# TARGET T0520 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 533.191 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.034 0.282 0.216 0.046 0.103 0.027 0.038 0.125 0.067 0.044 0.019 2 N 0.057 0.069 0.033 0.026 0.064 0.023 0.044 0.282 0.239 0.114 0.048 3 A 0.047 0.102 0.038 0.014 0.079 0.017 0.031 0.244 0.265 0.136 0.027 4 E 0.067 0.090 0.020 0.010 0.110 0.019 0.089 0.254 0.174 0.139 0.027 5 R 0.244 0.088 0.029 0.010 0.229 0.009 0.022 0.064 0.077 0.113 0.115 6 R 0.031 0.172 0.061 0.025 0.129 0.082 0.151 0.231 0.069 0.038 0.012 7 L 0.402 0.045 0.006 0.002 0.417 0.002 0.012 0.018 0.009 0.022 0.065 8 C 0.192 0.098 0.003 0.002 0.688 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 9 A 0.170 0.038 0.001 0.001 0.772 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 10 I 0.354 0.030 0.002 0.001 0.581 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 11 L 0.270 0.082 0.004 0.005 0.542 0.006 0.012 0.015 0.002 0.009 0.053 12 A 0.225 0.183 0.011 0.004 0.457 0.003 0.006 0.028 0.008 0.009 0.065 13 A 0.076 0.147 0.027 0.005 0.191 0.013 0.020 0.160 0.171 0.114 0.075 14 D 0.138 0.100 0.048 0.010 0.073 0.016 0.120 0.170 0.106 0.144 0.076 15 M 0.083 0.151 0.046 0.014 0.120 0.011 0.026 0.182 0.121 0.177 0.068 16 A 0.011 0.274 0.092 0.049 0.056 0.186 0.137 0.119 0.051 0.017 0.007 17 G 0.078 0.034 0.049 0.040 0.044 0.008 0.013 0.085 0.056 0.308 0.286 18 Y 0.089 0.043 0.013 0.013 0.093 0.013 0.019 0.402 0.132 0.132 0.051 19 S 0.016 0.032 0.008 0.009 0.051 0.012 0.020 0.569 0.218 0.056 0.009 20 R 0.034 0.024 0.009 0.005 0.055 0.008 0.036 0.664 0.136 0.019 0.010 21 L 0.018 0.021 0.010 0.008 0.033 0.013 0.080 0.612 0.129 0.066 0.010 22 M 0.044 0.060 0.013 0.006 0.086 0.009 0.038 0.407 0.167 0.140 0.030 23 E 0.047 0.072 0.017 0.005 0.065 0.017 0.053 0.314 0.181 0.195 0.035 24 R 0.042 0.155 0.089 0.031 0.109 0.036 0.113 0.118 0.067 0.203 0.039 25 N 0.049 0.511 0.256 0.004 0.130 0.001 0.002 0.021 0.005 0.011 0.011 26 E 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.729 0.244 0.008 0.002 27 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.924 0.064 0.003 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.038 0.011 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.026 0.003 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 31 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.013 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.032 0.006 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.060 0.005 0.001 34 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.929 0.056 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.947 0.031 0.004 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.924 0.053 0.010 0.001 37 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.762 0.200 0.024 0.002 38 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.762 0.185 0.006 0.001 39 E 0.001 0.006 0.009 0.005 0.002 0.033 0.254 0.534 0.123 0.031 0.002 40 L 0.009 0.011 0.005 0.003 0.009 0.006 0.112 0.521 0.113 0.196 0.014 41 I 0.040 0.047 0.013 0.006 0.034 0.011 0.017 0.153 0.132 0.501 0.045 42 D 0.030 0.108 0.027 0.005 0.121 0.002 0.003 0.582 0.103 0.007 0.010 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.071 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.026 0.005 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.069 0.011 0.001 46 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.893 0.093 0.003 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.791 0.103 0.038 0.001 48 A 0.001 0.485 0.473 0.007 0.023 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 49 G 0.042 0.009 0.008 0.030 0.006 0.004 0.004 0.007 0.006 0.342 0.543 50 G 0.102 0.426 0.084 0.006 0.304 0.003 0.004 0.007 0.008 0.030 0.027 51 Q 0.014 0.589 0.017 0.001 0.376 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.606 0.014 0.001 0.001 0.335 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 53 V 0.086 0.058 0.028 0.079 0.301 0.231 0.176 0.016 0.006 0.005 0.014 54 K 0.254 0.131 0.013 0.004 0.506 0.003 0.004 0.006 0.003 0.012 0.063 55 T 0.352 0.097 0.030 0.011 0.370 0.006 0.004 0.007 0.004 0.024 0.094 56 T 0.097 0.052 0.033 0.100 0.105 0.054 0.076 0.073 0.078 0.227 0.103 57 G 0.036 0.134 0.174 0.301 0.067 0.057 0.020 0.030 0.050 0.107 0.025 58 D 0.080 0.087 0.028 0.059 0.118 0.048 0.084 0.168 0.117 0.166 0.045 59 G 0.231 0.115 0.031 0.021 0.456 0.025 0.023 0.025 0.018 0.018 0.038 60 M 0.229 0.070 0.006 0.004 0.650 0.007 0.006 0.007 0.003 0.003 0.015 61 L 0.306 0.055 0.004 0.002 0.555 0.002 0.003 0.012 0.004 0.008 0.049 62 A 0.240 0.157 0.027 0.005 0.442 0.005 0.007 0.021 0.007 0.021 0.068 63 R 0.321 0.062 0.009 0.006 0.249 0.007 0.023 0.034 0.018 0.094 0.177 64 F 0.067 0.237 0.150 0.062 0.182 0.060 0.014 0.072 0.044 0.059 0.052 65 D 0.010 0.015 0.017 0.036 0.019 0.129 0.204 0.286 0.124 0.141 0.019 66 T 0.076 0.225 0.204 0.006 0.088 0.001 0.003 0.181 0.049 0.143 0.025 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.166 0.003 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 73 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.004 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.002 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.061 0.006 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.904 0.092 0.001 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.892 0.058 0.019 0.001 84 R 0.002 0.028 0.015 0.003 0.012 0.008 0.079 0.709 0.101 0.041 0.002 85 E 0.054 0.028 0.009 0.004 0.038 0.003 0.012 0.354 0.186 0.268 0.044 86 E 0.011 0.106 0.044 0.011 0.053 0.019 0.087 0.471 0.144 0.051 0.005 87 D 0.055 0.080 0.041 0.007 0.116 0.015 0.065 0.156 0.107 0.294 0.064 88 T 0.075 0.348 0.232 0.008 0.205 0.002 0.014 0.058 0.024 0.014 0.020 89 P 0.030 0.240 0.189 0.023 0.082 0.018 0.034 0.212 0.103 0.054 0.016 90 R 0.025 0.217 0.076 0.028 0.095 0.043 0.184 0.184 0.100 0.036 0.012 91 K 0.079 0.026 0.015 0.011 0.045 0.014 0.021 0.045 0.082 0.477 0.186 92 E 0.048 0.435 0.156 0.013 0.272 0.005 0.011 0.022 0.012 0.021 0.008 93 R 0.316 0.106 0.011 0.004 0.485 0.007 0.015 0.013 0.005 0.009 0.030 94 I 0.197 0.153 0.009 0.004 0.603 0.005 0.004 0.003 0.002 0.003 0.017 95 Q 0.302 0.048 0.003 0.002 0.605 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.029 96 Y 0.310 0.056 0.004 0.001 0.600 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 97 R 0.277 0.076 0.010 0.004 0.581 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.032 98 I 0.291 0.100 0.014 0.011 0.465 0.012 0.012 0.007 0.004 0.014 0.071 99 G 0.269 0.121 0.024 0.013 0.454 0.008 0.005 0.005 0.004 0.026 0.072 100 I 0.318 0.099 0.012 0.009 0.399 0.015 0.013 0.012 0.012 0.031 0.081 101 N 0.282 0.101 0.064 0.038 0.343 0.018 0.021 0.018 0.013 0.044 0.058 102 I 0.084 0.074 0.067 0.151 0.073 0.048 0.063 0.043 0.077 0.253 0.069 103 G 0.009 0.095 0.285 0.448 0.029 0.068 0.011 0.012 0.013 0.024 0.006 104 D 0.184 0.147 0.035 0.010 0.382 0.013 0.035 0.062 0.046 0.037 0.048 105 I 0.212 0.181 0.026 0.003 0.477 0.007 0.008 0.017 0.013 0.015 0.042 106 V 0.427 0.062 0.014 0.007 0.313 0.005 0.007 0.010 0.009 0.032 0.115 107 L 0.081 0.097 0.096 0.197 0.123 0.118 0.054 0.079 0.057 0.068 0.030 108 E 0.018 0.048 0.102 0.304 0.030 0.179 0.082 0.086 0.064 0.072 0.015 109 D 0.041 0.076 0.110 0.199 0.057 0.049 0.074 0.075 0.083 0.176 0.062 110 G 0.021 0.155 0.183 0.274 0.064 0.087 0.014 0.035 0.049 0.089 0.030 111 D 0.202 0.148 0.031 0.007 0.375 0.008 0.022 0.040 0.045 0.055 0.067 112 I 0.257 0.107 0.031 0.010 0.264 0.024 0.031 0.072 0.055 0.072 0.078 113 F 0.110 0.083 0.051 0.102 0.116 0.051 0.068 0.075 0.075 0.191 0.078 114 G 0.025 0.043 0.113 0.233 0.037 0.137 0.055 0.093 0.086 0.145 0.035 115 D 0.044 0.082 0.065 0.057 0.079 0.028 0.047 0.258 0.163 0.138 0.038 116 A 0.103 0.195 0.051 0.010 0.280 0.008 0.013 0.183 0.080 0.051 0.028 117 V 0.079 0.089 0.019 0.009 0.180 0.018 0.028 0.388 0.128 0.030 0.032 118 N 0.253 0.054 0.014 0.004 0.246 0.004 0.021 0.262 0.045 0.022 0.075 119 V 0.045 0.038 0.009 0.005 0.054 0.006 0.017 0.605 0.146 0.056 0.020 120 A 0.027 0.070 0.016 0.012 0.057 0.012 0.028 0.548 0.159 0.057 0.014 121 A 0.007 0.025 0.011 0.005 0.014 0.012 0.043 0.742 0.127 0.011 0.003 122 R 0.020 0.022 0.011 0.005 0.020 0.008 0.036 0.652 0.133 0.078 0.014 123 L 0.060 0.061 0.011 0.007 0.088 0.015 0.037 0.394 0.180 0.111 0.036 124 E 0.070 0.039 0.011 0.011 0.087 0.030 0.076 0.410 0.169 0.053 0.043 125 A 0.074 0.074 0.040 0.024 0.112 0.031 0.109 0.307 0.105 0.085 0.038 126 I 0.079 0.068 0.039 0.031 0.103 0.029 0.079 0.230 0.099 0.201 0.044 127 S 0.125 0.195 0.076 0.045 0.152 0.032 0.038 0.099 0.063 0.119 0.055 128 E 0.018 0.153 0.547 0.123 0.053 0.030 0.015 0.032 0.014 0.009 0.005 129 P 0.012 0.048 0.028 0.085 0.021 0.151 0.480 0.129 0.025 0.012 0.009 130 G 0.020 0.050 0.036 0.093 0.033 0.033 0.014 0.016 0.053 0.577 0.075 131 A 0.112 0.234 0.064 0.009 0.427 0.014 0.021 0.029 0.035 0.035 0.019 132 I 0.175 0.156 0.011 0.001 0.584 0.002 0.004 0.009 0.005 0.009 0.045 133 C 0.211 0.219 0.051 0.002 0.421 0.002 0.007 0.008 0.004 0.014 0.061 134 V 0.163 0.274 0.051 0.010 0.195 0.005 0.007 0.044 0.029 0.099 0.122 135 S 0.013 0.452 0.303 0.020 0.066 0.004 0.002 0.095 0.031 0.010 0.004 136 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.838 0.141 0.004 0.001 137 I 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.906 0.058 0.019 0.001 138 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.114 0.038 0.001 139 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.107 0.002 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.939 0.047 0.002 0.001 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.828 0.080 0.034 0.001 142 T 0.007 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.009 0.719 0.170 0.067 0.007 143 Q 0.003 0.036 0.011 0.008 0.010 0.028 0.075 0.585 0.193 0.047 0.003 144 D 0.021 0.085 0.052 0.013 0.058 0.010 0.073 0.275 0.149 0.231 0.033 145 R 0.078 0.061 0.025 0.008 0.077 0.013 0.056 0.216 0.177 0.219 0.070 146 V 0.055 0.172 0.047 0.023 0.160 0.021 0.055 0.171 0.125 0.132 0.038 147 S 0.116 0.064 0.040 0.022 0.112 0.016 0.044 0.081 0.113 0.291 0.100 148 E 0.053 0.451 0.199 0.008 0.220 0.002 0.005 0.027 0.012 0.012 0.012 149 P 0.088 0.397 0.059 0.002 0.385 0.002 0.006 0.029 0.010 0.007 0.016 150 F 0.270 0.114 0.023 0.005 0.298 0.009 0.017 0.074 0.065 0.051 0.073 151 T 0.046 0.229 0.145 0.031 0.132 0.052 0.077 0.196 0.062 0.017 0.013 152 D 0.287 0.096 0.049 0.010 0.230 0.010 0.047 0.105 0.027 0.073 0.065 153 L 0.054 0.325 0.165 0.092 0.106 0.037 0.048 0.033 0.030 0.076 0.035 154 G 0.013 0.060 0.150 0.506 0.022 0.082 0.010 0.024 0.018 0.088 0.028 155 L 0.226 0.139 0.029 0.012 0.294 0.010 0.029 0.068 0.055 0.076 0.063 156 Q 0.066 0.377 0.074 0.007 0.422 0.007 0.008 0.019 0.007 0.005 0.008 157 K 0.350 0.096 0.014 0.002 0.463 0.003 0.007 0.015 0.005 0.007 0.039 158 V 0.298 0.095 0.079 0.033 0.307 0.028 0.016 0.028 0.014 0.029 0.072 159 K 0.018 0.044 0.025 0.147 0.030 0.249 0.260 0.137 0.046 0.030 0.015 160 N 0.057 0.088 0.102 0.075 0.074 0.018 0.010 0.034 0.061 0.406 0.076 161 I 0.070 0.198 0.088 0.030 0.224 0.022 0.041 0.117 0.098 0.086 0.025 162 T 0.134 0.133 0.119 0.044 0.156 0.030 0.048 0.052 0.074 0.137 0.073 163 R 0.023 0.376 0.368 0.047 0.116 0.014 0.020 0.018 0.006 0.006 0.006 164 P 0.287 0.161 0.052 0.005 0.358 0.004 0.010 0.009 0.009 0.035 0.069 165 I 0.138 0.319 0.056 0.004 0.451 0.006 0.005 0.003 0.002 0.004 0.013 166 R 0.216 0.133 0.017 0.001 0.606 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.017 167 V 0.393 0.053 0.007 0.005 0.477 0.006 0.007 0.003 0.003 0.007 0.040 168 W 0.116 0.215 0.020 0.005 0.612 0.006 0.004 0.003 0.002 0.004 0.014 169 Q 0.202 0.140 0.013 0.001 0.608 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.028 170 W 0.267 0.163 0.039 0.007 0.382 0.006 0.012 0.008 0.005 0.024 0.087 171 V 0.092 0.319 0.232 0.033 0.263 0.011 0.013 0.008 0.006 0.005 0.017 172 P 0.039 0.259 0.141 0.034 0.125 0.031 0.043 0.151 0.112 0.044 0.021 173 D 0.086 0.130 0.084 0.020 0.124 0.018 0.042 0.121 0.132 0.187 0.056 174 A 0.050 0.219 0.119 0.037 0.130 0.034 0.058 0.154 0.097 0.076 0.026 175 D 0.102 0.169 0.083 0.020 0.199 0.015 0.034 0.115 0.079 0.129 0.056 176 R 0.050 0.103 0.060 0.013 0.084 0.016 0.034 0.247 0.232 0.130 0.032 177 D 0.080 0.125 0.051 0.011 0.155 0.016 0.053 0.217 0.122 0.121 0.050 178 Q 0.087 0.114 0.042 0.007 0.147 0.008 0.024 0.175 0.188 0.167 0.041 179 S 0.048 0.157 0.109 0.013 0.141 0.016 0.053 0.247 0.117 0.079 0.019 180 H 0.070 0.176 0.106 0.029 0.143 0.019 0.046 0.128 0.089 0.150 0.044 181 D 0.097 0.266 0.222 0.018 0.250 0.008 0.019 0.048 0.019 0.024 0.030 182 P 0.056 0.317 0.186 0.014 0.162 0.011 0.023 0.087 0.063 0.056 0.024 183 Q 0.040 0.359 0.334 0.019 0.133 0.007 0.023 0.042 0.016 0.015 0.013 184 P 0.046 0.323 0.161 0.019 0.141 0.017 0.032 0.133 0.075 0.031 0.021 185 S 0.050 0.175 0.067 0.013 0.124 0.023 0.054 0.197 0.176 0.089 0.031 186 H 0.100 0.101 0.035 0.010 0.136 0.013 0.033 0.179 0.148 0.184 0.060 187 V 0.099 0.151 0.046 0.014 0.173 0.016 0.035 0.194 0.125 0.106 0.042 188 Q 0.093 0.139 0.058 0.027 0.157 0.029 0.057 0.196 0.098 0.101 0.045 189 H 0.105 0.151 0.067 0.020 0.171 0.018 0.037 0.181 0.093 0.104 0.053