# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.9973 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.770 0.028 0.044 0.112 0.007 0.011 0.014 0.003 0.007 0.002 0.001 2 E 0.834 0.028 0.059 0.052 0.006 0.006 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 3 N 0.404 0.037 0.067 0.376 0.014 0.023 0.051 0.014 0.013 0.001 0.001 4 K 0.065 0.290 0.328 0.157 0.033 0.028 0.068 0.005 0.025 0.001 0.001 5 K 0.046 0.409 0.297 0.050 0.063 0.044 0.058 0.007 0.023 0.003 0.001 6 M 0.004 0.697 0.219 0.003 0.043 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 7 N 0.013 0.726 0.162 0.013 0.029 0.031 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 8 L 0.001 0.809 0.149 0.001 0.019 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 9 L 0.003 0.831 0.100 0.001 0.005 0.037 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 10 L 0.005 0.729 0.153 0.003 0.021 0.056 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 11 F 0.060 0.506 0.126 0.088 0.096 0.074 0.006 0.001 0.042 0.002 0.001 12 S 0.035 0.355 0.142 0.088 0.304 0.015 0.020 0.002 0.028 0.010 0.001 13 G 0.050 0.013 0.063 0.026 0.178 0.003 0.028 0.180 0.002 0.456 0.001 14 D 0.200 0.131 0.312 0.106 0.070 0.088 0.008 0.003 0.059 0.017 0.006 15 Y 0.893 0.007 0.013 0.058 0.002 0.010 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 16 D 0.872 0.002 0.006 0.098 0.001 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 17 K 0.870 0.005 0.004 0.109 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 18 A 0.949 0.006 0.013 0.025 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.961 0.007 0.009 0.014 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 20 A 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 N 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.946 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 M 0.358 0.003 0.012 0.619 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.051 0.002 0.010 0.057 0.002 0.007 0.724 0.138 0.005 0.003 0.001 33 I 0.025 0.433 0.458 0.014 0.030 0.018 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 34 E 0.032 0.121 0.749 0.007 0.003 0.076 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 35 V 0.015 0.663 0.237 0.003 0.022 0.034 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 36 T 0.280 0.500 0.143 0.026 0.010 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 37 I 0.018 0.869 0.059 0.002 0.030 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 38 F 0.057 0.628 0.098 0.005 0.010 0.091 0.001 0.001 0.108 0.001 0.001 39 C 0.051 0.450 0.094 0.015 0.044 0.143 0.003 0.001 0.197 0.001 0.001 40 A 0.229 0.230 0.198 0.048 0.038 0.199 0.008 0.002 0.039 0.005 0.004 41 F 0.401 0.106 0.130 0.061 0.037 0.153 0.056 0.023 0.024 0.006 0.003 42 W 0.815 0.043 0.046 0.045 0.009 0.016 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 43 G 0.903 0.021 0.015 0.022 0.013 0.005 0.009 0.008 0.001 0.002 0.001 44 L 0.969 0.014 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 L 0.965 0.010 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.801 0.012 0.010 0.169 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 47 L 0.635 0.052 0.151 0.106 0.005 0.023 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 48 R 0.414 0.063 0.093 0.383 0.006 0.024 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 49 D 0.035 0.158 0.598 0.006 0.048 0.025 0.013 0.001 0.111 0.004 0.001 50 P 0.813 0.003 0.128 0.029 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 51 E 0.709 0.046 0.079 0.119 0.015 0.008 0.007 0.005 0.009 0.002 0.001 52 K 0.581 0.048 0.182 0.141 0.009 0.017 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 53 A 0.623 0.035 0.188 0.101 0.012 0.013 0.013 0.004 0.007 0.004 0.001 54 S 0.490 0.051 0.164 0.194 0.025 0.024 0.025 0.011 0.009 0.005 0.001 55 Q 0.406 0.129 0.221 0.147 0.029 0.029 0.013 0.004 0.019 0.003 0.001 56 E 0.347 0.204 0.279 0.063 0.038 0.027 0.012 0.003 0.022 0.006 0.001 57 D 0.235 0.084 0.346 0.107 0.014 0.145 0.021 0.003 0.038 0.003 0.004 58 K 0.675 0.083 0.106 0.075 0.022 0.013 0.010 0.004 0.011 0.002 0.001 59 S 0.716 0.021 0.115 0.064 0.017 0.019 0.018 0.011 0.008 0.009 0.001 60 L 0.809 0.011 0.019 0.133 0.003 0.009 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 61 Y 0.857 0.012 0.036 0.070 0.003 0.008 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 62 E 0.842 0.013 0.043 0.069 0.004 0.010 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 63 Q 0.754 0.026 0.087 0.096 0.010 0.007 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 64 A 0.693 0.025 0.075 0.155 0.009 0.015 0.014 0.005 0.007 0.002 0.001 65 F 0.456 0.110 0.167 0.147 0.026 0.032 0.025 0.006 0.027 0.004 0.001 66 S 0.637 0.057 0.131 0.115 0.016 0.015 0.014 0.004 0.006 0.004 0.001 67 S 0.470 0.051 0.096 0.291 0.021 0.021 0.023 0.011 0.013 0.002 0.001 68 L 0.239 0.104 0.246 0.260 0.015 0.066 0.031 0.006 0.029 0.002 0.001 69 T 0.054 0.226 0.401 0.010 0.037 0.043 0.036 0.001 0.185 0.005 0.001 70 P 0.371 0.007 0.525 0.024 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 71 R 0.601 0.039 0.208 0.078 0.016 0.017 0.009 0.020 0.006 0.006 0.001 72 E 0.614 0.043 0.127 0.115 0.020 0.020 0.024 0.012 0.018 0.008 0.001 73 A 0.632 0.032 0.196 0.070 0.019 0.020 0.010 0.005 0.008 0.006 0.002 74 E 0.796 0.019 0.070 0.098 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.286 0.044 0.077 0.528 0.008 0.023 0.014 0.005 0.015 0.001 0.001 76 L 0.017 0.218 0.429 0.003 0.013 0.024 0.012 0.001 0.283 0.001 0.001 77 P 0.225 0.010 0.542 0.022 0.001 0.151 0.004 0.001 0.005 0.001 0.041 78 L 0.405 0.095 0.188 0.146 0.032 0.062 0.018 0.012 0.035 0.006 0.001 79 S 0.588 0.065 0.117 0.152 0.026 0.022 0.009 0.008 0.006 0.005 0.001 80 K 0.301 0.133 0.147 0.291 0.035 0.031 0.025 0.003 0.032 0.002 0.001 81 M 0.181 0.135 0.282 0.295 0.031 0.038 0.015 0.007 0.014 0.002 0.001 82 N 0.083 0.054 0.096 0.128 0.032 0.162 0.366 0.016 0.052 0.010 0.001 83 L 0.229 0.097 0.107 0.417 0.024 0.038 0.031 0.009 0.042 0.005 0.001 84 G 0.238 0.022 0.192 0.108 0.060 0.006 0.057 0.128 0.003 0.185 0.001 85 G 0.401 0.011 0.051 0.082 0.036 0.008 0.045 0.194 0.003 0.168 0.001 86 I 0.709 0.031 0.076 0.141 0.009 0.017 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 87 G 0.825 0.010 0.053 0.042 0.010 0.014 0.007 0.011 0.006 0.022 0.001 88 K 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 M 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 M 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.952 0.002 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.219 0.003 0.017 0.740 0.002 0.002 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 99 K 0.003 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.906 0.061 0.002 0.001 0.001 100 A 0.056 0.263 0.478 0.026 0.046 0.041 0.024 0.002 0.052 0.012 0.001 101 P 0.137 0.018 0.744 0.036 0.008 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 102 K 0.010 0.121 0.657 0.006 0.063 0.098 0.001 0.001 0.042 0.002 0.001 103 L 0.968 0.003 0.005 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 S 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.982 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.966 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 110 A 0.975 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.984 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.909 0.008 0.011 0.065 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.263 0.016 0.030 0.676 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.013 0.003 0.007 0.053 0.006 0.012 0.843 0.053 0.007 0.002 0.001 115 V 0.001 0.641 0.288 0.002 0.023 0.022 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 116 K 0.019 0.590 0.269 0.005 0.009 0.087 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 117 F 0.021 0.775 0.135 0.002 0.009 0.034 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 118 Y 0.040 0.639 0.094 0.008 0.032 0.079 0.004 0.001 0.103 0.001 0.001 119 A 0.106 0.310 0.260 0.021 0.112 0.125 0.009 0.002 0.045 0.009 0.002 120 C 0.442 0.117 0.162 0.049 0.069 0.115 0.009 0.003 0.025 0.005 0.004 121 Q 0.939 0.010 0.018 0.017 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 122 L 0.960 0.009 0.007 0.015 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.985 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.971 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 M 0.295 0.002 0.012 0.688 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 G 0.006 0.001 0.002 0.040 0.001 0.002 0.621 0.324 0.002 0.003 0.001 129 F 0.001 0.243 0.703 0.002 0.011 0.033 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 130 K 0.001 0.133 0.773 0.001 0.020 0.063 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 131 K 0.943 0.012 0.013 0.013 0.005 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 132 E 0.957 0.002 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.698 0.004 0.016 0.273 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 134 L 0.626 0.025 0.146 0.161 0.005 0.020 0.009 0.002 0.004 0.001 0.002 135 F 0.324 0.160 0.274 0.018 0.034 0.008 0.019 0.002 0.143 0.017 0.001 136 P 0.522 0.001 0.436 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 137 E 0.234 0.017 0.061 0.437 0.016 0.014 0.058 0.150 0.009 0.003 0.001 138 V 0.030 0.266 0.585 0.021 0.010 0.046 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 139 Q 0.102 0.415 0.316 0.021 0.015 0.084 0.013 0.002 0.030 0.002 0.001 140 I 0.185 0.422 0.221 0.064 0.019 0.054 0.004 0.002 0.025 0.003 0.001 141 M 0.288 0.214 0.141 0.059 0.221 0.028 0.016 0.006 0.018 0.008 0.001 142 D 0.066 0.067 0.405 0.015 0.111 0.239 0.003 0.001 0.076 0.012 0.002 143 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 Y 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.789 0.001 0.001 0.208 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 A 0.693 0.010 0.114 0.144 0.001 0.015 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 151 L 0.802 0.012 0.089 0.081 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.303 0.018 0.057 0.540 0.010 0.011 0.025 0.027 0.007 0.002 0.001 153 S 0.060 0.112 0.692 0.037 0.036 0.023 0.019 0.005 0.013 0.003 0.001 154 D 0.070 0.061 0.099 0.475 0.026 0.120 0.109 0.015 0.022 0.001 0.001 155 L 0.003 0.750 0.174 0.003 0.039 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 156 Q 0.013 0.770 0.124 0.006 0.023 0.036 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 157 L 0.007 0.817 0.133 0.002 0.016 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 158 F 0.010 0.807 0.066 0.006 0.032 0.038 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 159 I 0.012 0.698 0.150 0.008 0.046 0.042 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001