# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.9973 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.078 0.046 0.077 0.068 0.086 0.117 0.104 0.108 0.089 0.061 2 E 0.294 0.210 0.101 0.165 0.084 0.056 0.042 0.021 0.014 0.008 0.005 3 N 0.292 0.172 0.122 0.155 0.100 0.063 0.048 0.023 0.014 0.007 0.004 4 K 0.188 0.103 0.066 0.145 0.116 0.103 0.119 0.070 0.046 0.028 0.015 5 K 0.067 0.119 0.128 0.268 0.203 0.101 0.066 0.024 0.013 0.007 0.004 6 M 0.002 0.004 0.007 0.025 0.044 0.074 0.210 0.225 0.206 0.135 0.068 7 N 0.005 0.025 0.040 0.166 0.201 0.213 0.186 0.083 0.044 0.024 0.014 8 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.064 0.145 0.262 0.292 0.215 9 L 0.001 0.003 0.004 0.022 0.038 0.070 0.170 0.192 0.214 0.162 0.124 10 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.012 0.051 0.114 0.222 0.279 0.306 11 F 0.004 0.009 0.008 0.050 0.083 0.116 0.217 0.188 0.163 0.097 0.067 12 S 0.058 0.118 0.065 0.217 0.172 0.130 0.128 0.061 0.030 0.015 0.007 13 G 0.309 0.122 0.046 0.183 0.142 0.083 0.059 0.028 0.016 0.009 0.004 14 D 0.041 0.167 0.052 0.183 0.163 0.128 0.127 0.059 0.041 0.024 0.014 15 Y 0.015 0.015 0.007 0.034 0.068 0.093 0.188 0.154 0.184 0.136 0.105 16 D 0.070 0.060 0.022 0.103 0.141 0.193 0.217 0.086 0.063 0.028 0.016 17 K 0.009 0.022 0.019 0.106 0.152 0.173 0.255 0.122 0.081 0.041 0.021 18 A 0.011 0.004 0.010 0.014 0.014 0.021 0.069 0.107 0.222 0.269 0.260 19 L 0.004 0.003 0.018 0.038 0.066 0.121 0.244 0.173 0.163 0.114 0.057 20 A 0.001 0.002 0.059 0.025 0.027 0.043 0.174 0.186 0.202 0.174 0.107 21 S 0.001 0.001 0.016 0.007 0.009 0.022 0.114 0.146 0.217 0.264 0.204 22 L 0.002 0.002 0.060 0.016 0.013 0.019 0.089 0.134 0.222 0.254 0.190 23 I 0.001 0.001 0.028 0.008 0.009 0.016 0.072 0.132 0.213 0.263 0.259 24 I 0.001 0.001 0.013 0.003 0.003 0.008 0.057 0.116 0.245 0.279 0.276 25 A 0.001 0.001 0.075 0.020 0.023 0.038 0.143 0.130 0.212 0.184 0.174 26 N 0.002 0.005 0.114 0.076 0.094 0.143 0.284 0.105 0.088 0.052 0.037 27 A 0.001 0.001 0.021 0.017 0.016 0.021 0.091 0.132 0.229 0.223 0.250 28 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.034 0.066 0.196 0.283 0.409 29 R 0.001 0.001 0.046 0.058 0.111 0.221 0.328 0.115 0.057 0.034 0.028 30 E 0.001 0.006 0.111 0.054 0.094 0.171 0.258 0.119 0.091 0.053 0.043 31 M 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.024 0.107 0.124 0.172 0.259 0.299 32 E 0.659 0.190 0.070 0.055 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.004 0.009 0.025 0.035 0.074 0.257 0.219 0.182 0.123 0.070 34 E 0.305 0.319 0.105 0.182 0.069 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.061 0.124 0.289 0.265 0.253 36 T 0.010 0.028 0.035 0.207 0.294 0.271 0.121 0.022 0.008 0.003 0.002 37 I 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.012 0.066 0.122 0.266 0.291 0.228 38 F 0.005 0.003 0.007 0.048 0.090 0.147 0.232 0.193 0.142 0.087 0.046 39 C 0.001 0.004 0.011 0.005 0.007 0.015 0.093 0.146 0.261 0.262 0.195 40 A 0.002 0.010 0.047 0.065 0.044 0.038 0.111 0.162 0.215 0.196 0.109 41 F 0.007 0.013 0.033 0.037 0.048 0.077 0.193 0.174 0.180 0.144 0.094 42 W 0.016 0.022 0.106 0.106 0.134 0.119 0.197 0.134 0.093 0.052 0.020 43 G 0.002 0.004 0.032 0.023 0.017 0.021 0.091 0.137 0.250 0.244 0.179 44 L 0.001 0.003 0.029 0.017 0.015 0.027 0.088 0.108 0.198 0.256 0.258 45 L 0.002 0.004 0.057 0.042 0.055 0.098 0.250 0.192 0.165 0.095 0.039 46 L 0.001 0.004 0.032 0.027 0.043 0.082 0.230 0.192 0.180 0.137 0.071 47 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.011 0.053 0.096 0.239 0.317 0.266 48 R 0.006 0.015 0.021 0.089 0.154 0.183 0.255 0.140 0.088 0.036 0.012 49 D 0.039 0.113 0.091 0.142 0.127 0.152 0.168 0.084 0.049 0.027 0.008 50 P 0.259 0.150 0.107 0.174 0.118 0.077 0.060 0.028 0.016 0.009 0.003 51 E 0.480 0.182 0.060 0.105 0.056 0.034 0.036 0.019 0.013 0.009 0.005 52 K 0.266 0.152 0.072 0.136 0.096 0.066 0.081 0.053 0.041 0.026 0.011 53 A 0.331 0.127 0.059 0.098 0.070 0.077 0.091 0.054 0.047 0.031 0.016 54 S 0.214 0.204 0.169 0.161 0.082 0.056 0.052 0.025 0.019 0.011 0.006 55 Q 0.231 0.099 0.121 0.112 0.085 0.078 0.092 0.064 0.053 0.042 0.023 56 E 0.244 0.187 0.107 0.151 0.105 0.069 0.062 0.030 0.024 0.015 0.007 57 D 0.218 0.144 0.110 0.145 0.103 0.087 0.083 0.046 0.037 0.021 0.008 58 K 0.154 0.099 0.107 0.198 0.141 0.106 0.090 0.045 0.034 0.018 0.008 59 S 0.338 0.165 0.181 0.126 0.068 0.042 0.035 0.018 0.014 0.008 0.004 60 L 0.056 0.039 0.040 0.066 0.073 0.105 0.167 0.148 0.138 0.106 0.061 61 Y 0.049 0.058 0.048 0.081 0.090 0.124 0.176 0.136 0.127 0.076 0.036 62 E 0.112 0.094 0.245 0.162 0.113 0.084 0.073 0.044 0.040 0.022 0.011 63 Q 0.102 0.077 0.186 0.181 0.125 0.097 0.092 0.050 0.042 0.029 0.020 64 A 0.058 0.028 0.043 0.051 0.048 0.074 0.138 0.141 0.169 0.147 0.104 65 F 0.030 0.019 0.034 0.041 0.052 0.102 0.211 0.176 0.169 0.109 0.058 66 S 0.060 0.083 0.273 0.149 0.095 0.084 0.094 0.060 0.052 0.033 0.017 67 S 0.113 0.084 0.116 0.121 0.090 0.085 0.118 0.077 0.084 0.069 0.041 68 L 0.067 0.031 0.023 0.049 0.055 0.072 0.138 0.134 0.173 0.159 0.100 69 T 0.061 0.057 0.029 0.062 0.069 0.095 0.140 0.130 0.149 0.123 0.085 70 P 0.052 0.070 0.059 0.126 0.134 0.138 0.147 0.107 0.087 0.053 0.028 71 R 0.281 0.133 0.063 0.114 0.110 0.082 0.085 0.056 0.040 0.026 0.012 72 E 0.294 0.216 0.085 0.165 0.103 0.056 0.038 0.018 0.013 0.007 0.004 73 A 0.053 0.024 0.014 0.038 0.043 0.060 0.116 0.139 0.175 0.181 0.157 74 E 0.255 0.137 0.125 0.195 0.108 0.070 0.053 0.024 0.017 0.010 0.005 75 E 0.182 0.143 0.149 0.164 0.103 0.079 0.081 0.044 0.030 0.016 0.011 76 L 0.013 0.013 0.011 0.033 0.044 0.082 0.173 0.176 0.173 0.162 0.120 77 P 0.130 0.137 0.086 0.163 0.120 0.101 0.098 0.056 0.051 0.036 0.022 78 L 0.028 0.021 0.035 0.047 0.050 0.057 0.108 0.119 0.180 0.171 0.185 79 S 0.076 0.060 0.043 0.103 0.093 0.105 0.146 0.114 0.108 0.083 0.068 80 K 0.062 0.067 0.047 0.125 0.124 0.126 0.154 0.107 0.099 0.057 0.033 81 M 0.067 0.030 0.044 0.056 0.051 0.077 0.111 0.119 0.149 0.147 0.147 82 N 0.068 0.060 0.045 0.094 0.097 0.101 0.144 0.121 0.116 0.094 0.060 83 L 0.025 0.026 0.016 0.037 0.038 0.053 0.112 0.138 0.195 0.193 0.167 84 G 0.056 0.069 0.032 0.086 0.090 0.102 0.151 0.113 0.125 0.098 0.077 85 G 0.200 0.081 0.069 0.119 0.092 0.084 0.094 0.069 0.082 0.063 0.047 86 I 0.019 0.031 0.016 0.063 0.090 0.107 0.169 0.157 0.153 0.116 0.078 87 G 0.006 0.014 0.010 0.021 0.026 0.051 0.112 0.141 0.222 0.208 0.188 88 K 0.017 0.020 0.035 0.125 0.185 0.219 0.202 0.092 0.060 0.031 0.013 89 K 0.064 0.097 0.268 0.225 0.124 0.087 0.072 0.028 0.020 0.009 0.005 90 M 0.002 0.004 0.009 0.028 0.038 0.066 0.160 0.188 0.211 0.173 0.120 91 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.058 0.120 0.230 0.310 0.264 92 L 0.001 0.003 0.091 0.143 0.221 0.249 0.183 0.059 0.033 0.012 0.004 93 E 0.010 0.032 0.476 0.212 0.125 0.080 0.043 0.012 0.006 0.003 0.001 94 M 0.001 0.002 0.003 0.014 0.028 0.091 0.302 0.231 0.182 0.102 0.044 95 M 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.010 0.055 0.128 0.239 0.304 0.253 96 K 0.006 0.041 0.414 0.210 0.176 0.092 0.044 0.011 0.004 0.001 0.001 97 E 0.055 0.078 0.454 0.208 0.116 0.055 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 98 E 0.101 0.064 0.026 0.076 0.100 0.141 0.249 0.115 0.070 0.039 0.018 99 K 0.302 0.252 0.072 0.134 0.085 0.069 0.051 0.017 0.011 0.005 0.002 100 A 0.010 0.012 0.010 0.021 0.032 0.055 0.144 0.152 0.193 0.188 0.184 101 P 0.255 0.180 0.117 0.143 0.109 0.074 0.075 0.026 0.013 0.006 0.003 102 K 0.211 0.368 0.115 0.151 0.080 0.042 0.022 0.006 0.003 0.002 0.001 103 L 0.002 0.008 0.007 0.022 0.035 0.084 0.194 0.177 0.197 0.164 0.111 104 S 0.315 0.115 0.134 0.184 0.129 0.070 0.038 0.009 0.005 0.001 0.001 105 D 0.232 0.127 0.368 0.197 0.053 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.002 0.006 0.011 0.019 0.070 0.237 0.223 0.193 0.154 0.084 107 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.018 0.072 0.255 0.218 0.203 0.136 0.089 108 S 0.006 0.023 0.744 0.148 0.052 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.008 0.051 0.178 0.263 0.225 0.169 0.081 0.017 0.005 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.041 0.167 0.313 0.461 111 R 0.004 0.009 0.027 0.101 0.195 0.294 0.279 0.062 0.019 0.006 0.003 112 K 0.016 0.040 0.847 0.071 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.010 0.020 0.020 0.089 0.140 0.260 0.344 0.082 0.023 0.009 0.003 114 E 0.641 0.212 0.041 0.068 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 115 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.055 0.131 0.244 0.280 0.272 116 K 0.004 0.048 0.046 0.222 0.283 0.253 0.112 0.020 0.007 0.002 0.002 117 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.047 0.108 0.270 0.276 0.283 118 Y 0.012 0.014 0.011 0.108 0.168 0.229 0.261 0.106 0.050 0.025 0.017 119 A 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.006 0.031 0.089 0.235 0.303 0.321 120 C 0.004 0.005 0.008 0.047 0.061 0.105 0.191 0.158 0.173 0.138 0.110 121 Q 0.012 0.026 0.079 0.123 0.133 0.149 0.200 0.118 0.085 0.049 0.025 122 L 0.009 0.015 0.040 0.075 0.090 0.111 0.200 0.163 0.135 0.103 0.059 123 S 0.005 0.019 0.024 0.052 0.045 0.047 0.110 0.138 0.195 0.194 0.171 124 V 0.011 0.010 0.025 0.034 0.049 0.068 0.156 0.172 0.212 0.162 0.100 125 E 0.053 0.062 0.191 0.256 0.179 0.128 0.081 0.029 0.012 0.006 0.004 126 I 0.004 0.014 0.046 0.060 0.080 0.098 0.197 0.153 0.163 0.110 0.074 127 M 0.016 0.009 0.014 0.033 0.040 0.070 0.172 0.171 0.206 0.168 0.099 128 G 0.205 0.177 0.087 0.180 0.135 0.087 0.083 0.023 0.014 0.005 0.002 129 F 0.001 0.002 0.003 0.007 0.010 0.022 0.088 0.153 0.249 0.257 0.208 130 K 0.197 0.476 0.100 0.145 0.054 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 131 K 0.116 0.126 0.054 0.195 0.178 0.152 0.110 0.038 0.019 0.008 0.004 132 E 0.548 0.133 0.042 0.083 0.061 0.043 0.037 0.020 0.017 0.010 0.007 133 E 0.158 0.212 0.107 0.237 0.141 0.077 0.045 0.013 0.007 0.003 0.002 134 L 0.007 0.012 0.006 0.030 0.048 0.074 0.159 0.189 0.171 0.167 0.137 135 F 0.008 0.018 0.019 0.063 0.130 0.179 0.219 0.136 0.103 0.064 0.059 136 P 0.261 0.192 0.197 0.200 0.080 0.035 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 137 E 0.274 0.160 0.060 0.237 0.132 0.076 0.043 0.010 0.004 0.002 0.001 138 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.040 0.105 0.240 0.284 0.307 139 Q 0.037 0.348 0.118 0.244 0.123 0.071 0.037 0.011 0.006 0.003 0.002 140 I 0.004 0.007 0.007 0.023 0.042 0.086 0.200 0.183 0.196 0.148 0.103 141 M 0.077 0.055 0.028 0.091 0.117 0.138 0.186 0.117 0.097 0.057 0.038 142 D 0.004 0.059 0.018 0.150 0.164 0.161 0.184 0.111 0.081 0.041 0.027 143 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.029 0.072 0.185 0.289 0.411 144 K 0.018 0.013 0.027 0.138 0.236 0.276 0.202 0.055 0.023 0.008 0.004 145 E 0.016 0.054 0.265 0.374 0.178 0.069 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 0.090 0.144 0.221 0.257 0.259 147 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.090 0.166 0.251 0.250 0.222 148 K 0.020 0.031 0.601 0.218 0.089 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 149 N 0.002 0.012 0.051 0.109 0.180 0.306 0.259 0.054 0.018 0.007 0.003 150 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.038 0.088 0.209 0.299 0.352 151 L 0.061 0.047 0.052 0.112 0.122 0.188 0.238 0.090 0.050 0.026 0.015 152 E 0.086 0.098 0.594 0.146 0.048 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 153 S 0.019 0.015 0.019 0.034 0.057 0.127 0.303 0.163 0.112 0.089 0.062 154 D 0.087 0.065 0.056 0.099 0.079 0.094 0.171 0.116 0.105 0.076 0.052 155 L 0.013 0.022 0.042 0.072 0.101 0.141 0.206 0.147 0.116 0.088 0.052 156 Q 0.026 0.046 0.091 0.133 0.118 0.138 0.159 0.107 0.083 0.061 0.037 157 L 0.007 0.008 0.017 0.023 0.028 0.043 0.138 0.173 0.226 0.203 0.133 158 F 0.008 0.016 0.028 0.059 0.065 0.080 0.149 0.150 0.174 0.148 0.121 159 I 0.009 0.018 0.028 0.044 0.050 0.058 0.119 0.152 0.211 0.179 0.133