# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 156.387 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.819 0.002 0.012 0.019 0.001 0.001 0.001 0.075 0.037 0.011 0.013 2 E 0.001 0.008 0.474 0.007 0.067 0.033 0.001 0.001 0.001 0.097 0.286 0.007 0.019 3 N 0.001 0.005 0.273 0.010 0.081 0.014 0.001 0.001 0.001 0.357 0.244 0.009 0.005 4 K 0.004 0.006 0.360 0.013 0.048 0.005 0.002 0.001 0.008 0.359 0.142 0.024 0.029 5 K 0.028 0.011 0.405 0.022 0.009 0.001 0.027 0.008 0.093 0.175 0.035 0.053 0.132 6 M 0.107 0.004 0.156 0.018 0.001 0.001 0.099 0.087 0.291 0.035 0.001 0.100 0.102 7 N 0.135 0.001 0.024 0.038 0.001 0.001 0.153 0.401 0.186 0.004 0.001 0.033 0.025 8 L 0.122 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.172 0.617 0.067 0.001 0.001 0.010 0.008 9 L 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.697 0.052 0.001 0.001 0.004 0.003 10 L 0.067 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.147 0.579 0.167 0.001 0.001 0.009 0.012 11 F 0.020 0.003 0.212 0.011 0.001 0.001 0.039 0.136 0.494 0.022 0.007 0.024 0.030 12 S 0.002 0.008 0.362 0.017 0.007 0.003 0.003 0.007 0.124 0.347 0.088 0.008 0.022 13 G 0.001 0.009 0.231 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.016 0.665 0.055 0.006 0.005 14 D 0.001 0.024 0.459 0.001 0.023 0.040 0.001 0.001 0.008 0.373 0.061 0.002 0.008 15 Y 0.001 0.011 0.069 0.001 0.188 0.475 0.001 0.001 0.001 0.052 0.200 0.001 0.002 16 D 0.001 0.002 0.040 0.001 0.173 0.603 0.001 0.001 0.001 0.043 0.134 0.001 0.001 17 K 0.001 0.005 0.065 0.001 0.143 0.621 0.001 0.001 0.002 0.043 0.117 0.001 0.002 18 A 0.001 0.009 0.078 0.001 0.027 0.761 0.001 0.001 0.002 0.035 0.082 0.001 0.003 19 L 0.001 0.004 0.035 0.001 0.008 0.905 0.001 0.001 0.001 0.021 0.023 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 31 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.319 0.001 0.001 0.001 0.003 0.669 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.039 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.032 0.905 0.001 0.001 33 I 0.001 0.002 0.734 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.018 0.188 0.041 0.007 0.002 34 E 0.001 0.006 0.499 0.010 0.003 0.001 0.005 0.004 0.291 0.112 0.009 0.004 0.055 35 V 0.006 0.003 0.074 0.003 0.002 0.001 0.044 0.051 0.730 0.015 0.002 0.046 0.023 36 T 0.020 0.001 0.028 0.012 0.001 0.002 0.126 0.391 0.375 0.007 0.001 0.007 0.030 37 I 0.023 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.108 0.765 0.085 0.001 0.001 0.007 0.003 38 F 0.066 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.113 0.726 0.071 0.001 0.001 0.005 0.010 39 C 0.254 0.002 0.057 0.004 0.001 0.016 0.137 0.242 0.185 0.006 0.003 0.045 0.048 40 A 0.121 0.003 0.188 0.043 0.004 0.085 0.045 0.083 0.226 0.041 0.021 0.040 0.099 41 F 0.056 0.005 0.204 0.014 0.028 0.226 0.009 0.014 0.099 0.090 0.099 0.073 0.083 42 W 0.028 0.013 0.134 0.015 0.044 0.432 0.005 0.002 0.022 0.084 0.121 0.023 0.077 43 G 0.019 0.010 0.043 0.015 0.060 0.694 0.004 0.001 0.006 0.028 0.087 0.010 0.024 44 L 0.020 0.006 0.034 0.003 0.069 0.777 0.004 0.002 0.004 0.011 0.035 0.012 0.023 45 L 0.071 0.003 0.019 0.003 0.070 0.718 0.006 0.002 0.002 0.013 0.048 0.018 0.028 46 L 0.062 0.003 0.034 0.001 0.091 0.639 0.006 0.002 0.003 0.013 0.092 0.010 0.043 47 L 0.060 0.020 0.126 0.003 0.036 0.423 0.009 0.004 0.005 0.069 0.172 0.026 0.047 48 R 0.010 0.030 0.431 0.005 0.009 0.154 0.002 0.001 0.004 0.182 0.120 0.019 0.034 49 D 0.001 0.007 0.639 0.002 0.009 0.089 0.001 0.001 0.001 0.211 0.029 0.006 0.007 50 P 0.001 0.002 0.119 0.001 0.138 0.287 0.001 0.001 0.001 0.050 0.397 0.002 0.003 51 E 0.001 0.007 0.112 0.002 0.174 0.287 0.001 0.001 0.001 0.063 0.338 0.003 0.010 52 K 0.002 0.022 0.330 0.002 0.127 0.354 0.001 0.001 0.003 0.076 0.060 0.007 0.017 53 A 0.001 0.012 0.324 0.005 0.055 0.416 0.001 0.001 0.005 0.074 0.084 0.010 0.014 54 S 0.002 0.014 0.317 0.005 0.061 0.318 0.001 0.001 0.005 0.102 0.139 0.008 0.027 55 Q 0.001 0.017 0.522 0.003 0.036 0.183 0.001 0.001 0.007 0.126 0.067 0.016 0.021 56 E 0.001 0.020 0.509 0.002 0.025 0.207 0.001 0.001 0.009 0.100 0.100 0.010 0.016 57 D 0.001 0.015 0.542 0.001 0.024 0.208 0.001 0.001 0.009 0.104 0.072 0.006 0.016 58 K 0.001 0.013 0.351 0.002 0.039 0.271 0.001 0.001 0.009 0.182 0.109 0.015 0.007 59 S 0.001 0.023 0.375 0.001 0.051 0.260 0.001 0.001 0.008 0.100 0.152 0.006 0.022 60 L 0.001 0.027 0.166 0.001 0.115 0.322 0.001 0.001 0.008 0.089 0.253 0.007 0.009 61 Y 0.001 0.014 0.158 0.001 0.110 0.402 0.001 0.001 0.006 0.070 0.221 0.006 0.008 62 E 0.001 0.006 0.149 0.001 0.163 0.450 0.001 0.001 0.002 0.101 0.120 0.005 0.005 63 Q 0.001 0.007 0.071 0.001 0.158 0.459 0.001 0.001 0.002 0.035 0.260 0.001 0.005 64 A 0.001 0.016 0.045 0.001 0.167 0.413 0.001 0.001 0.002 0.027 0.323 0.001 0.003 65 F 0.001 0.022 0.124 0.001 0.155 0.393 0.001 0.001 0.002 0.073 0.223 0.002 0.003 66 S 0.001 0.008 0.079 0.001 0.254 0.250 0.001 0.001 0.001 0.065 0.335 0.002 0.003 67 S 0.001 0.006 0.117 0.001 0.164 0.174 0.001 0.001 0.001 0.107 0.425 0.001 0.004 68 L 0.001 0.020 0.372 0.001 0.044 0.090 0.001 0.001 0.002 0.323 0.142 0.002 0.004 69 T 0.001 0.023 0.759 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 0.002 0.165 0.023 0.002 0.002 70 P 0.001 0.013 0.569 0.001 0.074 0.078 0.001 0.001 0.001 0.136 0.124 0.001 0.002 71 R 0.001 0.013 0.147 0.001 0.308 0.126 0.001 0.001 0.001 0.122 0.279 0.001 0.002 72 E 0.001 0.012 0.154 0.001 0.449 0.137 0.001 0.001 0.002 0.048 0.192 0.001 0.003 73 A 0.001 0.015 0.085 0.001 0.550 0.175 0.001 0.001 0.002 0.026 0.140 0.001 0.005 74 E 0.001 0.012 0.096 0.001 0.335 0.186 0.001 0.001 0.002 0.066 0.288 0.008 0.003 75 E 0.001 0.014 0.126 0.002 0.231 0.162 0.001 0.001 0.005 0.095 0.350 0.002 0.012 76 L 0.001 0.026 0.452 0.002 0.014 0.027 0.001 0.001 0.002 0.433 0.033 0.007 0.003 77 P 0.001 0.012 0.697 0.002 0.037 0.026 0.001 0.001 0.001 0.074 0.144 0.001 0.005 78 L 0.001 0.016 0.177 0.002 0.347 0.115 0.001 0.001 0.004 0.103 0.227 0.001 0.008 79 S 0.001 0.013 0.127 0.004 0.418 0.178 0.001 0.001 0.006 0.105 0.139 0.004 0.004 80 K 0.001 0.015 0.096 0.002 0.342 0.308 0.001 0.006 0.017 0.071 0.122 0.007 0.012 81 M 0.004 0.043 0.128 0.003 0.093 0.364 0.003 0.023 0.033 0.103 0.172 0.010 0.020 82 N 0.002 0.039 0.323 0.005 0.049 0.154 0.001 0.009 0.029 0.151 0.217 0.011 0.009 83 L 0.001 0.019 0.343 0.002 0.063 0.168 0.001 0.003 0.016 0.173 0.197 0.004 0.011 84 G 0.001 0.014 0.186 0.002 0.097 0.185 0.001 0.002 0.009 0.168 0.322 0.005 0.006 85 G 0.001 0.018 0.181 0.001 0.070 0.357 0.001 0.002 0.007 0.144 0.210 0.004 0.005 86 I 0.001 0.022 0.127 0.001 0.050 0.617 0.001 0.001 0.004 0.076 0.096 0.002 0.004 87 G 0.001 0.005 0.121 0.001 0.027 0.767 0.001 0.001 0.001 0.037 0.036 0.001 0.003 88 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 95 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.870 0.001 0.001 0.001 0.002 0.119 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.376 0.001 0.001 0.001 0.009 0.594 0.001 0.001 99 K 0.001 0.002 0.070 0.001 0.014 0.094 0.001 0.001 0.001 0.050 0.770 0.001 0.001 100 A 0.001 0.009 0.690 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 0.002 0.209 0.058 0.001 0.001 101 P 0.001 0.013 0.538 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.002 0.367 0.054 0.001 0.001 102 K 0.001 0.026 0.736 0.001 0.009 0.050 0.001 0.001 0.003 0.137 0.035 0.001 0.005 103 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 104 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 109 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 111 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.790 0.001 0.001 0.001 0.005 0.179 0.001 0.001 113 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.143 0.001 0.001 0.001 0.022 0.821 0.001 0.001 114 E 0.001 0.001 0.054 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.044 0.888 0.001 0.001 115 V 0.001 0.002 0.891 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.059 0.026 0.002 0.004 0.011 116 K 0.011 0.009 0.118 0.009 0.001 0.006 0.031 0.054 0.592 0.060 0.002 0.081 0.024 117 F 0.020 0.002 0.026 0.003 0.002 0.012 0.122 0.344 0.394 0.002 0.001 0.006 0.065 118 Y 0.031 0.004 0.029 0.008 0.002 0.032 0.145 0.401 0.285 0.004 0.004 0.047 0.008 119 A 0.023 0.005 0.123 0.004 0.003 0.027 0.052 0.207 0.434 0.016 0.004 0.014 0.088 120 C 0.007 0.004 0.313 0.007 0.005 0.155 0.005 0.019 0.331 0.072 0.011 0.023 0.047 121 Q 0.001 0.001 0.024 0.001 0.017 0.908 0.001 0.001 0.006 0.017 0.022 0.002 0.002 122 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 127 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.428 0.001 0.001 0.001 0.008 0.556 0.001 0.001 128 G 0.001 0.001 0.049 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.071 0.856 0.001 0.001 129 F 0.001 0.016 0.815 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.155 0.006 0.002 0.002 130 K 0.001 0.044 0.901 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.030 0.006 0.002 0.009 131 K 0.001 0.002 0.039 0.001 0.721 0.105 0.001 0.001 0.001 0.010 0.115 0.001 0.004 132 E 0.001 0.001 0.015 0.011 0.783 0.052 0.001 0.001 0.002 0.030 0.100 0.003 0.001 133 E 0.001 0.002 0.023 0.002 0.742 0.079 0.001 0.002 0.005 0.023 0.112 0.003 0.006 134 L 0.010 0.065 0.294 0.017 0.112 0.146 0.004 0.008 0.052 0.064 0.123 0.010 0.094 135 F 0.003 0.017 0.729 0.012 0.031 0.052 0.002 0.003 0.028 0.042 0.018 0.049 0.014 136 P 0.003 0.008 0.202 0.048 0.083 0.089 0.005 0.013 0.074 0.196 0.195 0.006 0.078 137 E 0.008 0.004 0.171 0.291 0.041 0.029 0.010 0.012 0.063 0.120 0.177 0.051 0.023 138 V 0.012 0.019 0.259 0.001 0.007 0.014 0.029 0.050 0.437 0.021 0.004 0.021 0.126 139 Q 0.011 0.009 0.146 0.012 0.002 0.009 0.023 0.033 0.604 0.020 0.004 0.100 0.026 140 I 0.005 0.014 0.197 0.003 0.004 0.017 0.018 0.056 0.548 0.010 0.006 0.008 0.114 141 M 0.002 0.031 0.235 0.013 0.015 0.042 0.005 0.027 0.328 0.140 0.095 0.056 0.010 142 D 0.001 0.020 0.479 0.001 0.008 0.029 0.001 0.001 0.086 0.278 0.062 0.004 0.031 143 V 0.001 0.002 0.056 0.001 0.016 0.888 0.001 0.001 0.003 0.014 0.018 0.001 0.002 144 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 150 A 0.001 0.001 0.046 0.001 0.032 0.842 0.001 0.001 0.001 0.031 0.049 0.001 0.001 151 L 0.001 0.003 0.026 0.001 0.075 0.686 0.001 0.001 0.001 0.013 0.196 0.001 0.001 152 E 0.001 0.001 0.039 0.001 0.104 0.283 0.001 0.001 0.001 0.025 0.546 0.001 0.001 153 S 0.001 0.001 0.170 0.001 0.046 0.062 0.001 0.001 0.007 0.165 0.547 0.001 0.001 154 D 0.001 0.002 0.239 0.013 0.017 0.004 0.001 0.002 0.022 0.269 0.427 0.002 0.002 155 L 0.003 0.004 0.286 0.003 0.003 0.001 0.014 0.084 0.478 0.061 0.004 0.021 0.038 156 Q 0.023 0.002 0.036 0.019 0.001 0.001 0.074 0.289 0.513 0.007 0.001 0.016 0.019 157 L 0.026 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.147 0.418 0.345 0.003 0.001 0.024 0.014 158 F 0.028 0.001 0.050 0.004 0.001 0.001 0.088 0.373 0.407 0.002 0.001 0.018 0.027 159 I 0.010 0.004 0.271 0.004 0.001 0.001 0.025 0.111 0.502 0.005 0.001 0.026 0.040