# TARGET T0517 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 E 0.042 0.028 0.005 0.011 0.003 0.017 0.893 3 N 0.037 0.009 0.029 0.020 0.334 0.103 0.468 4 K 0.100 0.011 0.044 0.014 0.240 0.168 0.423 5 K 0.230 0.004 0.017 0.004 0.152 0.055 0.539 6 M 0.638 0.006 0.005 0.002 0.082 0.009 0.259 7 N 0.937 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.047 8 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 9 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 10 L 0.932 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.056 11 F 0.743 0.007 0.002 0.002 0.042 0.024 0.181 12 S 0.224 0.008 0.007 0.005 0.394 0.146 0.217 13 G 0.041 0.008 0.005 0.003 0.601 0.122 0.220 14 D 0.038 0.029 0.027 0.045 0.335 0.078 0.449 15 Y 0.001 0.001 0.201 0.688 0.031 0.062 0.015 16 D 0.001 0.001 0.138 0.758 0.012 0.084 0.006 17 K 0.001 0.001 0.088 0.840 0.006 0.059 0.006 18 A 0.001 0.001 0.010 0.950 0.007 0.025 0.007 19 L 0.001 0.001 0.005 0.952 0.008 0.022 0.013 20 A 0.001 0.001 0.002 0.980 0.004 0.010 0.004 21 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 30 E 0.001 0.001 0.004 0.859 0.003 0.130 0.002 31 M 0.001 0.001 0.003 0.143 0.009 0.843 0.002 32 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.956 0.022 33 I 0.016 0.003 0.001 0.001 0.128 0.004 0.848 34 E 0.369 0.015 0.001 0.001 0.060 0.003 0.552 35 V 0.813 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.178 36 T 0.966 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.013 37 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 39 C 0.944 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.041 40 A 0.680 0.004 0.005 0.021 0.045 0.015 0.231 41 F 0.179 0.007 0.042 0.119 0.223 0.111 0.319 42 W 0.037 0.012 0.108 0.348 0.165 0.183 0.147 43 G 0.020 0.014 0.127 0.534 0.087 0.136 0.083 44 L 0.019 0.003 0.112 0.695 0.035 0.094 0.042 45 L 0.027 0.003 0.084 0.736 0.029 0.080 0.041 46 L 0.030 0.005 0.100 0.663 0.031 0.115 0.056 47 L 0.030 0.012 0.076 0.589 0.057 0.151 0.086 48 R 0.039 0.012 0.050 0.406 0.092 0.218 0.183 49 D 0.030 0.010 0.040 0.259 0.130 0.284 0.248 50 P 0.016 0.005 0.049 0.157 0.172 0.322 0.278 51 E 0.015 0.013 0.097 0.126 0.162 0.169 0.417 52 K 0.017 0.018 0.126 0.100 0.134 0.111 0.494 53 A 0.022 0.007 0.145 0.126 0.116 0.290 0.294 54 S 0.038 0.009 0.098 0.101 0.112 0.239 0.405 55 Q 0.037 0.026 0.040 0.066 0.118 0.044 0.668 56 E 0.054 0.041 0.031 0.076 0.096 0.052 0.652 57 D 0.032 0.023 0.050 0.109 0.128 0.095 0.563 58 K 0.013 0.010 0.078 0.138 0.170 0.158 0.433 59 S 0.011 0.010 0.095 0.158 0.156 0.205 0.365 60 L 0.008 0.011 0.145 0.220 0.111 0.231 0.274 61 Y 0.007 0.009 0.183 0.244 0.089 0.261 0.207 62 E 0.009 0.007 0.174 0.315 0.159 0.149 0.187 63 Q 0.013 0.012 0.128 0.470 0.096 0.111 0.169 64 A 0.010 0.011 0.095 0.538 0.068 0.114 0.163 65 F 0.011 0.014 0.126 0.556 0.042 0.113 0.139 66 S 0.011 0.007 0.181 0.546 0.042 0.149 0.065 67 S 0.009 0.005 0.154 0.521 0.041 0.211 0.060 68 L 0.007 0.026 0.088 0.461 0.088 0.245 0.085 69 T 0.010 0.036 0.024 0.159 0.272 0.130 0.368 70 P 0.009 0.014 0.036 0.074 0.216 0.209 0.442 71 R 0.009 0.016 0.074 0.096 0.202 0.378 0.226 72 E 0.006 0.021 0.101 0.087 0.180 0.249 0.356 73 A 0.007 0.015 0.127 0.068 0.134 0.114 0.536 74 E 0.015 0.013 0.164 0.087 0.148 0.312 0.261 75 E 0.014 0.023 0.204 0.078 0.158 0.255 0.267 76 L 0.021 0.046 0.120 0.091 0.185 0.091 0.446 77 P 0.032 0.027 0.147 0.095 0.097 0.207 0.395 78 L 0.033 0.023 0.208 0.093 0.109 0.254 0.281 79 S 0.021 0.038 0.199 0.099 0.166 0.182 0.295 80 K 0.021 0.033 0.093 0.082 0.252 0.124 0.395 81 M 0.011 0.010 0.082 0.073 0.151 0.443 0.231 82 N 0.008 0.011 0.072 0.041 0.143 0.457 0.266 83 L 0.008 0.021 0.130 0.094 0.182 0.179 0.385 84 G 0.009 0.014 0.116 0.183 0.196 0.221 0.260 85 G 0.006 0.008 0.117 0.342 0.176 0.216 0.134 86 I 0.005 0.022 0.048 0.545 0.111 0.108 0.162 87 G 0.002 0.004 0.015 0.729 0.027 0.051 0.171 88 K 0.001 0.001 0.005 0.967 0.007 0.009 0.012 89 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.004 0.003 90 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 91 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 92 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.002 94 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.011 0.002 95 M 0.001 0.001 0.002 0.971 0.006 0.013 0.008 96 K 0.001 0.001 0.007 0.958 0.004 0.024 0.007 97 E 0.001 0.001 0.010 0.831 0.011 0.140 0.007 98 E 0.001 0.001 0.008 0.178 0.031 0.773 0.010 99 K 0.001 0.002 0.006 0.022 0.058 0.837 0.075 100 A 0.003 0.009 0.004 0.003 0.119 0.032 0.829 101 P 0.012 0.040 0.010 0.005 0.303 0.049 0.581 102 K 0.015 0.067 0.003 0.013 0.205 0.013 0.682 103 L 0.001 0.001 0.029 0.934 0.012 0.007 0.017 104 S 0.001 0.001 0.006 0.983 0.002 0.005 0.003 105 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 108 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 109 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 111 R 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.010 0.002 112 K 0.001 0.001 0.007 0.916 0.004 0.069 0.003 113 K 0.001 0.001 0.003 0.166 0.007 0.824 0.001 114 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.977 0.011 115 V 0.037 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.946 116 K 0.770 0.004 0.001 0.001 0.073 0.001 0.151 117 F 0.960 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 118 Y 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 119 A 0.900 0.002 0.001 0.003 0.012 0.001 0.082 120 C 0.257 0.003 0.014 0.066 0.094 0.029 0.536 121 Q 0.025 0.002 0.059 0.546 0.143 0.123 0.103 122 L 0.012 0.003 0.044 0.659 0.080 0.130 0.072 123 S 0.010 0.009 0.023 0.767 0.053 0.047 0.091 124 V 0.015 0.005 0.032 0.779 0.045 0.038 0.085 125 E 0.007 0.003 0.035 0.841 0.021 0.051 0.042 126 I 0.005 0.005 0.066 0.675 0.028 0.188 0.033 127 M 0.001 0.001 0.015 0.138 0.020 0.818 0.008 128 G 0.001 0.001 0.008 0.020 0.041 0.862 0.067 129 F 0.006 0.017 0.002 0.006 0.191 0.010 0.768 130 K 0.021 0.061 0.002 0.005 0.037 0.006 0.867 131 K 0.002 0.001 0.561 0.307 0.018 0.089 0.022 132 E 0.002 0.001 0.766 0.144 0.009 0.068 0.011 133 E 0.002 0.001 0.814 0.106 0.008 0.055 0.013 134 L 0.016 0.019 0.427 0.271 0.060 0.117 0.090 135 F 0.025 0.013 0.264 0.229 0.066 0.129 0.275 136 P 0.037 0.009 0.194 0.238 0.074 0.342 0.107 137 E 0.054 0.009 0.100 0.193 0.082 0.391 0.171 138 V 0.148 0.010 0.007 0.044 0.225 0.033 0.534 139 Q 0.337 0.005 0.003 0.027 0.349 0.023 0.257 140 I 0.702 0.059 0.004 0.040 0.024 0.021 0.150 141 M 0.593 0.009 0.005 0.075 0.049 0.031 0.238 142 D 0.419 0.013 0.006 0.178 0.096 0.027 0.261 143 V 0.015 0.001 0.010 0.923 0.015 0.011 0.025 144 K 0.003 0.001 0.009 0.963 0.008 0.009 0.008 145 E 0.001 0.001 0.010 0.975 0.003 0.008 0.003 146 Y 0.001 0.001 0.008 0.975 0.002 0.011 0.003 147 L 0.001 0.001 0.009 0.971 0.002 0.013 0.004 148 K 0.001 0.001 0.012 0.934 0.004 0.045 0.004 149 N 0.001 0.001 0.012 0.892 0.005 0.082 0.009 150 A 0.002 0.007 0.040 0.822 0.023 0.070 0.036 151 L 0.002 0.002 0.070 0.617 0.015 0.278 0.017 152 E 0.002 0.001 0.078 0.435 0.051 0.406 0.026 153 S 0.008 0.005 0.048 0.243 0.179 0.406 0.111 154 D 0.029 0.004 0.005 0.017 0.183 0.469 0.294 155 L 0.337 0.008 0.004 0.014 0.150 0.022 0.464 156 Q 0.838 0.011 0.002 0.004 0.010 0.004 0.131 157 L 0.926 0.002 0.003 0.004 0.006 0.003 0.057 158 F 0.919 0.005 0.002 0.003 0.006 0.003 0.061 159 I 0.457 0.011 0.002 0.004 0.023 0.003 0.500