# TARGET T0517 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.114 0.066 0.049 0.147 0.053 0.055 0.132 0.087 0.124 0.063 2 E 0.136 0.158 0.102 0.053 0.197 0.037 0.041 0.110 0.064 0.058 0.045 3 N 0.133 0.127 0.051 0.024 0.195 0.023 0.034 0.110 0.102 0.138 0.062 4 K 0.075 0.279 0.106 0.036 0.239 0.023 0.043 0.067 0.048 0.064 0.020 5 K 0.220 0.089 0.037 0.019 0.236 0.019 0.040 0.053 0.037 0.125 0.124 6 M 0.179 0.202 0.030 0.015 0.510 0.005 0.003 0.005 0.002 0.014 0.035 7 N 0.141 0.090 0.005 0.002 0.744 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 8 L 0.168 0.033 0.001 0.001 0.788 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 9 L 0.280 0.030 0.001 0.001 0.664 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 10 L 0.299 0.078 0.009 0.001 0.478 0.003 0.005 0.009 0.003 0.024 0.091 11 F 0.141 0.217 0.145 0.072 0.267 0.027 0.012 0.018 0.009 0.033 0.058 12 S 0.030 0.090 0.046 0.122 0.066 0.152 0.163 0.134 0.082 0.093 0.023 13 G 0.013 0.045 0.071 0.115 0.021 0.070 0.054 0.084 0.079 0.347 0.099 14 D 0.054 0.320 0.138 0.014 0.133 0.008 0.014 0.172 0.087 0.040 0.020 15 Y 0.005 0.005 0.003 0.002 0.006 0.002 0.004 0.606 0.323 0.038 0.005 16 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.831 0.144 0.005 0.001 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.880 0.100 0.010 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.875 0.113 0.006 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.904 0.090 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.054 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.039 0.001 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.054 0.002 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.048 0.002 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.920 0.054 0.005 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.812 0.121 0.004 0.001 30 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.050 0.818 0.106 0.014 0.001 31 M 0.001 0.775 0.205 0.003 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 32 E 0.048 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.472 0.465 33 I 0.027 0.625 0.101 0.003 0.200 0.006 0.008 0.005 0.006 0.012 0.007 34 E 0.327 0.051 0.003 0.001 0.511 0.002 0.003 0.003 0.003 0.008 0.087 35 V 0.292 0.097 0.004 0.002 0.584 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 36 T 0.209 0.028 0.002 0.003 0.718 0.008 0.012 0.004 0.001 0.002 0.015 37 I 0.287 0.016 0.001 0.001 0.669 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 38 F 0.284 0.020 0.001 0.001 0.645 0.002 0.003 0.004 0.001 0.003 0.035 39 C 0.280 0.037 0.003 0.001 0.631 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.034 40 A 0.320 0.047 0.010 0.007 0.240 0.013 0.018 0.054 0.031 0.087 0.175 41 F 0.094 0.077 0.047 0.080 0.137 0.087 0.071 0.212 0.095 0.053 0.048 42 W 0.014 0.029 0.022 0.034 0.016 0.026 0.048 0.409 0.218 0.157 0.027 43 G 0.008 0.041 0.072 0.062 0.022 0.018 0.022 0.504 0.179 0.062 0.010 44 L 0.008 0.007 0.003 0.002 0.012 0.004 0.013 0.693 0.241 0.015 0.003 45 L 0.005 0.005 0.003 0.002 0.009 0.003 0.023 0.770 0.167 0.010 0.002 46 L 0.006 0.006 0.002 0.002 0.009 0.005 0.037 0.746 0.129 0.054 0.003 47 L 0.029 0.061 0.012 0.004 0.062 0.009 0.063 0.558 0.126 0.062 0.014 48 R 0.052 0.102 0.062 0.025 0.058 0.020 0.054 0.306 0.088 0.188 0.046 49 D 0.015 0.359 0.138 0.031 0.091 0.028 0.077 0.167 0.055 0.030 0.009 50 P 0.053 0.078 0.060 0.042 0.052 0.023 0.051 0.222 0.127 0.212 0.079 51 E 0.039 0.147 0.090 0.017 0.090 0.018 0.064 0.232 0.108 0.153 0.043 52 K 0.076 0.159 0.062 0.023 0.146 0.014 0.022 0.222 0.113 0.117 0.046 53 A 0.021 0.194 0.106 0.028 0.076 0.035 0.069 0.270 0.135 0.054 0.012 54 S 0.084 0.184 0.082 0.008 0.187 0.006 0.026 0.171 0.094 0.118 0.041 55 Q 0.139 0.256 0.102 0.009 0.275 0.006 0.015 0.062 0.041 0.054 0.041 56 E 0.064 0.363 0.174 0.018 0.216 0.012 0.026 0.067 0.025 0.017 0.018 57 D 0.095 0.236 0.135 0.026 0.187 0.014 0.024 0.115 0.070 0.060 0.038 58 K 0.040 0.208 0.173 0.054 0.115 0.041 0.061 0.180 0.074 0.035 0.018 59 S 0.057 0.099 0.081 0.043 0.090 0.061 0.093 0.220 0.096 0.113 0.047 60 L 0.066 0.127 0.108 0.050 0.112 0.022 0.038 0.197 0.110 0.119 0.051 61 Y 0.022 0.096 0.089 0.085 0.043 0.043 0.034 0.204 0.148 0.201 0.034 62 E 0.049 0.139 0.075 0.028 0.109 0.015 0.032 0.249 0.171 0.105 0.030 63 Q 0.032 0.094 0.067 0.020 0.052 0.014 0.044 0.400 0.177 0.076 0.024 64 A 0.034 0.077 0.036 0.019 0.055 0.024 0.076 0.339 0.167 0.145 0.029 65 F 0.054 0.115 0.059 0.027 0.099 0.014 0.029 0.263 0.194 0.108 0.037 66 S 0.039 0.066 0.046 0.030 0.062 0.031 0.071 0.332 0.199 0.093 0.031 67 S 0.050 0.104 0.052 0.019 0.111 0.021 0.062 0.308 0.153 0.093 0.026 68 L 0.062 0.081 0.047 0.032 0.096 0.028 0.067 0.216 0.133 0.189 0.049 69 T 0.071 0.139 0.102 0.054 0.134 0.027 0.045 0.156 0.101 0.127 0.046 70 P 0.048 0.174 0.124 0.047 0.113 0.025 0.044 0.180 0.095 0.121 0.029 71 R 0.034 0.137 0.099 0.055 0.083 0.040 0.096 0.196 0.100 0.130 0.030 72 E 0.046 0.133 0.172 0.090 0.083 0.028 0.035 0.119 0.078 0.159 0.057 73 A 0.069 0.212 0.084 0.017 0.171 0.012 0.031 0.174 0.136 0.066 0.027 74 E 0.041 0.107 0.057 0.016 0.097 0.022 0.072 0.300 0.192 0.077 0.020 75 E 0.069 0.096 0.044 0.015 0.102 0.018 0.060 0.171 0.137 0.229 0.059 76 L 0.106 0.238 0.094 0.029 0.208 0.020 0.025 0.102 0.056 0.068 0.055 77 P 0.073 0.151 0.071 0.033 0.133 0.031 0.059 0.173 0.131 0.100 0.044 78 L 0.072 0.129 0.093 0.035 0.122 0.014 0.030 0.152 0.158 0.151 0.045 79 S 0.056 0.183 0.111 0.047 0.109 0.024 0.048 0.200 0.096 0.090 0.035 80 K 0.049 0.211 0.177 0.051 0.118 0.019 0.028 0.146 0.067 0.097 0.036 81 M 0.025 0.089 0.052 0.042 0.052 0.082 0.133 0.314 0.142 0.049 0.020 82 N 0.045 0.089 0.074 0.031 0.060 0.019 0.026 0.175 0.116 0.288 0.077 83 L 0.089 0.094 0.044 0.017 0.112 0.013 0.018 0.221 0.135 0.199 0.057 84 G 0.013 0.106 0.072 0.050 0.032 0.054 0.064 0.435 0.108 0.053 0.013 85 G 0.019 0.049 0.033 0.025 0.036 0.019 0.034 0.489 0.106 0.166 0.026 86 I 0.016 0.103 0.040 0.006 0.027 0.004 0.014 0.636 0.091 0.053 0.012 87 G 0.004 0.021 0.017 0.007 0.006 0.005 0.003 0.836 0.073 0.022 0.006 88 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.926 0.051 0.002 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.034 0.003 0.001 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.027 0.004 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.040 0.006 0.001 92 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.038 0.004 0.001 93 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.945 0.034 0.006 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.931 0.053 0.006 0.001 95 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.895 0.078 0.010 0.001 96 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.810 0.143 0.009 0.001 97 E 0.002 0.046 0.013 0.006 0.006 0.005 0.100 0.672 0.119 0.029 0.002 98 E 0.003 0.707 0.155 0.007 0.032 0.010 0.012 0.019 0.022 0.031 0.003 99 K 0.065 0.005 0.003 0.002 0.013 0.001 0.002 0.005 0.019 0.575 0.310 100 A 0.110 0.421 0.100 0.002 0.260 0.001 0.003 0.010 0.019 0.035 0.039 101 P 0.020 0.409 0.131 0.044 0.129 0.061 0.045 0.081 0.046 0.019 0.015 102 K 0.022 0.565 0.243 0.003 0.086 0.001 0.003 0.018 0.015 0.034 0.010 103 L 0.017 0.009 0.007 0.002 0.027 0.001 0.002 0.514 0.315 0.093 0.013 104 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.868 0.113 0.002 0.001 105 D 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.918 0.049 0.010 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.874 0.066 0.051 0.001 107 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.892 0.087 0.012 0.001 108 S 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.922 0.054 0.004 0.001 109 G 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.940 0.037 0.010 0.001 110 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.924 0.049 0.014 0.003 111 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.757 0.231 0.003 0.001 112 K 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.013 0.856 0.115 0.005 0.001 113 K 0.001 0.601 0.392 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.021 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.407 0.551 115 V 0.070 0.383 0.021 0.003 0.441 0.003 0.004 0.023 0.012 0.019 0.021 116 K 0.123 0.092 0.007 0.009 0.669 0.010 0.030 0.037 0.006 0.005 0.012 117 F 0.341 0.035 0.003 0.002 0.581 0.002 0.003 0.015 0.003 0.002 0.015 118 Y 0.230 0.032 0.005 0.009 0.544 0.019 0.028 0.039 0.006 0.008 0.081 119 A 0.241 0.092 0.036 0.009 0.356 0.004 0.005 0.078 0.018 0.043 0.117 120 C 0.164 0.121 0.047 0.018 0.169 0.030 0.028 0.198 0.073 0.089 0.063 121 Q 0.056 0.081 0.020 0.011 0.112 0.014 0.044 0.400 0.184 0.054 0.024 122 L 0.042 0.046 0.027 0.013 0.059 0.009 0.049 0.597 0.096 0.044 0.018 123 S 0.019 0.044 0.014 0.003 0.045 0.006 0.020 0.650 0.159 0.036 0.005 124 V 0.010 0.007 0.004 0.005 0.011 0.006 0.014 0.728 0.163 0.042 0.010 125 E 0.003 0.004 0.003 0.002 0.004 0.009 0.132 0.677 0.158 0.008 0.002 126 I 0.004 0.005 0.001 0.003 0.005 0.026 0.313 0.527 0.100 0.015 0.001 127 M 0.001 0.698 0.228 0.003 0.061 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 128 G 0.123 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.379 0.487 129 F 0.012 0.657 0.235 0.003 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 130 K 0.001 0.675 0.308 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 0.393 0.579 0.003 0.001 132 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.597 0.376 0.010 0.001 133 E 0.004 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.027 0.426 0.182 0.336 0.006 134 L 0.036 0.023 0.008 0.003 0.032 0.005 0.021 0.393 0.241 0.219 0.018 135 F 0.032 0.174 0.084 0.058 0.091 0.011 0.026 0.220 0.161 0.102 0.042 136 P 0.001 0.021 0.011 0.007 0.007 0.087 0.382 0.353 0.122 0.008 0.001 137 E 0.064 0.007 0.005 0.002 0.020 0.001 0.005 0.038 0.121 0.616 0.122 138 V 0.187 0.228 0.016 0.001 0.490 0.001 0.005 0.011 0.015 0.013 0.032 139 Q 0.112 0.076 0.030 0.030 0.318 0.057 0.096 0.137 0.070 0.037 0.037 140 I 0.232 0.060 0.016 0.014 0.216 0.009 0.016 0.082 0.071 0.156 0.129 141 M 0.033 0.071 0.039 0.111 0.087 0.095 0.133 0.180 0.085 0.131 0.035 142 D 0.034 0.186 0.272 0.147 0.089 0.010 0.007 0.094 0.035 0.075 0.051 143 V 0.030 0.040 0.013 0.006 0.037 0.002 0.006 0.522 0.264 0.057 0.022 144 K 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 0.007 0.017 0.766 0.184 0.011 0.002 145 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.890 0.076 0.005 0.001 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.804 0.151 0.033 0.001 147 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.801 0.171 0.011 0.002 148 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.024 0.839 0.114 0.008 0.002 149 N 0.003 0.006 0.002 0.001 0.006 0.004 0.030 0.705 0.153 0.088 0.003 150 A 0.038 0.035 0.007 0.004 0.048 0.004 0.021 0.508 0.229 0.078 0.028 151 L 0.003 0.017 0.015 0.013 0.006 0.031 0.097 0.559 0.241 0.016 0.002 152 E 0.017 0.022 0.013 0.015 0.015 0.011 0.041 0.211 0.187 0.418 0.051 153 S 0.052 0.549 0.079 0.005 0.220 0.004 0.003 0.009 0.014 0.037 0.029 154 D 0.149 0.019 0.005 0.016 0.090 0.036 0.068 0.077 0.093 0.244 0.202 155 L 0.222 0.157 0.013 0.003 0.537 0.002 0.001 0.007 0.007 0.020 0.030 156 Q 0.251 0.042 0.005 0.009 0.622 0.007 0.011 0.011 0.004 0.007 0.031 157 L 0.240 0.072 0.010 0.003 0.630 0.002 0.002 0.006 0.003 0.008 0.023 158 F 0.219 0.089 0.011 0.002 0.618 0.001 0.003 0.004 0.002 0.007 0.045 159 I 0.251 0.105 0.029 0.011 0.430 0.013 0.011 0.015 0.008 0.037 0.090