# TARGET T0520 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0520.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1499 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.007 0.014 0.015 0.104 0.097 0.744 2 N 0.029 0.010 0.021 0.042 0.148 0.168 0.582 3 A 0.052 0.010 0.022 0.074 0.303 0.125 0.414 4 E 0.176 0.032 0.026 0.202 0.118 0.078 0.368 5 R 0.292 0.026 0.019 0.169 0.055 0.040 0.400 6 R 0.413 0.011 0.013 0.163 0.074 0.019 0.307 7 L 0.633 0.009 0.013 0.162 0.057 0.012 0.114 8 C 0.764 0.004 0.007 0.146 0.016 0.004 0.057 9 A 0.779 0.001 0.005 0.178 0.010 0.004 0.023 10 I 0.775 0.002 0.005 0.197 0.003 0.006 0.012 11 L 0.638 0.002 0.013 0.301 0.004 0.026 0.014 12 A 0.405 0.002 0.013 0.459 0.030 0.036 0.054 13 A 0.313 0.006 0.030 0.473 0.051 0.038 0.090 14 D 0.244 0.013 0.047 0.371 0.051 0.086 0.186 15 M 0.120 0.012 0.066 0.390 0.054 0.213 0.145 16 A 0.043 0.008 0.073 0.466 0.085 0.230 0.096 17 G 0.022 0.007 0.056 0.370 0.119 0.346 0.079 18 Y 0.027 0.007 0.055 0.583 0.084 0.148 0.096 19 S 0.033 0.018 0.057 0.621 0.076 0.065 0.130 20 R 0.019 0.004 0.056 0.744 0.044 0.081 0.052 21 L 0.013 0.002 0.088 0.751 0.023 0.092 0.031 22 M 0.010 0.005 0.183 0.610 0.033 0.117 0.041 23 E 0.013 0.002 0.162 0.483 0.051 0.238 0.051 24 R 0.011 0.004 0.107 0.324 0.112 0.345 0.098 25 N 0.009 0.025 0.016 0.120 0.399 0.080 0.350 26 E 0.003 0.005 0.001 0.035 0.113 0.013 0.829 27 T 0.001 0.001 0.012 0.905 0.019 0.033 0.030 28 D 0.001 0.001 0.007 0.972 0.004 0.013 0.003 29 V 0.001 0.001 0.006 0.982 0.002 0.007 0.003 30 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 31 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 36 Y 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.002 37 R 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.016 0.003 38 R 0.001 0.001 0.002 0.973 0.003 0.020 0.002 39 E 0.001 0.001 0.003 0.955 0.003 0.034 0.004 40 L 0.001 0.001 0.004 0.947 0.004 0.035 0.009 41 I 0.001 0.001 0.003 0.964 0.005 0.017 0.009 42 D 0.001 0.001 0.005 0.974 0.004 0.010 0.005 43 P 0.002 0.001 0.003 0.985 0.002 0.006 0.002 44 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.006 0.002 45 I 0.004 0.001 0.003 0.980 0.002 0.009 0.002 46 A 0.009 0.001 0.007 0.937 0.006 0.034 0.007 47 Q 0.009 0.001 0.010 0.794 0.020 0.154 0.012 48 A 0.009 0.002 0.010 0.310 0.084 0.532 0.054 49 G 0.006 0.001 0.005 0.023 0.111 0.760 0.093 50 G 0.117 0.004 0.008 0.016 0.254 0.110 0.491 51 Q 0.617 0.017 0.005 0.013 0.045 0.009 0.295 52 I 0.859 0.009 0.003 0.011 0.013 0.002 0.102 53 V 0.821 0.006 0.005 0.014 0.012 0.004 0.138 54 K 0.802 0.009 0.007 0.012 0.026 0.010 0.134 55 T 0.741 0.018 0.007 0.013 0.042 0.027 0.152 56 T 0.503 0.013 0.020 0.051 0.107 0.123 0.183 57 G 0.332 0.009 0.029 0.081 0.189 0.145 0.215 58 D 0.348 0.004 0.022 0.086 0.260 0.064 0.215 59 G 0.639 0.008 0.016 0.157 0.069 0.034 0.077 60 M 0.632 0.009 0.019 0.241 0.020 0.025 0.054 61 L 0.639 0.004 0.025 0.239 0.018 0.033 0.043 62 A 0.629 0.008 0.033 0.205 0.022 0.034 0.070 63 R 0.405 0.023 0.046 0.174 0.065 0.079 0.208 64 F 0.186 0.013 0.023 0.054 0.250 0.133 0.341 65 D 0.059 0.012 0.026 0.015 0.377 0.128 0.384 66 T 0.030 0.016 0.057 0.026 0.286 0.064 0.522 67 A 0.009 0.007 0.158 0.094 0.177 0.106 0.449 68 Q 0.002 0.003 0.287 0.270 0.113 0.198 0.128 69 A 0.001 0.005 0.165 0.405 0.101 0.175 0.148 70 A 0.001 0.001 0.047 0.710 0.057 0.053 0.131 71 L 0.001 0.001 0.010 0.911 0.022 0.023 0.032 72 R 0.001 0.001 0.004 0.954 0.013 0.013 0.016 73 C 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.009 0.008 74 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.003 75 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 76 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 77 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.003 81 M 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.013 0.005 82 Q 0.001 0.001 0.001 0.959 0.006 0.028 0.005 83 Q 0.001 0.001 0.003 0.920 0.006 0.058 0.012 84 R 0.001 0.002 0.008 0.868 0.020 0.054 0.048 85 E 0.002 0.003 0.025 0.832 0.022 0.074 0.042 86 E 0.003 0.002 0.056 0.645 0.040 0.203 0.051 87 D 0.003 0.004 0.051 0.514 0.055 0.300 0.073 88 T 0.005 0.006 0.048 0.251 0.161 0.174 0.356 89 P 0.008 0.005 0.085 0.125 0.127 0.339 0.312 90 R 0.010 0.004 0.093 0.062 0.176 0.462 0.193 91 K 0.023 0.009 0.067 0.029 0.268 0.165 0.438 92 E 0.059 0.013 0.027 0.020 0.293 0.075 0.513 93 R 0.281 0.027 0.017 0.008 0.136 0.070 0.462 94 I 0.475 0.010 0.005 0.002 0.052 0.013 0.443 95 Q 0.795 0.006 0.002 0.001 0.051 0.005 0.140 96 Y 0.944 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.041 97 R 0.966 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 98 I 0.946 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 99 G 0.876 0.002 0.002 0.001 0.019 0.006 0.094 100 I 0.764 0.006 0.009 0.004 0.057 0.042 0.118 101 N 0.581 0.026 0.019 0.010 0.093 0.058 0.213 102 I 0.458 0.009 0.018 0.013 0.155 0.104 0.243 103 G 0.423 0.017 0.017 0.009 0.197 0.119 0.218 104 D 0.515 0.020 0.017 0.006 0.096 0.062 0.283 105 I 0.738 0.020 0.012 0.009 0.060 0.042 0.120 106 V 0.842 0.032 0.008 0.011 0.022 0.021 0.065 107 L 0.715 0.012 0.015 0.014 0.034 0.061 0.149 108 E 0.554 0.020 0.013 0.016 0.119 0.130 0.147 109 D 0.435 0.026 0.012 0.015 0.147 0.085 0.279 110 G 0.172 0.010 0.026 0.017 0.207 0.308 0.260 111 D 0.119 0.008 0.022 0.014 0.289 0.349 0.198 112 I 0.230 0.043 0.029 0.032 0.207 0.139 0.318 113 F 0.234 0.055 0.019 0.102 0.137 0.119 0.335 114 G 0.113 0.021 0.024 0.186 0.184 0.102 0.369 115 D 0.054 0.006 0.037 0.593 0.105 0.079 0.127 116 A 0.047 0.003 0.010 0.811 0.032 0.044 0.053 117 V 0.009 0.001 0.004 0.953 0.010 0.008 0.015 118 N 0.007 0.002 0.003 0.960 0.006 0.005 0.017 119 V 0.002 0.001 0.002 0.983 0.002 0.007 0.003 120 A 0.003 0.001 0.002 0.982 0.002 0.008 0.003 121 A 0.003 0.001 0.003 0.975 0.002 0.014 0.003 122 R 0.003 0.001 0.004 0.958 0.007 0.020 0.008 123 L 0.003 0.001 0.011 0.959 0.005 0.014 0.009 124 E 0.002 0.001 0.029 0.929 0.005 0.029 0.006 125 A 0.003 0.001 0.032 0.870 0.008 0.079 0.009 126 I 0.005 0.002 0.052 0.748 0.019 0.153 0.021 127 S 0.027 0.011 0.024 0.405 0.199 0.143 0.190 128 E 0.036 0.008 0.024 0.082 0.196 0.207 0.447 129 P 0.029 0.005 0.027 0.047 0.206 0.567 0.120 130 G 0.046 0.002 0.018 0.021 0.228 0.556 0.130 131 A 0.484 0.011 0.010 0.016 0.119 0.058 0.301 132 I 0.910 0.009 0.001 0.009 0.006 0.007 0.058 133 C 0.920 0.007 0.001 0.007 0.007 0.003 0.055 134 V 0.746 0.023 0.002 0.019 0.037 0.009 0.165 135 S 0.315 0.007 0.001 0.035 0.058 0.011 0.574 136 D 0.001 0.001 0.023 0.949 0.006 0.018 0.003 137 I 0.001 0.001 0.019 0.964 0.004 0.010 0.002 138 V 0.001 0.001 0.023 0.965 0.001 0.009 0.001 139 H 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.004 0.001 140 Q 0.002 0.001 0.009 0.958 0.002 0.025 0.003 141 I 0.001 0.001 0.016 0.903 0.005 0.069 0.005 142 T 0.005 0.002 0.022 0.794 0.050 0.092 0.034 143 Q 0.009 0.004 0.062 0.619 0.053 0.188 0.065 144 D 0.007 0.002 0.068 0.411 0.098 0.318 0.096 145 R 0.008 0.003 0.094 0.255 0.105 0.389 0.147 146 V 0.025 0.007 0.074 0.108 0.192 0.361 0.233 147 S 0.084 0.010 0.068 0.062 0.187 0.192 0.397 148 E 0.226 0.019 0.033 0.067 0.141 0.051 0.464 149 P 0.409 0.030 0.018 0.047 0.072 0.028 0.397 150 F 0.566 0.022 0.020 0.032 0.041 0.025 0.293 151 T 0.615 0.017 0.030 0.023 0.056 0.031 0.227 152 D 0.535 0.028 0.043 0.025 0.074 0.061 0.235 153 L 0.363 0.011 0.046 0.018 0.166 0.134 0.262 154 G 0.274 0.007 0.025 0.006 0.224 0.148 0.316 155 L 0.461 0.009 0.017 0.003 0.122 0.049 0.340 156 Q 0.787 0.019 0.003 0.002 0.032 0.006 0.150 157 K 0.840 0.035 0.002 0.002 0.013 0.003 0.105 158 V 0.724 0.023 0.004 0.003 0.015 0.009 0.223 159 K 0.394 0.030 0.015 0.005 0.138 0.246 0.172 160 N 0.104 0.013 0.016 0.003 0.287 0.373 0.204 161 I 0.100 0.028 0.009 0.002 0.231 0.104 0.526 162 T 0.076 0.025 0.005 0.001 0.330 0.074 0.490 163 R 0.075 0.009 0.003 0.001 0.624 0.021 0.267 164 P 0.229 0.011 0.002 0.001 0.119 0.018 0.620 165 I 0.766 0.013 0.001 0.001 0.021 0.003 0.195 166 R 0.947 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.038 167 V 0.963 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 168 W 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 169 Q 0.934 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.054 170 W 0.767 0.013 0.002 0.002 0.024 0.004 0.188 171 V 0.387 0.020 0.004 0.005 0.115 0.017 0.451 172 P 0.087 0.014 0.020 0.013 0.245 0.100 0.522 173 D 0.016 0.009 0.067 0.029 0.255 0.303 0.322 174 A 0.009 0.009 0.109 0.032 0.290 0.260 0.292 175 D 0.008 0.007 0.165 0.049 0.236 0.211 0.324 176 R 0.013 0.014 0.169 0.062 0.158 0.280 0.304 177 D 0.019 0.026 0.120 0.044 0.191 0.168 0.433 178 Q 0.025 0.035 0.064 0.034 0.209 0.103 0.530 179 S 0.023 0.044 0.040 0.033 0.167 0.087 0.605 180 H 0.013 0.028 0.026 0.023 0.156 0.055 0.698 181 D 0.007 0.013 0.017 0.021 0.071 0.060 0.812 182 P 0.007 0.030 0.019 0.029 0.115 0.084 0.716 183 Q 0.007 0.026 0.023 0.032 0.158 0.042 0.712 184 P 0.009 0.017 0.087 0.071 0.190 0.173 0.454 185 S 0.021 0.025 0.163 0.057 0.161 0.182 0.391 186 H 0.022 0.027 0.288 0.065 0.176 0.140 0.281 187 V 0.049 0.034 0.123 0.063 0.141 0.165 0.424 188 Q 0.020 0.046 0.057 0.032 0.012 0.144 0.689 189 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995