# TARGET T0518 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0518.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 347 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.637 0.220 0.071 0.045 0.020 0.006 0.001 2 K 0.421 0.222 0.185 0.114 0.045 0.013 0.002 3 K 0.330 0.235 0.232 0.146 0.037 0.018 0.003 4 V 0.175 0.110 0.136 0.184 0.204 0.153 0.037 5 F 0.088 0.096 0.108 0.163 0.188 0.245 0.113 6 Y 0.041 0.035 0.046 0.085 0.180 0.326 0.287 7 P 0.018 0.023 0.024 0.038 0.097 0.308 0.492 8 L 0.014 0.014 0.023 0.044 0.086 0.218 0.601 9 A 0.004 0.004 0.006 0.015 0.043 0.222 0.706 10 C 0.009 0.019 0.032 0.063 0.129 0.293 0.455 11 C 0.008 0.019 0.035 0.075 0.199 0.390 0.273 12 C 0.024 0.085 0.148 0.234 0.246 0.204 0.059 13 L 0.037 0.068 0.127 0.223 0.279 0.227 0.039 14 A 0.117 0.175 0.208 0.225 0.163 0.097 0.014 15 A 0.274 0.253 0.213 0.149 0.073 0.034 0.004 16 G 0.353 0.298 0.169 0.111 0.046 0.020 0.003 17 V 0.178 0.169 0.168 0.206 0.182 0.086 0.011 18 F 0.136 0.172 0.174 0.209 0.190 0.106 0.013 19 A 0.149 0.173 0.180 0.198 0.174 0.110 0.017 20 S 0.142 0.198 0.198 0.198 0.160 0.089 0.014 21 C 0.150 0.177 0.206 0.219 0.160 0.077 0.011 22 G 0.223 0.239 0.211 0.165 0.108 0.047 0.007 23 G 0.233 0.252 0.191 0.161 0.103 0.051 0.009 24 Q 0.135 0.167 0.203 0.226 0.166 0.090 0.014 25 K 0.151 0.214 0.225 0.211 0.129 0.063 0.007 26 K 0.095 0.190 0.252 0.244 0.143 0.068 0.008 27 A 0.068 0.063 0.087 0.176 0.289 0.274 0.044 28 N 0.121 0.221 0.239 0.230 0.134 0.052 0.004 29 A 0.205 0.246 0.200 0.181 0.112 0.051 0.006 30 Q 0.185 0.223 0.230 0.198 0.116 0.043 0.004 31 E 0.243 0.258 0.195 0.169 0.092 0.038 0.005 32 E 0.191 0.217 0.224 0.184 0.122 0.054 0.009 33 P 0.137 0.213 0.247 0.226 0.107 0.059 0.011 34 S 0.082 0.099 0.145 0.221 0.248 0.171 0.033 35 K 0.067 0.146 0.205 0.258 0.175 0.119 0.030 36 V 0.037 0.039 0.050 0.111 0.209 0.362 0.193 37 A 0.029 0.057 0.085 0.169 0.213 0.287 0.161 38 L 0.031 0.046 0.068 0.144 0.222 0.297 0.192 39 S 0.029 0.049 0.076 0.130 0.203 0.285 0.227 40 Y 0.021 0.039 0.053 0.108 0.171 0.327 0.281 41 S 0.037 0.063 0.106 0.182 0.228 0.238 0.146 42 K 0.054 0.133 0.220 0.246 0.176 0.129 0.042 43 S 0.068 0.106 0.130 0.205 0.226 0.202 0.065 44 L 0.059 0.065 0.090 0.183 0.269 0.261 0.074 45 K 0.102 0.205 0.232 0.221 0.146 0.081 0.012 46 A 0.113 0.149 0.179 0.226 0.200 0.116 0.017 47 P 0.168 0.174 0.185 0.218 0.163 0.081 0.011 48 E 0.231 0.250 0.214 0.169 0.090 0.042 0.004 49 T 0.278 0.215 0.212 0.173 0.087 0.032 0.003 50 D 0.377 0.285 0.171 0.109 0.044 0.013 0.001 51 S 0.370 0.292 0.169 0.102 0.050 0.016 0.001 52 L 0.157 0.149 0.207 0.255 0.182 0.049 0.002 53 N 0.396 0.365 0.152 0.058 0.023 0.005 0.001 54 L 0.247 0.265 0.251 0.168 0.059 0.011 0.001 55 P 0.475 0.306 0.146 0.056 0.016 0.002 0.001 56 V 0.495 0.254 0.153 0.080 0.017 0.002 0.001 57 D 0.752 0.196 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 58 E 0.726 0.229 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 59 N 0.635 0.297 0.052 0.014 0.003 0.001 0.001 60 G 0.180 0.406 0.266 0.118 0.025 0.004 0.001 61 Y 0.022 0.052 0.118 0.251 0.399 0.148 0.010 62 I 0.016 0.090 0.200 0.354 0.230 0.106 0.004 63 T 0.015 0.068 0.150 0.216 0.296 0.231 0.024 64 I 0.008 0.024 0.066 0.173 0.276 0.353 0.100 65 F 0.009 0.024 0.062 0.137 0.338 0.328 0.101 66 D 0.029 0.141 0.234 0.270 0.183 0.114 0.029 67 G 0.047 0.133 0.218 0.271 0.225 0.096 0.010 68 E 0.072 0.213 0.306 0.272 0.101 0.034 0.003 69 T 0.047 0.140 0.217 0.246 0.236 0.104 0.010 70 F 0.028 0.043 0.076 0.198 0.361 0.260 0.035 71 N 0.116 0.275 0.289 0.201 0.087 0.030 0.002 72 G 0.157 0.253 0.237 0.227 0.086 0.036 0.005 73 W 0.047 0.049 0.078 0.141 0.337 0.309 0.040 74 R 0.108 0.210 0.281 0.233 0.116 0.049 0.005 75 G 0.145 0.240 0.240 0.207 0.116 0.048 0.003 76 Y 0.181 0.214 0.270 0.213 0.093 0.027 0.001 77 G 0.431 0.221 0.167 0.119 0.049 0.014 0.001 78 K 0.696 0.214 0.060 0.021 0.007 0.002 0.001 79 D 0.644 0.245 0.073 0.030 0.007 0.001 0.001 80 R 0.520 0.375 0.073 0.023 0.007 0.002 0.001 81 V 0.097 0.145 0.222 0.331 0.158 0.045 0.002 82 P 0.174 0.263 0.282 0.187 0.072 0.021 0.001 83 T 0.309 0.341 0.205 0.104 0.032 0.008 0.001 84 K 0.123 0.316 0.302 0.169 0.071 0.017 0.002 85 W 0.012 0.036 0.075 0.229 0.422 0.211 0.015 86 T 0.008 0.108 0.256 0.363 0.170 0.090 0.004 87 I 0.007 0.022 0.048 0.137 0.313 0.403 0.070 88 E 0.009 0.058 0.139 0.269 0.304 0.200 0.021 89 D 0.010 0.053 0.124 0.251 0.314 0.208 0.041 90 G 0.002 0.015 0.044 0.090 0.276 0.429 0.143 91 C 0.002 0.017 0.051 0.165 0.300 0.346 0.119 92 I 0.001 0.002 0.005 0.015 0.103 0.510 0.365 93 K 0.005 0.037 0.117 0.220 0.283 0.258 0.081 94 F 0.006 0.018 0.036 0.088 0.296 0.455 0.102 95 N 0.041 0.155 0.287 0.286 0.158 0.067 0.006 96 G 0.078 0.149 0.288 0.307 0.130 0.046 0.002 97 S 0.397 0.275 0.174 0.100 0.043 0.011 0.001 98 G 0.601 0.252 0.085 0.045 0.014 0.004 0.001 99 G 0.690 0.212 0.058 0.027 0.010 0.003 0.001 100 G 0.555 0.243 0.121 0.061 0.017 0.003 0.001 101 E 0.617 0.254 0.081 0.034 0.012 0.003 0.001 102 A 0.247 0.220 0.249 0.186 0.076 0.021 0.001 103 Q 0.295 0.258 0.217 0.144 0.065 0.020 0.001 104 D 0.392 0.274 0.171 0.099 0.046 0.018 0.001 105 G 0.265 0.207 0.231 0.175 0.089 0.030 0.003 106 D 0.272 0.280 0.209 0.136 0.074 0.027 0.003 107 G 0.079 0.187 0.229 0.249 0.161 0.084 0.010 108 G 0.019 0.060 0.104 0.226 0.315 0.255 0.021 109 D 0.009 0.048 0.109 0.189 0.275 0.342 0.029 110 L 0.008 0.020 0.056 0.106 0.241 0.442 0.126 111 I 0.009 0.026 0.078 0.151 0.233 0.383 0.120 112 F 0.017 0.056 0.136 0.260 0.314 0.195 0.021 113 A 0.118 0.293 0.287 0.197 0.084 0.021 0.001 114 H 0.351 0.436 0.124 0.061 0.025 0.003 0.001 115 K 0.267 0.430 0.173 0.092 0.031 0.007 0.001 116 F 0.037 0.064 0.268 0.389 0.202 0.039 0.001 117 K 0.552 0.373 0.061 0.012 0.002 0.001 0.001 118 N 0.440 0.431 0.097 0.025 0.006 0.001 0.001 119 F 0.021 0.047 0.104 0.283 0.396 0.139 0.009 120 E 0.028 0.184 0.312 0.298 0.133 0.044 0.002 121 L 0.009 0.036 0.088 0.203 0.323 0.304 0.037 122 E 0.024 0.132 0.307 0.340 0.156 0.039 0.003 123 L 0.004 0.015 0.030 0.100 0.319 0.474 0.058 124 E 0.019 0.127 0.251 0.310 0.205 0.080 0.008 125 W 0.009 0.033 0.081 0.194 0.354 0.302 0.027 126 K 0.040 0.199 0.323 0.266 0.131 0.038 0.003 127 V 0.033 0.061 0.122 0.260 0.339 0.172 0.012 128 A 0.205 0.299 0.216 0.169 0.087 0.023 0.002 129 K 0.443 0.316 0.145 0.068 0.020 0.006 0.001 130 G 0.264 0.289 0.249 0.147 0.037 0.012 0.002 131 S 0.140 0.165 0.172 0.213 0.201 0.096 0.013 132 N 0.039 0.066 0.112 0.200 0.278 0.245 0.061 133 S 0.019 0.026 0.036 0.066 0.160 0.408 0.285 134 G 0.013 0.018 0.037 0.076 0.132 0.264 0.461 135 I 0.002 0.003 0.005 0.009 0.044 0.240 0.697 136 L 0.002 0.006 0.012 0.024 0.078 0.242 0.635 137 Y 0.002 0.005 0.009 0.025 0.081 0.327 0.551 138 L 0.006 0.023 0.050 0.133 0.253 0.351 0.184 139 A 0.009 0.026 0.054 0.138 0.325 0.375 0.074 140 Q 0.051 0.183 0.270 0.253 0.176 0.064 0.004 141 E 0.156 0.296 0.244 0.195 0.083 0.025 0.001 142 V 0.234 0.228 0.253 0.184 0.081 0.019 0.001 143 T 0.449 0.241 0.171 0.105 0.028 0.006 0.001 144 S 0.733 0.205 0.042 0.015 0.005 0.001 0.001 145 K 0.393 0.232 0.192 0.138 0.038 0.008 0.001 146 D 0.521 0.264 0.131 0.060 0.020 0.005 0.001 147 K 0.472 0.287 0.136 0.073 0.026 0.007 0.001 148 D 0.519 0.268 0.108 0.064 0.032 0.009 0.001 149 G 0.278 0.215 0.211 0.172 0.087 0.034 0.003 150 N 0.355 0.225 0.199 0.132 0.064 0.023 0.003 151 D 0.361 0.265 0.178 0.108 0.060 0.024 0.003 152 V 0.196 0.212 0.183 0.197 0.135 0.070 0.008 153 L 0.124 0.164 0.203 0.231 0.152 0.113 0.012 154 E 0.237 0.216 0.206 0.177 0.095 0.059 0.009 155 P 0.275 0.251 0.188 0.138 0.090 0.047 0.011 156 I 0.080 0.117 0.145 0.235 0.246 0.152 0.026 157 Y 0.043 0.126 0.167 0.224 0.216 0.197 0.028 158 I 0.040 0.082 0.128 0.200 0.249 0.242 0.060 159 S 0.054 0.116 0.142 0.182 0.230 0.204 0.074 160 A 0.011 0.027 0.051 0.114 0.249 0.367 0.181 161 P 0.006 0.016 0.034 0.072 0.182 0.391 0.300 162 E 0.003 0.009 0.019 0.041 0.125 0.371 0.433 163 Y 0.001 0.002 0.004 0.012 0.060 0.310 0.611 164 Q 0.003 0.008 0.016 0.041 0.122 0.358 0.452 165 I 0.003 0.009 0.020 0.049 0.166 0.413 0.341 166 L 0.008 0.030 0.070 0.147 0.289 0.340 0.115 167 D 0.023 0.087 0.186 0.270 0.272 0.145 0.017 168 N 0.134 0.244 0.242 0.208 0.125 0.044 0.003 169 A 0.277 0.256 0.212 0.153 0.078 0.023 0.001 170 N 0.322 0.294 0.197 0.128 0.044 0.015 0.001 171 H 0.252 0.218 0.232 0.191 0.080 0.025 0.002 172 P 0.348 0.254 0.207 0.133 0.046 0.012 0.001 173 D 0.460 0.297 0.135 0.071 0.028 0.008 0.001 174 A 0.167 0.144 0.185 0.233 0.199 0.068 0.005 175 K 0.275 0.318 0.204 0.126 0.056 0.020 0.001 176 L 0.278 0.245 0.209 0.154 0.081 0.031 0.002 177 G 0.448 0.265 0.141 0.092 0.039 0.014 0.001 178 K 0.385 0.218 0.181 0.127 0.061 0.025 0.003 179 D 0.483 0.249 0.138 0.079 0.035 0.014 0.002 180 N 0.331 0.269 0.178 0.122 0.068 0.029 0.005 181 N 0.147 0.201 0.196 0.205 0.154 0.082 0.013 182 R 0.076 0.142 0.181 0.229 0.209 0.141 0.022 183 Q 0.063 0.132 0.170 0.223 0.208 0.168 0.036 184 S 0.037 0.068 0.095 0.172 0.258 0.291 0.079 185 A 0.036 0.069 0.100 0.163 0.226 0.294 0.112 186 S 0.027 0.055 0.083 0.148 0.238 0.301 0.148 187 L 0.023 0.050 0.073 0.133 0.233 0.336 0.153 188 Y 0.034 0.070 0.121 0.195 0.270 0.249 0.062 189 D 0.102 0.228 0.252 0.217 0.124 0.065 0.013 190 M 0.063 0.080 0.132 0.246 0.275 0.177 0.026 191 I 0.125 0.169 0.197 0.210 0.196 0.095 0.008 192 P 0.301 0.333 0.192 0.110 0.048 0.016 0.001 193 A 0.393 0.287 0.152 0.107 0.046 0.014 0.001 194 V 0.360 0.229 0.189 0.143 0.060 0.017 0.001 195 P 0.574 0.223 0.118 0.059 0.020 0.005 0.001 196 Q 0.651 0.227 0.078 0.032 0.010 0.002 0.001 197 N 0.434 0.290 0.150 0.085 0.031 0.009 0.001 198 S 0.210 0.191 0.223 0.207 0.123 0.043 0.003 199 K 0.323 0.294 0.191 0.117 0.056 0.018 0.001 200 P 0.318 0.270 0.186 0.129 0.068 0.027 0.003 201 F 0.182 0.184 0.197 0.215 0.146 0.068 0.008 202 G 0.315 0.277 0.170 0.117 0.080 0.036 0.004 203 E 0.145 0.250 0.226 0.196 0.117 0.057 0.009 204 W 0.045 0.070 0.124 0.200 0.297 0.220 0.045 205 N 0.039 0.100 0.195 0.273 0.229 0.143 0.021 206 K 0.137 0.280 0.278 0.169 0.086 0.041 0.008 207 A 0.027 0.063 0.105 0.233 0.312 0.222 0.038 208 K 0.018 0.103 0.183 0.314 0.240 0.130 0.012 209 I 0.006 0.018 0.034 0.084 0.251 0.522 0.085 210 M 0.017 0.106 0.251 0.369 0.190 0.062 0.005 211 V 0.015 0.039 0.098 0.234 0.348 0.242 0.024 212 Y 0.054 0.164 0.287 0.278 0.158 0.056 0.004 213 K 0.316 0.403 0.158 0.079 0.033 0.009 0.001 214 G 0.256 0.364 0.194 0.133 0.042 0.010 0.001 215 T 0.052 0.177 0.259 0.302 0.152 0.054 0.005 216 V 0.028 0.032 0.046 0.126 0.310 0.382 0.077 217 V 0.039 0.139 0.225 0.308 0.177 0.099 0.013 218 H 0.030 0.055 0.074 0.116 0.248 0.372 0.105 219 G 0.031 0.090 0.184 0.246 0.232 0.169 0.049 220 Q 0.036 0.078 0.110 0.192 0.312 0.213 0.059 221 N 0.042 0.098 0.172 0.202 0.252 0.180 0.054 222 D 0.134 0.223 0.186 0.195 0.149 0.091 0.022 223 E 0.145 0.231 0.223 0.190 0.128 0.070 0.013 224 N 0.038 0.112 0.237 0.297 0.194 0.103 0.020 225 V 0.011 0.017 0.029 0.067 0.214 0.466 0.196 226 L 0.010 0.021 0.040 0.108 0.245 0.414 0.161 227 E 0.035 0.116 0.200 0.283 0.203 0.129 0.034 228 Y 0.009 0.028 0.060 0.115 0.325 0.396 0.066 229 H 0.025 0.103 0.198 0.251 0.259 0.150 0.015 230 L 0.052 0.149 0.262 0.270 0.188 0.074 0.005 231 W 0.087 0.166 0.279 0.299 0.129 0.037 0.002 232 T 0.381 0.263 0.197 0.106 0.042 0.009 0.001 233 K 0.581 0.280 0.089 0.038 0.010 0.002 0.001 234 Q 0.611 0.306 0.056 0.020 0.006 0.001 0.001 235 W 0.157 0.181 0.270 0.274 0.095 0.022 0.001 236 T 0.392 0.309 0.195 0.081 0.020 0.004 0.001 237 D 0.424 0.341 0.139 0.068 0.023 0.005 0.001 238 M 0.082 0.165 0.217 0.280 0.197 0.057 0.003 239 L 0.065 0.127 0.181 0.278 0.234 0.112 0.005 240 Q 0.183 0.279 0.239 0.177 0.087 0.032 0.002 241 A 0.228 0.210 0.211 0.202 0.111 0.035 0.003 242 S 0.373 0.289 0.154 0.094 0.067 0.022 0.002 243 K 0.188 0.267 0.214 0.195 0.098 0.036 0.002 244 F 0.178 0.191 0.226 0.211 0.138 0.053 0.003 245 S 0.374 0.271 0.186 0.110 0.044 0.013 0.001 246 E 0.639 0.218 0.085 0.038 0.015 0.005 0.001 247 D 0.293 0.206 0.220 0.185 0.072 0.021 0.002 248 K 0.454 0.302 0.122 0.075 0.032 0.014 0.001 249 W 0.194 0.189 0.190 0.214 0.128 0.076 0.008 250 P 0.231 0.237 0.198 0.167 0.102 0.059 0.008 251 L 0.153 0.152 0.151 0.189 0.194 0.138 0.023 252 A 0.151 0.187 0.153 0.168 0.190 0.128 0.024 253 F 0.142 0.173 0.203 0.191 0.158 0.110 0.022 254 E 0.271 0.216 0.152 0.155 0.113 0.074 0.020 255 L 0.178 0.169 0.176 0.183 0.166 0.107 0.021 256 L 0.253 0.191 0.158 0.162 0.134 0.086 0.016 257 N 0.362 0.261 0.158 0.106 0.067 0.039 0.006 258 N 0.316 0.229 0.162 0.145 0.092 0.049 0.007 259 C 0.238 0.189 0.182 0.181 0.130 0.072 0.009 260 G 0.328 0.230 0.180 0.139 0.077 0.041 0.005 261 G 0.370 0.233 0.187 0.120 0.059 0.027 0.004 262 E 0.290 0.232 0.192 0.155 0.087 0.040 0.005 263 N 0.145 0.185 0.204 0.218 0.153 0.083 0.010 264 H 0.108 0.183 0.233 0.234 0.152 0.080 0.010 265 E 0.107 0.231 0.224 0.186 0.150 0.085 0.017 266 G 0.010 0.023 0.041 0.120 0.324 0.392 0.090 267 F 0.004 0.017 0.046 0.131 0.243 0.425 0.133 268 I 0.001 0.002 0.005 0.013 0.054 0.388 0.538 269 G 0.002 0.003 0.008 0.020 0.073 0.273 0.622 270 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.038 0.262 0.690 271 Q 0.005 0.016 0.031 0.074 0.141 0.346 0.388 272 D 0.012 0.043 0.087 0.168 0.259 0.322 0.109 273 H 0.029 0.077 0.158 0.279 0.259 0.174 0.025 274 G 0.234 0.268 0.198 0.150 0.097 0.047 0.006 275 D 0.478 0.329 0.112 0.052 0.022 0.007 0.001 276 D 0.353 0.396 0.166 0.062 0.016 0.006 0.001 277 V 0.046 0.059 0.109 0.233 0.347 0.180 0.026 278 W 0.032 0.135 0.239 0.330 0.169 0.087 0.008 279 F 0.027 0.050 0.094 0.155 0.250 0.355 0.067 280 R 0.042 0.156 0.225 0.278 0.197 0.092 0.009 281 N 0.045 0.141 0.205 0.274 0.219 0.103 0.014 282 I 0.017 0.037 0.079 0.161 0.308 0.340 0.058 283 R 0.045 0.196 0.251 0.267 0.172 0.065 0.004 284 V 0.044 0.074 0.163 0.275 0.273 0.161 0.011 285 K 0.323 0.406 0.163 0.072 0.030 0.005 0.001 286 V 0.438 0.313 0.143 0.077 0.022 0.006 0.001 287 L 0.284 0.152 0.240 0.231 0.079 0.014 0.001 288 D 0.864 0.124 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001