# TARGET T0520 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 533.191 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.005 0.005 0.017 0.208 0.755 2 N 0.013 0.010 0.038 0.147 0.393 0.399 3 A 0.024 0.017 0.108 0.228 0.410 0.213 4 E 0.046 0.017 0.206 0.282 0.265 0.184 5 R 0.084 0.015 0.224 0.290 0.219 0.167 6 R 0.143 0.010 0.124 0.206 0.225 0.293 7 L 0.230 0.010 0.059 0.328 0.177 0.197 8 C 0.273 0.008 0.022 0.488 0.083 0.126 9 A 0.594 0.009 0.015 0.285 0.028 0.069 10 I 0.526 0.005 0.015 0.394 0.022 0.038 11 L 0.520 0.005 0.025 0.370 0.035 0.045 12 A 0.327 0.005 0.047 0.501 0.063 0.056 13 A 0.249 0.007 0.106 0.422 0.124 0.092 14 D 0.142 0.013 0.122 0.440 0.179 0.103 15 M 0.070 0.015 0.114 0.491 0.248 0.062 16 A 0.029 0.006 0.052 0.519 0.265 0.130 17 G 0.010 0.005 0.039 0.507 0.185 0.255 18 Y 0.019 0.011 0.050 0.704 0.137 0.078 19 S 0.049 0.008 0.042 0.630 0.133 0.138 20 R 0.028 0.007 0.043 0.777 0.077 0.068 21 L 0.037 0.011 0.064 0.717 0.101 0.069 22 M 0.044 0.008 0.077 0.641 0.146 0.084 23 E 0.023 0.009 0.045 0.405 0.288 0.230 24 R 0.012 0.014 0.012 0.234 0.269 0.460 25 N 0.003 0.003 0.001 0.033 0.110 0.849 26 E 0.001 0.001 0.030 0.957 0.008 0.005 27 T 0.001 0.001 0.022 0.972 0.005 0.001 28 D 0.001 0.001 0.024 0.969 0.005 0.001 29 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 30 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 31 N 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 32 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 33 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 34 K 0.001 0.001 0.009 0.973 0.010 0.007 35 L 0.001 0.001 0.011 0.951 0.019 0.017 36 Y 0.002 0.002 0.015 0.878 0.038 0.064 37 R 0.003 0.004 0.031 0.807 0.065 0.090 38 R 0.005 0.002 0.101 0.668 0.119 0.105 39 E 0.008 0.002 0.135 0.565 0.167 0.124 40 L 0.009 0.004 0.069 0.728 0.093 0.097 41 I 0.016 0.013 0.024 0.774 0.058 0.116 42 D 0.008 0.003 0.008 0.785 0.054 0.142 43 P 0.001 0.001 0.019 0.956 0.017 0.008 44 A 0.002 0.001 0.021 0.960 0.013 0.003 45 I 0.001 0.001 0.012 0.976 0.009 0.002 46 A 0.001 0.001 0.015 0.971 0.008 0.005 47 Q 0.002 0.001 0.023 0.939 0.019 0.015 48 A 0.004 0.002 0.023 0.799 0.080 0.092 49 G 0.005 0.001 0.002 0.009 0.117 0.866 50 G 0.071 0.004 0.001 0.001 0.078 0.846 51 Q 0.697 0.012 0.001 0.001 0.053 0.236 52 I 0.756 0.010 0.001 0.002 0.038 0.192 53 V 0.636 0.012 0.003 0.004 0.062 0.284 54 K 0.500 0.005 0.006 0.005 0.111 0.373 55 T 0.576 0.006 0.014 0.011 0.173 0.220 56 T 0.579 0.019 0.011 0.009 0.205 0.177 57 G 0.392 0.008 0.007 0.008 0.348 0.237 58 D 0.378 0.006 0.005 0.008 0.324 0.278 59 G 0.836 0.007 0.005 0.011 0.068 0.073 60 M 0.949 0.003 0.004 0.015 0.017 0.013 61 L 0.965 0.001 0.006 0.017 0.006 0.005 62 A 0.889 0.003 0.008 0.056 0.016 0.029 63 R 0.544 0.006 0.007 0.070 0.081 0.293 64 F 0.098 0.008 0.003 0.028 0.143 0.719 65 D 0.037 0.011 0.011 0.256 0.242 0.443 66 T 0.008 0.004 0.016 0.763 0.085 0.124 67 A 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 68 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 69 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 70 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.005 82 Q 0.001 0.001 0.004 0.982 0.006 0.007 83 Q 0.001 0.001 0.006 0.958 0.012 0.022 84 R 0.002 0.001 0.008 0.889 0.029 0.070 85 E 0.006 0.004 0.023 0.578 0.148 0.242 86 E 0.011 0.006 0.035 0.300 0.263 0.383 87 D 0.021 0.009 0.037 0.118 0.259 0.556 88 T 0.021 0.019 0.018 0.020 0.362 0.561 89 P 0.008 0.007 0.035 0.009 0.815 0.126 90 R 0.005 0.003 0.102 0.014 0.804 0.073 91 K 0.012 0.004 0.073 0.006 0.817 0.089 92 E 0.126 0.017 0.037 0.004 0.624 0.192 93 R 0.276 0.012 0.006 0.001 0.114 0.591 94 I 0.773 0.017 0.002 0.001 0.046 0.162 95 Q 0.928 0.001 0.001 0.001 0.013 0.058 96 Y 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 97 R 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 98 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 99 G 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 100 I 0.913 0.002 0.001 0.001 0.023 0.061 101 N 0.719 0.004 0.002 0.001 0.112 0.164 102 I 0.536 0.006 0.005 0.001 0.223 0.229 103 G 0.505 0.004 0.012 0.002 0.255 0.221 104 D 0.675 0.008 0.018 0.003 0.167 0.130 105 I 0.739 0.019 0.009 0.005 0.095 0.133 106 V 0.730 0.013 0.004 0.004 0.085 0.165 107 L 0.625 0.042 0.005 0.005 0.098 0.226 108 E 0.343 0.031 0.011 0.008 0.376 0.232 109 D 0.203 0.008 0.013 0.021 0.531 0.224 110 G 0.215 0.018 0.016 0.013 0.535 0.203 111 D 0.486 0.050 0.009 0.011 0.322 0.122 112 I 0.501 0.021 0.013 0.022 0.316 0.126 113 F 0.407 0.051 0.006 0.047 0.286 0.202 114 G 0.233 0.021 0.003 0.086 0.198 0.459 115 D 0.059 0.006 0.002 0.776 0.041 0.116 116 A 0.009 0.001 0.001 0.976 0.004 0.009 117 V 0.004 0.001 0.001 0.986 0.004 0.004 118 N 0.008 0.001 0.002 0.975 0.008 0.007 119 V 0.005 0.001 0.004 0.979 0.006 0.005 120 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 121 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.003 122 R 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.003 123 L 0.002 0.001 0.008 0.976 0.007 0.006 124 E 0.004 0.002 0.020 0.930 0.022 0.023 125 A 0.004 0.001 0.024 0.883 0.049 0.039 126 I 0.011 0.005 0.028 0.643 0.145 0.168 127 S 0.014 0.019 0.020 0.214 0.230 0.503 128 E 0.019 0.017 0.019 0.035 0.787 0.123 129 P 0.009 0.003 0.011 0.014 0.893 0.070 130 G 0.010 0.001 0.009 0.007 0.863 0.111 131 A 0.707 0.025 0.005 0.004 0.214 0.046 132 I 0.973 0.004 0.001 0.003 0.006 0.013 133 C 0.984 0.005 0.001 0.004 0.002 0.004 134 V 0.906 0.005 0.001 0.014 0.011 0.063 135 S 0.203 0.002 0.001 0.040 0.066 0.688 136 D 0.014 0.001 0.061 0.641 0.145 0.138 137 I 0.005 0.002 0.080 0.806 0.073 0.033 138 V 0.002 0.001 0.026 0.947 0.020 0.005 139 H 0.002 0.001 0.018 0.959 0.014 0.006 140 Q 0.001 0.001 0.009 0.974 0.011 0.004 141 I 0.001 0.001 0.011 0.953 0.023 0.012 142 T 0.002 0.002 0.012 0.873 0.068 0.043 143 Q 0.002 0.003 0.042 0.672 0.177 0.104 144 D 0.004 0.002 0.058 0.320 0.349 0.267 145 R 0.012 0.007 0.062 0.183 0.470 0.267 146 V 0.031 0.013 0.029 0.105 0.358 0.464 147 S 0.055 0.011 0.019 0.071 0.306 0.539 148 E 0.123 0.008 0.024 0.072 0.324 0.449 149 P 0.234 0.018 0.025 0.072 0.218 0.432 150 F 0.339 0.045 0.045 0.092 0.184 0.295 151 T 0.401 0.033 0.067 0.092 0.189 0.218 152 D 0.380 0.017 0.067 0.075 0.223 0.237 153 L 0.206 0.007 0.051 0.067 0.358 0.311 154 G 0.199 0.004 0.010 0.005 0.292 0.491 155 L 0.591 0.008 0.002 0.001 0.065 0.333 156 Q 0.910 0.007 0.001 0.001 0.015 0.066 157 K 0.930 0.007 0.001 0.001 0.014 0.048 158 V 0.908 0.008 0.002 0.001 0.036 0.044 159 K 0.708 0.005 0.003 0.003 0.146 0.135 160 N 0.394 0.004 0.006 0.003 0.402 0.190 161 I 0.409 0.011 0.006 0.003 0.422 0.149 162 T 0.466 0.017 0.005 0.003 0.251 0.259 163 R 0.492 0.012 0.004 0.002 0.285 0.206 164 P 0.450 0.007 0.002 0.001 0.180 0.360 165 I 0.763 0.007 0.001 0.001 0.044 0.185 166 R 0.914 0.002 0.001 0.001 0.018 0.065 167 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 168 W 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 169 Q 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 170 W 0.798 0.007 0.001 0.001 0.035 0.158 171 V 0.381 0.011 0.005 0.002 0.196 0.405 172 P 0.112 0.013 0.016 0.003 0.389 0.467 173 D 0.033 0.011 0.090 0.010 0.556 0.300 174 A 0.029 0.023 0.143 0.021 0.556 0.228 175 D 0.015 0.014 0.164 0.032 0.578 0.196 176 R 0.011 0.013 0.244 0.099 0.435 0.199 177 D 0.017 0.016 0.199 0.112 0.424 0.233 178 Q 0.019 0.021 0.174 0.123 0.404 0.259 179 S 0.021 0.022 0.067 0.073 0.334 0.482 180 H 0.025 0.027 0.041 0.044 0.294 0.569 181 D 0.015 0.013 0.011 0.012 0.252 0.696 182 P 0.013 0.013 0.017 0.010 0.218 0.729 183 Q 0.015 0.015 0.012 0.004 0.211 0.743 184 P 0.017 0.019 0.051 0.015 0.324 0.575 185 S 0.017 0.011 0.096 0.024 0.343 0.508 186 H 0.036 0.019 0.100 0.028 0.350 0.467 187 V 0.044 0.024 0.047 0.041 0.260 0.584 188 Q 0.047 0.022 0.011 0.028 0.147 0.745 189 H 0.020 0.005 0.002 0.008 0.064 0.902