# TARGET T0520 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 533.191 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.154 0.156 0.444 0.044 0.067 0.016 0.030 0.019 0.016 0.052 0.001 2 N 0.460 0.063 0.184 0.110 0.030 0.025 0.066 0.031 0.011 0.017 0.002 3 A 0.537 0.088 0.142 0.095 0.055 0.011 0.033 0.019 0.007 0.012 0.001 4 E 0.405 0.177 0.192 0.115 0.047 0.026 0.014 0.006 0.014 0.004 0.001 5 R 0.328 0.293 0.198 0.064 0.036 0.030 0.014 0.002 0.031 0.002 0.001 6 R 0.356 0.262 0.260 0.039 0.020 0.033 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 7 L 0.257 0.342 0.282 0.033 0.030 0.035 0.007 0.001 0.011 0.001 0.002 8 C 0.083 0.713 0.116 0.011 0.046 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 9 A 0.100 0.597 0.237 0.004 0.020 0.028 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 10 I 0.130 0.696 0.082 0.009 0.020 0.028 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 11 L 0.164 0.551 0.177 0.016 0.015 0.054 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 12 A 0.147 0.474 0.163 0.048 0.076 0.047 0.011 0.002 0.030 0.002 0.001 13 A 0.303 0.216 0.265 0.044 0.124 0.024 0.009 0.003 0.007 0.004 0.001 14 D 0.212 0.117 0.192 0.155 0.068 0.147 0.038 0.007 0.058 0.004 0.001 15 M 0.450 0.164 0.166 0.104 0.012 0.064 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 16 A 0.550 0.057 0.152 0.218 0.005 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 17 G 0.139 0.011 0.017 0.063 0.051 0.002 0.208 0.464 0.002 0.043 0.001 18 Y 0.306 0.160 0.224 0.144 0.035 0.069 0.036 0.005 0.018 0.002 0.001 19 S 0.429 0.234 0.127 0.140 0.050 0.008 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 20 R 0.470 0.266 0.144 0.031 0.035 0.021 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 21 L 0.560 0.116 0.237 0.042 0.005 0.026 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 22 M 0.528 0.142 0.055 0.209 0.031 0.016 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 23 E 0.195 0.253 0.234 0.112 0.128 0.030 0.018 0.008 0.015 0.008 0.001 24 R 0.318 0.147 0.190 0.250 0.055 0.016 0.007 0.004 0.009 0.004 0.001 25 N 0.036 0.209 0.471 0.018 0.141 0.040 0.012 0.002 0.055 0.014 0.001 26 E 0.974 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 27 T 0.984 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.986 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.967 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 L 0.964 0.003 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.881 0.004 0.006 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.872 0.007 0.009 0.070 0.002 0.009 0.015 0.004 0.008 0.003 0.001 38 R 0.946 0.009 0.010 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.943 0.003 0.008 0.035 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.871 0.005 0.008 0.094 0.002 0.010 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 41 I 0.914 0.009 0.013 0.053 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 D 0.984 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 P 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.963 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.115 0.001 0.003 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.723 0.253 0.001 0.020 0.001 50 G 0.012 0.071 0.476 0.030 0.198 0.007 0.024 0.082 0.001 0.099 0.001 51 Q 0.010 0.518 0.353 0.010 0.078 0.021 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 52 I 0.004 0.294 0.617 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 53 V 0.312 0.461 0.054 0.106 0.012 0.036 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 54 K 0.020 0.699 0.121 0.010 0.120 0.016 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 55 T 0.013 0.656 0.117 0.007 0.149 0.026 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 56 T 0.041 0.706 0.095 0.040 0.063 0.011 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 57 G 0.045 0.078 0.105 0.017 0.352 0.005 0.016 0.082 0.003 0.296 0.001 58 D 0.112 0.320 0.188 0.161 0.115 0.057 0.018 0.005 0.020 0.003 0.001 59 G 0.107 0.372 0.142 0.047 0.265 0.012 0.020 0.009 0.009 0.017 0.001 60 M 0.096 0.635 0.137 0.012 0.087 0.016 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 61 L 0.177 0.559 0.118 0.021 0.026 0.056 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 62 A 0.205 0.477 0.109 0.054 0.084 0.035 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 63 R 0.141 0.426 0.089 0.134 0.072 0.056 0.017 0.003 0.054 0.007 0.001 64 F 0.292 0.177 0.233 0.040 0.133 0.041 0.023 0.005 0.025 0.031 0.001 65 D 0.849 0.003 0.011 0.092 0.004 0.019 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 66 T 0.913 0.011 0.008 0.040 0.006 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 67 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.908 0.001 0.002 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 R 0.698 0.011 0.036 0.242 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 85 E 0.295 0.034 0.062 0.248 0.015 0.073 0.209 0.023 0.038 0.003 0.001 86 E 0.493 0.170 0.193 0.095 0.021 0.013 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 87 D 0.353 0.028 0.125 0.358 0.004 0.081 0.026 0.005 0.018 0.001 0.001 88 T 0.027 0.218 0.399 0.008 0.014 0.031 0.007 0.001 0.295 0.001 0.001 89 P 0.299 0.008 0.622 0.015 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 90 R 0.335 0.042 0.300 0.209 0.013 0.036 0.030 0.016 0.007 0.011 0.001 91 K 0.122 0.067 0.103 0.299 0.042 0.025 0.204 0.108 0.022 0.008 0.001 92 E 0.047 0.333 0.455 0.052 0.053 0.024 0.013 0.002 0.019 0.002 0.001 93 R 0.027 0.342 0.529 0.020 0.017 0.046 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 94 I 0.007 0.726 0.158 0.007 0.072 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 95 Q 0.006 0.684 0.214 0.004 0.038 0.035 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 96 Y 0.004 0.744 0.184 0.003 0.027 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 97 R 0.009 0.671 0.191 0.002 0.055 0.039 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 98 I 0.026 0.724 0.148 0.010 0.015 0.034 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 99 G 0.060 0.225 0.234 0.013 0.325 0.037 0.021 0.015 0.020 0.048 0.003 100 I 0.087 0.574 0.174 0.031 0.072 0.030 0.002 0.001 0.023 0.002 0.001 101 N 0.102 0.192 0.260 0.060 0.071 0.180 0.045 0.005 0.071 0.010 0.004 102 I 0.122 0.301 0.140 0.296 0.056 0.036 0.013 0.003 0.029 0.001 0.002 103 G 0.043 0.025 0.084 0.007 0.235 0.001 0.038 0.134 0.003 0.430 0.001 104 D 0.180 0.115 0.483 0.040 0.040 0.052 0.007 0.003 0.008 0.002 0.070 105 I 0.117 0.532 0.247 0.011 0.016 0.047 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 106 V 0.160 0.475 0.147 0.091 0.017 0.064 0.004 0.001 0.042 0.001 0.001 107 L 0.118 0.352 0.279 0.054 0.105 0.042 0.016 0.004 0.026 0.003 0.001 108 E 0.456 0.098 0.069 0.162 0.116 0.015 0.026 0.022 0.007 0.029 0.001 109 D 0.070 0.261 0.081 0.359 0.090 0.021 0.063 0.004 0.048 0.002 0.001 110 G 0.025 0.072 0.129 0.019 0.264 0.004 0.046 0.158 0.009 0.274 0.001 111 D 0.099 0.276 0.390 0.030 0.106 0.057 0.008 0.004 0.014 0.007 0.009 112 I 0.126 0.455 0.163 0.103 0.040 0.055 0.011 0.003 0.039 0.005 0.001 113 F 0.168 0.251 0.302 0.105 0.073 0.030 0.024 0.005 0.033 0.008 0.001 114 G 0.195 0.028 0.065 0.019 0.134 0.005 0.022 0.217 0.002 0.310 0.002 115 D 0.656 0.063 0.107 0.077 0.018 0.029 0.018 0.002 0.021 0.005 0.003 116 A 0.895 0.014 0.055 0.013 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 117 V 0.969 0.011 0.005 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.971 0.006 0.004 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 V 0.964 0.005 0.003 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.977 0.004 0.004 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.956 0.002 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.953 0.008 0.007 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 E 0.917 0.019 0.014 0.042 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.882 0.016 0.017 0.072 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 126 I 0.415 0.049 0.030 0.462 0.007 0.013 0.011 0.003 0.011 0.001 0.001 127 S 0.227 0.105 0.330 0.120 0.063 0.016 0.041 0.014 0.020 0.062 0.001 128 E 0.090 0.235 0.540 0.002 0.018 0.014 0.006 0.001 0.090 0.003 0.002 129 P 0.059 0.001 0.870 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 130 G 0.013 0.003 0.009 0.022 0.022 0.001 0.102 0.806 0.001 0.023 0.001 131 A 0.071 0.315 0.298 0.068 0.113 0.050 0.052 0.002 0.025 0.003 0.001 132 I 0.008 0.740 0.180 0.005 0.013 0.029 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 133 C 0.012 0.597 0.252 0.007 0.017 0.094 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 134 V 0.011 0.654 0.156 0.021 0.070 0.049 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 135 S 0.037 0.103 0.598 0.001 0.208 0.030 0.001 0.001 0.012 0.010 0.001 136 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 I 0.911 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 T 0.666 0.011 0.039 0.263 0.001 0.005 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 143 Q 0.653 0.022 0.097 0.133 0.010 0.012 0.045 0.008 0.003 0.017 0.001 144 D 0.370 0.034 0.146 0.296 0.023 0.045 0.055 0.013 0.014 0.003 0.001 145 R 0.505 0.081 0.095 0.241 0.016 0.025 0.013 0.004 0.018 0.001 0.001 146 V 0.278 0.132 0.212 0.287 0.031 0.022 0.020 0.004 0.008 0.005 0.001 147 S 0.204 0.099 0.191 0.256 0.046 0.032 0.096 0.042 0.020 0.014 0.001 148 E 0.024 0.404 0.407 0.002 0.030 0.013 0.006 0.001 0.114 0.001 0.001 149 P 0.089 0.011 0.857 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 150 F 0.288 0.291 0.188 0.081 0.035 0.074 0.010 0.005 0.025 0.002 0.001 151 T 0.172 0.578 0.110 0.023 0.079 0.009 0.003 0.001 0.022 0.003 0.001 152 D 0.304 0.095 0.390 0.070 0.016 0.082 0.015 0.002 0.020 0.001 0.005 153 L 0.150 0.181 0.262 0.334 0.024 0.012 0.014 0.002 0.021 0.001 0.001 154 G 0.012 0.003 0.029 0.005 0.065 0.001 0.030 0.289 0.001 0.565 0.001 155 L 0.070 0.277 0.471 0.079 0.061 0.025 0.002 0.001 0.007 0.002 0.005 156 Q 0.007 0.742 0.150 0.009 0.048 0.014 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 157 K 0.009 0.341 0.594 0.002 0.003 0.040 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 158 V 0.028 0.555 0.250 0.011 0.008 0.088 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 159 K 0.077 0.409 0.331 0.038 0.048 0.023 0.015 0.002 0.051 0.006 0.001 160 N 0.042 0.044 0.131 0.085 0.106 0.054 0.360 0.145 0.014 0.018 0.002 161 I 0.132 0.362 0.304 0.134 0.035 0.018 0.004 0.002 0.009 0.002 0.001 162 T 0.262 0.075 0.132 0.426 0.032 0.019 0.022 0.012 0.009 0.011 0.001 163 R 0.004 0.641 0.183 0.001 0.092 0.005 0.006 0.001 0.067 0.001 0.001 164 P 0.010 0.018 0.907 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 165 I 0.003 0.682 0.210 0.004 0.046 0.016 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 166 R 0.002 0.352 0.587 0.001 0.007 0.045 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 167 V 0.002 0.806 0.134 0.003 0.015 0.019 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 168 W 0.003 0.805 0.080 0.002 0.086 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 169 Q 0.002 0.643 0.283 0.001 0.016 0.038 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 170 W 0.012 0.491 0.395 0.006 0.019 0.050 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 171 V 0.003 0.498 0.235 0.001 0.014 0.021 0.003 0.001 0.226 0.001 0.001 172 P 0.092 0.005 0.863 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 173 D 0.167 0.116 0.364 0.123 0.039 0.113 0.027 0.007 0.040 0.002 0.002 174 A 0.450 0.129 0.177 0.147 0.042 0.016 0.016 0.006 0.010 0.007 0.001 175 D 0.172 0.084 0.247 0.270 0.035 0.091 0.043 0.009 0.045 0.003 0.001 176 R 0.472 0.087 0.183 0.184 0.020 0.020 0.014 0.005 0.012 0.003 0.001 177 D 0.298 0.071 0.271 0.197 0.018 0.067 0.035 0.009 0.030 0.002 0.002 178 Q 0.339 0.134 0.246 0.198 0.019 0.024 0.008 0.003 0.026 0.001 0.001 179 S 0.346 0.115 0.328 0.140 0.026 0.020 0.007 0.004 0.007 0.004 0.001 180 H 0.238 0.154 0.194 0.286 0.026 0.046 0.013 0.005 0.035 0.003 0.001 181 D 0.038 0.228 0.495 0.013 0.027 0.038 0.025 0.001 0.133 0.002 0.001 182 P 0.191 0.015 0.686 0.025 0.001 0.035 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 183 Q 0.045 0.136 0.693 0.003 0.015 0.021 0.005 0.001 0.078 0.002 0.001 184 P 0.163 0.006 0.743 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 185 S 0.405 0.066 0.324 0.127 0.026 0.025 0.006 0.008 0.006 0.004 0.001 186 H 0.228 0.140 0.181 0.232 0.066 0.058 0.044 0.016 0.029 0.005 0.001 187 V 0.218 0.323 0.240 0.141 0.026 0.024 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 188 Q 0.172 0.212 0.339 0.109 0.031 0.064 0.023 0.007 0.039 0.003 0.001 189 H 0.188 0.212 0.285 0.107 0.068 0.042 0.042 0.016 0.028 0.011 0.001