# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 156.387 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.014 0.018 0.018 0.368 0.526 2 E 0.077 0.017 0.080 0.033 0.471 0.321 3 N 0.059 0.016 0.105 0.013 0.546 0.260 4 K 0.094 0.009 0.058 0.003 0.600 0.236 5 K 0.371 0.004 0.006 0.001 0.181 0.437 6 M 0.912 0.003 0.001 0.001 0.019 0.066 7 N 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 8 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 10 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 11 F 0.879 0.001 0.001 0.001 0.053 0.065 12 S 0.185 0.005 0.002 0.003 0.364 0.439 13 G 0.021 0.009 0.003 0.007 0.540 0.419 14 D 0.011 0.022 0.009 0.045 0.434 0.479 15 Y 0.001 0.001 0.115 0.804 0.064 0.015 16 D 0.001 0.001 0.168 0.775 0.047 0.008 17 K 0.001 0.001 0.159 0.819 0.017 0.004 18 A 0.001 0.001 0.038 0.947 0.006 0.008 19 L 0.001 0.001 0.012 0.982 0.002 0.003 20 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 29 R 0.001 0.001 0.018 0.972 0.005 0.004 30 E 0.001 0.001 0.024 0.940 0.019 0.015 31 M 0.002 0.002 0.028 0.829 0.047 0.094 32 E 0.003 0.001 0.011 0.065 0.115 0.805 33 I 0.080 0.007 0.020 0.038 0.188 0.666 34 E 0.467 0.008 0.009 0.044 0.086 0.386 35 V 0.849 0.006 0.002 0.021 0.025 0.097 36 T 0.908 0.002 0.002 0.026 0.015 0.048 37 I 0.945 0.001 0.002 0.030 0.007 0.015 38 F 0.897 0.001 0.004 0.079 0.007 0.011 39 C 0.806 0.002 0.009 0.142 0.013 0.029 40 A 0.362 0.004 0.013 0.476 0.036 0.109 41 F 0.143 0.006 0.033 0.548 0.084 0.186 42 W 0.059 0.004 0.069 0.688 0.111 0.070 43 G 0.026 0.004 0.062 0.814 0.066 0.028 44 L 0.012 0.002 0.078 0.856 0.041 0.011 45 L 0.009 0.001 0.067 0.884 0.029 0.009 46 L 0.010 0.001 0.061 0.861 0.043 0.024 47 L 0.027 0.009 0.033 0.629 0.127 0.175 48 R 0.027 0.010 0.029 0.534 0.193 0.208 49 D 0.017 0.006 0.012 0.097 0.438 0.428 50 P 0.004 0.002 0.083 0.095 0.494 0.322 51 E 0.017 0.012 0.121 0.075 0.495 0.280 52 K 0.024 0.014 0.174 0.106 0.452 0.230 53 A 0.027 0.009 0.143 0.154 0.318 0.349 54 S 0.042 0.012 0.095 0.154 0.282 0.414 55 Q 0.063 0.025 0.054 0.131 0.267 0.459 56 E 0.068 0.024 0.027 0.136 0.221 0.524 57 D 0.064 0.024 0.026 0.186 0.204 0.497 58 K 0.052 0.012 0.052 0.368 0.204 0.312 59 S 0.052 0.008 0.076 0.538 0.166 0.161 60 L 0.037 0.009 0.070 0.658 0.132 0.094 61 Y 0.042 0.013 0.057 0.672 0.112 0.104 62 E 0.038 0.008 0.074 0.626 0.146 0.107 63 Q 0.017 0.004 0.120 0.663 0.136 0.060 64 A 0.016 0.007 0.121 0.644 0.138 0.073 65 F 0.017 0.011 0.128 0.578 0.178 0.087 66 S 0.018 0.008 0.164 0.430 0.209 0.172 67 S 0.028 0.018 0.117 0.300 0.252 0.286 68 L 0.029 0.027 0.049 0.124 0.251 0.519 69 T 0.018 0.022 0.015 0.026 0.228 0.692 70 P 0.009 0.016 0.024 0.022 0.308 0.620 71 R 0.008 0.021 0.080 0.042 0.417 0.432 72 E 0.007 0.021 0.117 0.036 0.545 0.273 73 A 0.002 0.006 0.517 0.047 0.375 0.055 74 E 0.004 0.007 0.446 0.056 0.401 0.086 75 E 0.010 0.017 0.376 0.064 0.434 0.100 76 L 0.018 0.029 0.074 0.038 0.541 0.299 77 P 0.021 0.026 0.088 0.045 0.455 0.364 78 L 0.018 0.030 0.257 0.093 0.426 0.177 79 S 0.025 0.021 0.246 0.100 0.460 0.148 80 K 0.021 0.014 0.285 0.121 0.422 0.137 81 M 0.022 0.028 0.152 0.162 0.420 0.217 82 N 0.026 0.044 0.086 0.170 0.394 0.281 83 L 0.022 0.029 0.077 0.236 0.438 0.198 84 G 0.016 0.014 0.054 0.225 0.438 0.253 85 G 0.008 0.008 0.067 0.503 0.291 0.124 86 I 0.007 0.009 0.037 0.720 0.145 0.081 87 G 0.005 0.004 0.014 0.856 0.058 0.064 88 K 0.002 0.001 0.005 0.960 0.015 0.016 89 K 0.002 0.001 0.003 0.982 0.008 0.005 90 M 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.003 91 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 92 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 95 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 96 K 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 97 E 0.001 0.001 0.005 0.977 0.008 0.009 98 E 0.001 0.001 0.010 0.894 0.024 0.071 99 K 0.001 0.001 0.005 0.054 0.072 0.868 100 A 0.002 0.004 0.004 0.006 0.092 0.893 101 P 0.004 0.009 0.010 0.010 0.131 0.836 102 K 0.004 0.008 0.010 0.022 0.124 0.832 103 L 0.001 0.001 0.092 0.872 0.021 0.014 104 S 0.001 0.001 0.065 0.907 0.020 0.007 105 D 0.001 0.001 0.055 0.924 0.016 0.004 106 L 0.001 0.001 0.025 0.956 0.008 0.009 107 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 108 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 109 G 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 110 A 0.001 0.001 0.006 0.985 0.007 0.002 111 R 0.001 0.001 0.018 0.978 0.003 0.001 112 K 0.001 0.001 0.023 0.972 0.003 0.002 113 K 0.001 0.001 0.040 0.915 0.011 0.033 114 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.975 115 V 0.174 0.012 0.001 0.001 0.058 0.754 116 K 0.773 0.002 0.001 0.001 0.020 0.204 117 F 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 118 Y 0.986 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 119 A 0.936 0.002 0.004 0.015 0.009 0.034 120 C 0.646 0.003 0.016 0.063 0.034 0.238 121 Q 0.193 0.003 0.089 0.224 0.103 0.388 122 L 0.086 0.005 0.094 0.501 0.158 0.156 123 S 0.037 0.013 0.115 0.645 0.146 0.045 124 V 0.022 0.003 0.081 0.792 0.089 0.013 125 E 0.006 0.001 0.035 0.927 0.025 0.007 126 I 0.002 0.001 0.033 0.926 0.035 0.002 127 M 0.002 0.001 0.020 0.893 0.054 0.029 128 G 0.001 0.001 0.006 0.032 0.136 0.824 129 F 0.022 0.061 0.008 0.008 0.223 0.677 130 K 0.076 0.052 0.016 0.014 0.123 0.719 131 K 0.003 0.002 0.886 0.036 0.052 0.021 132 E 0.004 0.001 0.915 0.028 0.041 0.011 133 E 0.004 0.001 0.908 0.041 0.040 0.006 134 L 0.025 0.022 0.249 0.237 0.225 0.243 135 F 0.019 0.023 0.050 0.066 0.725 0.116 136 P 0.005 0.002 0.149 0.064 0.738 0.042 137 E 0.016 0.002 0.109 0.036 0.719 0.119 138 V 0.191 0.076 0.079 0.021 0.503 0.129 139 Q 0.269 0.024 0.009 0.014 0.115 0.569 140 I 0.577 0.045 0.010 0.024 0.083 0.261 141 M 0.370 0.030 0.005 0.030 0.117 0.448 142 D 0.161 0.008 0.002 0.034 0.063 0.732 143 V 0.002 0.001 0.013 0.967 0.007 0.010 144 K 0.003 0.001 0.018 0.962 0.010 0.007 145 E 0.003 0.001 0.025 0.953 0.014 0.004 146 Y 0.008 0.002 0.021 0.940 0.018 0.011 147 L 0.004 0.001 0.013 0.965 0.010 0.006 148 K 0.001 0.001 0.013 0.965 0.012 0.008 149 N 0.001 0.001 0.017 0.929 0.029 0.023 150 A 0.002 0.002 0.043 0.854 0.062 0.038 151 L 0.003 0.001 0.086 0.763 0.090 0.057 152 E 0.009 0.003 0.169 0.396 0.227 0.196 153 S 0.014 0.003 0.106 0.112 0.360 0.405 154 D 0.042 0.001 0.018 0.006 0.280 0.653 155 L 0.522 0.008 0.005 0.003 0.118 0.344 156 Q 0.940 0.002 0.001 0.001 0.014 0.042 157 L 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 158 F 0.940 0.002 0.001 0.001 0.007 0.049 159 I 0.696 0.003 0.001 0.001 0.031 0.268