# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 156.387 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.004 0.010 0.007 0.011 0.961 2 E 0.040 0.024 0.036 0.057 0.022 0.081 0.739 3 N 0.038 0.009 0.138 0.029 0.166 0.267 0.354 4 K 0.053 0.001 0.051 0.003 0.279 0.234 0.379 5 K 0.235 0.006 0.013 0.001 0.175 0.082 0.489 6 M 0.824 0.008 0.001 0.001 0.019 0.003 0.144 7 N 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 8 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 9 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 11 F 0.835 0.004 0.001 0.001 0.019 0.010 0.129 12 S 0.340 0.009 0.004 0.002 0.246 0.137 0.261 13 G 0.048 0.005 0.005 0.003 0.612 0.189 0.139 14 D 0.033 0.021 0.011 0.023 0.359 0.074 0.479 15 Y 0.011 0.008 0.196 0.463 0.064 0.155 0.103 16 D 0.006 0.004 0.310 0.500 0.025 0.118 0.037 17 K 0.004 0.003 0.317 0.540 0.010 0.103 0.024 18 A 0.005 0.004 0.083 0.824 0.010 0.051 0.023 19 L 0.001 0.001 0.017 0.954 0.003 0.016 0.008 20 A 0.001 0.001 0.012 0.976 0.001 0.005 0.005 21 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.015 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.021 0.002 28 A 0.001 0.001 0.009 0.939 0.003 0.038 0.010 29 R 0.004 0.002 0.050 0.795 0.011 0.101 0.037 30 E 0.006 0.003 0.072 0.689 0.043 0.156 0.032 31 M 0.007 0.003 0.057 0.226 0.061 0.600 0.047 32 E 0.006 0.001 0.013 0.029 0.096 0.764 0.090 33 I 0.094 0.004 0.005 0.013 0.120 0.045 0.720 34 E 0.341 0.009 0.002 0.009 0.081 0.015 0.543 35 V 0.877 0.001 0.001 0.003 0.012 0.004 0.100 36 T 0.960 0.001 0.001 0.007 0.011 0.002 0.019 37 I 0.990 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 38 F 0.974 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.015 39 C 0.933 0.002 0.001 0.010 0.011 0.003 0.040 40 A 0.656 0.004 0.005 0.013 0.055 0.010 0.256 41 F 0.283 0.008 0.058 0.080 0.212 0.053 0.306 42 W 0.159 0.006 0.128 0.289 0.157 0.117 0.143 43 G 0.031 0.005 0.180 0.668 0.018 0.066 0.033 44 L 0.019 0.002 0.162 0.772 0.005 0.032 0.008 45 L 0.013 0.001 0.118 0.813 0.005 0.044 0.006 46 L 0.016 0.001 0.102 0.765 0.006 0.100 0.010 47 L 0.032 0.009 0.056 0.626 0.048 0.163 0.066 48 R 0.060 0.020 0.021 0.315 0.233 0.106 0.244 49 D 0.018 0.010 0.007 0.033 0.296 0.015 0.621 50 P 0.003 0.001 0.154 0.202 0.032 0.561 0.047 51 E 0.006 0.004 0.202 0.167 0.039 0.535 0.047 52 K 0.016 0.014 0.298 0.168 0.058 0.121 0.326 53 A 0.025 0.012 0.124 0.239 0.074 0.175 0.350 54 S 0.035 0.011 0.113 0.294 0.071 0.255 0.220 55 Q 0.025 0.013 0.090 0.327 0.115 0.103 0.327 56 E 0.021 0.010 0.064 0.383 0.064 0.140 0.318 57 D 0.017 0.010 0.063 0.433 0.062 0.105 0.311 58 K 0.006 0.002 0.058 0.678 0.058 0.059 0.140 59 S 0.003 0.002 0.044 0.834 0.028 0.049 0.040 60 L 0.002 0.003 0.041 0.886 0.008 0.045 0.016 61 Y 0.001 0.001 0.029 0.930 0.005 0.021 0.012 62 E 0.002 0.001 0.031 0.930 0.006 0.019 0.011 63 Q 0.001 0.001 0.047 0.873 0.007 0.065 0.007 64 A 0.002 0.002 0.050 0.808 0.008 0.116 0.014 65 F 0.004 0.006 0.098 0.696 0.031 0.126 0.040 66 S 0.008 0.003 0.201 0.538 0.037 0.161 0.053 67 S 0.009 0.006 0.224 0.388 0.068 0.233 0.072 68 L 0.010 0.023 0.127 0.336 0.104 0.201 0.199 69 T 0.012 0.016 0.032 0.063 0.171 0.067 0.639 70 P 0.008 0.011 0.093 0.118 0.110 0.138 0.522 71 R 0.009 0.014 0.217 0.196 0.163 0.231 0.170 72 E 0.014 0.013 0.264 0.158 0.199 0.152 0.200 73 A 0.007 0.005 0.571 0.191 0.034 0.096 0.096 74 E 0.009 0.007 0.465 0.217 0.041 0.201 0.062 75 E 0.011 0.008 0.387 0.253 0.072 0.210 0.058 76 L 0.031 0.016 0.055 0.059 0.486 0.048 0.304 77 P 0.042 0.017 0.066 0.062 0.107 0.144 0.563 78 L 0.040 0.019 0.201 0.105 0.125 0.165 0.346 79 S 0.050 0.016 0.234 0.126 0.113 0.210 0.251 80 K 0.061 0.007 0.280 0.183 0.099 0.237 0.133 81 M 0.080 0.022 0.130 0.253 0.112 0.161 0.241 82 N 0.068 0.028 0.077 0.233 0.079 0.147 0.368 83 L 0.031 0.010 0.063 0.279 0.130 0.118 0.369 84 G 0.015 0.009 0.041 0.412 0.123 0.184 0.216 85 G 0.005 0.004 0.029 0.640 0.081 0.141 0.099 86 I 0.004 0.004 0.016 0.814 0.029 0.045 0.087 87 G 0.001 0.001 0.007 0.947 0.007 0.012 0.026 88 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 0.003 89 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 90 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 95 M 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.002 96 K 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.013 0.001 97 E 0.001 0.001 0.010 0.919 0.004 0.065 0.003 98 E 0.001 0.001 0.013 0.465 0.012 0.503 0.007 99 K 0.001 0.001 0.014 0.075 0.034 0.837 0.039 100 A 0.002 0.002 0.002 0.005 0.165 0.006 0.818 101 P 0.013 0.030 0.008 0.020 0.143 0.020 0.766 102 K 0.024 0.162 0.010 0.037 0.157 0.014 0.596 103 L 0.001 0.001 0.029 0.962 0.001 0.004 0.004 104 S 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 108 S 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.016 0.001 109 G 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.020 0.001 110 A 0.001 0.002 0.005 0.968 0.002 0.014 0.007 111 R 0.001 0.001 0.014 0.944 0.003 0.034 0.003 112 K 0.003 0.001 0.024 0.867 0.007 0.094 0.005 113 K 0.001 0.001 0.012 0.188 0.024 0.769 0.006 114 E 0.004 0.001 0.002 0.005 0.027 0.935 0.026 115 V 0.115 0.003 0.001 0.002 0.016 0.003 0.861 116 K 0.936 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.050 117 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 118 Y 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 119 A 0.956 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.029 120 C 0.557 0.002 0.007 0.021 0.027 0.003 0.383 121 Q 0.230 0.001 0.060 0.252 0.138 0.015 0.303 122 L 0.031 0.003 0.079 0.589 0.113 0.032 0.152 123 S 0.003 0.001 0.021 0.939 0.006 0.014 0.016 124 V 0.003 0.001 0.015 0.970 0.002 0.007 0.003 125 E 0.005 0.001 0.009 0.969 0.001 0.015 0.002 126 I 0.003 0.001 0.018 0.913 0.004 0.058 0.003 127 M 0.002 0.001 0.018 0.332 0.015 0.625 0.006 128 G 0.002 0.001 0.005 0.011 0.032 0.911 0.038 129 F 0.018 0.043 0.001 0.002 0.108 0.007 0.821 130 K 0.022 0.025 0.003 0.001 0.028 0.002 0.920 131 K 0.001 0.001 0.810 0.152 0.001 0.029 0.006 132 E 0.001 0.001 0.912 0.056 0.003 0.028 0.001 133 E 0.001 0.001 0.893 0.063 0.003 0.032 0.007 134 L 0.014 0.031 0.464 0.289 0.034 0.083 0.084 135 F 0.025 0.009 0.317 0.156 0.069 0.063 0.360 136 P 0.009 0.001 0.218 0.175 0.093 0.477 0.028 137 E 0.061 0.003 0.094 0.157 0.035 0.617 0.033 138 V 0.503 0.045 0.016 0.051 0.025 0.013 0.348 139 Q 0.655 0.012 0.008 0.066 0.033 0.014 0.212 140 I 0.810 0.008 0.009 0.043 0.020 0.021 0.091 141 M 0.574 0.028 0.002 0.021 0.124 0.010 0.239 142 D 0.248 0.018 0.002 0.018 0.289 0.006 0.420 143 V 0.004 0.001 0.036 0.877 0.005 0.013 0.064 144 K 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.001 0.002 145 E 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.003 0.001 147 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.005 0.001 148 K 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.023 0.001 149 N 0.001 0.001 0.009 0.913 0.001 0.072 0.004 150 A 0.003 0.008 0.032 0.753 0.016 0.149 0.040 151 L 0.002 0.003 0.059 0.449 0.025 0.402 0.059 152 E 0.006 0.001 0.120 0.161 0.145 0.447 0.120 153 S 0.009 0.001 0.054 0.032 0.219 0.552 0.133 154 D 0.057 0.003 0.025 0.006 0.288 0.415 0.206 155 L 0.616 0.011 0.003 0.004 0.034 0.009 0.322 156 Q 0.923 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.065 157 L 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 158 F 0.950 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.042 159 I 0.825 0.002 0.002 0.004 0.011 0.004 0.152