# TARGET T0518 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0518.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 363 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.007 0.010 0.014 0.103 0.841 2 K 0.070 0.052 0.031 0.052 0.214 0.581 3 K 0.066 0.055 0.027 0.054 0.551 0.246 4 V 0.044 0.019 0.028 0.072 0.678 0.160 5 F 0.018 0.012 0.019 0.075 0.680 0.196 6 Y 0.039 0.022 0.049 0.090 0.642 0.158 7 P 0.062 0.030 0.174 0.185 0.367 0.182 8 L 0.070 0.016 0.343 0.226 0.250 0.094 9 A 0.083 0.011 0.433 0.215 0.204 0.053 10 C 0.110 0.016 0.222 0.353 0.205 0.094 11 C 0.101 0.009 0.105 0.372 0.240 0.173 12 C 0.130 0.021 0.055 0.310 0.287 0.198 13 L 0.124 0.021 0.033 0.229 0.387 0.206 14 A 0.093 0.014 0.029 0.137 0.620 0.106 15 A 0.054 0.006 0.028 0.064 0.749 0.099 16 G 0.056 0.007 0.017 0.019 0.758 0.144 17 V 0.224 0.021 0.014 0.014 0.467 0.261 18 F 0.447 0.040 0.013 0.018 0.178 0.303 19 A 0.541 0.029 0.021 0.027 0.177 0.207 20 S 0.405 0.013 0.033 0.044 0.285 0.220 21 C 0.380 0.022 0.032 0.091 0.270 0.204 22 G 0.288 0.008 0.029 0.100 0.362 0.213 23 G 0.247 0.005 0.021 0.095 0.349 0.281 24 Q 0.492 0.015 0.019 0.070 0.183 0.223 25 K 0.664 0.015 0.014 0.085 0.098 0.124 26 K 0.719 0.008 0.012 0.093 0.057 0.111 27 A 0.706 0.010 0.017 0.117 0.063 0.089 28 N 0.632 0.010 0.019 0.172 0.080 0.086 29 A 0.449 0.004 0.023 0.269 0.115 0.140 30 Q 0.289 0.008 0.015 0.272 0.170 0.246 31 E 0.119 0.008 0.032 0.497 0.153 0.191 32 E 0.089 0.009 0.035 0.645 0.103 0.119 33 P 0.048 0.003 0.051 0.761 0.078 0.059 34 S 0.028 0.003 0.048 0.797 0.064 0.060 35 K 0.017 0.003 0.040 0.837 0.052 0.052 36 V 0.014 0.002 0.031 0.867 0.042 0.044 37 A 0.010 0.002 0.028 0.879 0.037 0.044 38 L 0.007 0.001 0.030 0.895 0.031 0.036 39 S 0.006 0.001 0.025 0.906 0.027 0.034 40 Y 0.007 0.002 0.022 0.899 0.029 0.041 41 S 0.007 0.001 0.017 0.911 0.025 0.038 42 K 0.005 0.001 0.016 0.901 0.028 0.049 43 S 0.005 0.001 0.020 0.904 0.028 0.041 44 L 0.006 0.001 0.022 0.907 0.032 0.031 45 K 0.007 0.002 0.027 0.885 0.039 0.041 46 A 0.007 0.002 0.027 0.852 0.054 0.058 47 P 0.009 0.002 0.027 0.799 0.077 0.085 48 E 0.011 0.004 0.029 0.721 0.112 0.122 49 T 0.013 0.005 0.043 0.652 0.148 0.140 50 D 0.018 0.004 0.047 0.529 0.181 0.221 51 S 0.034 0.007 0.046 0.472 0.191 0.249 52 L 0.034 0.011 0.048 0.444 0.205 0.259 53 N 0.034 0.008 0.054 0.376 0.234 0.295 54 L 0.027 0.004 0.062 0.473 0.211 0.224 55 P 0.032 0.010 0.055 0.533 0.193 0.178 56 V 0.032 0.010 0.072 0.415 0.288 0.183 57 D 0.019 0.004 0.066 0.504 0.259 0.148 58 E 0.015 0.005 0.087 0.490 0.311 0.091 59 N 0.010 0.002 0.077 0.491 0.299 0.121 60 G 0.039 0.005 0.028 0.122 0.414 0.392 61 Y 0.235 0.019 0.025 0.078 0.206 0.436 62 I 0.625 0.025 0.036 0.069 0.106 0.139 63 T 0.716 0.016 0.044 0.063 0.067 0.094 64 I 0.628 0.022 0.044 0.093 0.131 0.082 65 F 0.474 0.020 0.033 0.082 0.235 0.157 66 D 0.172 0.005 0.023 0.039 0.475 0.285 67 G 0.117 0.019 0.111 0.056 0.503 0.194 68 E 0.199 0.056 0.129 0.065 0.382 0.169 69 T 0.143 0.052 0.165 0.096 0.412 0.131 70 F 0.053 0.009 0.220 0.132 0.501 0.086 71 N 0.058 0.010 0.159 0.130 0.524 0.119 72 G 0.093 0.010 0.141 0.131 0.516 0.109 73 W 0.244 0.024 0.067 0.112 0.369 0.185 74 R 0.465 0.047 0.037 0.072 0.207 0.173 75 G 0.503 0.021 0.033 0.051 0.224 0.168 76 Y 0.347 0.026 0.029 0.048 0.315 0.235 77 G 0.180 0.025 0.028 0.040 0.440 0.287 78 K 0.105 0.013 0.043 0.029 0.581 0.229 79 D 0.087 0.021 0.054 0.022 0.582 0.234 80 R 0.113 0.030 0.054 0.013 0.571 0.218 81 V 0.144 0.032 0.050 0.010 0.489 0.275 82 P 0.168 0.010 0.051 0.010 0.497 0.263 83 T 0.239 0.011 0.054 0.012 0.449 0.234 84 K 0.563 0.011 0.019 0.008 0.217 0.182 85 W 0.858 0.010 0.006 0.004 0.056 0.066 86 T 0.932 0.007 0.002 0.002 0.025 0.033 87 I 0.864 0.014 0.003 0.002 0.096 0.021 88 E 0.425 0.007 0.007 0.005 0.506 0.051 89 D 0.101 0.001 0.007 0.003 0.851 0.038 90 G 0.167 0.005 0.009 0.005 0.759 0.055 91 C 0.821 0.020 0.002 0.003 0.075 0.079 92 I 0.947 0.008 0.001 0.002 0.011 0.031 93 K 0.941 0.003 0.001 0.002 0.011 0.042 94 F 0.900 0.012 0.002 0.004 0.023 0.060 95 N 0.518 0.007 0.011 0.014 0.135 0.315 96 G 0.268 0.016 0.012 0.016 0.223 0.465 97 S 0.064 0.016 0.015 0.021 0.336 0.548 98 G 0.028 0.009 0.061 0.083 0.447 0.372 99 G 0.019 0.008 0.101 0.157 0.459 0.255 100 G 0.023 0.010 0.211 0.222 0.435 0.099 101 E 0.042 0.009 0.131 0.199 0.449 0.170 102 A 0.059 0.017 0.132 0.186 0.386 0.219 103 Q 0.074 0.037 0.148 0.144 0.370 0.227 104 D 0.056 0.018 0.135 0.096 0.463 0.231 105 G 0.038 0.012 0.136 0.072 0.526 0.215 106 D 0.034 0.012 0.075 0.036 0.531 0.312 107 G 0.069 0.011 0.053 0.016 0.495 0.356 108 G 0.214 0.018 0.025 0.005 0.354 0.383 109 D 0.495 0.024 0.013 0.002 0.180 0.287 110 L 0.788 0.009 0.003 0.001 0.069 0.130 111 I 0.846 0.006 0.002 0.001 0.042 0.104 112 F 0.815 0.010 0.002 0.001 0.059 0.113 113 A 0.632 0.008 0.022 0.004 0.182 0.151 114 H 0.431 0.007 0.030 0.004 0.293 0.235 115 K 0.455 0.014 0.023 0.005 0.343 0.160 116 F 0.402 0.018 0.014 0.003 0.418 0.146 117 K 0.264 0.012 0.007 0.001 0.507 0.209 118 N 0.661 0.007 0.002 0.001 0.196 0.134 119 F 0.948 0.002 0.001 0.001 0.014 0.036 120 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 121 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 122 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 123 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 124 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 125 W 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 126 K 0.930 0.005 0.001 0.001 0.013 0.052 127 V 0.672 0.046 0.002 0.001 0.071 0.209 128 A 0.192 0.032 0.004 0.001 0.650 0.121 129 K 0.035 0.006 0.008 0.001 0.870 0.080 130 G 0.018 0.004 0.007 0.001 0.919 0.052 131 S 0.089 0.037 0.008 0.001 0.769 0.097 132 N 0.318 0.028 0.002 0.001 0.236 0.415 133 S 0.504 0.019 0.003 0.001 0.186 0.287 134 G 0.711 0.008 0.002 0.001 0.099 0.180 135 I 0.940 0.005 0.001 0.001 0.020 0.035 136 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.008 0.025 137 Y 0.971 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 138 L 0.946 0.003 0.001 0.001 0.012 0.038 139 A 0.809 0.006 0.003 0.002 0.043 0.137 140 Q 0.592 0.021 0.005 0.005 0.145 0.232 141 E 0.333 0.028 0.015 0.010 0.230 0.383 142 V 0.159 0.027 0.034 0.025 0.497 0.258 143 T 0.063 0.010 0.086 0.046 0.555 0.240 144 S 0.055 0.013 0.067 0.059 0.531 0.275 145 K 0.060 0.031 0.072 0.100 0.491 0.246 146 D 0.084 0.033 0.049 0.110 0.409 0.315 147 K 0.107 0.028 0.107 0.142 0.408 0.209 148 D 0.098 0.021 0.091 0.119 0.458 0.213 149 G 0.084 0.015 0.107 0.134 0.476 0.184 150 N 0.076 0.019 0.060 0.103 0.454 0.287 151 D 0.079 0.029 0.060 0.083 0.441 0.308 152 V 0.077 0.030 0.080 0.100 0.447 0.266 153 L 0.069 0.025 0.077 0.098 0.399 0.332 154 E 0.055 0.019 0.074 0.080 0.434 0.338 155 P 0.057 0.024 0.072 0.087 0.394 0.366 156 I 0.101 0.029 0.083 0.067 0.371 0.350 157 Y 0.128 0.026 0.070 0.049 0.375 0.352 158 I 0.172 0.027 0.042 0.042 0.350 0.366 159 S 0.206 0.020 0.019 0.026 0.284 0.446 160 A 0.303 0.014 0.016 0.019 0.243 0.404 161 P 0.514 0.013 0.024 0.029 0.152 0.268 162 E 0.793 0.012 0.015 0.020 0.060 0.100 163 Y 0.872 0.007 0.007 0.013 0.033 0.068 164 Q 0.857 0.008 0.004 0.011 0.031 0.089 165 I 0.750 0.017 0.004 0.012 0.048 0.169 166 L 0.445 0.030 0.007 0.015 0.126 0.376 167 D 0.138 0.027 0.014 0.018 0.419 0.384 168 N 0.032 0.015 0.029 0.021 0.608 0.295 169 A 0.016 0.018 0.047 0.035 0.657 0.227 170 N 0.015 0.016 0.061 0.055 0.629 0.224 171 H 0.018 0.021 0.092 0.111 0.540 0.218 172 P 0.016 0.017 0.157 0.210 0.430 0.170 173 D 0.018 0.018 0.181 0.228 0.411 0.143 174 A 0.020 0.015 0.191 0.236 0.418 0.120 175 K 0.030 0.024 0.118 0.203 0.436 0.190 176 L 0.045 0.025 0.126 0.207 0.386 0.211 177 G 0.058 0.021 0.043 0.075 0.465 0.338 178 K 0.085 0.029 0.031 0.055 0.406 0.395 179 D 0.072 0.033 0.021 0.046 0.509 0.319 180 N 0.047 0.013 0.057 0.114 0.577 0.192 181 N 0.076 0.009 0.072 0.152 0.497 0.194 182 R 0.182 0.023 0.077 0.170 0.382 0.165 183 Q 0.327 0.042 0.046 0.165 0.218 0.203 184 S 0.332 0.035 0.046 0.188 0.187 0.211 185 A 0.265 0.015 0.047 0.138 0.264 0.271 186 S 0.291 0.028 0.057 0.137 0.251 0.235 187 L 0.277 0.030 0.076 0.179 0.256 0.183 188 Y 0.233 0.016 0.114 0.194 0.277 0.167 189 D 0.198 0.010 0.088 0.147 0.338 0.218 190 M 0.169 0.014 0.082 0.143 0.314 0.278 191 I 0.128 0.027 0.033 0.105 0.249 0.457 192 P 0.064 0.013 0.037 0.077 0.254 0.556 193 A 0.044 0.014 0.058 0.096 0.305 0.483 194 V 0.034 0.014 0.083 0.116 0.304 0.450 195 P 0.046 0.011 0.135 0.151 0.363 0.294 196 Q 0.043 0.023 0.119 0.090 0.502 0.223 197 N 0.058 0.021 0.096 0.068 0.509 0.248 198 S 0.062 0.030 0.050 0.060 0.488 0.310 199 K 0.050 0.054 0.017 0.027 0.356 0.496 200 P 0.039 0.033 0.009 0.011 0.754 0.154 201 F 0.017 0.005 0.026 0.010 0.873 0.069 202 G 0.027 0.005 0.020 0.003 0.876 0.070 203 E 0.282 0.064 0.011 0.002 0.557 0.085 204 W 0.403 0.011 0.003 0.001 0.107 0.475 205 N 0.834 0.023 0.001 0.001 0.027 0.115 206 K 0.929 0.002 0.001 0.001 0.018 0.049 207 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 208 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 209 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 210 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 211 V 0.983 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 212 Y 0.875 0.010 0.001 0.001 0.088 0.026 213 K 0.099 0.002 0.007 0.002 0.838 0.053 214 G 0.078 0.001 0.010 0.004 0.837 0.070 215 T 0.773 0.006 0.002 0.002 0.173 0.042 216 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 217 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 218 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 219 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 220 Q 0.970 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 221 N 0.331 0.002 0.005 0.003 0.606 0.053 222 D 0.079 0.001 0.017 0.010 0.818 0.075 223 E 0.708 0.012 0.005 0.006 0.205 0.063 224 N 0.938 0.005 0.001 0.003 0.021 0.032 225 V 0.947 0.003 0.001 0.001 0.005 0.044 226 L 0.964 0.006 0.001 0.001 0.007 0.022 227 E 0.838 0.004 0.003 0.006 0.038 0.111 228 Y 0.590 0.006 0.012 0.017 0.127 0.248 229 H 0.265 0.014 0.017 0.025 0.259 0.420 230 L 0.127 0.026 0.024 0.045 0.324 0.454 231 W 0.042 0.015 0.020 0.070 0.304 0.549 232 T 0.025 0.008 0.022 0.114 0.297 0.534 233 K 0.013 0.005 0.051 0.497 0.246 0.189 234 Q 0.015 0.007 0.048 0.565 0.193 0.172 235 W 0.014 0.003 0.043 0.739 0.127 0.075 236 T 0.016 0.003 0.032 0.788 0.101 0.060 237 D 0.016 0.004 0.032 0.821 0.082 0.045 238 M 0.011 0.003 0.030 0.825 0.074 0.056 239 L 0.014 0.005 0.042 0.773 0.086 0.079 240 Q 0.013 0.006 0.043 0.715 0.121 0.103 241 A 0.009 0.004 0.034 0.603 0.156 0.194 242 S 0.011 0.010 0.056 0.272 0.328 0.324 243 K 0.013 0.014 0.090 0.242 0.363 0.278 244 F 0.012 0.013 0.126 0.189 0.446 0.214 245 S 0.013 0.011 0.103 0.169 0.466 0.239 246 E 0.026 0.017 0.068 0.111 0.423 0.355 247 D 0.037 0.023 0.048 0.070 0.463 0.359 248 K 0.055 0.026 0.044 0.061 0.423 0.392 249 W 0.074 0.017 0.039 0.060 0.419 0.390 250 P 0.121 0.024 0.053 0.105 0.361 0.337 251 L 0.166 0.038 0.067 0.196 0.242 0.291 252 A 0.186 0.025 0.109 0.246 0.229 0.205 253 F 0.172 0.021 0.130 0.233 0.244 0.200 254 E 0.142 0.014 0.126 0.253 0.265 0.200 255 L 0.092 0.017 0.084 0.238 0.331 0.238 256 L 0.050 0.013 0.076 0.144 0.466 0.251 257 N 0.048 0.012 0.062 0.078 0.502 0.297 258 N 0.052 0.025 0.060 0.039 0.437 0.386 259 C 0.050 0.051 0.065 0.047 0.387 0.400 260 G 0.044 0.020 0.066 0.044 0.313 0.514 261 G 0.075 0.022 0.098 0.039 0.380 0.386 262 E 0.095 0.041 0.067 0.023 0.418 0.357 263 N 0.075 0.019 0.060 0.022 0.507 0.318 264 H 0.075 0.013 0.063 0.029 0.485 0.336 265 E 0.181 0.018 0.036 0.016 0.413 0.336 266 G 0.335 0.014 0.016 0.009 0.306 0.321 267 F 0.622 0.013 0.006 0.007 0.100 0.251 268 I 0.794 0.018 0.005 0.007 0.054 0.122 269 G 0.847 0.007 0.007 0.009 0.054 0.076 270 L 0.869 0.007 0.010 0.010 0.050 0.055 271 Q 0.813 0.019 0.010 0.009 0.075 0.074 272 D 0.653 0.020 0.013 0.008 0.229 0.077 273 H 0.308 0.008 0.009 0.004 0.524 0.147 274 G 0.124 0.008 0.005 0.002 0.708 0.153 275 D 0.194 0.013 0.007 0.002 0.625 0.160 276 D 0.575 0.007 0.006 0.003 0.245 0.163 277 V 0.818 0.008 0.005 0.004 0.090 0.076 278 W 0.844 0.012 0.003 0.003 0.067 0.072 279 F 0.824 0.016 0.005 0.003 0.098 0.053 280 R 0.551 0.004 0.008 0.004 0.233 0.199 281 N 0.695 0.008 0.005 0.003 0.125 0.165 282 I 0.826 0.014 0.002 0.002 0.050 0.106 283 R 0.858 0.004 0.001 0.002 0.021 0.114 284 V 0.876 0.009 0.002 0.002 0.015 0.096 285 K 0.709 0.008 0.005 0.004 0.054 0.220 286 V 0.392 0.014 0.007 0.004 0.081 0.502 287 L 0.054 0.004 0.002 0.002 0.082 0.854 288 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.957