# TARGET T0517 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.007 0.030 0.013 0.280 0.615 2 E 0.091 0.011 0.066 0.013 0.315 0.504 3 N 0.152 0.034 0.084 0.011 0.454 0.266 4 K 0.243 0.032 0.046 0.005 0.416 0.258 5 K 0.255 0.007 0.014 0.001 0.361 0.361 6 M 0.624 0.006 0.002 0.001 0.136 0.232 7 N 0.907 0.004 0.001 0.001 0.022 0.067 8 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 9 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 10 L 0.978 0.003 0.001 0.001 0.004 0.014 11 F 0.787 0.002 0.003 0.001 0.042 0.165 12 S 0.133 0.005 0.004 0.002 0.256 0.601 13 G 0.007 0.008 0.005 0.003 0.225 0.753 14 D 0.006 0.015 0.013 0.014 0.241 0.711 15 Y 0.001 0.001 0.235 0.642 0.099 0.022 16 D 0.001 0.001 0.186 0.711 0.083 0.019 17 K 0.001 0.001 0.157 0.783 0.053 0.005 18 A 0.001 0.001 0.038 0.889 0.046 0.025 19 L 0.001 0.001 0.011 0.959 0.018 0.010 20 A 0.001 0.001 0.010 0.977 0.008 0.004 21 S 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.004 22 L 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 23 I 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 28 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 29 R 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 30 E 0.001 0.001 0.004 0.981 0.008 0.004 31 M 0.003 0.003 0.005 0.864 0.034 0.091 32 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.953 33 I 0.029 0.001 0.001 0.001 0.054 0.915 34 E 0.450 0.022 0.001 0.001 0.038 0.490 35 V 0.913 0.005 0.001 0.001 0.011 0.071 36 T 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 37 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 38 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 39 C 0.940 0.002 0.001 0.002 0.004 0.053 40 A 0.661 0.006 0.002 0.009 0.031 0.290 41 F 0.121 0.008 0.061 0.155 0.146 0.510 42 W 0.053 0.006 0.216 0.418 0.194 0.113 43 G 0.024 0.005 0.137 0.621 0.155 0.058 44 L 0.020 0.004 0.098 0.812 0.049 0.017 45 L 0.015 0.001 0.073 0.852 0.048 0.010 46 L 0.012 0.001 0.061 0.865 0.048 0.014 47 L 0.013 0.005 0.022 0.901 0.041 0.018 48 R 0.015 0.011 0.017 0.821 0.078 0.057 49 D 0.013 0.003 0.015 0.528 0.197 0.244 50 P 0.008 0.003 0.045 0.254 0.319 0.372 51 E 0.014 0.010 0.080 0.206 0.394 0.296 52 K 0.020 0.012 0.188 0.204 0.370 0.206 53 A 0.022 0.009 0.199 0.190 0.375 0.205 54 S 0.042 0.007 0.134 0.159 0.374 0.285 55 Q 0.105 0.026 0.067 0.127 0.309 0.365 56 E 0.108 0.029 0.037 0.094 0.267 0.466 57 D 0.135 0.023 0.030 0.088 0.217 0.507 58 K 0.071 0.012 0.043 0.107 0.266 0.501 59 S 0.036 0.011 0.074 0.144 0.307 0.429 60 L 0.021 0.012 0.152 0.289 0.322 0.204 61 Y 0.012 0.010 0.170 0.308 0.329 0.172 62 E 0.010 0.008 0.239 0.282 0.346 0.115 63 Q 0.010 0.007 0.257 0.348 0.289 0.090 64 A 0.013 0.015 0.222 0.345 0.303 0.102 65 F 0.020 0.023 0.221 0.288 0.318 0.130 66 S 0.030 0.023 0.179 0.192 0.342 0.234 67 S 0.043 0.028 0.126 0.125 0.399 0.278 68 L 0.064 0.051 0.059 0.110 0.355 0.361 69 T 0.047 0.060 0.032 0.058 0.395 0.408 70 P 0.034 0.041 0.036 0.046 0.607 0.235 71 R 0.022 0.025 0.058 0.060 0.596 0.239 72 E 0.008 0.011 0.045 0.037 0.625 0.275 73 A 0.009 0.023 0.141 0.056 0.644 0.127 74 E 0.009 0.015 0.181 0.125 0.484 0.185 75 E 0.008 0.018 0.223 0.151 0.462 0.137 76 L 0.013 0.036 0.149 0.176 0.488 0.137 77 P 0.017 0.020 0.108 0.213 0.433 0.209 78 L 0.022 0.034 0.165 0.227 0.394 0.159 79 S 0.023 0.028 0.134 0.196 0.456 0.164 80 K 0.033 0.019 0.069 0.157 0.506 0.216 81 M 0.031 0.019 0.059 0.174 0.465 0.252 82 N 0.016 0.028 0.021 0.076 0.544 0.315 83 L 0.014 0.013 0.072 0.222 0.517 0.163 84 G 0.008 0.009 0.066 0.311 0.427 0.179 85 G 0.005 0.012 0.048 0.580 0.237 0.117 86 I 0.003 0.014 0.013 0.755 0.091 0.125 87 G 0.002 0.007 0.004 0.790 0.033 0.164 88 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 89 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 90 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 95 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 96 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.003 97 E 0.001 0.001 0.008 0.971 0.013 0.008 98 E 0.001 0.001 0.014 0.868 0.037 0.081 99 K 0.001 0.001 0.003 0.016 0.063 0.918 100 A 0.002 0.001 0.003 0.008 0.137 0.848 101 P 0.017 0.015 0.005 0.008 0.141 0.815 102 K 0.052 0.035 0.006 0.023 0.139 0.745 103 L 0.003 0.001 0.020 0.938 0.019 0.020 104 S 0.001 0.001 0.007 0.966 0.019 0.007 105 D 0.001 0.001 0.003 0.982 0.011 0.003 106 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.006 107 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 108 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 109 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 110 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 111 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.007 0.002 112 K 0.001 0.001 0.010 0.948 0.029 0.012 113 K 0.002 0.001 0.011 0.710 0.101 0.175 114 E 0.004 0.001 0.001 0.003 0.089 0.902 115 V 0.090 0.001 0.001 0.001 0.102 0.807 116 K 0.772 0.003 0.001 0.001 0.041 0.182 117 F 0.984 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 118 Y 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 119 A 0.963 0.003 0.001 0.001 0.005 0.028 120 C 0.752 0.004 0.005 0.007 0.073 0.158 121 Q 0.192 0.002 0.021 0.062 0.530 0.193 122 L 0.059 0.007 0.038 0.278 0.505 0.113 123 S 0.076 0.042 0.051 0.414 0.374 0.043 124 V 0.060 0.002 0.055 0.660 0.181 0.041 125 E 0.063 0.004 0.077 0.705 0.110 0.040 126 I 0.027 0.004 0.068 0.825 0.059 0.018 127 M 0.010 0.001 0.030 0.781 0.073 0.106 128 G 0.005 0.001 0.003 0.013 0.076 0.902 129 F 0.006 0.010 0.001 0.004 0.085 0.894 130 K 0.008 0.006 0.004 0.011 0.148 0.823 131 K 0.003 0.002 0.728 0.128 0.113 0.026 132 E 0.005 0.001 0.824 0.080 0.077 0.012 133 E 0.007 0.001 0.837 0.082 0.062 0.011 134 L 0.070 0.022 0.270 0.206 0.164 0.269 135 F 0.074 0.022 0.148 0.139 0.516 0.101 136 P 0.020 0.003 0.148 0.169 0.548 0.112 137 E 0.027 0.002 0.052 0.063 0.707 0.147 138 V 0.073 0.012 0.045 0.073 0.605 0.192 139 Q 0.366 0.020 0.015 0.080 0.178 0.341 140 I 0.616 0.023 0.012 0.167 0.084 0.098 141 M 0.574 0.013 0.008 0.219 0.074 0.112 142 D 0.342 0.016 0.010 0.382 0.066 0.184 143 V 0.024 0.002 0.021 0.876 0.033 0.044 144 K 0.003 0.001 0.019 0.927 0.028 0.022 145 E 0.005 0.001 0.023 0.918 0.036 0.018 146 Y 0.006 0.001 0.009 0.928 0.034 0.023 147 L 0.005 0.001 0.006 0.943 0.028 0.017 148 K 0.007 0.002 0.009 0.911 0.052 0.019 149 N 0.003 0.001 0.011 0.915 0.056 0.014 150 A 0.002 0.001 0.020 0.901 0.059 0.017 151 L 0.001 0.001 0.062 0.728 0.143 0.064 152 E 0.003 0.002 0.077 0.415 0.360 0.143 153 S 0.009 0.002 0.040 0.095 0.502 0.351 154 D 0.014 0.002 0.007 0.005 0.343 0.629 155 L 0.324 0.007 0.004 0.002 0.156 0.507 156 Q 0.754 0.013 0.002 0.002 0.048 0.181 157 L 0.801 0.017 0.001 0.002 0.026 0.152 158 F 0.644 0.018 0.001 0.002 0.022 0.312 159 I 0.010 0.002 0.001 0.001 0.010 0.978