# TARGET T0520 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 533.191 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.542 0.206 0.041 0.088 0.042 0.031 0.020 0.012 0.009 0.006 0.003 2 N 0.417 0.140 0.048 0.123 0.083 0.074 0.058 0.030 0.017 0.008 0.003 3 A 0.439 0.228 0.063 0.102 0.067 0.038 0.032 0.016 0.009 0.004 0.002 4 E 0.196 0.251 0.087 0.237 0.130 0.053 0.031 0.009 0.004 0.001 0.001 5 R 0.051 0.055 0.046 0.142 0.197 0.168 0.162 0.081 0.053 0.029 0.016 6 R 0.088 0.101 0.153 0.291 0.176 0.085 0.069 0.021 0.010 0.004 0.002 7 L 0.015 0.040 0.064 0.264 0.217 0.169 0.142 0.052 0.024 0.010 0.003 8 C 0.001 0.003 0.009 0.010 0.013 0.025 0.121 0.205 0.283 0.222 0.107 9 A 0.001 0.003 0.014 0.031 0.045 0.079 0.215 0.223 0.184 0.122 0.083 10 I 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.014 0.076 0.151 0.236 0.280 0.223 11 L 0.001 0.001 0.005 0.009 0.010 0.017 0.091 0.200 0.278 0.237 0.152 12 A 0.002 0.003 0.006 0.008 0.009 0.020 0.094 0.152 0.248 0.254 0.205 13 A 0.003 0.004 0.009 0.020 0.023 0.033 0.099 0.160 0.254 0.230 0.164 14 D 0.005 0.021 0.020 0.077 0.108 0.130 0.216 0.191 0.134 0.066 0.032 15 M 0.012 0.016 0.022 0.036 0.037 0.044 0.097 0.139 0.201 0.210 0.186 16 A 0.040 0.049 0.038 0.138 0.172 0.161 0.175 0.101 0.072 0.034 0.019 17 G 0.114 0.140 0.057 0.169 0.147 0.126 0.119 0.057 0.039 0.021 0.010 18 Y 0.013 0.015 0.012 0.031 0.038 0.052 0.108 0.134 0.201 0.207 0.189 19 S 0.084 0.108 0.081 0.165 0.136 0.124 0.134 0.067 0.052 0.028 0.021 20 R 0.181 0.150 0.105 0.195 0.146 0.093 0.072 0.029 0.016 0.008 0.004 21 L 0.021 0.025 0.019 0.048 0.068 0.088 0.158 0.140 0.170 0.147 0.115 22 M 0.038 0.038 0.041 0.076 0.090 0.099 0.187 0.129 0.138 0.097 0.066 23 E 0.117 0.080 0.075 0.119 0.111 0.115 0.191 0.085 0.059 0.029 0.018 24 R 0.140 0.164 0.119 0.179 0.140 0.098 0.085 0.040 0.019 0.011 0.005 25 N 0.282 0.424 0.080 0.099 0.048 0.029 0.018 0.008 0.005 0.004 0.002 26 E 0.204 0.114 0.057 0.131 0.155 0.141 0.110 0.042 0.027 0.012 0.006 27 T 0.588 0.206 0.062 0.076 0.036 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 28 D 0.039 0.118 0.099 0.314 0.214 0.122 0.064 0.019 0.007 0.003 0.001 29 V 0.008 0.009 0.016 0.017 0.020 0.030 0.098 0.149 0.218 0.225 0.211 30 L 0.009 0.005 0.024 0.057 0.099 0.214 0.287 0.142 0.094 0.048 0.022 31 N 0.008 0.041 0.498 0.267 0.109 0.045 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 32 R 0.003 0.010 0.047 0.053 0.065 0.136 0.299 0.167 0.108 0.072 0.039 33 Q 0.012 0.008 0.060 0.031 0.025 0.031 0.104 0.133 0.207 0.216 0.172 34 K 0.013 0.037 0.283 0.174 0.147 0.133 0.126 0.045 0.024 0.012 0.005 35 L 0.022 0.055 0.422 0.199 0.128 0.086 0.053 0.018 0.010 0.004 0.002 36 Y 0.012 0.012 0.032 0.024 0.037 0.061 0.198 0.158 0.188 0.169 0.108 37 R 0.048 0.073 0.084 0.131 0.112 0.121 0.197 0.106 0.075 0.038 0.016 38 R 0.033 0.067 0.143 0.198 0.180 0.148 0.122 0.051 0.032 0.018 0.008 39 E 0.386 0.143 0.201 0.115 0.060 0.043 0.032 0.011 0.005 0.003 0.001 40 L 0.053 0.086 0.089 0.177 0.171 0.140 0.150 0.067 0.038 0.021 0.009 41 I 0.006 0.013 0.010 0.013 0.019 0.033 0.113 0.150 0.220 0.226 0.197 42 D 0.011 0.039 0.076 0.236 0.287 0.186 0.104 0.033 0.018 0.007 0.003 43 P 0.284 0.177 0.309 0.141 0.050 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 44 A 0.009 0.017 0.026 0.088 0.111 0.156 0.266 0.143 0.100 0.056 0.029 45 I 0.003 0.003 0.008 0.010 0.013 0.025 0.099 0.149 0.243 0.256 0.193 46 A 0.016 0.058 0.200 0.318 0.198 0.118 0.057 0.020 0.009 0.004 0.003 47 Q 0.043 0.103 0.426 0.195 0.103 0.067 0.039 0.012 0.006 0.003 0.002 48 A 0.021 0.017 0.012 0.059 0.086 0.157 0.280 0.166 0.106 0.065 0.029 49 G 0.520 0.276 0.041 0.096 0.036 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 50 G 0.008 0.009 0.008 0.023 0.027 0.033 0.079 0.116 0.213 0.238 0.246 51 Q 0.008 0.054 0.048 0.186 0.208 0.219 0.176 0.058 0.026 0.011 0.005 52 I 0.002 0.009 0.007 0.039 0.067 0.104 0.252 0.210 0.166 0.092 0.052 53 V 0.004 0.003 0.003 0.016 0.023 0.045 0.113 0.176 0.214 0.223 0.180 54 K 0.003 0.008 0.008 0.051 0.088 0.114 0.187 0.192 0.183 0.107 0.059 55 T 0.008 0.015 0.013 0.043 0.045 0.062 0.155 0.170 0.206 0.165 0.120 56 T 0.005 0.010 0.008 0.046 0.052 0.063 0.166 0.181 0.180 0.172 0.117 57 G 0.027 0.037 0.024 0.095 0.129 0.116 0.179 0.151 0.129 0.074 0.039 58 D 0.024 0.042 0.028 0.099 0.118 0.129 0.188 0.137 0.112 0.076 0.046 59 G 0.009 0.008 0.009 0.028 0.038 0.057 0.154 0.177 0.201 0.179 0.138 60 M 0.008 0.010 0.013 0.029 0.030 0.047 0.131 0.173 0.225 0.190 0.144 61 L 0.004 0.006 0.011 0.017 0.017 0.030 0.093 0.150 0.226 0.231 0.217 62 A 0.002 0.003 0.007 0.010 0.012 0.023 0.068 0.117 0.207 0.264 0.287 63 R 0.003 0.011 0.014 0.039 0.054 0.075 0.201 0.200 0.202 0.133 0.068 64 F 0.011 0.014 0.020 0.047 0.053 0.075 0.162 0.160 0.206 0.145 0.106 65 D 0.182 0.124 0.086 0.179 0.146 0.102 0.090 0.042 0.026 0.014 0.008 66 T 0.007 0.062 0.035 0.093 0.105 0.141 0.222 0.137 0.103 0.061 0.034 67 A 0.004 0.004 0.007 0.018 0.031 0.057 0.135 0.164 0.219 0.192 0.168 68 Q 0.097 0.073 0.064 0.183 0.226 0.181 0.122 0.032 0.016 0.005 0.002 69 A 0.003 0.024 0.069 0.214 0.189 0.183 0.188 0.082 0.032 0.011 0.005 70 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.026 0.068 0.185 0.296 0.413 71 L 0.002 0.001 0.019 0.016 0.022 0.054 0.261 0.215 0.184 0.138 0.090 72 R 0.001 0.006 0.219 0.321 0.259 0.118 0.048 0.018 0.008 0.003 0.001 73 C 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.027 0.167 0.175 0.203 0.210 0.203 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.108 0.250 0.310 0.292 75 L 0.002 0.006 0.139 0.068 0.096 0.166 0.316 0.104 0.057 0.033 0.014 76 E 0.001 0.005 0.112 0.199 0.235 0.207 0.164 0.053 0.016 0.006 0.002 77 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.037 0.074 0.223 0.325 0.335 78 Q 0.001 0.001 0.009 0.008 0.013 0.042 0.239 0.214 0.216 0.161 0.098 79 Q 0.002 0.009 0.490 0.280 0.127 0.056 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.010 0.014 0.045 0.184 0.448 0.169 0.079 0.037 0.013 81 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.036 0.091 0.258 0.337 0.269 82 Q 0.001 0.004 0.126 0.128 0.192 0.199 0.240 0.073 0.026 0.009 0.002 83 Q 0.002 0.019 0.521 0.213 0.134 0.071 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 84 R 0.001 0.005 0.019 0.017 0.037 0.098 0.331 0.207 0.162 0.092 0.032 85 E 0.048 0.057 0.105 0.114 0.101 0.113 0.231 0.121 0.068 0.030 0.012 86 E 0.057 0.101 0.482 0.162 0.102 0.045 0.031 0.011 0.005 0.003 0.001 87 D 0.347 0.208 0.142 0.143 0.071 0.042 0.029 0.010 0.006 0.003 0.001 88 T 0.090 0.051 0.024 0.044 0.057 0.080 0.194 0.146 0.146 0.102 0.066 89 P 0.327 0.231 0.067 0.099 0.069 0.061 0.060 0.033 0.025 0.017 0.010 90 R 0.371 0.207 0.078 0.150 0.085 0.052 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 91 K 0.454 0.137 0.059 0.131 0.082 0.053 0.040 0.021 0.013 0.007 0.004 92 E 0.120 0.139 0.079 0.220 0.156 0.116 0.091 0.042 0.023 0.010 0.005 93 R 0.061 0.119 0.089 0.265 0.220 0.134 0.072 0.024 0.010 0.004 0.002 94 I 0.003 0.002 0.002 0.007 0.012 0.023 0.097 0.181 0.252 0.235 0.186 95 Q 0.011 0.051 0.063 0.254 0.260 0.168 0.116 0.042 0.021 0.009 0.005 96 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 0.066 0.149 0.265 0.278 0.214 97 R 0.002 0.006 0.007 0.044 0.079 0.154 0.235 0.178 0.133 0.085 0.076 98 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.042 0.115 0.244 0.331 0.254 99 G 0.002 0.003 0.003 0.019 0.027 0.050 0.125 0.165 0.201 0.195 0.209 100 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.036 0.089 0.212 0.301 0.340 101 N 0.003 0.006 0.004 0.046 0.098 0.135 0.232 0.197 0.146 0.084 0.048 102 I 0.007 0.027 0.019 0.075 0.071 0.081 0.147 0.158 0.173 0.134 0.108 103 G 0.015 0.013 0.009 0.061 0.117 0.134 0.206 0.180 0.143 0.082 0.040 104 D 0.081 0.193 0.083 0.309 0.160 0.101 0.045 0.015 0.007 0.003 0.002 105 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.064 0.136 0.239 0.300 0.231 106 V 0.004 0.009 0.004 0.034 0.049 0.082 0.178 0.176 0.187 0.125 0.153 107 L 0.002 0.004 0.003 0.013 0.020 0.032 0.103 0.145 0.232 0.216 0.229 108 E 0.140 0.113 0.052 0.232 0.154 0.118 0.092 0.045 0.029 0.015 0.010 109 D 0.347 0.206 0.050 0.183 0.104 0.055 0.035 0.012 0.005 0.003 0.001 110 G 0.045 0.051 0.020 0.102 0.125 0.120 0.156 0.134 0.114 0.080 0.053 111 D 0.017 0.082 0.032 0.176 0.203 0.202 0.146 0.064 0.040 0.021 0.017 112 I 0.003 0.004 0.003 0.013 0.024 0.043 0.149 0.178 0.222 0.197 0.163 113 F 0.010 0.011 0.008 0.037 0.056 0.084 0.190 0.181 0.182 0.137 0.105 114 G 0.012 0.013 0.008 0.034 0.047 0.065 0.136 0.161 0.196 0.180 0.149 115 D 0.021 0.030 0.028 0.113 0.134 0.147 0.178 0.132 0.103 0.069 0.046 116 A 0.011 0.014 0.020 0.029 0.034 0.051 0.160 0.181 0.197 0.175 0.127 117 V 0.017 0.011 0.028 0.031 0.024 0.030 0.085 0.122 0.185 0.229 0.238 118 N 0.012 0.022 0.050 0.075 0.089 0.116 0.202 0.133 0.128 0.095 0.078 119 V 0.007 0.018 0.060 0.047 0.040 0.055 0.141 0.154 0.180 0.169 0.130 120 A 0.010 0.008 0.032 0.024 0.028 0.044 0.129 0.131 0.190 0.200 0.203 121 A 0.033 0.026 0.083 0.088 0.080 0.092 0.169 0.127 0.122 0.099 0.080 122 R 0.009 0.025 0.066 0.114 0.141 0.146 0.177 0.115 0.091 0.068 0.048 123 L 0.006 0.009 0.032 0.021 0.018 0.022 0.065 0.096 0.194 0.259 0.277 124 E 0.010 0.011 0.025 0.050 0.083 0.126 0.235 0.155 0.144 0.095 0.064 125 A 0.031 0.041 0.118 0.098 0.084 0.103 0.163 0.114 0.102 0.084 0.061 126 I 0.021 0.034 0.036 0.086 0.090 0.126 0.193 0.130 0.116 0.095 0.073 127 S 0.029 0.016 0.014 0.020 0.019 0.031 0.090 0.111 0.191 0.213 0.267 128 E 0.425 0.227 0.081 0.122 0.062 0.036 0.025 0.010 0.007 0.004 0.002 129 P 0.195 0.133 0.065 0.159 0.125 0.104 0.102 0.052 0.034 0.020 0.011 130 G 0.250 0.162 0.061 0.148 0.118 0.075 0.076 0.047 0.031 0.019 0.011 131 A 0.006 0.032 0.027 0.154 0.213 0.231 0.198 0.076 0.036 0.018 0.009 132 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.025 0.082 0.157 0.261 0.259 0.197 133 C 0.002 0.003 0.003 0.019 0.040 0.081 0.220 0.243 0.185 0.123 0.080 134 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.038 0.104 0.223 0.320 0.301 135 S 0.001 0.002 0.001 0.015 0.035 0.068 0.165 0.180 0.228 0.168 0.136 136 D 0.271 0.143 0.076 0.187 0.119 0.075 0.064 0.031 0.019 0.010 0.005 137 I 0.015 0.029 0.022 0.162 0.212 0.182 0.204 0.093 0.047 0.024 0.010 138 V 0.001 0.002 0.003 0.007 0.006 0.010 0.044 0.100 0.239 0.292 0.297 139 H 0.001 0.002 0.008 0.038 0.097 0.210 0.298 0.146 0.114 0.058 0.028 140 Q 0.038 0.061 0.561 0.194 0.073 0.038 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 141 I 0.001 0.002 0.005 0.017 0.047 0.157 0.361 0.203 0.116 0.066 0.025 142 T 0.002 0.002 0.004 0.005 0.006 0.010 0.051 0.106 0.222 0.294 0.299 143 Q 0.034 0.075 0.163 0.209 0.207 0.147 0.102 0.035 0.019 0.007 0.003 144 D 0.215 0.175 0.256 0.192 0.085 0.044 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 145 R 0.120 0.098 0.047 0.122 0.116 0.119 0.170 0.092 0.060 0.039 0.017 146 V 0.115 0.060 0.025 0.070 0.080 0.125 0.177 0.124 0.101 0.069 0.054 147 S 0.260 0.284 0.108 0.153 0.087 0.045 0.031 0.014 0.010 0.005 0.003 148 E 0.098 0.070 0.034 0.086 0.098 0.128 0.179 0.124 0.093 0.060 0.031 149 P 0.274 0.306 0.087 0.167 0.086 0.038 0.024 0.009 0.005 0.003 0.002 150 F 0.016 0.010 0.007 0.026 0.042 0.060 0.134 0.155 0.218 0.187 0.144 151 T 0.131 0.162 0.116 0.251 0.156 0.084 0.055 0.023 0.012 0.005 0.003 152 D 0.166 0.165 0.100 0.183 0.131 0.102 0.085 0.035 0.021 0.008 0.005 153 L 0.021 0.020 0.015 0.049 0.068 0.117 0.210 0.186 0.140 0.112 0.063 154 G 0.453 0.261 0.047 0.097 0.057 0.031 0.025 0.012 0.008 0.006 0.004 155 L 0.085 0.092 0.067 0.171 0.136 0.109 0.123 0.077 0.068 0.044 0.029 156 Q 0.040 0.050 0.032 0.089 0.106 0.135 0.202 0.126 0.104 0.069 0.048 157 K 0.071 0.157 0.139 0.307 0.171 0.080 0.048 0.016 0.008 0.003 0.001 158 V 0.010 0.006 0.006 0.015 0.024 0.045 0.126 0.172 0.223 0.217 0.155 159 K 0.037 0.095 0.080 0.222 0.198 0.135 0.111 0.056 0.037 0.018 0.011 160 N 0.187 0.149 0.064 0.140 0.103 0.094 0.112 0.061 0.047 0.029 0.015 161 I 0.046 0.045 0.030 0.116 0.113 0.125 0.177 0.127 0.094 0.073 0.056 162 T 0.271 0.157 0.062 0.140 0.105 0.075 0.074 0.046 0.033 0.022 0.016 163 R 0.235 0.222 0.071 0.198 0.109 0.066 0.051 0.024 0.014 0.007 0.003 164 P 0.102 0.117 0.048 0.215 0.186 0.141 0.108 0.039 0.024 0.013 0.007 165 I 0.002 0.002 0.002 0.007 0.011 0.021 0.075 0.144 0.257 0.257 0.222 166 R 0.014 0.078 0.054 0.324 0.247 0.150 0.091 0.025 0.011 0.004 0.002 167 V 0.002 0.005 0.004 0.016 0.021 0.035 0.100 0.174 0.246 0.226 0.172 168 W 0.003 0.004 0.004 0.032 0.062 0.121 0.231 0.205 0.180 0.104 0.054 169 Q 0.008 0.042 0.036 0.164 0.183 0.145 0.189 0.106 0.078 0.036 0.014 170 W 0.001 0.002 0.003 0.015 0.024 0.038 0.115 0.167 0.252 0.235 0.148 171 V 0.009 0.031 0.021 0.147 0.201 0.185 0.203 0.109 0.060 0.024 0.009 172 P 0.102 0.146 0.052 0.187 0.167 0.123 0.122 0.057 0.028 0.012 0.003 173 D 0.297 0.241 0.083 0.187 0.093 0.050 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 174 A 0.287 0.148 0.043 0.118 0.105 0.087 0.086 0.051 0.036 0.025 0.013 175 D 0.306 0.299 0.078 0.131 0.073 0.042 0.033 0.017 0.011 0.006 0.003 176 R 0.182 0.127 0.065 0.139 0.129 0.111 0.115 0.060 0.040 0.022 0.010 177 D 0.281 0.196 0.093 0.144 0.089 0.062 0.060 0.030 0.022 0.014 0.008 178 Q 0.156 0.113 0.089 0.151 0.133 0.108 0.114 0.058 0.041 0.025 0.011 179 S 0.255 0.147 0.088 0.140 0.095 0.069 0.084 0.048 0.037 0.024 0.013 180 H 0.193 0.144 0.107 0.145 0.109 0.085 0.093 0.050 0.039 0.024 0.011 181 D 0.268 0.175 0.070 0.140 0.098 0.069 0.076 0.043 0.032 0.019 0.009 182 P 0.367 0.135 0.056 0.106 0.088 0.071 0.072 0.042 0.033 0.020 0.009 183 Q 0.374 0.161 0.063 0.112 0.079 0.061 0.063 0.037 0.027 0.015 0.006 184 P 0.301 0.150 0.056 0.131 0.099 0.070 0.076 0.050 0.037 0.022 0.008 185 S 0.389 0.199 0.064 0.104 0.069 0.050 0.049 0.032 0.023 0.014 0.006 186 H 0.217 0.133 0.077 0.172 0.121 0.088 0.084 0.050 0.031 0.017 0.007 187 V 0.181 0.085 0.062 0.104 0.093 0.095 0.125 0.098 0.079 0.052 0.025 188 Q 0.211 0.209 0.131 0.190 0.109 0.057 0.044 0.023 0.015 0.007 0.003 189 H 0.370 0.154 0.073 0.113 0.082 0.060 0.058 0.039 0.028 0.017 0.008