# TARGET T0517 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.696 0.001 0.032 0.099 0.001 0.001 0.001 0.095 0.052 0.008 0.009 2 E 0.001 0.036 0.676 0.004 0.048 0.072 0.001 0.001 0.003 0.058 0.077 0.006 0.019 3 N 0.001 0.017 0.555 0.007 0.084 0.049 0.001 0.002 0.007 0.144 0.108 0.009 0.017 4 K 0.002 0.006 0.423 0.033 0.051 0.023 0.002 0.010 0.029 0.275 0.122 0.012 0.011 5 K 0.013 0.008 0.391 0.026 0.017 0.010 0.019 0.015 0.183 0.180 0.072 0.018 0.048 6 M 0.025 0.006 0.094 0.004 0.001 0.004 0.093 0.154 0.537 0.014 0.003 0.030 0.036 7 N 0.022 0.001 0.026 0.006 0.001 0.002 0.124 0.535 0.254 0.003 0.001 0.009 0.018 8 L 0.019 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.153 0.647 0.162 0.001 0.001 0.007 0.005 9 L 0.019 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.110 0.559 0.275 0.001 0.001 0.006 0.009 10 L 0.022 0.005 0.098 0.010 0.001 0.002 0.113 0.184 0.509 0.010 0.006 0.013 0.027 11 F 0.013 0.007 0.316 0.023 0.007 0.004 0.021 0.025 0.347 0.120 0.050 0.019 0.046 12 S 0.003 0.026 0.279 0.007 0.026 0.007 0.001 0.001 0.036 0.318 0.271 0.009 0.017 13 G 0.001 0.010 0.347 0.001 0.024 0.010 0.001 0.001 0.003 0.438 0.160 0.005 0.004 14 D 0.001 0.018 0.518 0.001 0.018 0.055 0.001 0.001 0.002 0.324 0.058 0.001 0.007 15 Y 0.001 0.002 0.028 0.001 0.072 0.791 0.001 0.001 0.001 0.029 0.077 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.099 0.841 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.084 0.872 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.001 0.001 31 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.174 0.001 0.001 0.001 0.004 0.812 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.966 0.001 0.001 33 I 0.001 0.004 0.864 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 0.088 0.011 0.004 0.008 34 E 0.001 0.014 0.255 0.008 0.001 0.002 0.008 0.002 0.522 0.074 0.008 0.035 0.069 35 V 0.006 0.005 0.052 0.008 0.001 0.001 0.064 0.073 0.713 0.005 0.001 0.033 0.040 36 T 0.019 0.001 0.015 0.054 0.001 0.001 0.275 0.310 0.282 0.002 0.001 0.015 0.026 37 I 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.323 0.531 0.087 0.001 0.001 0.010 0.011 38 F 0.040 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.261 0.544 0.120 0.001 0.001 0.010 0.013 39 C 0.035 0.002 0.035 0.002 0.001 0.011 0.234 0.389 0.244 0.003 0.002 0.015 0.028 40 A 0.024 0.002 0.164 0.016 0.002 0.095 0.036 0.074 0.422 0.066 0.018 0.017 0.063 41 F 0.034 0.013 0.118 0.011 0.024 0.478 0.013 0.006 0.085 0.058 0.096 0.018 0.044 42 W 0.008 0.006 0.078 0.005 0.035 0.718 0.002 0.001 0.016 0.049 0.064 0.009 0.009 43 G 0.003 0.003 0.021 0.001 0.026 0.855 0.001 0.001 0.006 0.016 0.058 0.003 0.009 44 L 0.002 0.002 0.009 0.001 0.027 0.923 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.003 45 L 0.004 0.001 0.007 0.001 0.021 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.002 0.002 46 L 0.005 0.001 0.008 0.001 0.016 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.001 0.003 47 L 0.008 0.004 0.016 0.001 0.012 0.866 0.001 0.001 0.001 0.012 0.071 0.002 0.006 48 R 0.008 0.004 0.034 0.001 0.015 0.793 0.001 0.001 0.001 0.017 0.114 0.006 0.007 49 D 0.002 0.002 0.067 0.001 0.020 0.586 0.001 0.001 0.001 0.050 0.264 0.003 0.005 50 P 0.001 0.004 0.170 0.002 0.042 0.316 0.001 0.001 0.001 0.117 0.339 0.003 0.007 51 E 0.002 0.016 0.289 0.003 0.070 0.261 0.001 0.001 0.002 0.162 0.165 0.012 0.019 52 K 0.002 0.019 0.380 0.004 0.111 0.244 0.001 0.001 0.003 0.113 0.082 0.012 0.029 53 A 0.004 0.020 0.251 0.016 0.143 0.252 0.002 0.001 0.006 0.121 0.136 0.021 0.027 54 S 0.007 0.015 0.316 0.016 0.103 0.175 0.003 0.001 0.016 0.086 0.194 0.018 0.049 55 Q 0.009 0.027 0.464 0.006 0.041 0.155 0.004 0.003 0.028 0.115 0.060 0.027 0.061 56 E 0.007 0.033 0.464 0.006 0.026 0.129 0.003 0.003 0.035 0.129 0.046 0.074 0.046 57 D 0.004 0.030 0.468 0.006 0.059 0.133 0.003 0.003 0.034 0.094 0.067 0.010 0.089 58 K 0.003 0.024 0.454 0.007 0.088 0.163 0.001 0.003 0.027 0.104 0.091 0.020 0.016 59 S 0.002 0.023 0.356 0.002 0.118 0.133 0.001 0.001 0.014 0.166 0.157 0.010 0.019 60 L 0.001 0.015 0.245 0.001 0.163 0.132 0.001 0.001 0.004 0.129 0.294 0.004 0.011 61 Y 0.001 0.018 0.279 0.001 0.151 0.164 0.001 0.001 0.004 0.118 0.251 0.003 0.008 62 E 0.001 0.005 0.319 0.001 0.166 0.249 0.001 0.001 0.001 0.170 0.079 0.004 0.005 63 Q 0.001 0.007 0.095 0.001 0.204 0.428 0.001 0.001 0.001 0.070 0.188 0.001 0.004 64 A 0.001 0.024 0.095 0.001 0.224 0.392 0.001 0.001 0.001 0.070 0.184 0.002 0.005 65 F 0.001 0.021 0.201 0.001 0.185 0.351 0.001 0.001 0.004 0.104 0.119 0.003 0.007 66 S 0.001 0.011 0.175 0.002 0.252 0.249 0.001 0.001 0.004 0.060 0.234 0.002 0.008 67 S 0.001 0.006 0.083 0.001 0.240 0.274 0.001 0.001 0.002 0.103 0.286 0.003 0.003 68 L 0.002 0.033 0.136 0.001 0.166 0.180 0.001 0.001 0.004 0.111 0.353 0.002 0.011 69 T 0.001 0.032 0.418 0.001 0.077 0.115 0.001 0.001 0.006 0.226 0.104 0.008 0.012 70 P 0.001 0.009 0.446 0.002 0.071 0.112 0.001 0.001 0.003 0.105 0.242 0.002 0.008 71 R 0.001 0.006 0.208 0.002 0.091 0.088 0.001 0.001 0.001 0.257 0.341 0.003 0.003 72 E 0.001 0.026 0.325 0.001 0.077 0.083 0.001 0.001 0.001 0.323 0.154 0.002 0.008 73 A 0.001 0.017 0.474 0.001 0.146 0.119 0.001 0.001 0.002 0.147 0.083 0.004 0.007 74 E 0.001 0.007 0.314 0.003 0.198 0.159 0.001 0.001 0.001 0.097 0.211 0.002 0.007 75 E 0.001 0.034 0.240 0.001 0.253 0.155 0.001 0.001 0.004 0.078 0.220 0.005 0.009 76 L 0.001 0.032 0.418 0.001 0.134 0.142 0.001 0.001 0.004 0.201 0.050 0.006 0.011 77 P 0.001 0.012 0.292 0.002 0.175 0.214 0.001 0.001 0.002 0.078 0.215 0.003 0.006 78 L 0.002 0.024 0.181 0.002 0.211 0.162 0.001 0.001 0.003 0.098 0.303 0.003 0.009 79 S 0.002 0.041 0.220 0.001 0.229 0.179 0.001 0.002 0.004 0.160 0.145 0.005 0.011 80 K 0.001 0.019 0.332 0.001 0.184 0.174 0.001 0.001 0.007 0.188 0.080 0.005 0.007 81 M 0.001 0.004 0.088 0.001 0.224 0.166 0.001 0.001 0.002 0.091 0.421 0.001 0.002 82 N 0.001 0.015 0.128 0.001 0.175 0.092 0.001 0.001 0.003 0.083 0.499 0.002 0.002 83 L 0.001 0.027 0.344 0.001 0.159 0.143 0.001 0.001 0.004 0.189 0.125 0.001 0.006 84 G 0.001 0.015 0.226 0.001 0.107 0.266 0.001 0.001 0.004 0.166 0.212 0.001 0.003 85 G 0.001 0.005 0.074 0.001 0.096 0.524 0.001 0.001 0.001 0.079 0.218 0.001 0.001 86 I 0.001 0.005 0.095 0.001 0.044 0.687 0.001 0.001 0.001 0.066 0.101 0.001 0.001 87 G 0.001 0.002 0.066 0.001 0.012 0.843 0.001 0.001 0.001 0.051 0.025 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 95 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 96 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.018 0.840 0.001 0.001 0.001 0.012 0.119 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.038 0.001 0.034 0.342 0.001 0.001 0.001 0.070 0.513 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.158 0.001 0.022 0.028 0.001 0.001 0.007 0.070 0.712 0.001 0.001 100 A 0.001 0.003 0.835 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.011 0.133 0.009 0.001 0.001 101 P 0.001 0.029 0.656 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.278 0.006 0.002 0.003 102 K 0.001 0.098 0.747 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.038 0.094 0.002 0.001 0.012 103 L 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 104 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 109 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 111 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 0.800 0.001 0.001 0.001 0.009 0.154 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.222 0.001 0.001 0.001 0.011 0.751 0.001 0.001 114 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.013 0.952 0.001 0.001 115 V 0.001 0.001 0.925 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.040 0.004 0.001 0.001 116 K 0.001 0.004 0.298 0.018 0.001 0.002 0.005 0.003 0.428 0.208 0.005 0.017 0.012 117 F 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 0.001 0.056 0.227 0.639 0.005 0.001 0.004 0.031 118 Y 0.004 0.003 0.017 0.006 0.001 0.003 0.076 0.450 0.366 0.001 0.001 0.067 0.007 119 A 0.003 0.003 0.032 0.003 0.001 0.007 0.071 0.513 0.254 0.003 0.001 0.003 0.107 120 C 0.005 0.007 0.211 0.269 0.004 0.058 0.037 0.066 0.254 0.049 0.006 0.017 0.015 121 Q 0.007 0.015 0.204 0.012 0.019 0.349 0.023 0.011 0.172 0.111 0.031 0.015 0.033 122 L 0.001 0.005 0.144 0.008 0.039 0.564 0.002 0.003 0.051 0.107 0.062 0.004 0.010 123 S 0.013 0.006 0.065 0.002 0.035 0.678 0.004 0.004 0.028 0.052 0.055 0.027 0.030 124 V 0.015 0.007 0.036 0.003 0.032 0.792 0.007 0.008 0.017 0.026 0.027 0.006 0.026 125 E 0.009 0.007 0.035 0.002 0.050 0.775 0.004 0.003 0.014 0.014 0.073 0.005 0.011 126 I 0.007 0.011 0.032 0.004 0.074 0.675 0.001 0.001 0.003 0.030 0.152 0.004 0.006 127 M 0.001 0.003 0.014 0.001 0.027 0.308 0.001 0.001 0.001 0.077 0.566 0.001 0.002 128 G 0.001 0.001 0.042 0.001 0.006 0.061 0.001 0.001 0.001 0.071 0.817 0.001 0.001 129 F 0.001 0.034 0.719 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.190 0.017 0.002 0.003 130 K 0.001 0.014 0.940 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.003 131 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.368 0.461 0.001 0.001 0.001 0.013 0.139 0.001 0.001 132 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.651 0.218 0.001 0.001 0.001 0.009 0.116 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.683 0.239 0.001 0.001 0.001 0.016 0.047 0.001 0.002 134 L 0.001 0.034 0.074 0.001 0.129 0.616 0.001 0.006 0.012 0.042 0.069 0.001 0.013 135 F 0.001 0.007 0.092 0.006 0.240 0.474 0.001 0.003 0.005 0.061 0.097 0.008 0.005 136 P 0.001 0.001 0.022 0.008 0.225 0.347 0.001 0.001 0.001 0.072 0.320 0.001 0.002 137 E 0.001 0.002 0.038 0.005 0.123 0.271 0.001 0.001 0.004 0.081 0.471 0.001 0.004 138 V 0.001 0.019 0.563 0.002 0.026 0.110 0.001 0.001 0.035 0.162 0.056 0.010 0.015 139 Q 0.001 0.039 0.516 0.004 0.013 0.079 0.002 0.002 0.118 0.115 0.049 0.028 0.035 140 I 0.003 0.029 0.340 0.004 0.027 0.107 0.004 0.014 0.254 0.087 0.061 0.022 0.047 141 M 0.005 0.048 0.345 0.005 0.025 0.180 0.006 0.021 0.142 0.096 0.081 0.025 0.022 142 D 0.003 0.041 0.323 0.001 0.015 0.284 0.004 0.005 0.065 0.126 0.073 0.007 0.054 143 V 0.001 0.002 0.034 0.001 0.016 0.898 0.001 0.001 0.003 0.018 0.025 0.001 0.002 144 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 148 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.901 0.001 0.001 0.001 0.005 0.075 0.001 0.001 150 A 0.001 0.003 0.024 0.001 0.021 0.799 0.001 0.001 0.001 0.042 0.109 0.001 0.003 151 L 0.001 0.003 0.062 0.003 0.043 0.498 0.001 0.001 0.001 0.043 0.344 0.002 0.001 152 E 0.001 0.002 0.084 0.003 0.056 0.115 0.001 0.001 0.001 0.075 0.663 0.001 0.002 153 S 0.001 0.006 0.501 0.002 0.026 0.033 0.001 0.001 0.003 0.264 0.155 0.003 0.006 154 D 0.001 0.005 0.320 0.003 0.017 0.008 0.002 0.001 0.038 0.331 0.241 0.018 0.015 155 L 0.023 0.016 0.203 0.003 0.004 0.006 0.063 0.072 0.424 0.058 0.013 0.021 0.097 156 Q 0.039 0.008 0.079 0.025 0.001 0.007 0.133 0.178 0.442 0.010 0.003 0.044 0.030 157 L 0.139 0.005 0.021 0.001 0.001 0.002 0.352 0.151 0.258 0.003 0.002 0.026 0.039 158 F 0.084 0.004 0.149 0.001 0.001 0.003 0.195 0.163 0.286 0.002 0.002 0.053 0.058 159 I 0.012 0.004 0.733 0.002 0.001 0.002 0.030 0.020 0.111 0.005 0.001 0.011 0.069