# TARGET T0517 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.619 0.243 0.092 0.038 0.007 0.001 0.001 2 E 0.603 0.264 0.087 0.037 0.008 0.001 0.001 3 N 0.560 0.277 0.099 0.046 0.016 0.002 0.001 4 K 0.186 0.351 0.273 0.150 0.035 0.005 0.001 5 K 0.040 0.222 0.310 0.298 0.106 0.022 0.002 6 M 0.001 0.011 0.041 0.169 0.386 0.350 0.043 7 N 0.001 0.007 0.021 0.081 0.253 0.528 0.109 8 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.051 0.425 0.511 9 L 0.001 0.001 0.003 0.014 0.051 0.358 0.572 10 L 0.001 0.002 0.008 0.032 0.131 0.438 0.388 11 F 0.003 0.016 0.044 0.143 0.312 0.346 0.135 12 S 0.031 0.167 0.274 0.277 0.178 0.064 0.010 13 G 0.047 0.167 0.219 0.276 0.212 0.072 0.008 14 D 0.060 0.254 0.297 0.234 0.110 0.040 0.004 15 Y 0.006 0.014 0.042 0.141 0.330 0.413 0.054 16 D 0.005 0.020 0.053 0.137 0.283 0.393 0.110 17 K 0.005 0.016 0.037 0.084 0.191 0.405 0.261 18 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.054 0.326 0.605 19 L 0.001 0.003 0.010 0.042 0.109 0.313 0.522 20 A 0.001 0.002 0.005 0.016 0.047 0.209 0.720 21 S 0.001 0.001 0.002 0.006 0.033 0.183 0.776 22 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.222 0.737 23 I 0.001 0.002 0.004 0.015 0.055 0.201 0.722 24 I 0.001 0.003 0.005 0.013 0.033 0.184 0.761 25 A 0.002 0.004 0.005 0.020 0.059 0.276 0.635 26 N 0.009 0.019 0.031 0.085 0.170 0.334 0.352 27 A 0.006 0.019 0.033 0.079 0.146 0.381 0.336 28 A 0.014 0.037 0.054 0.138 0.281 0.361 0.115 29 R 0.010 0.040 0.092 0.206 0.317 0.288 0.046 30 E 0.034 0.112 0.130 0.195 0.268 0.229 0.033 31 M 0.039 0.125 0.241 0.293 0.213 0.081 0.007 32 E 0.123 0.316 0.237 0.181 0.103 0.038 0.002 33 I 0.019 0.108 0.245 0.369 0.217 0.040 0.002 34 E 0.066 0.344 0.315 0.184 0.072 0.018 0.001 35 V 0.001 0.007 0.026 0.120 0.372 0.408 0.067 36 T 0.002 0.019 0.082 0.253 0.357 0.234 0.054 37 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.065 0.459 0.464 38 F 0.001 0.002 0.010 0.042 0.117 0.319 0.509 39 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.172 0.808 40 A 0.001 0.002 0.005 0.019 0.054 0.240 0.680 41 F 0.001 0.004 0.011 0.031 0.091 0.323 0.539 42 W 0.004 0.013 0.026 0.078 0.183 0.388 0.308 43 G 0.008 0.021 0.041 0.088 0.178 0.357 0.306 44 L 0.007 0.016 0.033 0.075 0.174 0.478 0.217 45 L 0.011 0.045 0.093 0.209 0.304 0.290 0.049 46 L 0.009 0.035 0.104 0.204 0.335 0.280 0.033 47 L 0.007 0.024 0.059 0.161 0.324 0.389 0.036 48 R 0.041 0.167 0.265 0.307 0.172 0.045 0.002 49 D 0.065 0.219 0.307 0.260 0.126 0.022 0.001 50 P 0.303 0.343 0.219 0.103 0.027 0.004 0.001 51 E 0.438 0.298 0.149 0.084 0.027 0.004 0.001 52 K 0.326 0.321 0.206 0.110 0.031 0.005 0.001 53 A 0.527 0.255 0.131 0.062 0.021 0.005 0.001 54 S 0.513 0.250 0.126 0.078 0.027 0.006 0.001 55 Q 0.316 0.164 0.157 0.175 0.140 0.045 0.003 56 E 0.431 0.267 0.161 0.096 0.037 0.008 0.001 57 D 0.307 0.247 0.187 0.164 0.073 0.021 0.002 58 K 0.439 0.261 0.145 0.095 0.045 0.013 0.002 59 S 0.365 0.284 0.178 0.104 0.049 0.016 0.003 60 L 0.115 0.144 0.170 0.249 0.215 0.090 0.017 61 Y 0.111 0.174 0.183 0.213 0.197 0.099 0.024 62 E 0.164 0.254 0.228 0.202 0.100 0.040 0.012 63 Q 0.078 0.134 0.191 0.247 0.221 0.103 0.027 64 A 0.023 0.041 0.057 0.107 0.200 0.367 0.204 65 F 0.015 0.041 0.088 0.204 0.286 0.260 0.106 66 S 0.050 0.147 0.221 0.228 0.158 0.138 0.058 67 S 0.020 0.038 0.055 0.121 0.233 0.348 0.185 68 L 0.016 0.027 0.049 0.095 0.188 0.367 0.259 69 T 0.026 0.054 0.096 0.189 0.269 0.277 0.089 70 P 0.080 0.161 0.202 0.241 0.182 0.104 0.031 71 R 0.122 0.191 0.189 0.209 0.163 0.094 0.032 72 E 0.156 0.227 0.206 0.177 0.129 0.078 0.027 73 A 0.134 0.178 0.202 0.224 0.162 0.078 0.022 74 E 0.372 0.278 0.161 0.107 0.051 0.022 0.008 75 E 0.197 0.219 0.204 0.176 0.117 0.066 0.022 76 L 0.078 0.092 0.108 0.179 0.253 0.210 0.080 77 P 0.086 0.157 0.217 0.220 0.167 0.115 0.039 78 L 0.082 0.089 0.121 0.198 0.229 0.204 0.077 79 S 0.083 0.086 0.081 0.118 0.190 0.275 0.167 80 K 0.060 0.082 0.121 0.175 0.211 0.221 0.130 81 M 0.052 0.085 0.125 0.180 0.201 0.215 0.142 82 N 0.046 0.068 0.081 0.140 0.208 0.245 0.212 83 L 0.022 0.029 0.041 0.077 0.151 0.300 0.380 84 G 0.027 0.052 0.069 0.121 0.182 0.283 0.266 85 G 0.026 0.067 0.105 0.198 0.243 0.224 0.137 86 I 0.013 0.035 0.058 0.126 0.212 0.307 0.248 87 G 0.006 0.013 0.017 0.045 0.136 0.410 0.372 88 K 0.007 0.031 0.062 0.136 0.216 0.343 0.204 89 K 0.025 0.126 0.260 0.275 0.174 0.118 0.023 90 M 0.002 0.013 0.041 0.146 0.336 0.382 0.081 91 L 0.001 0.002 0.004 0.020 0.131 0.610 0.232 92 L 0.006 0.063 0.186 0.358 0.263 0.115 0.010 93 E 0.056 0.394 0.314 0.163 0.060 0.012 0.001 94 M 0.014 0.080 0.216 0.364 0.256 0.067 0.002 95 M 0.012 0.036 0.122 0.373 0.376 0.080 0.001 96 K 0.432 0.421 0.115 0.028 0.004 0.001 0.001 97 E 0.655 0.286 0.045 0.011 0.002 0.001 0.001 98 E 0.232 0.351 0.279 0.113 0.023 0.002 0.001 99 K 0.394 0.419 0.138 0.040 0.009 0.001 0.001 100 A 0.023 0.091 0.239 0.424 0.200 0.023 0.001 101 P 0.288 0.350 0.204 0.105 0.043 0.009 0.001 102 K 0.064 0.348 0.321 0.206 0.054 0.007 0.001 103 L 0.003 0.018 0.066 0.218 0.456 0.227 0.012 104 S 0.050 0.298 0.363 0.215 0.063 0.010 0.001 105 D 0.066 0.470 0.327 0.113 0.021 0.003 0.001 106 L 0.001 0.004 0.019 0.111 0.462 0.388 0.015 107 L 0.001 0.009 0.041 0.221 0.461 0.258 0.011 108 S 0.058 0.519 0.294 0.102 0.023 0.003 0.001 109 G 0.009 0.098 0.430 0.389 0.068 0.006 0.001 110 A 0.003 0.011 0.020 0.129 0.482 0.345 0.010 111 R 0.072 0.271 0.375 0.219 0.055 0.007 0.001 112 K 0.563 0.352 0.067 0.015 0.003 0.001 0.001 113 K 0.039 0.234 0.425 0.255 0.044 0.003 0.001 114 E 0.148 0.403 0.256 0.132 0.050 0.010 0.001 115 V 0.007 0.032 0.090 0.253 0.399 0.203 0.015 116 K 0.009 0.062 0.143 0.308 0.326 0.136 0.016 117 F 0.003 0.005 0.013 0.041 0.178 0.531 0.229 118 Y 0.006 0.034 0.073 0.193 0.276 0.306 0.111 119 A 0.007 0.018 0.031 0.076 0.151 0.392 0.325 120 C 0.008 0.024 0.039 0.101 0.209 0.351 0.266 121 Q 0.039 0.098 0.140 0.226 0.248 0.185 0.064 122 L 0.062 0.115 0.150 0.213 0.200 0.174 0.086 123 S 0.039 0.051 0.065 0.130 0.215 0.355 0.145 124 V 0.063 0.102 0.142 0.227 0.253 0.170 0.043 125 E 0.118 0.236 0.245 0.206 0.116 0.062 0.016 126 I 0.083 0.118 0.165 0.220 0.233 0.157 0.024 127 M 0.072 0.158 0.196 0.244 0.196 0.117 0.018 128 G 0.177 0.305 0.241 0.169 0.080 0.026 0.002 129 F 0.059 0.113 0.194 0.281 0.264 0.083 0.006 130 K 0.309 0.376 0.204 0.089 0.019 0.003 0.001 131 K 0.421 0.321 0.158 0.076 0.021 0.003 0.001 132 E 0.540 0.309 0.110 0.033 0.007 0.001 0.001 133 E 0.306 0.336 0.204 0.109 0.037 0.008 0.001 134 L 0.058 0.079 0.158 0.300 0.309 0.091 0.004 135 F 0.097 0.184 0.270 0.275 0.138 0.034 0.002 136 P 0.430 0.337 0.138 0.066 0.022 0.006 0.001 137 E 0.188 0.248 0.227 0.187 0.106 0.040 0.005 138 V 0.051 0.077 0.133 0.261 0.304 0.156 0.018 139 Q 0.178 0.309 0.245 0.158 0.076 0.028 0.005 140 I 0.078 0.104 0.152 0.223 0.244 0.171 0.029 141 M 0.076 0.121 0.142 0.203 0.224 0.191 0.043 142 D 0.029 0.087 0.138 0.248 0.246 0.195 0.057 143 V 0.011 0.023 0.040 0.102 0.249 0.413 0.162 144 K 0.035 0.128 0.197 0.253 0.199 0.144 0.045 145 E 0.035 0.120 0.200 0.294 0.210 0.110 0.031 146 Y 0.008 0.013 0.024 0.083 0.266 0.472 0.133 147 L 0.005 0.018 0.044 0.171 0.354 0.353 0.054 148 K 0.054 0.326 0.310 0.210 0.080 0.019 0.002 149 N 0.032 0.116 0.280 0.385 0.155 0.031 0.001 150 A 0.037 0.075 0.079 0.198 0.382 0.219 0.009 151 L 0.231 0.375 0.242 0.115 0.031 0.006 0.001 152 E 0.496 0.355 0.112 0.030 0.006 0.001 0.001 153 S 0.121 0.226 0.295 0.249 0.096 0.013 0.001 154 D 0.226 0.297 0.252 0.147 0.064 0.013 0.001 155 L 0.103 0.122 0.165 0.266 0.228 0.106 0.010 156 Q 0.135 0.146 0.172 0.202 0.207 0.123 0.015 157 L 0.068 0.043 0.058 0.132 0.215 0.358 0.126 158 F 0.117 0.108 0.142 0.220 0.223 0.158 0.033 159 I 0.166 0.110 0.128 0.174 0.203 0.170 0.050