# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 156.387 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.299 0.098 0.058 0.097 0.070 0.075 0.079 0.065 0.066 0.053 0.040 2 E 0.228 0.154 0.063 0.135 0.094 0.088 0.099 0.056 0.041 0.027 0.017 3 N 0.334 0.215 0.119 0.155 0.083 0.040 0.026 0.013 0.008 0.004 0.002 4 K 0.214 0.130 0.065 0.177 0.129 0.097 0.091 0.045 0.027 0.016 0.007 5 K 0.074 0.142 0.141 0.289 0.194 0.086 0.045 0.014 0.008 0.004 0.002 6 M 0.001 0.001 0.002 0.011 0.021 0.038 0.156 0.233 0.261 0.185 0.091 7 N 0.001 0.010 0.016 0.103 0.178 0.257 0.246 0.104 0.050 0.022 0.013 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.117 0.258 0.308 0.273 9 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.045 0.153 0.207 0.229 0.185 0.152 10 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.027 0.084 0.205 0.308 0.366 11 F 0.001 0.003 0.003 0.025 0.046 0.079 0.186 0.197 0.209 0.144 0.108 12 S 0.025 0.066 0.042 0.159 0.150 0.144 0.182 0.114 0.064 0.035 0.018 13 G 0.173 0.090 0.039 0.188 0.179 0.117 0.096 0.055 0.032 0.020 0.009 14 D 0.049 0.194 0.051 0.188 0.164 0.121 0.114 0.053 0.035 0.020 0.012 15 Y 0.018 0.015 0.006 0.036 0.078 0.101 0.186 0.152 0.179 0.131 0.098 16 D 0.100 0.087 0.025 0.114 0.144 0.179 0.182 0.073 0.055 0.026 0.016 17 K 0.007 0.019 0.013 0.096 0.150 0.180 0.256 0.124 0.086 0.044 0.024 18 A 0.010 0.003 0.006 0.011 0.013 0.022 0.074 0.113 0.228 0.265 0.255 19 L 0.003 0.003 0.012 0.036 0.065 0.119 0.250 0.178 0.165 0.112 0.058 20 A 0.001 0.002 0.047 0.023 0.025 0.039 0.150 0.178 0.215 0.192 0.128 21 S 0.001 0.001 0.012 0.007 0.010 0.024 0.119 0.148 0.213 0.258 0.210 22 L 0.001 0.001 0.047 0.015 0.013 0.020 0.091 0.141 0.234 0.253 0.184 23 I 0.001 0.001 0.023 0.007 0.008 0.016 0.075 0.134 0.215 0.266 0.257 24 I 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.010 0.068 0.127 0.247 0.269 0.260 25 A 0.001 0.001 0.067 0.016 0.018 0.032 0.132 0.126 0.211 0.195 0.202 26 N 0.001 0.003 0.080 0.061 0.073 0.117 0.276 0.127 0.119 0.081 0.061 27 A 0.001 0.001 0.017 0.013 0.013 0.017 0.079 0.120 0.222 0.234 0.284 28 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.037 0.068 0.196 0.277 0.409 29 R 0.001 0.001 0.030 0.040 0.082 0.199 0.351 0.135 0.073 0.048 0.041 30 E 0.001 0.004 0.079 0.035 0.063 0.131 0.255 0.141 0.128 0.086 0.079 31 M 0.001 0.001 0.003 0.007 0.008 0.030 0.127 0.133 0.175 0.247 0.268 32 E 0.689 0.176 0.071 0.046 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.003 0.007 0.022 0.030 0.070 0.269 0.231 0.188 0.120 0.060 34 E 0.260 0.311 0.109 0.202 0.091 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.109 0.273 0.273 0.290 36 T 0.004 0.011 0.017 0.117 0.241 0.328 0.211 0.043 0.017 0.006 0.004 37 I 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.011 0.063 0.124 0.267 0.297 0.221 38 F 0.003 0.001 0.004 0.024 0.050 0.101 0.209 0.217 0.179 0.134 0.077 39 C 0.001 0.002 0.010 0.003 0.004 0.010 0.068 0.128 0.258 0.286 0.230 40 A 0.001 0.006 0.032 0.045 0.030 0.027 0.098 0.162 0.233 0.235 0.132 41 F 0.004 0.009 0.028 0.030 0.041 0.071 0.200 0.181 0.188 0.152 0.098 42 W 0.010 0.015 0.091 0.079 0.108 0.108 0.220 0.159 0.117 0.066 0.025 43 G 0.001 0.002 0.020 0.014 0.010 0.013 0.071 0.123 0.254 0.273 0.219 44 L 0.001 0.001 0.019 0.011 0.010 0.020 0.073 0.098 0.196 0.277 0.294 45 L 0.001 0.002 0.039 0.031 0.047 0.092 0.262 0.210 0.182 0.098 0.037 46 L 0.001 0.002 0.019 0.016 0.027 0.059 0.198 0.195 0.212 0.177 0.095 47 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.011 0.060 0.109 0.258 0.316 0.232 48 R 0.003 0.010 0.013 0.069 0.133 0.185 0.275 0.161 0.103 0.038 0.011 49 D 0.031 0.095 0.071 0.136 0.130 0.166 0.186 0.097 0.053 0.028 0.007 50 P 0.270 0.165 0.105 0.174 0.115 0.069 0.053 0.026 0.014 0.008 0.002 51 E 0.497 0.198 0.057 0.101 0.052 0.030 0.028 0.016 0.010 0.007 0.004 52 K 0.234 0.141 0.057 0.139 0.108 0.075 0.092 0.062 0.049 0.030 0.013 53 A 0.316 0.113 0.057 0.094 0.068 0.079 0.101 0.061 0.056 0.036 0.019 54 S 0.196 0.184 0.189 0.177 0.085 0.056 0.052 0.025 0.019 0.011 0.006 55 Q 0.233 0.098 0.094 0.096 0.079 0.081 0.097 0.073 0.064 0.054 0.030 56 E 0.241 0.187 0.107 0.139 0.095 0.068 0.067 0.035 0.030 0.020 0.011 57 D 0.198 0.116 0.104 0.130 0.101 0.092 0.105 0.060 0.051 0.032 0.012 58 K 0.263 0.140 0.117 0.203 0.113 0.066 0.046 0.022 0.017 0.009 0.004 59 S 0.319 0.145 0.128 0.128 0.083 0.059 0.054 0.031 0.027 0.016 0.009 60 L 0.086 0.048 0.040 0.068 0.072 0.099 0.147 0.134 0.130 0.108 0.067 61 Y 0.072 0.089 0.051 0.089 0.099 0.120 0.160 0.122 0.109 0.063 0.026 62 E 0.131 0.092 0.172 0.153 0.120 0.095 0.085 0.055 0.053 0.030 0.015 63 Q 0.135 0.081 0.138 0.165 0.117 0.094 0.097 0.056 0.050 0.037 0.029 64 A 0.045 0.023 0.040 0.051 0.049 0.074 0.139 0.141 0.173 0.152 0.113 65 F 0.019 0.013 0.023 0.030 0.041 0.085 0.191 0.186 0.197 0.135 0.080 66 S 0.046 0.069 0.244 0.139 0.095 0.093 0.113 0.074 0.063 0.041 0.022 67 S 0.100 0.082 0.145 0.137 0.098 0.090 0.117 0.069 0.070 0.058 0.035 68 L 0.036 0.023 0.019 0.048 0.061 0.081 0.156 0.149 0.174 0.160 0.092 69 T 0.035 0.042 0.024 0.053 0.061 0.092 0.151 0.141 0.166 0.138 0.097 70 P 0.032 0.047 0.056 0.110 0.123 0.138 0.166 0.119 0.104 0.066 0.038 71 R 0.346 0.161 0.079 0.118 0.098 0.065 0.058 0.033 0.023 0.013 0.006 72 E 0.308 0.255 0.092 0.166 0.088 0.044 0.025 0.010 0.007 0.003 0.002 73 A 0.055 0.019 0.011 0.029 0.036 0.054 0.109 0.134 0.185 0.194 0.174 74 E 0.244 0.143 0.134 0.212 0.109 0.067 0.050 0.020 0.012 0.006 0.003 75 E 0.154 0.137 0.184 0.179 0.112 0.080 0.076 0.036 0.023 0.011 0.007 76 L 0.007 0.008 0.007 0.025 0.035 0.075 0.171 0.191 0.175 0.171 0.133 77 P 0.121 0.153 0.081 0.159 0.129 0.108 0.099 0.053 0.046 0.032 0.018 78 L 0.020 0.014 0.027 0.036 0.042 0.053 0.099 0.118 0.193 0.186 0.210 79 S 0.059 0.047 0.023 0.078 0.087 0.102 0.161 0.136 0.130 0.099 0.078 80 K 0.056 0.060 0.047 0.112 0.108 0.112 0.152 0.113 0.116 0.073 0.052 81 M 0.041 0.020 0.027 0.047 0.046 0.076 0.117 0.125 0.156 0.168 0.178 82 N 0.036 0.040 0.037 0.082 0.090 0.104 0.146 0.141 0.137 0.111 0.075 83 L 0.013 0.019 0.013 0.029 0.030 0.045 0.109 0.145 0.206 0.208 0.182 84 G 0.040 0.047 0.027 0.067 0.079 0.100 0.159 0.120 0.144 0.117 0.100 85 G 0.169 0.075 0.062 0.118 0.095 0.093 0.105 0.076 0.088 0.068 0.050 86 I 0.012 0.024 0.014 0.055 0.077 0.092 0.146 0.151 0.166 0.144 0.119 87 G 0.005 0.009 0.008 0.015 0.018 0.034 0.085 0.122 0.231 0.236 0.236 88 K 0.018 0.017 0.032 0.119 0.172 0.219 0.210 0.097 0.066 0.035 0.015 89 K 0.035 0.069 0.253 0.212 0.135 0.103 0.096 0.041 0.031 0.015 0.009 90 M 0.001 0.002 0.006 0.014 0.019 0.041 0.118 0.165 0.218 0.225 0.191 91 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.072 0.130 0.237 0.302 0.238 92 L 0.001 0.005 0.121 0.154 0.212 0.232 0.171 0.056 0.033 0.012 0.004 93 E 0.014 0.038 0.425 0.220 0.135 0.090 0.051 0.014 0.008 0.003 0.002 94 M 0.001 0.002 0.004 0.013 0.022 0.064 0.231 0.216 0.222 0.149 0.076 95 M 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.015 0.070 0.140 0.239 0.290 0.232 96 K 0.004 0.027 0.420 0.199 0.181 0.101 0.049 0.012 0.004 0.001 0.001 97 E 0.043 0.072 0.487 0.192 0.110 0.057 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 98 E 0.082 0.052 0.021 0.070 0.092 0.139 0.265 0.129 0.083 0.048 0.019 99 K 0.368 0.253 0.063 0.123 0.074 0.056 0.037 0.012 0.008 0.003 0.002 100 A 0.008 0.010 0.008 0.017 0.027 0.047 0.131 0.150 0.200 0.195 0.207 101 P 0.222 0.185 0.111 0.161 0.121 0.078 0.074 0.026 0.013 0.006 0.003 102 K 0.164 0.381 0.098 0.155 0.095 0.057 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 103 L 0.001 0.006 0.004 0.016 0.027 0.066 0.168 0.181 0.212 0.185 0.134 104 S 0.252 0.125 0.117 0.202 0.160 0.085 0.040 0.010 0.005 0.001 0.001 105 D 0.191 0.132 0.301 0.242 0.084 0.030 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.047 0.192 0.221 0.209 0.190 0.117 107 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.043 0.196 0.207 0.225 0.178 0.137 108 S 0.003 0.017 0.650 0.200 0.081 0.031 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 109 G 0.004 0.032 0.125 0.232 0.230 0.217 0.120 0.026 0.008 0.004 0.002 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 0.158 0.324 0.470 111 R 0.002 0.004 0.014 0.073 0.166 0.294 0.325 0.083 0.027 0.009 0.004 112 K 0.011 0.033 0.852 0.076 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.005 0.013 0.015 0.073 0.127 0.265 0.378 0.089 0.023 0.009 0.002 114 E 0.679 0.200 0.033 0.058 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.041 0.112 0.232 0.289 0.314 116 K 0.005 0.052 0.044 0.229 0.290 0.249 0.106 0.018 0.006 0.002 0.001 117 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.038 0.098 0.269 0.283 0.302 118 Y 0.008 0.009 0.008 0.081 0.146 0.227 0.282 0.126 0.060 0.031 0.022 119 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.020 0.071 0.217 0.309 0.372 120 C 0.001 0.002 0.003 0.024 0.038 0.078 0.172 0.169 0.202 0.169 0.142 121 Q 0.011 0.020 0.060 0.102 0.123 0.154 0.217 0.128 0.098 0.057 0.031 122 L 0.005 0.011 0.027 0.070 0.086 0.110 0.207 0.166 0.139 0.111 0.068 123 S 0.001 0.005 0.007 0.021 0.020 0.025 0.078 0.130 0.220 0.243 0.251 124 V 0.003 0.003 0.011 0.017 0.027 0.046 0.126 0.168 0.237 0.210 0.151 125 E 0.021 0.035 0.188 0.273 0.213 0.140 0.081 0.029 0.011 0.006 0.004 126 I 0.001 0.008 0.033 0.045 0.079 0.113 0.237 0.157 0.162 0.095 0.070 127 M 0.006 0.003 0.005 0.019 0.031 0.070 0.199 0.186 0.206 0.175 0.100 128 G 0.412 0.241 0.072 0.138 0.068 0.033 0.026 0.005 0.003 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.082 0.159 0.256 0.263 0.214 130 K 0.252 0.578 0.065 0.079 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 K 0.085 0.099 0.045 0.192 0.199 0.186 0.125 0.040 0.019 0.007 0.003 132 E 0.702 0.111 0.028 0.054 0.037 0.025 0.019 0.009 0.007 0.004 0.003 133 E 0.103 0.213 0.125 0.275 0.157 0.077 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 134 L 0.003 0.007 0.003 0.021 0.041 0.073 0.160 0.200 0.172 0.173 0.146 135 F 0.007 0.019 0.021 0.062 0.137 0.191 0.225 0.129 0.091 0.056 0.063 136 P 0.304 0.195 0.186 0.197 0.067 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 137 E 0.344 0.168 0.052 0.227 0.115 0.057 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 138 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 0.085 0.233 0.285 0.359 139 Q 0.027 0.322 0.119 0.267 0.134 0.079 0.037 0.008 0.004 0.002 0.001 140 I 0.002 0.004 0.004 0.013 0.025 0.059 0.174 0.189 0.222 0.178 0.130 141 M 0.056 0.034 0.017 0.066 0.093 0.133 0.205 0.141 0.121 0.077 0.058 142 D 0.004 0.063 0.018 0.151 0.163 0.150 0.173 0.111 0.088 0.047 0.033 143 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.029 0.072 0.184 0.290 0.411 144 K 0.016 0.012 0.024 0.130 0.236 0.275 0.205 0.060 0.027 0.010 0.005 145 E 0.019 0.055 0.244 0.367 0.184 0.074 0.040 0.011 0.004 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 0.088 0.142 0.223 0.262 0.258 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.086 0.162 0.250 0.255 0.229 148 K 0.018 0.027 0.558 0.240 0.103 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 149 N 0.001 0.008 0.036 0.092 0.174 0.312 0.280 0.064 0.022 0.009 0.003 150 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.061 0.181 0.300 0.428 151 L 0.019 0.016 0.021 0.068 0.102 0.198 0.298 0.131 0.078 0.043 0.026 152 E 0.051 0.091 0.613 0.158 0.054 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 153 S 0.012 0.010 0.011 0.027 0.050 0.116 0.291 0.173 0.128 0.108 0.075 154 D 0.108 0.080 0.045 0.104 0.081 0.090 0.156 0.116 0.101 0.071 0.048 155 L 0.009 0.017 0.023 0.056 0.086 0.133 0.207 0.166 0.138 0.103 0.063 156 Q 0.019 0.030 0.047 0.084 0.081 0.110 0.168 0.144 0.134 0.108 0.076 157 L 0.006 0.005 0.008 0.015 0.018 0.031 0.109 0.163 0.240 0.233 0.172 158 F 0.009 0.019 0.023 0.063 0.070 0.089 0.160 0.158 0.175 0.132 0.102 159 I 0.009 0.015 0.016 0.033 0.038 0.048 0.105 0.152 0.222 0.203 0.159