# TARGET T0520 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1499 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.004 0.002 0.003 0.166 0.805 2 N 0.072 0.030 0.006 0.002 0.296 0.594 3 A 0.107 0.011 0.006 0.002 0.363 0.511 4 E 0.220 0.007 0.005 0.003 0.170 0.595 5 R 0.573 0.018 0.004 0.005 0.072 0.327 6 R 0.834 0.020 0.003 0.004 0.032 0.107 7 L 0.855 0.003 0.002 0.004 0.025 0.110 8 C 0.960 0.002 0.001 0.003 0.007 0.028 9 A 0.979 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 10 I 0.985 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 11 L 0.978 0.001 0.001 0.009 0.003 0.008 12 A 0.908 0.003 0.010 0.028 0.021 0.030 13 A 0.683 0.005 0.021 0.057 0.101 0.132 14 D 0.400 0.013 0.025 0.106 0.228 0.229 15 M 0.102 0.011 0.036 0.581 0.180 0.089 16 A 0.039 0.002 0.035 0.689 0.174 0.060 17 G 0.039 0.005 0.033 0.761 0.117 0.044 18 Y 0.049 0.007 0.020 0.727 0.119 0.079 19 S 0.023 0.007 0.016 0.760 0.087 0.107 20 R 0.012 0.002 0.025 0.877 0.051 0.033 21 L 0.004 0.001 0.034 0.888 0.054 0.019 22 M 0.004 0.002 0.060 0.831 0.085 0.019 23 E 0.003 0.001 0.078 0.729 0.158 0.032 24 R 0.002 0.001 0.046 0.567 0.274 0.110 25 N 0.003 0.006 0.012 0.275 0.286 0.419 26 E 0.001 0.003 0.003 0.069 0.144 0.780 27 T 0.001 0.001 0.012 0.912 0.043 0.032 28 D 0.001 0.001 0.011 0.942 0.035 0.011 29 V 0.001 0.001 0.014 0.958 0.021 0.006 30 L 0.001 0.001 0.004 0.979 0.009 0.008 31 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 32 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.003 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.006 34 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 35 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.007 0.007 36 Y 0.001 0.001 0.002 0.973 0.012 0.012 37 R 0.001 0.001 0.003 0.967 0.012 0.018 38 R 0.001 0.001 0.003 0.972 0.009 0.015 39 E 0.001 0.001 0.003 0.976 0.009 0.011 40 L 0.001 0.001 0.003 0.970 0.006 0.019 41 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.006 42 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 43 P 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 45 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 46 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.003 47 Q 0.001 0.001 0.004 0.966 0.014 0.015 48 A 0.004 0.001 0.004 0.821 0.045 0.125 49 G 0.010 0.001 0.001 0.016 0.100 0.872 50 G 0.182 0.003 0.002 0.014 0.125 0.674 51 Q 0.830 0.008 0.002 0.010 0.050 0.099 52 I 0.925 0.006 0.002 0.007 0.018 0.042 53 V 0.907 0.002 0.007 0.009 0.032 0.044 54 K 0.885 0.005 0.005 0.007 0.043 0.055 55 T 0.766 0.011 0.007 0.014 0.112 0.090 56 T 0.499 0.012 0.007 0.010 0.324 0.149 57 G 0.211 0.007 0.011 0.012 0.589 0.170 58 D 0.281 0.008 0.014 0.011 0.494 0.192 59 G 0.807 0.007 0.006 0.014 0.090 0.076 60 M 0.939 0.007 0.003 0.011 0.018 0.022 61 L 0.956 0.002 0.002 0.011 0.012 0.017 62 A 0.903 0.004 0.006 0.020 0.032 0.036 63 R 0.796 0.006 0.006 0.025 0.060 0.107 64 F 0.355 0.006 0.010 0.044 0.198 0.388 65 D 0.096 0.014 0.006 0.020 0.236 0.629 66 T 0.025 0.010 0.006 0.017 0.236 0.705 67 A 0.009 0.006 0.054 0.158 0.319 0.455 68 Q 0.005 0.003 0.085 0.347 0.301 0.258 69 A 0.003 0.003 0.106 0.470 0.247 0.171 70 A 0.003 0.003 0.054 0.737 0.109 0.095 71 L 0.003 0.002 0.020 0.866 0.060 0.049 72 R 0.002 0.002 0.018 0.889 0.043 0.046 73 C 0.001 0.002 0.014 0.952 0.013 0.019 74 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.006 75 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 76 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 77 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 81 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 82 Q 0.001 0.001 0.002 0.983 0.007 0.007 83 Q 0.001 0.001 0.003 0.973 0.013 0.011 84 R 0.001 0.001 0.004 0.953 0.017 0.025 85 E 0.001 0.001 0.013 0.901 0.037 0.047 86 E 0.002 0.001 0.024 0.867 0.059 0.046 87 D 0.003 0.002 0.033 0.731 0.110 0.121 88 T 0.005 0.005 0.056 0.335 0.334 0.265 89 P 0.007 0.003 0.083 0.127 0.511 0.269 90 R 0.007 0.003 0.070 0.050 0.624 0.245 91 K 0.017 0.008 0.066 0.018 0.618 0.273 92 E 0.057 0.014 0.028 0.006 0.423 0.472 93 R 0.128 0.006 0.022 0.003 0.274 0.568 94 I 0.486 0.010 0.010 0.003 0.155 0.335 95 Q 0.819 0.006 0.003 0.001 0.042 0.128 96 Y 0.946 0.002 0.001 0.001 0.011 0.039 97 R 0.955 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 98 I 0.953 0.003 0.001 0.001 0.009 0.035 99 G 0.923 0.003 0.001 0.001 0.019 0.053 100 I 0.869 0.006 0.002 0.002 0.039 0.082 101 N 0.755 0.009 0.005 0.003 0.118 0.109 102 I 0.523 0.015 0.007 0.005 0.233 0.218 103 G 0.331 0.007 0.008 0.006 0.387 0.261 104 D 0.479 0.009 0.015 0.014 0.297 0.186 105 I 0.755 0.023 0.012 0.019 0.101 0.089 106 V 0.790 0.027 0.010 0.025 0.080 0.067 107 L 0.697 0.012 0.017 0.035 0.120 0.119 108 E 0.370 0.020 0.010 0.022 0.242 0.336 109 D 0.177 0.026 0.009 0.011 0.537 0.240 110 G 0.156 0.007 0.009 0.017 0.553 0.257 111 D 0.188 0.016 0.013 0.015 0.591 0.178 112 I 0.252 0.078 0.012 0.025 0.486 0.146 113 F 0.308 0.053 0.013 0.093 0.247 0.285 114 G 0.097 0.018 0.019 0.172 0.369 0.324 115 D 0.015 0.005 0.026 0.641 0.206 0.107 116 A 0.010 0.007 0.019 0.837 0.073 0.054 117 V 0.005 0.002 0.006 0.944 0.024 0.018 118 N 0.006 0.001 0.004 0.963 0.012 0.014 119 V 0.003 0.001 0.005 0.983 0.005 0.003 120 A 0.002 0.001 0.005 0.986 0.005 0.002 121 A 0.002 0.001 0.004 0.983 0.007 0.003 122 R 0.002 0.001 0.002 0.979 0.010 0.006 123 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.010 0.005 124 E 0.001 0.001 0.004 0.977 0.013 0.005 125 A 0.001 0.001 0.009 0.955 0.025 0.010 126 I 0.001 0.001 0.012 0.928 0.037 0.020 127 S 0.003 0.003 0.019 0.586 0.190 0.199 128 E 0.007 0.005 0.010 0.086 0.575 0.318 129 P 0.012 0.003 0.011 0.030 0.705 0.239 130 G 0.023 0.003 0.010 0.007 0.704 0.254 131 A 0.421 0.020 0.012 0.008 0.317 0.222 132 I 0.846 0.015 0.002 0.004 0.036 0.096 133 C 0.854 0.017 0.001 0.004 0.021 0.102 134 V 0.697 0.036 0.001 0.004 0.025 0.237 135 S 0.071 0.005 0.001 0.013 0.036 0.874 136 D 0.002 0.001 0.026 0.900 0.029 0.042 137 I 0.001 0.001 0.037 0.935 0.023 0.004 138 V 0.001 0.001 0.051 0.920 0.027 0.001 139 H 0.001 0.001 0.038 0.923 0.035 0.004 140 Q 0.001 0.001 0.037 0.916 0.037 0.008 141 I 0.002 0.001 0.033 0.893 0.054 0.017 142 T 0.004 0.003 0.024 0.698 0.145 0.126 143 Q 0.007 0.006 0.181 0.384 0.268 0.154 144 D 0.009 0.003 0.264 0.274 0.297 0.152 145 R 0.014 0.006 0.394 0.178 0.296 0.113 146 V 0.047 0.010 0.202 0.120 0.418 0.203 147 S 0.065 0.004 0.077 0.047 0.419 0.388 148 E 0.169 0.016 0.044 0.043 0.299 0.429 149 P 0.306 0.023 0.029 0.039 0.214 0.388 150 F 0.535 0.023 0.027 0.040 0.138 0.236 151 T 0.550 0.011 0.026 0.039 0.167 0.207 152 D 0.519 0.014 0.024 0.029 0.230 0.185 153 L 0.281 0.008 0.021 0.023 0.384 0.284 154 G 0.178 0.006 0.008 0.007 0.348 0.452 155 L 0.532 0.014 0.008 0.006 0.153 0.288 156 Q 0.767 0.018 0.005 0.005 0.058 0.147 157 K 0.831 0.017 0.005 0.005 0.045 0.098 158 V 0.749 0.015 0.008 0.007 0.115 0.106 159 K 0.439 0.008 0.011 0.010 0.278 0.253 160 N 0.216 0.009 0.010 0.006 0.520 0.239 161 I 0.144 0.018 0.009 0.005 0.588 0.236 162 T 0.102 0.012 0.005 0.002 0.368 0.512 163 R 0.296 0.033 0.003 0.002 0.204 0.461 164 P 0.455 0.008 0.002 0.002 0.063 0.471 165 I 0.805 0.006 0.001 0.002 0.022 0.163 166 R 0.945 0.002 0.001 0.001 0.008 0.044 167 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 168 W 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 169 Q 0.957 0.002 0.001 0.002 0.007 0.032 170 W 0.828 0.007 0.002 0.003 0.030 0.130 171 V 0.362 0.014 0.004 0.004 0.144 0.471 172 P 0.069 0.006 0.012 0.005 0.339 0.568 173 D 0.020 0.010 0.044 0.015 0.514 0.397 174 A 0.016 0.012 0.089 0.031 0.553 0.298 175 D 0.016 0.014 0.153 0.045 0.554 0.218 176 R 0.021 0.012 0.137 0.057 0.471 0.302 177 D 0.036 0.022 0.123 0.049 0.396 0.373 178 Q 0.038 0.033 0.068 0.037 0.323 0.501 179 S 0.034 0.026 0.032 0.019 0.216 0.675 180 H 0.038 0.022 0.032 0.025 0.178 0.706 181 D 0.037 0.027 0.017 0.020 0.170 0.730 182 P 0.030 0.028 0.010 0.031 0.152 0.749 183 Q 0.025 0.024 0.009 0.025 0.192 0.725 184 P 0.041 0.028 0.040 0.065 0.418 0.407 185 S 0.042 0.005 0.072 0.055 0.471 0.355 186 H 0.176 0.024 0.122 0.099 0.388 0.191 187 V 0.337 0.139 0.045 0.074 0.169 0.236 188 Q 0.218 0.039 0.021 0.077 0.124 0.522 189 H 0.019 0.008 0.006 0.016 0.099 0.852