# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 156.387 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.090 0.085 0.062 0.088 0.038 0.029 0.187 0.116 0.151 0.058 2 E 0.028 0.092 0.047 0.069 0.049 0.073 0.153 0.323 0.119 0.034 0.015 3 N 0.067 0.055 0.028 0.020 0.059 0.017 0.044 0.113 0.173 0.334 0.090 4 K 0.035 0.425 0.180 0.011 0.194 0.008 0.019 0.032 0.033 0.052 0.012 5 K 0.383 0.087 0.010 0.002 0.380 0.003 0.011 0.007 0.007 0.038 0.071 6 M 0.313 0.084 0.006 0.002 0.574 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 7 N 0.146 0.055 0.003 0.002 0.786 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 8 L 0.242 0.028 0.001 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 9 L 0.273 0.044 0.002 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 10 L 0.374 0.069 0.010 0.002 0.426 0.002 0.003 0.002 0.001 0.010 0.100 11 F 0.203 0.088 0.072 0.108 0.186 0.074 0.028 0.015 0.013 0.083 0.131 12 S 0.023 0.073 0.056 0.437 0.043 0.150 0.076 0.041 0.029 0.053 0.019 13 G 0.005 0.021 0.067 0.327 0.010 0.123 0.025 0.031 0.058 0.311 0.022 14 D 0.209 0.135 0.045 0.007 0.390 0.004 0.015 0.035 0.036 0.069 0.055 15 Y 0.034 0.029 0.014 0.004 0.042 0.004 0.006 0.361 0.395 0.089 0.023 16 D 0.004 0.007 0.003 0.005 0.008 0.031 0.115 0.694 0.115 0.014 0.004 17 K 0.013 0.008 0.003 0.002 0.013 0.004 0.014 0.597 0.232 0.106 0.009 18 A 0.007 0.009 0.007 0.003 0.012 0.006 0.017 0.736 0.160 0.040 0.003 19 L 0.003 0.009 0.005 0.002 0.005 0.002 0.006 0.820 0.125 0.019 0.003 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.041 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.026 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.011 0.001 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.002 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.923 0.067 0.004 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.858 0.130 0.002 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.788 0.117 0.031 0.001 31 M 0.003 0.734 0.133 0.004 0.093 0.001 0.006 0.015 0.005 0.004 0.001 32 E 0.085 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.019 0.035 0.386 0.455 33 I 0.015 0.593 0.207 0.002 0.163 0.001 0.002 0.006 0.004 0.004 0.002 34 E 0.291 0.079 0.007 0.002 0.489 0.004 0.022 0.018 0.012 0.020 0.057 35 V 0.288 0.110 0.007 0.001 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 36 T 0.170 0.048 0.003 0.006 0.727 0.010 0.011 0.003 0.001 0.002 0.019 37 I 0.243 0.050 0.004 0.003 0.684 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 38 F 0.205 0.067 0.003 0.003 0.655 0.004 0.005 0.008 0.002 0.003 0.045 39 C 0.291 0.089 0.013 0.005 0.406 0.004 0.008 0.041 0.008 0.017 0.120 40 A 0.110 0.072 0.026 0.019 0.146 0.017 0.030 0.158 0.111 0.192 0.120 41 F 0.031 0.052 0.026 0.031 0.041 0.034 0.042 0.442 0.240 0.046 0.014 42 W 0.007 0.013 0.009 0.011 0.009 0.008 0.029 0.631 0.244 0.033 0.006 43 G 0.017 0.031 0.013 0.020 0.029 0.017 0.035 0.687 0.120 0.024 0.006 44 L 0.044 0.017 0.002 0.003 0.052 0.011 0.029 0.667 0.148 0.014 0.011 45 L 0.062 0.035 0.008 0.004 0.089 0.010 0.044 0.577 0.136 0.016 0.021 46 L 0.038 0.045 0.010 0.006 0.052 0.017 0.060 0.498 0.146 0.115 0.014 47 L 0.079 0.195 0.039 0.005 0.175 0.009 0.069 0.247 0.073 0.084 0.025 48 R 0.027 0.287 0.179 0.037 0.081 0.045 0.055 0.099 0.047 0.117 0.025 49 D 0.082 0.234 0.153 0.022 0.286 0.009 0.028 0.093 0.047 0.018 0.028 50 P 0.009 0.024 0.015 0.004 0.016 0.010 0.025 0.399 0.425 0.063 0.010 51 E 0.012 0.121 0.055 0.009 0.045 0.008 0.072 0.299 0.184 0.182 0.013 52 K 0.065 0.146 0.053 0.008 0.100 0.009 0.029 0.257 0.137 0.152 0.044 53 A 0.028 0.135 0.050 0.009 0.089 0.015 0.040 0.338 0.200 0.075 0.021 54 S 0.068 0.134 0.048 0.006 0.123 0.006 0.028 0.302 0.125 0.128 0.032 55 Q 0.043 0.109 0.043 0.006 0.102 0.006 0.019 0.421 0.168 0.067 0.017 56 E 0.032 0.078 0.032 0.012 0.059 0.027 0.065 0.523 0.088 0.060 0.024 57 D 0.064 0.117 0.045 0.009 0.125 0.006 0.022 0.224 0.107 0.237 0.044 58 K 0.025 0.184 0.132 0.014 0.071 0.011 0.019 0.422 0.071 0.041 0.012 59 S 0.018 0.064 0.022 0.005 0.060 0.005 0.021 0.642 0.115 0.036 0.013 60 L 0.016 0.022 0.009 0.004 0.016 0.010 0.029 0.742 0.103 0.040 0.009 61 Y 0.013 0.030 0.019 0.014 0.021 0.007 0.012 0.597 0.134 0.142 0.011 62 E 0.010 0.060 0.023 0.008 0.035 0.008 0.016 0.706 0.109 0.023 0.004 63 Q 0.006 0.007 0.005 0.003 0.006 0.006 0.049 0.708 0.169 0.033 0.006 64 A 0.005 0.013 0.012 0.011 0.009 0.023 0.115 0.644 0.112 0.051 0.005 65 F 0.038 0.201 0.057 0.020 0.106 0.012 0.024 0.264 0.116 0.140 0.022 66 S 0.022 0.044 0.032 0.022 0.038 0.033 0.050 0.351 0.238 0.144 0.024 67 S 0.026 0.069 0.039 0.013 0.059 0.015 0.087 0.325 0.164 0.178 0.025 68 L 0.049 0.139 0.105 0.023 0.102 0.022 0.097 0.117 0.111 0.189 0.045 69 T 0.075 0.373 0.179 0.019 0.215 0.006 0.015 0.041 0.018 0.020 0.039 70 P 0.018 0.318 0.114 0.009 0.092 0.006 0.011 0.154 0.209 0.055 0.014 71 R 0.006 0.024 0.016 0.003 0.012 0.019 0.100 0.422 0.355 0.038 0.004 72 E 0.019 0.073 0.040 0.007 0.035 0.003 0.015 0.275 0.225 0.274 0.034 73 A 0.022 0.036 0.009 0.005 0.038 0.006 0.018 0.325 0.434 0.086 0.021 74 E 0.004 0.027 0.014 0.006 0.013 0.021 0.084 0.526 0.279 0.021 0.005 75 E 0.016 0.020 0.007 0.002 0.021 0.003 0.025 0.136 0.197 0.544 0.029 76 L 0.130 0.310 0.099 0.003 0.284 0.002 0.008 0.070 0.033 0.025 0.037 77 P 0.030 0.223 0.077 0.016 0.084 0.030 0.073 0.288 0.120 0.036 0.023 78 L 0.055 0.067 0.028 0.011 0.075 0.009 0.041 0.178 0.208 0.275 0.053 79 S 0.046 0.196 0.100 0.030 0.119 0.028 0.053 0.247 0.110 0.046 0.025 80 K 0.025 0.043 0.020 0.016 0.040 0.021 0.063 0.301 0.240 0.189 0.042 81 M 0.033 0.242 0.089 0.027 0.111 0.024 0.079 0.186 0.096 0.086 0.027 82 N 0.083 0.089 0.046 0.021 0.085 0.024 0.050 0.169 0.111 0.218 0.101 83 L 0.058 0.122 0.061 0.023 0.096 0.022 0.034 0.234 0.134 0.162 0.053 84 G 0.009 0.064 0.059 0.078 0.021 0.074 0.101 0.379 0.142 0.062 0.011 85 G 0.013 0.031 0.057 0.071 0.018 0.047 0.054 0.391 0.102 0.179 0.038 86 I 0.011 0.039 0.019 0.007 0.016 0.009 0.024 0.596 0.169 0.097 0.012 87 G 0.005 0.044 0.028 0.008 0.013 0.003 0.003 0.700 0.121 0.069 0.006 88 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.061 0.003 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.019 0.001 0.001 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.022 0.004 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.053 0.011 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.040 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.024 0.002 0.001 94 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.957 0.030 0.005 0.001 95 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.826 0.134 0.030 0.001 96 K 0.001 0.008 0.004 0.001 0.002 0.002 0.011 0.728 0.223 0.020 0.001 97 E 0.001 0.008 0.007 0.002 0.003 0.006 0.128 0.605 0.213 0.025 0.001 98 E 0.003 0.367 0.133 0.012 0.038 0.011 0.132 0.183 0.075 0.042 0.004 99 K 0.033 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.015 0.026 0.054 0.658 0.197 100 A 0.066 0.457 0.209 0.007 0.189 0.004 0.004 0.017 0.009 0.012 0.027 101 P 0.005 0.415 0.255 0.053 0.081 0.055 0.048 0.065 0.013 0.008 0.003 102 K 0.032 0.648 0.197 0.001 0.056 0.001 0.001 0.038 0.006 0.017 0.006 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.785 0.209 0.004 0.001 104 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.022 0.004 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.003 0.001 108 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 109 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.021 0.004 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.932 0.055 0.007 0.001 111 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.832 0.151 0.007 0.001 112 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.052 0.740 0.173 0.024 0.001 113 K 0.001 0.747 0.179 0.002 0.042 0.001 0.006 0.013 0.004 0.003 0.001 114 E 0.155 0.006 0.002 0.001 0.017 0.001 0.003 0.008 0.011 0.258 0.538 115 V 0.064 0.529 0.045 0.001 0.349 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 116 K 0.077 0.259 0.020 0.003 0.577 0.004 0.011 0.024 0.009 0.006 0.009 117 F 0.427 0.063 0.008 0.002 0.424 0.005 0.009 0.011 0.005 0.003 0.044 118 Y 0.138 0.135 0.036 0.019 0.403 0.029 0.043 0.057 0.019 0.025 0.097 119 A 0.120 0.318 0.090 0.017 0.283 0.004 0.007 0.066 0.017 0.037 0.042 120 C 0.044 0.237 0.107 0.012 0.101 0.015 0.017 0.224 0.087 0.117 0.039 121 Q 0.005 0.015 0.005 0.003 0.012 0.003 0.010 0.815 0.122 0.005 0.003 122 L 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.839 0.112 0.029 0.003 123 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.070 0.005 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.039 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.872 0.096 0.004 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.104 0.813 0.062 0.012 0.001 127 M 0.001 0.842 0.115 0.002 0.027 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 128 G 0.051 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.506 0.427 129 F 0.025 0.569 0.155 0.002 0.235 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 130 K 0.004 0.659 0.276 0.002 0.044 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 131 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.353 0.630 0.007 0.002 132 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.638 0.339 0.011 0.001 133 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.384 0.286 0.317 0.001 134 L 0.008 0.019 0.007 0.001 0.013 0.001 0.006 0.485 0.278 0.178 0.004 135 F 0.024 0.102 0.083 0.014 0.060 0.005 0.008 0.274 0.241 0.157 0.034 136 P 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.016 0.123 0.705 0.139 0.005 0.001 137 E 0.024 0.022 0.004 0.001 0.028 0.001 0.004 0.129 0.224 0.528 0.036 138 V 0.218 0.168 0.026 0.001 0.459 0.001 0.002 0.023 0.022 0.025 0.055 139 Q 0.065 0.079 0.029 0.013 0.182 0.031 0.127 0.271 0.091 0.061 0.052 140 I 0.272 0.089 0.037 0.004 0.276 0.006 0.013 0.089 0.045 0.061 0.108 141 M 0.024 0.071 0.053 0.069 0.081 0.181 0.155 0.215 0.054 0.065 0.031 142 D 0.158 0.243 0.120 0.003 0.195 0.001 0.002 0.135 0.023 0.058 0.062 143 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.711 0.269 0.014 0.001 144 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.001 0.001 145 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.068 0.002 0.001 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.943 0.045 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.901 0.056 0.023 0.001 150 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.809 0.113 0.036 0.001 151 L 0.007 0.049 0.008 0.004 0.013 0.005 0.037 0.673 0.185 0.015 0.005 152 E 0.028 0.007 0.004 0.003 0.016 0.007 0.079 0.457 0.222 0.153 0.024 153 S 0.011 0.623 0.144 0.002 0.193 0.002 0.005 0.010 0.004 0.003 0.002 154 D 0.286 0.017 0.003 0.003 0.115 0.009 0.049 0.046 0.031 0.191 0.250 155 L 0.162 0.229 0.014 0.001 0.581 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 156 Q 0.156 0.063 0.002 0.001 0.761 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 157 L 0.269 0.050 0.003 0.001 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 158 F 0.260 0.071 0.004 0.001 0.592 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.062 159 I 0.252 0.163 0.036 0.014 0.386 0.011 0.010 0.010 0.005 0.031 0.083