# TARGET T0520 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 533.191 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.770 0.151 0.044 0.023 0.009 0.003 0.001 2 N 0.686 0.190 0.074 0.034 0.012 0.003 0.001 3 A 0.648 0.235 0.075 0.032 0.009 0.001 0.001 4 E 0.356 0.350 0.187 0.084 0.020 0.002 0.001 5 R 0.039 0.153 0.328 0.330 0.134 0.015 0.001 6 R 0.090 0.335 0.308 0.200 0.060 0.007 0.001 7 L 0.005 0.022 0.096 0.315 0.440 0.116 0.006 8 C 0.001 0.002 0.007 0.033 0.162 0.595 0.200 9 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.051 0.369 0.571 10 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.175 0.798 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.154 0.832 12 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.171 0.812 13 A 0.001 0.001 0.002 0.011 0.052 0.263 0.671 14 D 0.001 0.002 0.010 0.054 0.178 0.389 0.366 15 M 0.002 0.007 0.013 0.037 0.119 0.438 0.383 16 A 0.018 0.053 0.119 0.237 0.226 0.250 0.097 17 G 0.040 0.101 0.183 0.233 0.210 0.188 0.046 18 Y 0.026 0.038 0.065 0.150 0.275 0.354 0.092 19 S 0.045 0.081 0.124 0.227 0.286 0.205 0.031 20 R 0.163 0.266 0.223 0.179 0.108 0.052 0.009 21 L 0.099 0.137 0.183 0.259 0.214 0.098 0.010 22 M 0.062 0.161 0.244 0.287 0.192 0.051 0.003 23 E 0.219 0.381 0.259 0.108 0.028 0.004 0.001 24 R 0.603 0.284 0.084 0.023 0.005 0.001 0.001 25 N 0.502 0.306 0.121 0.053 0.014 0.003 0.001 26 E 0.393 0.231 0.149 0.139 0.071 0.017 0.001 27 T 0.497 0.288 0.145 0.053 0.015 0.003 0.001 28 D 0.256 0.389 0.233 0.093 0.023 0.006 0.001 29 V 0.115 0.087 0.127 0.252 0.284 0.128 0.007 30 L 0.137 0.159 0.256 0.256 0.149 0.041 0.002 31 N 0.358 0.355 0.175 0.082 0.024 0.005 0.001 32 R 0.142 0.146 0.222 0.258 0.167 0.061 0.004 33 Q 0.056 0.040 0.048 0.100 0.273 0.414 0.070 34 K 0.069 0.186 0.248 0.289 0.150 0.053 0.004 35 L 0.127 0.300 0.307 0.185 0.066 0.014 0.001 36 Y 0.044 0.049 0.094 0.207 0.353 0.231 0.023 37 R 0.052 0.082 0.096 0.187 0.285 0.274 0.024 38 R 0.120 0.300 0.295 0.198 0.073 0.013 0.001 39 E 0.257 0.347 0.220 0.128 0.039 0.007 0.001 40 L 0.024 0.102 0.188 0.319 0.242 0.113 0.011 41 I 0.007 0.014 0.037 0.156 0.383 0.352 0.050 42 D 0.073 0.283 0.345 0.214 0.070 0.013 0.002 43 P 0.217 0.432 0.215 0.098 0.029 0.008 0.001 44 A 0.031 0.072 0.141 0.298 0.302 0.145 0.011 45 I 0.032 0.054 0.116 0.266 0.341 0.170 0.020 46 A 0.238 0.413 0.222 0.095 0.026 0.005 0.001 47 Q 0.199 0.386 0.245 0.125 0.036 0.008 0.001 48 A 0.082 0.150 0.239 0.271 0.189 0.061 0.007 49 G 0.223 0.345 0.233 0.127 0.052 0.017 0.003 50 G 0.030 0.049 0.116 0.234 0.336 0.208 0.026 51 Q 0.021 0.053 0.104 0.200 0.286 0.265 0.072 52 I 0.013 0.022 0.045 0.101 0.225 0.378 0.215 53 V 0.006 0.013 0.018 0.042 0.088 0.301 0.531 54 K 0.007 0.010 0.022 0.061 0.124 0.250 0.527 55 T 0.005 0.017 0.026 0.039 0.068 0.247 0.598 56 T 0.004 0.006 0.013 0.046 0.121 0.286 0.524 57 G 0.009 0.025 0.033 0.061 0.116 0.304 0.452 58 D 0.006 0.021 0.040 0.092 0.143 0.272 0.427 59 G 0.005 0.009 0.018 0.042 0.099 0.329 0.499 60 M 0.004 0.010 0.020 0.054 0.127 0.334 0.452 61 L 0.002 0.006 0.019 0.050 0.109 0.331 0.483 62 A 0.002 0.004 0.008 0.025 0.082 0.354 0.526 63 R 0.001 0.007 0.017 0.052 0.157 0.394 0.371 64 F 0.001 0.009 0.030 0.101 0.263 0.432 0.164 65 D 0.010 0.103 0.214 0.296 0.226 0.121 0.031 66 T 0.001 0.015 0.064 0.180 0.315 0.345 0.079 67 A 0.001 0.002 0.004 0.026 0.152 0.596 0.220 68 Q 0.001 0.011 0.077 0.290 0.416 0.193 0.013 69 A 0.001 0.006 0.053 0.241 0.414 0.252 0.033 70 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.332 0.642 71 L 0.001 0.001 0.002 0.017 0.143 0.585 0.253 72 R 0.001 0.007 0.078 0.303 0.394 0.168 0.050 73 C 0.001 0.001 0.003 0.024 0.166 0.613 0.195 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.263 0.729 75 L 0.001 0.005 0.044 0.194 0.382 0.325 0.050 76 E 0.001 0.012 0.094 0.315 0.407 0.143 0.029 77 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 0.537 0.392 78 Q 0.001 0.004 0.017 0.102 0.314 0.506 0.058 79 Q 0.011 0.181 0.367 0.280 0.128 0.029 0.003 80 A 0.003 0.026 0.127 0.419 0.343 0.078 0.004 81 M 0.001 0.004 0.013 0.091 0.385 0.463 0.042 82 Q 0.051 0.297 0.371 0.215 0.060 0.007 0.001 83 Q 0.263 0.530 0.168 0.034 0.004 0.001 0.001 84 R 0.051 0.133 0.316 0.369 0.119 0.011 0.001 85 E 0.446 0.318 0.151 0.067 0.016 0.002 0.001 86 E 0.642 0.257 0.078 0.019 0.003 0.001 0.001 87 D 0.607 0.255 0.092 0.036 0.009 0.001 0.001 88 T 0.337 0.323 0.199 0.110 0.027 0.004 0.001 89 P 0.664 0.213 0.071 0.039 0.012 0.002 0.001 90 R 0.744 0.180 0.055 0.018 0.003 0.001 0.001 91 K 0.680 0.245 0.059 0.013 0.002 0.001 0.001 92 E 0.288 0.408 0.220 0.072 0.011 0.001 0.001 93 R 0.072 0.385 0.354 0.156 0.031 0.003 0.001 94 I 0.004 0.018 0.066 0.280 0.468 0.156 0.007 95 Q 0.005 0.053 0.202 0.376 0.282 0.074 0.008 96 Y 0.001 0.003 0.011 0.054 0.183 0.573 0.176 97 R 0.002 0.010 0.028 0.092 0.227 0.405 0.237 98 I 0.001 0.004 0.007 0.017 0.060 0.331 0.580 99 G 0.004 0.011 0.022 0.059 0.113 0.284 0.507 100 I 0.004 0.011 0.021 0.046 0.097 0.296 0.526 101 N 0.013 0.032 0.044 0.090 0.155 0.304 0.361 102 I 0.029 0.078 0.141 0.214 0.222 0.216 0.101 103 G 0.036 0.064 0.083 0.158 0.245 0.292 0.121 104 D 0.102 0.195 0.214 0.218 0.150 0.092 0.028 105 I 0.051 0.076 0.100 0.156 0.237 0.299 0.082 106 V 0.059 0.111 0.151 0.244 0.241 0.155 0.038 107 L 0.092 0.141 0.189 0.230 0.196 0.119 0.032 108 E 0.263 0.285 0.209 0.147 0.065 0.025 0.007 109 D 0.286 0.329 0.220 0.111 0.040 0.012 0.003 110 G 0.102 0.144 0.192 0.236 0.207 0.102 0.018 111 D 0.108 0.124 0.175 0.223 0.212 0.127 0.032 112 I 0.035 0.042 0.054 0.097 0.200 0.388 0.183 113 F 0.026 0.048 0.080 0.166 0.235 0.275 0.170 114 G 0.024 0.051 0.087 0.143 0.206 0.281 0.208 115 D 0.042 0.084 0.125 0.201 0.212 0.209 0.128 116 A 0.040 0.068 0.117 0.179 0.213 0.241 0.143 117 V 0.018 0.025 0.036 0.082 0.179 0.354 0.306 118 N 0.042 0.049 0.072 0.133 0.190 0.270 0.245 119 V 0.033 0.053 0.064 0.092 0.110 0.280 0.368 120 A 0.019 0.024 0.036 0.079 0.140 0.277 0.424 121 A 0.019 0.038 0.058 0.100 0.145 0.308 0.332 122 R 0.035 0.056 0.078 0.153 0.193 0.248 0.237 123 L 0.026 0.049 0.059 0.097 0.157 0.346 0.266 124 E 0.043 0.076 0.105 0.168 0.205 0.239 0.165 125 A 0.083 0.132 0.137 0.155 0.157 0.218 0.118 126 I 0.083 0.151 0.167 0.208 0.182 0.145 0.063 127 S 0.076 0.089 0.119 0.204 0.253 0.201 0.059 128 E 0.201 0.269 0.224 0.177 0.087 0.032 0.009 129 P 0.281 0.309 0.189 0.127 0.064 0.024 0.005 130 G 0.084 0.206 0.265 0.242 0.139 0.053 0.012 131 A 0.022 0.075 0.167 0.267 0.271 0.160 0.037 132 I 0.003 0.006 0.016 0.055 0.210 0.503 0.207 133 C 0.002 0.008 0.024 0.081 0.241 0.436 0.209 134 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.045 0.355 0.589 135 S 0.001 0.002 0.005 0.029 0.121 0.383 0.459 136 D 0.005 0.076 0.191 0.261 0.204 0.180 0.082 137 I 0.002 0.029 0.139 0.310 0.344 0.149 0.027 138 V 0.001 0.002 0.005 0.025 0.155 0.632 0.182 139 H 0.002 0.017 0.078 0.321 0.418 0.153 0.011 140 Q 0.044 0.392 0.353 0.156 0.043 0.012 0.001 141 I 0.006 0.051 0.219 0.432 0.239 0.052 0.002 142 T 0.005 0.012 0.041 0.202 0.454 0.271 0.015 143 Q 0.115 0.378 0.309 0.153 0.040 0.005 0.001 144 D 0.479 0.356 0.111 0.041 0.011 0.002 0.001 145 R 0.198 0.315 0.292 0.147 0.040 0.006 0.001 146 V 0.317 0.257 0.235 0.147 0.039 0.005 0.001 147 S 0.618 0.260 0.083 0.029 0.009 0.001 0.001 148 E 0.329 0.259 0.224 0.136 0.045 0.006 0.001 149 P 0.337 0.367 0.171 0.088 0.030 0.008 0.001 150 F 0.046 0.079 0.180 0.335 0.277 0.079 0.003 151 T 0.209 0.348 0.259 0.133 0.043 0.008 0.001 152 D 0.356 0.320 0.185 0.099 0.033 0.007 0.001 153 L 0.146 0.242 0.282 0.218 0.094 0.017 0.001 154 G 0.214 0.323 0.232 0.147 0.064 0.019 0.002 155 L 0.095 0.204 0.268 0.272 0.129 0.029 0.002 156 Q 0.046 0.128 0.219 0.285 0.225 0.092 0.005 157 K 0.047 0.243 0.351 0.251 0.086 0.020 0.002 158 V 0.017 0.035 0.088 0.283 0.375 0.191 0.011 159 K 0.115 0.315 0.295 0.185 0.069 0.019 0.002 160 N 0.456 0.360 0.114 0.050 0.015 0.004 0.001 161 I 0.265 0.264 0.266 0.152 0.044 0.007 0.001 162 T 0.635 0.237 0.087 0.031 0.008 0.002 0.001 163 R 0.419 0.333 0.161 0.065 0.018 0.004 0.001 164 P 0.184 0.273 0.262 0.178 0.081 0.020 0.001 165 I 0.036 0.084 0.177 0.315 0.278 0.100 0.010 166 R 0.053 0.183 0.263 0.252 0.159 0.081 0.008 167 V 0.021 0.060 0.146 0.257 0.310 0.186 0.020 168 W 0.017 0.024 0.048 0.158 0.382 0.334 0.037 169 Q 0.016 0.098 0.243 0.328 0.220 0.088 0.008 170 W 0.019 0.045 0.104 0.259 0.369 0.190 0.013 171 V 0.067 0.216 0.301 0.264 0.121 0.029 0.002 172 P 0.347 0.327 0.193 0.098 0.029 0.005 0.001 173 D 0.525 0.274 0.126 0.055 0.017 0.003 0.001 174 A 0.633 0.219 0.091 0.041 0.013 0.002 0.001 175 D 0.651 0.218 0.084 0.036 0.010 0.002 0.001 176 R 0.589 0.240 0.115 0.044 0.010 0.001 0.001 177 D 0.598 0.257 0.100 0.036 0.008 0.001 0.001 178 Q 0.479 0.266 0.155 0.078 0.019 0.002 0.001 179 S 0.552 0.239 0.124 0.062 0.020 0.003 0.001 180 H 0.547 0.227 0.129 0.074 0.020 0.002 0.001 181 D 0.566 0.242 0.115 0.059 0.017 0.003 0.001 182 P 0.600 0.227 0.103 0.053 0.015 0.002 0.001 183 Q 0.650 0.215 0.085 0.037 0.011 0.002 0.001 184 P 0.668 0.209 0.077 0.034 0.010 0.002 0.001 185 S 0.561 0.231 0.115 0.065 0.023 0.004 0.001 186 H 0.455 0.257 0.155 0.095 0.032 0.006 0.001 187 V 0.512 0.243 0.137 0.077 0.026 0.005 0.001 188 Q 0.690 0.190 0.073 0.034 0.011 0.002 0.001 189 H 0.630 0.199 0.101 0.050 0.017 0.004 0.001