# TARGET T0518 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0518.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 363 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 K 0.057 0.027 0.010 0.090 0.006 0.057 0.753 3 K 0.086 0.011 0.016 0.117 0.281 0.141 0.348 4 V 0.251 0.011 0.010 0.108 0.093 0.048 0.479 5 F 0.417 0.010 0.006 0.079 0.122 0.034 0.333 6 Y 0.757 0.010 0.005 0.065 0.045 0.012 0.105 7 P 0.795 0.008 0.006 0.082 0.014 0.008 0.086 8 L 0.753 0.004 0.011 0.138 0.024 0.018 0.052 9 A 0.745 0.005 0.021 0.114 0.015 0.027 0.073 10 C 0.551 0.020 0.037 0.142 0.053 0.047 0.150 11 C 0.528 0.009 0.022 0.145 0.115 0.035 0.146 12 C 0.442 0.014 0.035 0.140 0.086 0.046 0.237 13 L 0.273 0.039 0.052 0.187 0.135 0.093 0.221 14 A 0.158 0.014 0.060 0.204 0.113 0.194 0.257 15 A 0.028 0.005 0.028 0.114 0.155 0.584 0.086 16 G 0.021 0.004 0.013 0.040 0.179 0.604 0.139 17 V 0.055 0.016 0.007 0.022 0.257 0.043 0.600 18 F 0.166 0.059 0.015 0.038 0.106 0.042 0.574 19 A 0.298 0.047 0.038 0.052 0.103 0.072 0.390 20 S 0.261 0.028 0.051 0.062 0.108 0.102 0.388 21 C 0.250 0.017 0.047 0.078 0.143 0.170 0.294 22 G 0.178 0.012 0.043 0.105 0.205 0.226 0.230 23 G 0.177 0.010 0.028 0.109 0.256 0.170 0.249 24 Q 0.321 0.012 0.021 0.146 0.128 0.073 0.298 25 K 0.562 0.024 0.014 0.161 0.042 0.027 0.168 26 K 0.618 0.021 0.018 0.198 0.023 0.021 0.101 27 A 0.547 0.015 0.031 0.250 0.031 0.028 0.098 28 N 0.373 0.009 0.056 0.333 0.054 0.056 0.118 29 A 0.237 0.007 0.062 0.385 0.082 0.069 0.158 30 Q 0.164 0.007 0.051 0.364 0.085 0.113 0.216 31 E 0.119 0.007 0.066 0.392 0.102 0.150 0.164 32 E 0.089 0.008 0.067 0.467 0.098 0.074 0.196 33 P 0.050 0.006 0.050 0.640 0.074 0.050 0.130 34 S 0.030 0.004 0.041 0.782 0.027 0.045 0.071 35 K 0.020 0.003 0.027 0.825 0.026 0.048 0.051 36 V 0.017 0.002 0.018 0.864 0.026 0.034 0.039 37 A 0.012 0.001 0.011 0.906 0.020 0.022 0.028 38 L 0.009 0.001 0.008 0.926 0.014 0.022 0.019 39 S 0.006 0.001 0.009 0.931 0.011 0.025 0.018 40 Y 0.006 0.001 0.008 0.916 0.012 0.037 0.018 41 S 0.007 0.001 0.011 0.881 0.015 0.061 0.024 42 K 0.008 0.001 0.013 0.836 0.024 0.084 0.033 43 S 0.009 0.002 0.022 0.804 0.033 0.079 0.052 44 L 0.011 0.003 0.042 0.770 0.043 0.063 0.068 45 K 0.013 0.003 0.059 0.736 0.041 0.086 0.062 46 A 0.012 0.004 0.069 0.666 0.041 0.142 0.066 47 P 0.012 0.005 0.059 0.603 0.075 0.129 0.117 48 E 0.012 0.005 0.058 0.559 0.076 0.130 0.159 49 T 0.010 0.005 0.075 0.478 0.083 0.192 0.157 50 D 0.012 0.006 0.077 0.415 0.097 0.203 0.190 51 S 0.017 0.012 0.070 0.386 0.109 0.178 0.229 52 L 0.016 0.011 0.058 0.349 0.134 0.147 0.285 53 N 0.015 0.010 0.072 0.344 0.103 0.116 0.340 54 L 0.014 0.006 0.091 0.429 0.085 0.144 0.232 55 P 0.013 0.005 0.074 0.430 0.077 0.138 0.263 56 V 0.011 0.012 0.070 0.432 0.095 0.086 0.292 57 D 0.009 0.008 0.104 0.442 0.071 0.127 0.240 58 E 0.011 0.010 0.106 0.350 0.070 0.273 0.180 59 N 0.010 0.003 0.046 0.262 0.094 0.515 0.070 60 G 0.033 0.013 0.018 0.156 0.191 0.296 0.292 61 Y 0.024 0.020 0.071 0.373 0.097 0.065 0.350 62 I 0.079 0.035 0.239 0.425 0.058 0.051 0.112 63 T 0.165 0.027 0.287 0.359 0.023 0.062 0.078 64 I 0.089 0.013 0.296 0.239 0.054 0.196 0.113 65 F 0.114 0.025 0.035 0.105 0.271 0.234 0.215 66 D 0.029 0.013 0.014 0.012 0.330 0.303 0.297 67 G 0.017 0.004 0.015 0.009 0.571 0.237 0.146 68 E 0.102 0.053 0.021 0.013 0.306 0.089 0.416 69 T 0.165 0.163 0.014 0.008 0.058 0.027 0.565 70 F 0.155 0.053 0.089 0.056 0.124 0.161 0.361 71 N 0.072 0.021 0.114 0.076 0.157 0.359 0.200 72 G 0.080 0.018 0.099 0.122 0.274 0.222 0.185 73 W 0.186 0.032 0.064 0.203 0.115 0.108 0.291 74 R 0.371 0.076 0.046 0.167 0.064 0.060 0.216 75 G 0.404 0.084 0.032 0.152 0.087 0.076 0.165 76 Y 0.229 0.021 0.024 0.105 0.171 0.162 0.288 77 G 0.071 0.021 0.025 0.039 0.237 0.274 0.333 78 K 0.055 0.021 0.047 0.020 0.288 0.274 0.295 79 D 0.063 0.009 0.061 0.014 0.345 0.323 0.186 80 R 0.083 0.016 0.056 0.013 0.335 0.236 0.262 81 V 0.157 0.038 0.021 0.007 0.179 0.048 0.550 82 P 0.232 0.026 0.068 0.010 0.150 0.135 0.379 83 T 0.240 0.014 0.089 0.010 0.184 0.207 0.256 84 K 0.530 0.011 0.032 0.003 0.108 0.045 0.271 85 W 0.812 0.015 0.003 0.002 0.019 0.003 0.146 86 T 0.904 0.040 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 87 I 0.796 0.015 0.003 0.001 0.007 0.008 0.169 88 E 0.517 0.008 0.013 0.002 0.081 0.263 0.116 89 D 0.055 0.001 0.011 0.001 0.157 0.745 0.030 90 G 0.174 0.002 0.006 0.001 0.327 0.373 0.118 91 C 0.854 0.006 0.001 0.001 0.016 0.004 0.119 92 I 0.966 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 93 K 0.967 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 94 F 0.913 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.069 95 N 0.590 0.019 0.001 0.002 0.070 0.015 0.303 96 G 0.177 0.023 0.004 0.005 0.175 0.070 0.545 97 S 0.033 0.007 0.012 0.018 0.273 0.271 0.385 98 G 0.012 0.005 0.033 0.058 0.269 0.483 0.139 99 G 0.013 0.008 0.068 0.119 0.312 0.307 0.173 100 G 0.032 0.023 0.068 0.176 0.258 0.166 0.278 101 E 0.063 0.048 0.082 0.220 0.143 0.224 0.220 102 A 0.050 0.024 0.056 0.175 0.155 0.306 0.234 103 Q 0.041 0.018 0.045 0.141 0.092 0.360 0.303 104 D 0.019 0.008 0.030 0.044 0.080 0.080 0.739 105 G 0.053 0.018 0.080 0.083 0.101 0.169 0.496 106 D 0.080 0.022 0.081 0.105 0.194 0.260 0.258 107 G 0.114 0.009 0.056 0.072 0.201 0.266 0.281 108 G 0.309 0.019 0.035 0.045 0.179 0.114 0.298 109 D 0.590 0.015 0.019 0.030 0.097 0.032 0.218 110 L 0.839 0.020 0.010 0.013 0.024 0.018 0.076 111 I 0.872 0.014 0.006 0.012 0.018 0.013 0.065 112 F 0.863 0.007 0.003 0.008 0.023 0.009 0.088 113 A 0.647 0.007 0.048 0.058 0.065 0.059 0.116 114 H 0.487 0.008 0.058 0.070 0.110 0.150 0.118 115 K 0.477 0.016 0.047 0.034 0.082 0.161 0.182 116 F 0.448 0.015 0.041 0.006 0.178 0.118 0.194 117 K 0.116 0.011 0.037 0.001 0.299 0.418 0.118 118 N 0.287 0.004 0.019 0.001 0.188 0.163 0.338 119 F 0.915 0.002 0.001 0.001 0.016 0.003 0.065 120 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 121 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 122 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 123 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 124 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 125 W 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 126 K 0.921 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.067 127 V 0.658 0.044 0.001 0.001 0.030 0.004 0.264 128 A 0.126 0.009 0.003 0.001 0.189 0.028 0.645 129 K 0.007 0.002 0.017 0.002 0.510 0.416 0.046 130 G 0.011 0.007 0.036 0.002 0.289 0.560 0.095 131 S 0.084 0.016 0.035 0.003 0.333 0.145 0.385 132 N 0.290 0.070 0.015 0.001 0.194 0.045 0.385 133 S 0.581 0.031 0.010 0.001 0.055 0.022 0.301 134 G 0.861 0.006 0.007 0.001 0.030 0.025 0.071 135 I 0.937 0.002 0.002 0.001 0.013 0.008 0.037 136 L 0.968 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.021 137 Y 0.945 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.041 138 L 0.829 0.006 0.002 0.001 0.022 0.005 0.136 139 A 0.595 0.012 0.002 0.002 0.100 0.009 0.280 140 Q 0.428 0.032 0.005 0.003 0.146 0.022 0.364 141 E 0.197 0.025 0.021 0.010 0.137 0.052 0.558 142 V 0.117 0.025 0.028 0.017 0.153 0.063 0.596 143 T 0.064 0.012 0.093 0.054 0.227 0.230 0.320 144 S 0.057 0.016 0.097 0.061 0.192 0.193 0.384 145 K 0.046 0.034 0.099 0.080 0.247 0.169 0.326 146 D 0.059 0.017 0.074 0.063 0.186 0.233 0.368 147 K 0.050 0.017 0.085 0.088 0.196 0.339 0.225 148 D 0.053 0.024 0.063 0.093 0.221 0.312 0.233 149 G 0.080 0.018 0.048 0.075 0.240 0.230 0.308 150 N 0.107 0.043 0.049 0.067 0.200 0.178 0.356 151 D 0.128 0.047 0.048 0.060 0.227 0.111 0.378 152 V 0.105 0.022 0.078 0.084 0.139 0.232 0.341 153 L 0.094 0.029 0.097 0.088 0.151 0.284 0.256 154 E 0.107 0.019 0.088 0.077 0.191 0.179 0.339 155 P 0.138 0.018 0.071 0.062 0.182 0.171 0.358 156 I 0.191 0.029 0.068 0.054 0.162 0.131 0.364 157 Y 0.206 0.039 0.067 0.039 0.153 0.111 0.384 158 I 0.248 0.035 0.058 0.033 0.145 0.140 0.340 159 S 0.313 0.018 0.037 0.024 0.168 0.135 0.305 160 A 0.407 0.015 0.037 0.025 0.151 0.067 0.298 161 P 0.560 0.013 0.024 0.019 0.071 0.025 0.288 162 E 0.795 0.009 0.014 0.013 0.036 0.014 0.119 163 Y 0.857 0.008 0.007 0.013 0.018 0.007 0.090 164 Q 0.866 0.015 0.004 0.011 0.013 0.004 0.087 165 I 0.798 0.032 0.003 0.012 0.021 0.005 0.129 166 L 0.553 0.022 0.005 0.014 0.072 0.028 0.305 167 D 0.156 0.016 0.012 0.021 0.233 0.148 0.414 168 N 0.034 0.013 0.020 0.019 0.339 0.287 0.287 169 A 0.022 0.012 0.028 0.033 0.402 0.267 0.235 170 N 0.016 0.017 0.037 0.047 0.351 0.159 0.373 171 H 0.022 0.033 0.052 0.103 0.249 0.083 0.458 172 P 0.031 0.022 0.116 0.284 0.123 0.217 0.208 173 D 0.041 0.020 0.147 0.274 0.108 0.248 0.162 174 A 0.050 0.020 0.163 0.242 0.140 0.200 0.185 175 K 0.058 0.023 0.120 0.285 0.102 0.187 0.225 176 L 0.052 0.013 0.093 0.230 0.119 0.317 0.177 177 G 0.046 0.010 0.058 0.110 0.125 0.430 0.221 178 K 0.062 0.043 0.046 0.121 0.210 0.137 0.382 179 D 0.073 0.037 0.039 0.140 0.157 0.113 0.441 180 N 0.053 0.009 0.062 0.216 0.108 0.389 0.163 181 N 0.074 0.010 0.065 0.177 0.144 0.353 0.178 182 R 0.179 0.021 0.050 0.193 0.197 0.130 0.229 183 Q 0.272 0.038 0.039 0.247 0.090 0.094 0.219 184 S 0.323 0.028 0.033 0.194 0.087 0.137 0.197 185 A 0.289 0.019 0.044 0.158 0.112 0.152 0.228 186 S 0.308 0.022 0.049 0.147 0.122 0.071 0.282 187 L 0.216 0.023 0.099 0.245 0.077 0.101 0.239 188 Y 0.168 0.026 0.106 0.209 0.088 0.143 0.259 189 D 0.123 0.011 0.086 0.124 0.134 0.198 0.324 190 M 0.100 0.015 0.047 0.088 0.190 0.116 0.444 191 I 0.082 0.046 0.022 0.061 0.224 0.034 0.531 192 P 0.051 0.021 0.017 0.034 0.080 0.039 0.758 193 A 0.011 0.005 0.025 0.025 0.031 0.032 0.870 194 V 0.023 0.015 0.103 0.060 0.053 0.114 0.633 195 P 0.021 0.012 0.248 0.075 0.153 0.178 0.313 196 Q 0.038 0.008 0.288 0.075 0.097 0.182 0.312 197 N 0.077 0.009 0.166 0.043 0.147 0.151 0.407 198 S 0.136 0.058 0.075 0.025 0.179 0.108 0.419 199 K 0.141 0.046 0.016 0.010 0.242 0.038 0.508 200 P 0.081 0.014 0.015 0.003 0.108 0.048 0.731 201 F 0.038 0.006 0.029 0.002 0.197 0.617 0.111 202 G 0.056 0.007 0.029 0.001 0.242 0.529 0.135 203 E 0.259 0.034 0.018 0.001 0.159 0.027 0.502 204 W 0.631 0.039 0.011 0.001 0.072 0.040 0.206 205 N 0.726 0.021 0.011 0.001 0.057 0.020 0.165 206 K 0.807 0.004 0.007 0.001 0.025 0.016 0.141 207 A 0.942 0.003 0.002 0.001 0.010 0.007 0.035 208 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 209 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 210 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 211 V 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 212 Y 0.883 0.004 0.001 0.001 0.029 0.023 0.060 213 K 0.286 0.002 0.005 0.001 0.463 0.131 0.112 214 G 0.034 0.001 0.005 0.001 0.362 0.523 0.075 215 T 0.534 0.003 0.004 0.001 0.205 0.105 0.149 216 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 217 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 218 H 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 219 G 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 220 Q 0.935 0.001 0.002 0.001 0.008 0.006 0.048 221 N 0.143 0.001 0.014 0.001 0.065 0.758 0.019 222 D 0.073 0.001 0.009 0.001 0.070 0.822 0.024 223 E 0.865 0.004 0.001 0.001 0.023 0.006 0.101 224 N 0.909 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.053 225 V 0.959 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 226 L 0.901 0.004 0.002 0.001 0.016 0.007 0.069 227 E 0.812 0.006 0.005 0.004 0.055 0.015 0.103 228 Y 0.528 0.013 0.014 0.015 0.092 0.038 0.300 229 H 0.323 0.026 0.019 0.032 0.135 0.059 0.406 230 L 0.229 0.019 0.030 0.052 0.149 0.137 0.385 231 W 0.065 0.017 0.021 0.056 0.189 0.123 0.529 232 T 0.035 0.018 0.023 0.134 0.240 0.075 0.476 233 K 0.018 0.008 0.061 0.487 0.132 0.130 0.164 234 Q 0.014 0.006 0.073 0.567 0.080 0.120 0.140 235 W 0.014 0.007 0.069 0.640 0.048 0.110 0.112 236 T 0.019 0.003 0.048 0.705 0.048 0.110 0.067 237 D 0.034 0.005 0.063 0.667 0.043 0.105 0.084 238 M 0.030 0.015 0.051 0.649 0.073 0.073 0.109 239 L 0.040 0.012 0.056 0.618 0.056 0.087 0.130 240 Q 0.031 0.008 0.067 0.505 0.052 0.228 0.111 241 A 0.020 0.009 0.060 0.401 0.104 0.281 0.125 242 S 0.027 0.009 0.050 0.225 0.202 0.167 0.319 243 K 0.027 0.018 0.060 0.167 0.162 0.233 0.333 244 F 0.035 0.027 0.097 0.158 0.155 0.171 0.357 245 S 0.038 0.013 0.101 0.124 0.165 0.283 0.276 246 E 0.034 0.019 0.078 0.114 0.165 0.268 0.321 247 D 0.035 0.031 0.037 0.085 0.231 0.090 0.491 248 K 0.040 0.020 0.035 0.097 0.182 0.173 0.453 249 W 0.056 0.019 0.039 0.142 0.177 0.163 0.405 250 P 0.059 0.022 0.053 0.184 0.158 0.124 0.400 251 L 0.086 0.024 0.062 0.258 0.137 0.094 0.338 252 A 0.101 0.022 0.078 0.344 0.108 0.085 0.262 253 F 0.079 0.020 0.099 0.372 0.098 0.111 0.221 254 E 0.060 0.016 0.109 0.359 0.099 0.135 0.222 255 L 0.054 0.016 0.104 0.325 0.109 0.188 0.204 256 L 0.060 0.016 0.085 0.244 0.141 0.221 0.232 257 N 0.063 0.016 0.063 0.137 0.213 0.193 0.316 258 N 0.045 0.015 0.057 0.086 0.198 0.189 0.411 259 C 0.041 0.015 0.085 0.103 0.082 0.230 0.444 260 G 0.015 0.006 0.075 0.052 0.045 0.096 0.713 261 G 0.037 0.014 0.123 0.080 0.054 0.222 0.470 262 E 0.050 0.059 0.089 0.076 0.234 0.203 0.289 263 N 0.042 0.018 0.055 0.045 0.204 0.156 0.481 264 H 0.068 0.012 0.037 0.034 0.186 0.314 0.349 265 E 0.159 0.025 0.028 0.030 0.198 0.266 0.294 266 G 0.314 0.009 0.006 0.008 0.344 0.039 0.279 267 F 0.576 0.014 0.003 0.008 0.061 0.007 0.330 268 I 0.867 0.012 0.003 0.007 0.016 0.003 0.091 269 G 0.900 0.007 0.005 0.012 0.008 0.004 0.064 270 L 0.918 0.004 0.004 0.012 0.007 0.003 0.052 271 Q 0.883 0.007 0.006 0.015 0.013 0.006 0.070 272 D 0.799 0.009 0.007 0.018 0.025 0.015 0.126 273 H 0.443 0.005 0.016 0.020 0.093 0.166 0.257 274 G 0.122 0.005 0.021 0.006 0.362 0.268 0.216 275 D 0.043 0.006 0.019 0.002 0.519 0.282 0.128 276 D 0.132 0.006 0.018 0.001 0.276 0.239 0.328 277 V 0.699 0.011 0.001 0.001 0.024 0.003 0.262 278 W 0.915 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.064 279 F 0.946 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 280 R 0.909 0.005 0.005 0.001 0.015 0.014 0.052 281 N 0.782 0.002 0.005 0.001 0.066 0.020 0.124 282 I 0.804 0.001 0.002 0.001 0.016 0.003 0.173 283 R 0.892 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.092 284 V 0.840 0.006 0.001 0.002 0.012 0.002 0.136 285 K 0.731 0.013 0.003 0.004 0.044 0.008 0.197 286 V 0.421 0.022 0.004 0.008 0.136 0.021 0.388 287 L 0.054 0.008 0.001 0.003 0.004 0.008 0.922 288 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999