# TARGET T0518 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0518.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 997 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.440 0.193 0.144 0.118 0.073 0.028 0.004 2 K 0.458 0.225 0.168 0.098 0.037 0.012 0.002 3 K 0.561 0.241 0.115 0.055 0.019 0.007 0.001 4 V 0.376 0.223 0.161 0.133 0.071 0.031 0.005 5 F 0.264 0.176 0.171 0.174 0.128 0.074 0.013 6 Y 0.246 0.205 0.203 0.170 0.102 0.061 0.014 7 P 0.285 0.244 0.190 0.142 0.078 0.046 0.015 8 L 0.147 0.139 0.170 0.211 0.176 0.116 0.041 9 A 0.104 0.153 0.194 0.232 0.158 0.112 0.046 10 C 0.075 0.071 0.095 0.179 0.203 0.230 0.148 11 C 0.063 0.068 0.095 0.203 0.185 0.211 0.174 12 C 0.058 0.049 0.067 0.174 0.171 0.219 0.261 13 L 0.043 0.046 0.071 0.188 0.149 0.197 0.306 14 A 0.035 0.036 0.054 0.153 0.150 0.209 0.362 15 A 0.032 0.036 0.048 0.129 0.132 0.217 0.406 16 G 0.030 0.040 0.058 0.174 0.135 0.193 0.369 17 V 0.030 0.030 0.046 0.171 0.138 0.217 0.368 18 F 0.031 0.033 0.041 0.141 0.170 0.255 0.329 19 A 0.032 0.032 0.039 0.134 0.140 0.247 0.375 20 S 0.035 0.039 0.046 0.168 0.134 0.243 0.335 21 C 0.029 0.041 0.045 0.128 0.186 0.290 0.280 22 G 0.035 0.052 0.064 0.148 0.216 0.292 0.194 23 G 0.036 0.075 0.088 0.186 0.216 0.259 0.139 24 Q 0.061 0.090 0.119 0.228 0.235 0.191 0.075 25 K 0.082 0.149 0.216 0.246 0.201 0.092 0.015 26 K 0.113 0.198 0.249 0.222 0.144 0.066 0.008 27 A 0.099 0.120 0.193 0.267 0.223 0.091 0.007 28 N 0.262 0.305 0.230 0.139 0.050 0.014 0.001 29 A 0.231 0.197 0.238 0.219 0.092 0.021 0.001 30 Q 0.491 0.278 0.134 0.069 0.024 0.004 0.001 31 E 0.681 0.247 0.049 0.017 0.005 0.001 0.001 32 E 0.590 0.267 0.093 0.038 0.010 0.002 0.001 33 P 0.427 0.257 0.188 0.100 0.023 0.004 0.001 34 S 0.417 0.236 0.202 0.105 0.034 0.007 0.001 35 K 0.477 0.280 0.152 0.067 0.018 0.004 0.001 36 V 0.307 0.249 0.176 0.155 0.084 0.028 0.002 37 A 0.202 0.227 0.201 0.192 0.121 0.053 0.004 38 L 0.212 0.213 0.222 0.188 0.109 0.050 0.005 39 S 0.314 0.257 0.174 0.134 0.081 0.035 0.005 40 Y 0.167 0.172 0.198 0.216 0.161 0.076 0.010 41 S 0.249 0.227 0.198 0.158 0.107 0.052 0.008 42 K 0.315 0.264 0.174 0.133 0.074 0.035 0.006 43 S 0.263 0.210 0.168 0.173 0.117 0.059 0.010 44 L 0.188 0.183 0.230 0.208 0.122 0.061 0.007 45 K 0.308 0.269 0.185 0.139 0.064 0.031 0.004 46 A 0.174 0.152 0.180 0.217 0.175 0.092 0.010 47 P 0.268 0.219 0.196 0.173 0.093 0.046 0.005 48 E 0.417 0.251 0.159 0.101 0.047 0.022 0.003 49 T 0.393 0.236 0.165 0.121 0.058 0.023 0.004 50 D 0.366 0.248 0.155 0.120 0.073 0.033 0.005 51 S 0.275 0.242 0.178 0.155 0.091 0.050 0.009 52 L 0.204 0.184 0.194 0.202 0.131 0.075 0.010 53 N 0.230 0.249 0.190 0.160 0.104 0.059 0.007 54 L 0.096 0.135 0.188 0.222 0.213 0.132 0.014 55 P 0.142 0.185 0.210 0.224 0.153 0.079 0.008 56 V 0.192 0.216 0.240 0.193 0.112 0.043 0.004 57 D 0.434 0.283 0.145 0.086 0.037 0.013 0.002 58 E 0.404 0.308 0.147 0.083 0.042 0.014 0.002 59 N 0.258 0.314 0.197 0.149 0.060 0.021 0.002 60 G 0.045 0.159 0.253 0.283 0.174 0.076 0.010 61 Y 0.012 0.028 0.050 0.131 0.315 0.389 0.076 62 I 0.012 0.062 0.152 0.304 0.254 0.194 0.020 63 T 0.020 0.075 0.127 0.201 0.299 0.245 0.033 64 I 0.010 0.053 0.136 0.240 0.309 0.223 0.030 65 F 0.011 0.030 0.077 0.174 0.365 0.296 0.047 66 D 0.060 0.220 0.279 0.247 0.138 0.051 0.005 67 G 0.174 0.276 0.263 0.191 0.078 0.018 0.001 68 E 0.294 0.361 0.207 0.104 0.028 0.005 0.001 69 T 0.226 0.363 0.209 0.130 0.058 0.013 0.001 70 F 0.054 0.089 0.192 0.358 0.240 0.064 0.003 71 N 0.312 0.376 0.203 0.080 0.024 0.005 0.001 72 G 0.235 0.320 0.260 0.149 0.029 0.007 0.001 73 W 0.078 0.063 0.097 0.192 0.388 0.169 0.013 74 R 0.145 0.293 0.251 0.190 0.086 0.034 0.002 75 G 0.155 0.216 0.225 0.199 0.137 0.062 0.005 76 Y 0.190 0.246 0.265 0.200 0.073 0.024 0.002 77 G 0.342 0.203 0.188 0.151 0.086 0.028 0.003 78 K 0.579 0.231 0.112 0.051 0.020 0.006 0.001 79 D 0.605 0.242 0.095 0.043 0.012 0.003 0.001 80 R 0.362 0.310 0.176 0.100 0.038 0.013 0.001 81 V 0.162 0.182 0.214 0.252 0.136 0.050 0.004 82 P 0.229 0.297 0.232 0.149 0.065 0.026 0.002 83 T 0.228 0.293 0.210 0.166 0.076 0.025 0.002 84 K 0.097 0.279 0.276 0.207 0.104 0.034 0.003 85 W 0.020 0.048 0.095 0.246 0.362 0.211 0.019 86 T 0.020 0.144 0.275 0.329 0.153 0.074 0.005 87 I 0.014 0.034 0.077 0.202 0.331 0.300 0.042 88 E 0.033 0.138 0.211 0.278 0.221 0.109 0.010 89 D 0.041 0.154 0.230 0.259 0.200 0.100 0.016 90 G 0.012 0.063 0.130 0.228 0.308 0.216 0.042 91 C 0.007 0.054 0.140 0.290 0.292 0.188 0.029 92 I 0.002 0.006 0.013 0.043 0.215 0.552 0.170 93 K 0.006 0.055 0.185 0.353 0.246 0.136 0.018 94 F 0.004 0.015 0.031 0.086 0.287 0.493 0.084 95 N 0.029 0.144 0.295 0.323 0.158 0.048 0.003 96 G 0.063 0.132 0.202 0.289 0.232 0.079 0.004 97 S 0.252 0.323 0.234 0.127 0.053 0.012 0.001 98 G 0.383 0.293 0.169 0.107 0.039 0.009 0.001 99 G 0.475 0.284 0.135 0.073 0.027 0.007 0.001 100 G 0.430 0.232 0.189 0.107 0.034 0.008 0.001 101 E 0.571 0.236 0.119 0.053 0.017 0.004 0.001 102 A 0.489 0.251 0.143 0.079 0.030 0.008 0.001 103 Q 0.358 0.253 0.183 0.125 0.057 0.021 0.002 104 D 0.316 0.277 0.186 0.125 0.062 0.030 0.004 105 G 0.129 0.174 0.259 0.231 0.130 0.067 0.010 106 D 0.120 0.213 0.209 0.211 0.160 0.074 0.013 107 G 0.032 0.100 0.160 0.251 0.247 0.179 0.030 108 G 0.016 0.048 0.071 0.169 0.311 0.336 0.049 109 D 0.011 0.063 0.141 0.234 0.266 0.254 0.031 110 L 0.006 0.020 0.049 0.115 0.269 0.428 0.113 111 I 0.006 0.029 0.093 0.196 0.281 0.317 0.079 112 F 0.012 0.046 0.117 0.223 0.319 0.250 0.034 113 A 0.089 0.258 0.303 0.236 0.091 0.022 0.001 114 H 0.336 0.450 0.126 0.060 0.023 0.004 0.001 115 K 0.155 0.370 0.242 0.163 0.056 0.014 0.001 116 F 0.026 0.051 0.195 0.368 0.283 0.074 0.002 117 K 0.344 0.458 0.147 0.040 0.010 0.002 0.001 118 N 0.255 0.470 0.192 0.061 0.019 0.003 0.001 119 F 0.005 0.022 0.057 0.211 0.437 0.246 0.022 120 E 0.006 0.091 0.262 0.378 0.187 0.072 0.005 121 L 0.001 0.007 0.019 0.065 0.217 0.553 0.137 122 E 0.003 0.036 0.183 0.415 0.265 0.089 0.010 123 L 0.001 0.003 0.006 0.024 0.157 0.636 0.174 124 E 0.003 0.050 0.176 0.343 0.284 0.124 0.020 125 W 0.002 0.011 0.026 0.092 0.300 0.484 0.085 126 K 0.011 0.089 0.243 0.305 0.244 0.098 0.011 127 V 0.022 0.059 0.107 0.218 0.331 0.234 0.029 128 A 0.121 0.229 0.237 0.226 0.130 0.049 0.008 129 K 0.257 0.241 0.230 0.165 0.066 0.035 0.006 130 G 0.173 0.182 0.225 0.214 0.116 0.071 0.018 131 S 0.107 0.102 0.126 0.176 0.226 0.200 0.062 132 N 0.046 0.062 0.088 0.141 0.211 0.286 0.165 133 S 0.016 0.022 0.031 0.054 0.136 0.341 0.401 134 G 0.006 0.008 0.014 0.027 0.073 0.229 0.643 135 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.028 0.178 0.783 136 L 0.001 0.003 0.005 0.013 0.047 0.198 0.733 137 Y 0.001 0.003 0.006 0.017 0.069 0.296 0.608 138 L 0.003 0.015 0.034 0.098 0.223 0.381 0.246 139 A 0.008 0.030 0.060 0.139 0.326 0.355 0.083 140 Q 0.042 0.144 0.247 0.273 0.203 0.084 0.007 141 E 0.148 0.266 0.260 0.209 0.085 0.030 0.002 142 V 0.233 0.207 0.245 0.191 0.097 0.026 0.001 143 T 0.403 0.240 0.195 0.121 0.032 0.008 0.001 144 S 0.621 0.221 0.101 0.041 0.013 0.003 0.001 145 K 0.527 0.230 0.138 0.079 0.021 0.004 0.001 146 D 0.613 0.247 0.086 0.037 0.013 0.003 0.001 147 K 0.386 0.261 0.184 0.118 0.038 0.012 0.001 148 D 0.465 0.279 0.138 0.074 0.032 0.011 0.001 149 G 0.264 0.224 0.189 0.171 0.099 0.047 0.007 150 N 0.215 0.209 0.189 0.180 0.126 0.070 0.012 151 D 0.155 0.187 0.190 0.187 0.148 0.109 0.023 152 V 0.132 0.166 0.152 0.182 0.181 0.145 0.043 153 L 0.099 0.131 0.134 0.177 0.193 0.198 0.068 154 E 0.121 0.142 0.133 0.173 0.174 0.184 0.074 155 P 0.145 0.163 0.134 0.156 0.153 0.166 0.083 156 I 0.077 0.088 0.094 0.147 0.213 0.257 0.124 157 Y 0.056 0.106 0.118 0.158 0.207 0.244 0.111 158 I 0.048 0.082 0.105 0.159 0.237 0.244 0.125 159 S 0.049 0.114 0.132 0.159 0.216 0.217 0.113 160 A 0.020 0.051 0.087 0.145 0.238 0.288 0.171 161 P 0.005 0.011 0.024 0.057 0.170 0.365 0.369 162 E 0.001 0.006 0.014 0.033 0.108 0.367 0.472 163 Y 0.001 0.001 0.003 0.010 0.057 0.322 0.606 164 Q 0.003 0.015 0.041 0.091 0.215 0.363 0.273 165 I 0.001 0.006 0.013 0.039 0.175 0.450 0.315 166 L 0.003 0.011 0.027 0.064 0.226 0.459 0.210 167 D 0.020 0.103 0.267 0.333 0.174 0.088 0.015 168 N 0.065 0.150 0.237 0.271 0.179 0.088 0.009 169 A 0.174 0.180 0.240 0.226 0.129 0.047 0.004 170 N 0.370 0.289 0.177 0.107 0.038 0.017 0.002 171 H 0.216 0.203 0.227 0.203 0.105 0.041 0.005 172 P 0.343 0.243 0.183 0.137 0.066 0.025 0.003 173 D 0.363 0.291 0.158 0.104 0.055 0.024 0.005 174 A 0.184 0.176 0.175 0.205 0.161 0.084 0.016 175 K 0.156 0.218 0.192 0.188 0.147 0.085 0.014 176 L 0.120 0.153 0.156 0.191 0.195 0.153 0.033 177 G 0.136 0.139 0.140 0.185 0.200 0.162 0.039 178 K 0.196 0.210 0.210 0.187 0.112 0.069 0.015 179 D 0.277 0.216 0.181 0.158 0.098 0.057 0.014 180 N 0.330 0.241 0.169 0.126 0.078 0.044 0.011 181 N 0.277 0.205 0.171 0.157 0.105 0.066 0.019 182 R 0.226 0.211 0.194 0.167 0.110 0.071 0.020 183 Q 0.180 0.206 0.173 0.179 0.138 0.095 0.028 184 S 0.090 0.116 0.126 0.195 0.222 0.200 0.051 185 A 0.095 0.146 0.152 0.195 0.185 0.179 0.047 186 S 0.075 0.112 0.135 0.190 0.216 0.203 0.070 187 L 0.046 0.074 0.090 0.155 0.237 0.292 0.105 188 Y 0.052 0.092 0.138 0.201 0.249 0.212 0.056 189 D 0.129 0.227 0.215 0.196 0.131 0.079 0.021 190 M 0.078 0.099 0.140 0.233 0.254 0.164 0.033 191 I 0.123 0.160 0.185 0.216 0.188 0.111 0.016 192 P 0.250 0.260 0.214 0.156 0.080 0.037 0.004 193 A 0.371 0.269 0.155 0.118 0.060 0.025 0.003 194 V 0.236 0.187 0.204 0.196 0.120 0.051 0.005 195 P 0.348 0.223 0.185 0.144 0.071 0.027 0.003 196 Q 0.531 0.269 0.117 0.054 0.021 0.008 0.001 197 N 0.360 0.227 0.168 0.144 0.071 0.027 0.003 198 S 0.290 0.223 0.197 0.154 0.093 0.039 0.003 199 K 0.319 0.262 0.203 0.134 0.058 0.021 0.002 200 P 0.384 0.291 0.161 0.094 0.049 0.019 0.002 201 F 0.176 0.177 0.195 0.232 0.144 0.068 0.008 202 G 0.301 0.255 0.185 0.135 0.082 0.037 0.005 203 E 0.200 0.308 0.228 0.153 0.070 0.034 0.005 204 W 0.034 0.064 0.124 0.223 0.305 0.210 0.041 205 N 0.021 0.080 0.161 0.263 0.269 0.182 0.024 206 K 0.039 0.170 0.287 0.252 0.152 0.083 0.018 207 A 0.005 0.020 0.042 0.139 0.345 0.378 0.071 208 K 0.007 0.064 0.165 0.360 0.257 0.135 0.012 209 I 0.002 0.007 0.017 0.048 0.194 0.615 0.117 210 M 0.011 0.100 0.254 0.388 0.188 0.055 0.004 211 V 0.007 0.024 0.071 0.208 0.390 0.275 0.025 212 Y 0.041 0.184 0.311 0.284 0.140 0.038 0.002 213 K 0.288 0.439 0.166 0.071 0.028 0.007 0.001 214 G 0.184 0.338 0.227 0.185 0.054 0.011 0.001 215 T 0.032 0.171 0.283 0.312 0.147 0.050 0.004 216 V 0.014 0.023 0.037 0.125 0.321 0.395 0.084 217 V 0.018 0.102 0.213 0.358 0.198 0.101 0.010 218 H 0.018 0.042 0.061 0.115 0.274 0.396 0.094 219 G 0.017 0.067 0.157 0.231 0.255 0.218 0.057 220 Q 0.023 0.063 0.112 0.207 0.326 0.215 0.054 221 N 0.056 0.153 0.234 0.225 0.199 0.108 0.025 222 D 0.185 0.274 0.196 0.178 0.107 0.050 0.009 223 E 0.273 0.296 0.194 0.128 0.072 0.032 0.005 224 N 0.073 0.182 0.271 0.288 0.128 0.051 0.007 225 V 0.021 0.042 0.076 0.157 0.324 0.321 0.059 226 L 0.019 0.044 0.077 0.184 0.304 0.311 0.061 227 E 0.056 0.188 0.252 0.260 0.162 0.071 0.010 228 Y 0.015 0.050 0.103 0.195 0.346 0.258 0.033 229 H 0.035 0.139 0.239 0.269 0.227 0.085 0.007 230 L 0.079 0.197 0.254 0.251 0.156 0.059 0.004 231 W 0.100 0.153 0.250 0.277 0.164 0.053 0.004 232 T 0.315 0.252 0.229 0.142 0.048 0.013 0.001 233 K 0.380 0.272 0.193 0.111 0.035 0.008 0.001 234 Q 0.448 0.322 0.128 0.071 0.025 0.007 0.001 235 W 0.175 0.167 0.220 0.244 0.142 0.049 0.003 236 T 0.391 0.274 0.187 0.104 0.033 0.010 0.001 237 D 0.493 0.272 0.133 0.068 0.026 0.008 0.001 238 M 0.258 0.228 0.195 0.183 0.100 0.033 0.004 239 L 0.160 0.192 0.208 0.211 0.150 0.073 0.007 240 Q 0.234 0.268 0.187 0.161 0.095 0.049 0.006 241 A 0.238 0.209 0.180 0.185 0.122 0.059 0.007 242 S 0.247 0.223 0.199 0.165 0.110 0.050 0.006 243 K 0.175 0.230 0.223 0.199 0.116 0.052 0.005 244 F 0.114 0.134 0.187 0.240 0.213 0.103 0.009 245 S 0.293 0.283 0.193 0.133 0.066 0.029 0.003 246 E 0.465 0.262 0.139 0.081 0.036 0.015 0.003 247 D 0.240 0.193 0.230 0.200 0.093 0.036 0.007 248 K 0.189 0.253 0.206 0.181 0.103 0.057 0.011 249 W 0.040 0.069 0.106 0.197 0.263 0.272 0.054 250 P 0.046 0.090 0.132 0.211 0.203 0.247 0.071 251 L 0.026 0.043 0.062 0.100 0.201 0.384 0.185 252 A 0.032 0.053 0.061 0.103 0.188 0.293 0.270 253 F 0.017 0.023 0.025 0.042 0.132 0.369 0.393 254 E 0.038 0.084 0.099 0.149 0.176 0.244 0.209 255 L 0.031 0.051 0.069 0.122 0.221 0.316 0.191 256 L 0.066 0.121 0.129 0.179 0.196 0.210 0.099 257 N 0.166 0.198 0.212 0.180 0.119 0.090 0.035 258 N 0.195 0.221 0.192 0.179 0.110 0.074 0.029 259 C 0.123 0.126 0.136 0.182 0.218 0.173 0.042 260 G 0.149 0.155 0.140 0.193 0.175 0.152 0.035 261 G 0.238 0.258 0.197 0.145 0.092 0.059 0.011 262 E 0.248 0.236 0.199 0.170 0.092 0.046 0.009 263 N 0.172 0.190 0.199 0.195 0.150 0.077 0.017 264 H 0.138 0.193 0.236 0.220 0.132 0.068 0.015 265 E 0.138 0.262 0.230 0.164 0.121 0.068 0.018 266 G 0.019 0.048 0.071 0.190 0.330 0.282 0.059 267 F 0.006 0.031 0.078 0.201 0.264 0.345 0.074 268 I 0.002 0.004 0.009 0.025 0.094 0.498 0.368 269 G 0.005 0.016 0.043 0.099 0.194 0.337 0.306 270 L 0.002 0.005 0.009 0.020 0.102 0.420 0.442 271 Q 0.010 0.045 0.096 0.189 0.247 0.288 0.125 272 D 0.019 0.062 0.125 0.207 0.300 0.241 0.047 273 H 0.059 0.152 0.235 0.276 0.176 0.090 0.011 274 G 0.330 0.314 0.171 0.102 0.055 0.025 0.003 275 D 0.360 0.301 0.173 0.107 0.043 0.014 0.002 276 D 0.268 0.388 0.213 0.090 0.030 0.010 0.002 277 V 0.032 0.045 0.080 0.208 0.352 0.240 0.042 278 W 0.020 0.108 0.218 0.324 0.205 0.113 0.011 279 F 0.016 0.042 0.087 0.155 0.253 0.367 0.080 280 R 0.019 0.107 0.189 0.270 0.268 0.132 0.014 281 N 0.025 0.127 0.217 0.290 0.230 0.099 0.011 282 I 0.009 0.028 0.069 0.165 0.326 0.350 0.052 283 R 0.031 0.166 0.269 0.298 0.172 0.061 0.003 284 V 0.031 0.058 0.147 0.299 0.295 0.160 0.009 285 K 0.388 0.471 0.098 0.029 0.013 0.002 0.001 286 V 0.390 0.359 0.148 0.080 0.019 0.004 0.001 287 L 0.158 0.119 0.285 0.300 0.119 0.018 0.001 288 D 0.817 0.163 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001