This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA K A 3 3 NATAA K A 4 4 NATAA V A 5 5 NATAA F A 6 6 NATAA Y A 7 7 NATRO P A 8 8 NATAA L A 9 9 NATAA A A 10 10 NATRO C A 11 11 NATRO C A 12 12 NATRO C A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA A A 15 15 NATAA A A 16 16 NATAA G A 17 17 NATAA V A 18 18 NATAA F A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA S A 21 21 NATRO C A 22 22 NATAA G A 23 23 NATAA G A 24 24 NATAA Q A 25 25 NATAA K A 26 26 NATAA K A 27 27 NATAA A A 28 28 NATAA N A 29 29 NATAA A A 30 30 NATAA Q A 31 31 NATAA E A 32 32 NATAA E A 33 33 NATRO P A 34 34 NATAA S A 35 35 NATAA K A 36 36 NATAA V A 37 37 NATAA A A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA S A 40 40 NATAA Y A 41 41 NATAA S A 42 42 NATAA K A 43 43 NATAA S A 44 44 NATAA L A 45 45 NATAA K A 46 46 NATAA A A 47 47 NATRO P A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA T A 50 50 NATAA D A 51 51 NATAA S A 52 52 NATAA L A 53 53 NATAA N A 54 54 NATAA L A 55 55 NATRO P A 56 56 NATAA V A 57 57 NATAA D A 58 58 NATAA E A 59 59 NATAA N A 60 60 NATAA G A 61 61 NATAA Y A 62 62 NATAA I A 63 63 NATAA T A 64 64 NATAA I A 65 65 NATAA F A 66 66 NATAA D A 67 67 NATAA G A 68 68 NATAA E A 69 69 NATAA T A 70 70 NATAA F A 71 71 NATAA N A 72 72 NATAA G A 73 73 NATAA W A 74 74 NATAA R A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA Y A 77 77 NATAA G A 78 78 NATAA K A 79 79 NATAA D A 80 80 NATAA R A 81 81 NATAA V A 82 82 NATRO P A 83 83 NATAA T A 84 84 NATAA K A 85 85 NATAA W A 86 86 NATAA T A 87 87 NATAA I A 88 88 NATAA E A 89 89 NATAA D A 90 90 NATAA G A 91 91 NATRO C A 92 92 NATAA I A 93 93 NATAA K A 94 94 NATAA F A 95 95 NATAA N A 96 96 NATAA G A 97 97 NATAA S A 98 98 NATAA G A 99 99 NATAA G A 100 100 NATAA G A 101 101 NATAA E A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA Q A 104 104 NATAA D A 105 105 NATAA G A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA G A 108 108 NATAA G A 109 109 NATAA D A 110 110 NATAA L A 111 111 NATAA I A 112 112 NATAA F A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA H A 115 115 NATAA K A 116 116 NATAA F A 117 117 NATAA K A 118 118 NATAA N A 119 119 NATAA F A 120 120 NATAA E A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA E A 123 123 NATAA L A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA W A 126 126 NATAA K A 127 127 NATAA V A 128 128 NATAA A A 129 129 NATAA K A 130 130 NATAA G A 131 131 NATAA S A 132 132 NATAA N A 133 133 NATAA S A 134 134 NATAA G A 135 135 NATAA I A 136 136 NATAA L A 137 137 NATAA Y A 138 138 NATAA L A 139 139 NATAA A A 140 140 NATAA Q A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA V A 143 143 NATAA T A 144 144 NATAA S A 145 145 NATAA K A 146 146 NATAA D A 147 147 NATAA K A 148 148 NATAA D A 149 149 NATAA G A 150 150 NATAA N A 151 151 NATAA D A 152 152 NATAA V A 153 153 NATAA L A 154 154 NATAA E A 155 155 NATRO P A 156 156 NATAA I A 157 157 NATAA Y A 158 158 NATAA I A 159 159 NATAA S A 160 160 NATAA A A 161 161 NATRO P A 162 162 NATAA E A 163 163 NATAA Y A 164 164 NATAA Q A 165 165 NATAA I A 166 166 NATAA L A 167 167 NATAA D A 168 168 NATAA N A 169 169 NATAA A A 170 170 NATAA N A 171 171 NATAA H A 172 172 NATRO P A 173 173 NATAA D A 174 174 NATAA A A 175 175 NATAA K A 176 176 NATAA L A 177 177 NATAA G A 178 178 NATAA K A 179 179 NATAA D A 180 180 NATAA N A 181 181 NATAA N A 182 182 NATAA R A 183 183 NATAA Q A 184 184 NATAA S A 185 185 NATAA A A 186 186 NATAA S A 187 187 NATAA L A 188 188 NATAA Y A 189 189 NATAA D A 190 190 NATAA M A 191 191 NATAA I A 192 192 NATRO P A 193 193 NATAA A A 194 194 NATAA V A 195 195 NATRO P A 196 196 NATAA Q A 197 197 NATAA N A 198 198 NATAA S A 199 199 NATAA K A 200 200 NATRO P A 201 201 NATAA F A 202 202 NATAA G A 203 203 NATAA E A 204 204 NATAA W A 205 205 NATAA N A 206 206 NATAA K A 207 207 NATAA A A 208 208 NATAA K A 209 209 NATAA I A 210 210 NATAA M A 211 211 NATAA V A 212 212 NATAA Y A 213 213 NATAA K A 214 214 NATAA G A 215 215 NATAA T A 216 216 NATAA V A 217 217 NATAA V A 218 218 NATAA H A 219 219 NATAA G A 220 220 NATAA Q A 221 221 NATAA N A 222 222 NATAA D A 223 223 NATAA E A 224 224 NATAA N A 225 225 NATAA V A 226 226 NATAA L A 227 227 NATAA E A 228 228 NATAA Y A 229 229 NATAA H A 230 230 NATAA L A 231 231 NATAA W A 232 232 NATAA T A 233 233 NATAA K A 234 234 NATAA Q A 235 235 NATAA W A 236 236 NATAA T A 237 237 NATAA D A 238 238 NATAA M A 239 239 NATAA L A 240 240 NATAA Q A 241 241 NATAA A A 242 242 NATAA S A 243 243 NATAA K A 244 244 NATAA F A 245 245 NATAA S A 246 246 NATAA E A 247 247 NATAA D A 248 248 NATAA K A 249 249 NATAA W A 250 250 NATRO P A 251 251 NATAA L A 252 252 NATAA A A 253 253 NATAA F A 254 254 NATAA E A 255 255 NATAA L A 256 256 NATAA L A 257 257 NATAA N A 258 258 NATAA N A 259 259 NATRO C A 260 260 NATAA G A 261 261 NATAA G A 262 262 NATAA E A 263 263 NATAA N A 264 264 NATAA H A 265 265 NATAA E A 266 266 NATAA G A 267 267 NATAA F A 268 268 NATAA I A 269 269 NATAA G A 270 270 NATAA L A 271 271 NATAA Q A 272 272 NATAA D A 273 273 NATAA H A 274 274 NATAA G A 275 275 NATAA D A 276 276 NATAA D A 277 277 NATAA V A 278 278 NATAA W A 279 279 NATAA F A 280 280 NATAA R A 281 281 NATAA N A 282 282 NATAA I A 283 283 NATAA R A 284 284 NATAA V A 285 285 NATAA K A 286 286 NATAA V A 287 287 NATAA L A 288 288 NATAA D