 0.267 0.035 0.007 23 E 0.004 0.014 0.008 0.005 0.014 0.020 0.136 0.535 0.217 0.043 0.004 24 R 0.028 0.026 0.005 0.003 0.026 0.007 0.095 0.180 0.104 0.488 0.037 25 N 0.028 0.434 0.184 0.017 0.147 0.013 0.018 0.031 0.027 0.077 0.025 26 E 0.029 0.499 0.345 0.010 0.067 0.001 0.001 0.015 0.005 0.012 0.015 27 T 0.006 0.008 0.004 0.001 0.013 0.003 0.005 0.724 0.222 0.012 0.003 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.902 0.086 0.003 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.047 0.007 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.003 0.001 31 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.028 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.034 0.003 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.061 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.924 0.062 0.003 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.929 0.046 0.010 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.855 0.116 0.018 0.001 38 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.853 0.126 0.007 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.895 0.071 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.910 0.053 0.016 0.001 41 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.822 0.135 0.033 0.003 42 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.911 0.079 0.002 0.001 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.936 0.053 0.002 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.928 0.060 0.002 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.883 0.092 0.012 0.001 46 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.039 0.774 0.163 0.014 0.001 47 Q 0.004 0.014 0.007 0.005 0.007 0.017 0.232 0.590 0.087 0.036 0.002 48 A 0.007 0.499 0.357 0.012 0.068 0.008 0.010 0.013 0.007 0.016 0.003 49 G 0.087 0.022 0.021 0.063 0.018 0.014 0.018 0.016 0.018 0.367 0.357 50 G 0.042 0.344 0.247 0.073 0.124 0.011 0.006 0.017 0.014 0.073 0.050 51 Q 0.069 0.395 0.044 0.008 0.431 0.008 0.009 0.019 0.005 0.005 0.007 52 I 0.527 0.027 0.003 0.001 0.390 0.002 0.003 0.011 0.003 0.002 0.030 53 V 0.273 0.124 0.013 0.019 0.410 0.034 0.021 0.035 0.007 0.011 0.054 54 K 0.196 0.209 0.056 0.007 0.433 0.007 0.011 0.020 0.006 0.009 0.046 55 T 0.346 0.090 0.054 0.019 0.242 0.021 0.030 0.060 0.025 0.035 0.077 56 T 0.050 0.082 0.057 0.143 0.064 0.111 0.180 0.167 0.070 0.046 0.029 57 G 0.043 0.175 0.130 0.168 0.071 0.050 0.027 0.113 0.068 0.115 0.041 58 D 0.098 0.102 0.071 0.046 0.133 0.033 0.087 0.214 0.097 0.079 0.040 59 G 0.232 0.141 0.029 0.009 0.405 0.010 0.014 0.075 0.028 0.022 0.037 60 M 0.167 0.111 0.007 0.005 0.603 0.005 0.013 0.054 0.013 0.005 0.016 61 L 0.220 0.078 0.006 0.002 0.603 0.006 0.010 0.032 0.009 0.010 0.023 62 A 0.296 0.057 0.008 0.002 0.492 0.005 0.016 0.036 0.011 0.010 0.065 63 R 0.277 0.027 0.010 0.018 0.137 0.042 0.065 0.059 0.042 0.158 0.166 64 F 0.021 0.401 0.200 0.102 0.125 0.022 0.030 0.030 0.025 0.033 0.012 65 D 0.050 0.084 0.092 0.109 0.059 0.043 0.027 0.036 0.070 0.326 0.105 66 T 0.038 0.280 0.282 0.050 0.132 0.022 0.038 0.062 0.049 0.029 0.018 67 A 0.057 0.189 0.081 0.022 0.091 0.025 0.040 0.180 0.134 0.136 0.047 68 Q 0.035 0.145 0.073 0.020 0.080 0.030 0.059 0.274 0.167 0.089 0.027 69 A 0.024 0.128 0.065 0.013 0.053 0.011 0.020 0.344 0.160 0.149 0.033 70 A 0.025 0.079 0.035 0.006 0.051 0.004 0.010 0.539 0.162 0.076 0.013 71 L 0.003 0.010 0.003 0.002 0.007 0.006 0.016 0.833 0.107 0.010 0.002 72 R 0.003 0.006 0.003 0.002 0.005 0.002 0.011 0.867 0.076 0.019 0.005 73 C 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.876 0.078 0.027 0.002 74 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.052 0.003 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.953 0.034 0.002 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.033 0.007 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.046 0.005 0.001 78 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.036 0.002 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.947 0.035 0.005 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.944 0.036 0.007 0.001 81 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.065 0.009 0.001 82 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.898 0.073 0.007 0.001 83 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.863 0.075 0.026 0.002 84 R 0.003 0.012 0.004 0.001 0.008 0.004 0.034 0.761 0.137 0.033 0.003 85 E 0.012 0.019 0.004 0.003 0.020 0.005 0.046 0.610 0.186 0.081 0.014 86 E 0.010 0.022 0.010 0.005 0.020 0.013 0.086 0.527 0.206 0.090 0.011 87 D 0.025 0.037 0.011 0.007 0.045 0.016 0.145 0.412 0.132 0.148 0.020 88 T 0.064 0.223 0.091 0.017 0.151 0.023 0.071 0.149 0.073 0.105 0.033 89 P 0.065 0.113 0.081 0.064 0.091 0.055 0.109 0.194 0.086 0.096 0.044 90 R 0.038 0.124 0.082 0.057 0.083 0.042 0.095 0.198 0.143 0.114 0.025 91 K 0.060 0.077 0.062 0.055 0.083 0.035 0.058 0.114 0.163 0.244 0.051 92 E 0.052 0.284 0.187 0.041 0.149 0.018 0.045 0.078 0.083 0.042 0.021 93 R 0.214 0.144 0.033 0.008 0.281 0.011 0.024 0.033 0.073 0.087 0.092 94 I 0.215 0.196 0.022 0.004 0.477 0.003 0.004 0.008 0.011 0.018 0.042 95 Q 0.386 0.044 0.005 0.003 0.379 0.016 0.025 0.016 0.015 0.029 0.081 96 Y 0.314 0.095 0.011 0.014 0.477 0.004 0.001 0.005 0.005 0.016 0.057 97 R 0.370 0.034 0.007 0.011 0.408 0.017 0.020 0.017 0.009 0.026 0.080 98 I 0.208 0.129 0.027 0.024 0.469 0.007 0.006 0.014 0.012 0.042 0.064 99 G 0.184 0.163 0.069 0.031 0.437 0.008 0.008 0.011 0.007 0.020 0.062 100 I 0.280 0.114 0.022 0.007 0.372 0.014 0.021 0.032 0.022 0.038 0.077 101 N 0.217 0.074 0.030 0.033 0.259 0.036 0.060 0.058 0.037 0.098 0.099 102 I 0.097 0.122 0.076 0.104 0.144 0.033 0.053 0.054 0.063 0.197 0.056 103 G 0.013 0.136 0.285 0.321 0.044 0.056 0.028 0.041 0.030 0.035 0.011 104 D 0.110 0.274 0.049 0.002 0.419 0.002 0.014 0.071 0.035 0.010 0.015 105 I 0.331 0.061 0.011 0.005 0.322 0.017 0.039 0.087 0.041 0.023 0.061 106 V 0.177 0.099 0.028 0.028 0.353 0.056 0.079 0.062 0.023 0.043 0.051 107 L 0.134 0.075 0.033 0.077 0.128 0.061 0.075 0.055 0.069 0.183 0.110 108 E 0.039 0.135 0.257 0.250 0.088 0.040 0.021 0.030 0.032 0.079 0.029 109 D 0.117 0.089 0.039 0.041 0.136 0.042 0.086 0.150 0.112 0.110 0.077 110 G 0.042 0.122 0.078 0.113 0.086 0.082 0.167 0.091 0.081 0.103 0.034 111 D 0.038 0.098 0.134 0.211 0.077 0.089 0.079 0.082 0.058 0.092 0.043 112 I 0.124 0.069 0.041 0.027 0.111 0.030 0.049 0.171 0.122 0.169 0.087 113 F 0.025 0.093 0.098 0.121 0.048 0.075 0.098 0.180 0.092 0.134 0.036 114 G 0.014 0.075 0.112 0.147 0.034 0.055 0.040 0.235 0.139 0.131 0.018 115 D 0.014 0.032 0.028 0.010 0.025 0.005 0.035 0.609 0.174 0.054 0.014 116 A 0.007 0.021 0.013 0.004 0.011 0.004 0.015 0.736 0.154 0.032 0.004 117 V 0.003 0.012 0.003 0.001 0.011 0.003 0.016 0.859 0.083 0.006 0.002 118 N 0.018 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.007 0.876 0.058 0.008 0.010 119 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.072 0.008 0.001 120 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.919 0.063 0.003 0.001 121 A 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.002 0.012 0.907 0.060 0.004 0.001 122 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.913 0.056 0.010 0.001 123 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.823 0.138 0.015 0.003 124 E 0.003 0.009 0.003 0.003 0.005 0.006 0.034 0.697 0.226 0.012 0.002 125 A 0.004 0.018 0.006 0.005 0.012 0.014 0.143 0.629 0.137 0.030 0.003 126 I 0.026 0.096 0.033 0.015 0.069 0.023 0.099 0.187 0.155 0.276 0.020 127 S 0.136 0.105 0.073 0.054 0.110 0.034 0.056 0.101 0.061 0.170 0.100 128 E 0.017 0.124 0.246 0.168 0.050 0.102 0.074 0.131 0.046 0.031 0.010 129 P 0.018 0.080 0.028 0.072 0.045 0.118 0.244 0.197 0.117 0.067 0.015 130 G 0.022 0.023 0.025 0.053 0.033 0.028 0.043 0.066 0.110 0.533 0.064 131 A 0.056 0.368 0.029 0.002 0.482 0.002 0.007 0.018 0.017 0.013 0.007 132 I 0.181 0.078 0.006 0.001 0.692 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.027 133 C 0.347 0.046 0.005 0.001 0.442 0.002 0.007 0.005 0.004 0.031 0.110 134 V 0.041 0.413 0.238 0.013 0.222 0.003 0.002 0.003 0.003 0.033 0.028 135 S 0.007 0.652 0.285 0.005 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 136 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.557 0.423 0.007 0.001 137 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.871 0.118 0.003 0.001 138 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.861 0.110 0.024 0.001 139 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.850 0.139 0.007 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.843 0.129 0.003 0.001 141 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.054 0.695 0.137 0.099 0.002 142 T 0.044 0.107 0.015 0.003 0.079 0.004 0.031 0.364 0.164 0.160 0.027 143 Q 0.020 0.047 0.022 0.025 0.026 0.034 0.135 0.421 0.192 0.063 0.015 144 D 0.028 0.056 0.047 0.034 0.046 0.026 0.065 0.249 0.147 0.255 0.046 145 R 0.082 0.130 0.069 0.033 0.131 0.026 0.057 0.186 0.126 0.110 0.049 146 V 0.039 0.141 0.057 0.040 0.089 0.052 0.071 0.179 0.151 0.148 0.033 147 S 0.100 0.065 0.033 0.031 0.136 0.016 0.031 0.110 0.104 0.285 0.089 148 E 0.203 0.197 0.053 0.009 0.368 0.008 0.009 0.027 0.021 0.055 0.050 149 P 0.139 0.249 0.054 0.008 0.414 0.008 0.015 0.037 0.018 0.025 0.032 150 F 0.305 0.109 0.028 0.010 0.315 0.009 0.010 0.044 0.033 0.057 0.079 151 T 0.063 0.315 0.215 0.059 0.186 0.026 0.030 0.054 0.020 0.016 0.016 152 D 0.216 0.101 0.058 0.019 0.229 0.020 0.032 0.135 0.050 0.068 0.071 153 L 0.031 0.189 0.149 0.160 0.087 0.059 0.072 0.109 0.061 0.066 0.016 154 G 0.017 0.091 0.126 0.288 0.038 0.098 0.045 0.091 0.057 0.122 0.024 155 L 0.188 0.208 0.046 0.006 0.328 0.006 0.016 0.062 0.048 0.046 0.045 156 Q 0.141 0.272 0.040 0.003 0.504 0.002 0.003 0.009 0.005 0.006 0.016 157 K 0.300 0.094 0.018 0.002 0.520 0.003 0.004 0.011 0.004 0.005 0.038 158 V 0.272 0.110 0.063 0.043 0.302 0.034 0.014 0.024 0.012 0.038 0.087 159 K 0.036 0.141 0.095 0.183 0.077 0.120 0.155 0.094 0.036 0.043 0.019 160 N 0.078 0.127 0.203 0.084 0.097 0.018 0.009 0.028 0.032 0.227 0.096 161 I 0.079 0.266 0.103 0.051 0.179 0.030 0.063 0.101 0.064 0.036 0.028 162 T 0.090 0.086 0.093 0.090 0.113 0.069 0.094 0.050 0.048 0.197 0.070 163 R 0.022 0.394 0.321 0.061 0.113 0.015 0.027 0.018 0.011 0.013 0.005 164 P 0.298 0.186 0.043 0.004 0.374 0.002 0.004 0.006 0.004 0.013 0.065 165 I 0.080 0.378 0.042 0.010 0.441 0.014 0.011 0.005 0.003 0.005 0.013 166 R 0.337 0.059 0.005 0.001 0.560 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.031 167 V 0.364 0.058 0.007 0.006 0.493 0.007 0.005 0.005 0.002 0.005 0.050 168 W 0.205 0.157 0.019 0.004 0.568 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.032 169 Q 0.217 0.160 0.028 0.001 0.547 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.037 170 W 0.278 0.132 0.037 0.014 0.316 0.013 0.018 0.026 0.017 0.047 0.101 171 V 0.047 0.307 0.207 0.107 0.167 0.030 0.032 0.036 0.019 0.028 0.019 172 P 0.068 0.201 0.220 0.090 0.130 0.024 0.025 0.087 0.058 0.064 0.034 173 D 0.028 0.121 0.086 0.047 0.075 0.050 0.108 0.234 0.142 0.090 0.019 174 A 0.060 0.144 0.100 0.041 0.133 0.024 0.043 0.141 0.096 0.167 0.050 175 D 0.066 0.170 0.083 0.028 0.151 0.022 0.046 0.167 0.113 0.117 0.038 176 R 0.078 0.158 0.117 0.030 0.163 0.018 0.034 0.131 0.082 0.137 0.053 177 D 0.073 0.273 0.150 0.017 0.197 0.009 0.021 0.107 0.061 0.066 0.025 178 Q 0.066 0.339 0.233 0.013 0.167 0.006 0.014 0.068 0.031 0.038 0.024 179 S 0.068 0.352 0.235 0.019 0.169 0.009 0.018 0.061 0.025 0.023 0.021 180 H 0.034 0.377 0.317 0.020 0.118 0.008 0.016 0.053 0.026 0.018 0.012 181 D 0.050 0.360 0.304 0.018 0.143 0.007 0.014 0.046 0.027 0.018 0.014 182 P 0.077 0.379 0.201 0.011 0.179 0.008 0.017 0.060 0.029 0.017 0.022 183 Q 0.051 0.444 0.160 0.019 0.159 0.016 0.019 0.039 0.036 0.034 0.023 184 P 0.126 0.233 0.106 0.019 0.256 0.008 0.016 0.082 0.076 0.041 0.038 185 S 0.041 0.046 0.022 0.022 0.060 0.084 0.222 0.160 0.161 0.145 0.035 186 H 0.146 0.166 0.080 0.021 0.312 0.005 0.008 0.040 0.047 0.101 0.076 187 V 0.068 0.104 0.060 0.039 0.131 0.048 0.076 0.222 0.144 0.073 0.035 188 Q 0.054 0.140 0.098 0.054 0.123 0.048 0.069 0.100 0.073 0.175 0.065 189 H 0.152 0.160 0.085 0.023 0.244 0.012 0.019 0.082 0.068 0.091 0.065