# TARGET T0520 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 533.191 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.002 0.005 0.010 0.012 0.015 0.953 2 N 0.019 0.017 0.075 0.071 0.042 0.096 0.679 3 A 0.027 0.008 0.246 0.137 0.135 0.180 0.268 4 E 0.048 0.011 0.262 0.135 0.095 0.171 0.277 5 R 0.103 0.016 0.133 0.094 0.098 0.071 0.485 6 R 0.137 0.006 0.063 0.065 0.272 0.131 0.326 7 L 0.520 0.006 0.025 0.040 0.105 0.127 0.177 8 C 0.891 0.003 0.002 0.008 0.009 0.005 0.081 9 A 0.988 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.006 10 I 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 11 L 0.984 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 12 A 0.909 0.001 0.003 0.013 0.010 0.002 0.062 13 A 0.476 0.005 0.013 0.015 0.083 0.010 0.399 14 D 0.253 0.006 0.010 0.016 0.151 0.018 0.545 15 M 0.095 0.010 0.043 0.087 0.298 0.089 0.377 16 A 0.048 0.013 0.065 0.182 0.195 0.369 0.128 17 G 0.046 0.005 0.034 0.126 0.182 0.492 0.115 18 Y 0.079 0.018 0.029 0.270 0.116 0.066 0.423 19 S 0.091 0.018 0.064 0.517 0.075 0.057 0.179 20 R 0.068 0.006 0.131 0.607 0.041 0.080 0.067 21 L 0.082 0.011 0.236 0.456 0.041 0.085 0.089 22 M 0.081 0.008 0.243 0.330 0.065 0.161 0.111 23 E 0.066 0.017 0.109 0.188 0.140 0.343 0.137 24 R 0.024 0.011 0.006 0.056 0.585 0.075 0.243 25 N 0.009 0.009 0.001 0.013 0.130 0.005 0.833 26 E 0.001 0.001 0.015 0.958 0.001 0.022 0.003 27 T 0.001 0.001 0.011 0.981 0.001 0.007 0.001 28 D 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.001 0.002 29 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 31 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 32 R 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.011 0.003 33 Q 0.001 0.001 0.010 0.944 0.004 0.033 0.007 34 K 0.001 0.001 0.018 0.885 0.005 0.080 0.010 35 L 0.001 0.001 0.022 0.857 0.012 0.086 0.021 36 Y 0.002 0.003 0.020 0.784 0.020 0.101 0.070 37 R 0.002 0.003 0.030 0.737 0.032 0.089 0.106 38 R 0.004 0.002 0.027 0.795 0.037 0.082 0.053 39 E 0.002 0.001 0.016 0.827 0.031 0.085 0.037 40 L 0.003 0.004 0.013 0.840 0.012 0.083 0.044 41 I 0.005 0.006 0.011 0.815 0.024 0.044 0.095 42 D 0.003 0.001 0.010 0.902 0.017 0.009 0.058 43 P 0.001 0.001 0.028 0.956 0.002 0.011 0.002 44 A 0.003 0.001 0.032 0.947 0.001 0.014 0.002 45 I 0.011 0.005 0.056 0.903 0.004 0.016 0.005 46 A 0.004 0.001 0.067 0.863 0.002 0.060 0.002 47 Q 0.013 0.001 0.053 0.650 0.009 0.264 0.008 48 A 0.013 0.004 0.030 0.135 0.044 0.714 0.060 49 G 0.013 0.001 0.003 0.008 0.135 0.741 0.100 50 G 0.302 0.002 0.001 0.002 0.111 0.034 0.547 51 Q 0.976 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 52 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 53 V 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 54 K 0.874 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.102 55 T 0.679 0.007 0.002 0.002 0.044 0.004 0.262 56 T 0.362 0.009 0.014 0.023 0.127 0.035 0.430 57 G 0.148 0.003 0.033 0.032 0.209 0.106 0.470 58 D 0.190 0.013 0.055 0.076 0.222 0.116 0.328 59 G 0.522 0.007 0.062 0.177 0.071 0.084 0.076 60 M 0.692 0.005 0.029 0.203 0.014 0.027 0.030 61 L 0.790 0.008 0.013 0.146 0.009 0.019 0.015 62 A 0.724 0.014 0.009 0.096 0.033 0.071 0.055 63 R 0.371 0.031 0.011 0.059 0.065 0.160 0.305 64 F 0.035 0.008 0.029 0.167 0.124 0.104 0.533 65 D 0.008 0.005 0.074 0.257 0.258 0.293 0.105 66 T 0.008 0.022 0.062 0.526 0.105 0.169 0.107 67 A 0.001 0.001 0.011 0.981 0.001 0.005 0.003 68 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 81 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.005 0.968 0.001 0.024 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.007 0.930 0.003 0.056 0.005 84 R 0.001 0.001 0.007 0.837 0.015 0.114 0.025 85 E 0.003 0.005 0.029 0.530 0.055 0.187 0.191 86 E 0.013 0.005 0.045 0.267 0.186 0.249 0.234 87 D 0.032 0.018 0.041 0.117 0.189 0.310 0.294 88 T 0.015 0.019 0.011 0.013 0.182 0.036 0.724 89 P 0.017 0.006 0.041 0.011 0.077 0.264 0.583 90 R 0.012 0.009 0.053 0.008 0.159 0.684 0.076 91 K 0.028 0.002 0.067 0.005 0.233 0.468 0.195 92 E 0.082 0.007 0.008 0.002 0.150 0.014 0.737 93 R 0.346 0.024 0.003 0.001 0.037 0.010 0.580 94 I 0.848 0.006 0.001 0.001 0.014 0.002 0.129 95 Q 0.957 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 96 Y 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 97 R 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 98 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 99 G 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 100 I 0.838 0.002 0.002 0.001 0.022 0.006 0.129 101 N 0.634 0.011 0.003 0.001 0.073 0.034 0.244 102 I 0.319 0.015 0.013 0.004 0.202 0.101 0.347 103 G 0.143 0.003 0.011 0.002 0.630 0.079 0.132 104 D 0.242 0.009 0.038 0.015 0.254 0.073 0.369 105 I 0.652 0.016 0.029 0.013 0.054 0.041 0.195 106 V 0.830 0.044 0.008 0.008 0.019 0.016 0.076 107 L 0.702 0.034 0.007 0.007 0.037 0.025 0.189 108 E 0.382 0.012 0.006 0.004 0.110 0.079 0.406 109 D 0.136 0.007 0.028 0.016 0.174 0.407 0.231 110 G 0.165 0.013 0.056 0.018 0.256 0.291 0.200 111 D 0.232 0.018 0.051 0.018 0.190 0.086 0.405 112 I 0.464 0.048 0.037 0.026 0.124 0.083 0.218 113 F 0.570 0.043 0.023 0.041 0.057 0.089 0.179 114 G 0.329 0.019 0.024 0.100 0.194 0.143 0.191 115 D 0.265 0.011 0.018 0.091 0.241 0.099 0.275 116 A 0.217 0.017 0.032 0.395 0.098 0.067 0.173 117 V 0.080 0.004 0.024 0.809 0.021 0.020 0.041 118 N 0.048 0.003 0.022 0.853 0.019 0.021 0.033 119 V 0.029 0.001 0.019 0.907 0.006 0.030 0.009 120 A 0.033 0.002 0.018 0.909 0.004 0.020 0.013 121 A 0.037 0.002 0.025 0.866 0.013 0.026 0.031 122 R 0.042 0.002 0.048 0.786 0.019 0.064 0.039 123 L 0.061 0.008 0.050 0.735 0.022 0.085 0.039 124 E 0.066 0.010 0.061 0.640 0.035 0.114 0.075 125 A 0.040 0.005 0.067 0.456 0.050 0.285 0.098 126 I 0.039 0.014 0.059 0.171 0.114 0.464 0.139 127 S 0.047 0.018 0.025 0.042 0.323 0.119 0.427 128 E 0.068 0.010 0.024 0.011 0.379 0.115 0.393 129 P 0.034 0.006 0.058 0.019 0.157 0.582 0.144 130 G 0.068 0.002 0.050 0.013 0.310 0.451 0.106 131 A 0.586 0.012 0.016 0.015 0.065 0.025 0.281 132 I 0.934 0.006 0.001 0.007 0.004 0.001 0.046 133 C 0.964 0.006 0.001 0.009 0.004 0.001 0.015 134 V 0.799 0.013 0.001 0.039 0.014 0.005 0.129 135 S 0.184 0.004 0.002 0.086 0.074 0.007 0.643 136 D 0.008 0.001 0.023 0.902 0.022 0.020 0.025 137 I 0.004 0.001 0.029 0.934 0.006 0.017 0.010 138 V 0.001 0.001 0.033 0.946 0.001 0.012 0.006 139 H 0.002 0.001 0.027 0.950 0.002 0.016 0.002 140 Q 0.002 0.001 0.030 0.893 0.001 0.069 0.004 141 I 0.003 0.001 0.048 0.833 0.005 0.081 0.027 142 T 0.007 0.005 0.047 0.692 0.055 0.103 0.090 143 Q 0.012 0.011 0.081 0.440 0.067 0.230 0.159 144 D 0.008 0.002 0.106 0.273 0.132 0.309 0.169 145 R 0.010 0.005 0.113 0.263 0.107 0.332 0.170 146 V 0.020 0.014 0.075 0.152 0.148 0.400 0.191 147 S 0.037 0.007 0.035 0.060 0.242 0.279 0.340 148 E 0.092 0.014 0.009 0.034 0.265 0.026 0.560 149 P 0.248 0.037 0.011 0.031 0.048 0.023 0.603 150 F 0.446 0.051 0.027 0.041 0.058 0.022 0.356 151 T 0.462 0.020 0.058 0.058 0.041 0.049 0.311 152 D 0.546 0.022 0.074 0.053 0.070 0.063 0.172 153 L 0.286 0.014 0.053 0.026 0.153 0.303 0.165 154 G 0.201 0.004 0.017 0.003 0.199 0.369 0.207 155 L 0.462 0.013 0.013 0.005 0.084 0.037 0.386 156 Q 0.779 0.018 0.007 0.004 0.028 0.005 0.159 157 K 0.869 0.007 0.005 0.004 0.016 0.005 0.093 158 V 0.891 0.010 0.005 0.004 0.010 0.007 0.074 159 K 0.755 0.023 0.007 0.010 0.038 0.062 0.105 160 N 0.330 0.006 0.013 0.003 0.116 0.219 0.314 161 I 0.235 0.008 0.005 0.001 0.149 0.125 0.476 162 T 0.277 0.015 0.007 0.001 0.230 0.102 0.367 163 R 0.374 0.011 0.002 0.001 0.248 0.007 0.358 164 P 0.355 0.007 0.001 0.001 0.016 0.004 0.617 165 I 0.727 0.011 0.001 0.001 0.038 0.002 0.220 166 R 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.049 167 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 168 W 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 169 Q 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 170 W 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 171 V 0.641 0.010 0.001 0.001 0.060 0.005 0.283 172 P 0.214 0.014 0.014 0.005 0.143 0.042 0.568 173 D 0.051 0.009 0.073 0.011 0.195 0.194 0.468 174 A 0.016 0.010 0.146 0.023 0.210 0.270 0.323 175 D 0.016 0.009 0.145 0.025 0.151 0.211 0.443 176 R 0.023 0.016 0.173 0.060 0.139 0.205 0.385 177 D 0.035 0.015 0.164 0.059 0.117 0.207 0.403 178 Q 0.042 0.024 0.192 0.063 0.151 0.143 0.385 179 S 0.045 0.023 0.108 0.056 0.151 0.202 0.415 180 H 0.043 0.035 0.068 0.037 0.224 0.159 0.433 181 D 0.022 0.014 0.019 0.009 0.180 0.050 0.707 182 P 0.024 0.019 0.031 0.013 0.146 0.111 0.655 183 Q 0.022 0.016 0.018 0.008 0.165 0.046 0.725 184 P 0.019 0.008 0.042 0.018 0.081 0.051 0.780 185 S 0.042 0.015 0.074 0.047 0.103 0.093 0.627 186 H 0.073 0.024 0.111 0.059 0.139 0.110 0.484 187 V 0.082 0.023 0.069 0.052 0.168 0.108 0.498 188 Q 0.056 0.017 0.016 0.029 0.065 0.057 0.760 189 H 0.010 0.002 0.005 0.008 0.024 0.010 0.941