# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 156.387 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.260 0.093 0.255 0.117 0.075 0.020 0.066 0.042 0.023 0.047 0.001 2 E 0.529 0.078 0.210 0.088 0.023 0.017 0.020 0.007 0.008 0.018 0.002 3 N 0.252 0.121 0.146 0.282 0.043 0.029 0.080 0.022 0.016 0.007 0.001 4 K 0.040 0.259 0.227 0.171 0.071 0.035 0.150 0.012 0.033 0.001 0.001 5 K 0.014 0.561 0.285 0.018 0.068 0.027 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 6 M 0.002 0.738 0.200 0.001 0.029 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 7 N 0.004 0.792 0.135 0.005 0.024 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 8 L 0.001 0.829 0.133 0.001 0.016 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 9 L 0.002 0.848 0.090 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 10 L 0.005 0.702 0.179 0.002 0.019 0.062 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 11 F 0.049 0.523 0.125 0.085 0.096 0.075 0.005 0.001 0.040 0.002 0.001 12 S 0.039 0.353 0.147 0.080 0.318 0.016 0.011 0.002 0.024 0.009 0.001 13 G 0.090 0.017 0.075 0.044 0.175 0.004 0.027 0.147 0.002 0.418 0.001 14 D 0.214 0.113 0.265 0.132 0.054 0.105 0.012 0.003 0.083 0.013 0.006 15 Y 0.891 0.006 0.016 0.058 0.002 0.009 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 16 D 0.893 0.002 0.006 0.078 0.001 0.007 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 17 K 0.897 0.005 0.004 0.085 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 18 A 0.962 0.004 0.011 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.978 0.003 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 N 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.938 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 M 0.391 0.004 0.015 0.581 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.064 0.003 0.016 0.075 0.003 0.009 0.662 0.157 0.006 0.004 0.001 33 I 0.027 0.403 0.483 0.014 0.028 0.020 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 34 E 0.034 0.110 0.770 0.007 0.002 0.067 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 35 V 0.015 0.683 0.223 0.003 0.020 0.031 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 36 T 0.219 0.544 0.168 0.018 0.009 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 37 I 0.018 0.868 0.063 0.001 0.023 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 38 F 0.057 0.600 0.109 0.004 0.009 0.106 0.001 0.001 0.114 0.001 0.001 39 C 0.050 0.468 0.093 0.018 0.039 0.142 0.003 0.001 0.185 0.001 0.001 40 A 0.184 0.257 0.206 0.048 0.043 0.201 0.009 0.002 0.043 0.004 0.003 41 F 0.342 0.107 0.143 0.066 0.055 0.141 0.077 0.035 0.020 0.010 0.003 42 W 0.757 0.061 0.054 0.055 0.017 0.020 0.025 0.005 0.005 0.001 0.001 43 G 0.858 0.042 0.025 0.030 0.020 0.008 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 44 L 0.944 0.030 0.009 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 L 0.947 0.019 0.010 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.783 0.020 0.015 0.172 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 47 L 0.596 0.066 0.156 0.115 0.007 0.026 0.018 0.002 0.013 0.001 0.001 48 R 0.331 0.152 0.186 0.256 0.014 0.033 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 49 D 0.041 0.097 0.718 0.005 0.023 0.029 0.010 0.001 0.072 0.004 0.001 50 P 0.799 0.005 0.137 0.031 0.002 0.009 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 51 E 0.743 0.042 0.067 0.106 0.014 0.007 0.006 0.006 0.007 0.002 0.001 52 K 0.625 0.051 0.170 0.106 0.011 0.014 0.005 0.002 0.011 0.003 0.001 53 A 0.736 0.026 0.124 0.075 0.008 0.011 0.009 0.003 0.004 0.003 0.001 54 S 0.552 0.052 0.116 0.205 0.020 0.020 0.018 0.006 0.009 0.003 0.001 55 Q 0.413 0.132 0.203 0.157 0.033 0.024 0.012 0.004 0.019 0.002 0.001 56 E 0.423 0.171 0.214 0.077 0.038 0.026 0.017 0.005 0.020 0.007 0.001 57 D 0.280 0.121 0.246 0.161 0.021 0.103 0.023 0.005 0.033 0.004 0.002 58 K 0.537 0.140 0.132 0.074 0.057 0.014 0.015 0.007 0.017 0.007 0.001 59 S 0.646 0.028 0.148 0.063 0.027 0.033 0.019 0.011 0.011 0.011 0.002 60 L 0.848 0.013 0.015 0.104 0.003 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 61 Y 0.830 0.022 0.041 0.078 0.005 0.010 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 62 E 0.772 0.028 0.065 0.078 0.009 0.017 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 63 Q 0.783 0.030 0.082 0.071 0.011 0.007 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 64 A 0.702 0.028 0.059 0.162 0.010 0.011 0.013 0.005 0.007 0.002 0.001 65 F 0.512 0.089 0.143 0.146 0.020 0.029 0.025 0.005 0.028 0.004 0.001 66 S 0.703 0.044 0.110 0.096 0.011 0.012 0.013 0.003 0.004 0.004 0.001 67 S 0.551 0.044 0.079 0.255 0.017 0.017 0.017 0.007 0.011 0.002 0.001 68 L 0.249 0.096 0.290 0.229 0.013 0.063 0.028 0.004 0.025 0.002 0.001 69 T 0.055 0.210 0.441 0.011 0.031 0.051 0.029 0.001 0.166 0.004 0.001 70 P 0.454 0.008 0.462 0.023 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 71 R 0.746 0.020 0.110 0.063 0.010 0.008 0.007 0.023 0.003 0.008 0.001 72 E 0.834 0.016 0.049 0.058 0.010 0.005 0.008 0.006 0.005 0.008 0.001 73 A 0.828 0.008 0.066 0.071 0.005 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 74 E 0.813 0.015 0.038 0.118 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.387 0.037 0.063 0.460 0.007 0.018 0.013 0.004 0.010 0.001 0.001 76 L 0.021 0.171 0.421 0.005 0.013 0.023 0.011 0.001 0.335 0.001 0.001 77 P 0.316 0.007 0.527 0.015 0.001 0.089 0.005 0.001 0.003 0.001 0.037 78 L 0.418 0.079 0.186 0.190 0.019 0.063 0.013 0.007 0.020 0.003 0.001 79 S 0.415 0.108 0.157 0.212 0.053 0.021 0.009 0.009 0.009 0.006 0.001 80 K 0.354 0.095 0.146 0.263 0.047 0.027 0.033 0.010 0.020 0.005 0.001 81 M 0.214 0.177 0.258 0.211 0.042 0.043 0.017 0.008 0.026 0.003 0.001 82 N 0.170 0.084 0.141 0.172 0.029 0.171 0.162 0.008 0.053 0.008 0.001 83 L 0.311 0.076 0.093 0.344 0.024 0.046 0.043 0.009 0.046 0.007 0.001 84 G 0.340 0.024 0.169 0.121 0.054 0.010 0.046 0.115 0.004 0.118 0.001 85 G 0.536 0.012 0.046 0.079 0.029 0.011 0.039 0.126 0.004 0.119 0.001 86 I 0.766 0.023 0.052 0.118 0.007 0.019 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 87 G 0.889 0.007 0.028 0.032 0.005 0.013 0.007 0.006 0.004 0.009 0.001 88 K 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 M 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.124 0.001 0.004 0.864 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.929 0.058 0.001 0.001 0.001 100 A 0.043 0.261 0.502 0.019 0.057 0.034 0.018 0.002 0.042 0.022 0.001 101 P 0.121 0.014 0.766 0.027 0.010 0.043 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 102 K 0.011 0.088 0.645 0.006 0.052 0.143 0.001 0.001 0.051 0.002 0.001 103 L 0.975 0.002 0.003 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 110 A 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.928 0.004 0.005 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.254 0.010 0.022 0.704 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.011 0.002 0.005 0.051 0.003 0.008 0.854 0.058 0.006 0.002 0.001 115 V 0.001 0.578 0.351 0.002 0.022 0.025 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 116 K 0.027 0.506 0.347 0.006 0.006 0.091 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 117 F 0.016 0.829 0.093 0.002 0.012 0.025 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 118 Y 0.029 0.666 0.090 0.005 0.020 0.090 0.003 0.001 0.097 0.001 0.001 119 A 0.076 0.360 0.214 0.024 0.092 0.153 0.007 0.001 0.065 0.005 0.002 120 C 0.398 0.131 0.186 0.034 0.077 0.122 0.009 0.003 0.030 0.007 0.005 121 Q 0.964 0.004 0.011 0.010 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 122 L 0.987 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.972 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 M 0.288 0.001 0.009 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 G 0.005 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.616 0.343 0.001 0.003 0.001 129 F 0.001 0.198 0.746 0.004 0.011 0.036 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 130 K 0.001 0.163 0.724 0.001 0.034 0.067 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 131 K 0.946 0.010 0.014 0.013 0.004 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 132 E 0.955 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.642 0.004 0.014 0.332 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 134 L 0.622 0.026 0.150 0.162 0.004 0.021 0.007 0.002 0.004 0.001 0.002 135 F 0.340 0.139 0.277 0.023 0.032 0.008 0.021 0.003 0.136 0.020 0.001 136 P 0.495 0.001 0.468 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 137 E 0.179 0.014 0.050 0.487 0.013 0.012 0.057 0.177 0.009 0.002 0.001 138 V 0.015 0.260 0.625 0.011 0.007 0.041 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 139 Q 0.074 0.391 0.376 0.012 0.008 0.103 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 140 I 0.143 0.474 0.218 0.050 0.015 0.062 0.003 0.001 0.030 0.002 0.001 141 M 0.268 0.229 0.141 0.063 0.220 0.034 0.015 0.004 0.020 0.005 0.001 142 D 0.047 0.077 0.419 0.015 0.136 0.222 0.002 0.001 0.067 0.013 0.002 143 V 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 Y 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.869 0.001 0.001 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 A 0.772 0.006 0.054 0.146 0.001 0.008 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 151 L 0.774 0.015 0.086 0.108 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.271 0.022 0.074 0.534 0.012 0.014 0.034 0.028 0.009 0.002 0.001 153 S 0.058 0.122 0.673 0.039 0.042 0.022 0.023 0.006 0.012 0.004 0.001 154 D 0.066 0.077 0.113 0.475 0.033 0.107 0.091 0.013 0.023 0.001 0.001 155 L 0.002 0.751 0.172 0.003 0.046 0.011 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 156 Q 0.004 0.868 0.066 0.002 0.022 0.017 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 157 L 0.004 0.762 0.189 0.001 0.012 0.021 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 158 F 0.007 0.805 0.070 0.005 0.034 0.039 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 159 I 0.014 0.653 0.182 0.009 0.051 0.049 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001