# TARGET T0517 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0517.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 156.387 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.677 0.208 0.072 0.032 0.009 0.001 0.001 2 E 0.677 0.221 0.074 0.024 0.004 0.001 0.001 3 N 0.585 0.291 0.095 0.026 0.003 0.001 0.001 4 K 0.148 0.393 0.303 0.132 0.023 0.001 0.001 5 K 0.049 0.219 0.317 0.296 0.104 0.014 0.001 6 M 0.001 0.002 0.019 0.126 0.432 0.398 0.023 7 N 0.001 0.001 0.004 0.030 0.176 0.604 0.185 8 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.362 0.596 9 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.284 0.681 10 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.313 0.645 11 F 0.001 0.002 0.010 0.056 0.214 0.470 0.248 12 S 0.004 0.047 0.142 0.277 0.293 0.184 0.052 13 G 0.024 0.106 0.176 0.234 0.245 0.171 0.043 14 D 0.082 0.245 0.261 0.207 0.129 0.063 0.014 15 Y 0.012 0.028 0.077 0.203 0.334 0.287 0.060 16 D 0.022 0.084 0.146 0.215 0.267 0.218 0.049 17 K 0.010 0.043 0.121 0.227 0.269 0.238 0.092 18 A 0.005 0.009 0.016 0.045 0.131 0.414 0.378 19 L 0.003 0.010 0.023 0.065 0.175 0.342 0.382 20 A 0.003 0.008 0.021 0.047 0.088 0.270 0.563 21 S 0.003 0.003 0.004 0.011 0.038 0.191 0.750 22 L 0.003 0.005 0.007 0.018 0.047 0.186 0.733 23 I 0.004 0.007 0.016 0.041 0.075 0.198 0.658 24 I 0.007 0.008 0.011 0.024 0.049 0.216 0.686 25 A 0.015 0.016 0.020 0.052 0.120 0.321 0.455 26 N 0.044 0.072 0.098 0.161 0.174 0.279 0.173 27 A 0.081 0.091 0.088 0.156 0.176 0.272 0.136 28 A 0.170 0.133 0.107 0.146 0.178 0.211 0.056 29 R 0.104 0.242 0.248 0.232 0.119 0.050 0.005 30 E 0.229 0.285 0.218 0.167 0.071 0.027 0.003 31 M 0.183 0.207 0.248 0.211 0.119 0.030 0.002 32 E 0.607 0.254 0.097 0.031 0.009 0.002 0.001 33 I 0.252 0.232 0.219 0.191 0.087 0.017 0.001 34 E 0.188 0.292 0.293 0.149 0.062 0.014 0.001 35 V 0.026 0.044 0.095 0.210 0.318 0.270 0.036 36 T 0.024 0.072 0.143 0.238 0.281 0.191 0.050 37 I 0.009 0.015 0.034 0.089 0.230 0.413 0.210 38 F 0.020 0.041 0.073 0.194 0.234 0.270 0.167 39 C 0.016 0.025 0.034 0.073 0.130 0.341 0.380 40 A 0.016 0.046 0.075 0.128 0.137 0.245 0.353 41 F 0.015 0.027 0.057 0.145 0.207 0.303 0.245 42 W 0.017 0.030 0.053 0.120 0.190 0.316 0.273 43 G 0.010 0.019 0.031 0.058 0.101 0.354 0.426 44 L 0.012 0.030 0.053 0.101 0.167 0.386 0.251 45 L 0.011 0.037 0.092 0.215 0.312 0.268 0.066 46 L 0.002 0.008 0.025 0.098 0.293 0.486 0.088 47 L 0.003 0.018 0.057 0.214 0.381 0.305 0.022 48 R 0.037 0.242 0.338 0.264 0.101 0.017 0.001 49 D 0.193 0.390 0.290 0.106 0.019 0.002 0.001 50 P 0.715 0.204 0.056 0.020 0.006 0.001 0.001 51 E 0.645 0.235 0.085 0.028 0.006 0.001 0.001 52 K 0.442 0.229 0.170 0.116 0.037 0.005 0.001 53 A 0.680 0.227 0.068 0.020 0.004 0.001 0.001 54 S 0.658 0.241 0.075 0.021 0.004 0.001 0.001 55 Q 0.559 0.225 0.121 0.071 0.020 0.003 0.001 56 E 0.616 0.259 0.083 0.031 0.009 0.002 0.001 57 D 0.323 0.268 0.222 0.142 0.040 0.005 0.001 58 K 0.363 0.345 0.184 0.081 0.023 0.004 0.001 59 S 0.547 0.278 0.098 0.049 0.021 0.007 0.001 60 L 0.087 0.146 0.202 0.256 0.206 0.090 0.013 61 Y 0.048 0.067 0.106 0.223 0.267 0.229 0.061 62 E 0.110 0.245 0.257 0.216 0.107 0.051 0.012 63 Q 0.072 0.201 0.273 0.236 0.142 0.060 0.015 64 A 0.023 0.034 0.055 0.116 0.241 0.381 0.150 65 F 0.036 0.039 0.071 0.152 0.246 0.309 0.147 66 S 0.081 0.184 0.240 0.239 0.140 0.089 0.027 67 S 0.086 0.143 0.168 0.202 0.189 0.151 0.061 68 L 0.024 0.040 0.072 0.140 0.248 0.323 0.153 69 T 0.073 0.102 0.131 0.177 0.209 0.218 0.090 70 P 0.127 0.160 0.171 0.212 0.182 0.115 0.033 71 R 0.259 0.273 0.171 0.128 0.097 0.054 0.018 72 E 0.220 0.297 0.233 0.147 0.070 0.027 0.006 73 A 0.076 0.104 0.176 0.290 0.238 0.101 0.014 74 E 0.390 0.362 0.160 0.058 0.020 0.007 0.002 75 E 0.133 0.247 0.259 0.205 0.104 0.042 0.010 76 L 0.031 0.040 0.068 0.184 0.312 0.297 0.067 77 P 0.079 0.160 0.187 0.202 0.179 0.138 0.056 78 L 0.065 0.109 0.132 0.156 0.164 0.225 0.149 79 S 0.041 0.068 0.103 0.170 0.222 0.252 0.145 80 K 0.029 0.041 0.074 0.125 0.178 0.274 0.280 81 M 0.046 0.058 0.063 0.090 0.139 0.264 0.341 82 N 0.055 0.048 0.061 0.097 0.158 0.243 0.337 83 L 0.035 0.034 0.038 0.051 0.080 0.222 0.540 84 G 0.028 0.050 0.075 0.135 0.173 0.247 0.292 85 G 0.057 0.080 0.098 0.128 0.183 0.221 0.233 86 I 0.027 0.032 0.045 0.095 0.191 0.326 0.285 87 G 0.023 0.025 0.030 0.050 0.108 0.316 0.448 88 K 0.009 0.042 0.102 0.241 0.297 0.229 0.078 89 K 0.025 0.078 0.182 0.291 0.245 0.135 0.043 90 M 0.020 0.034 0.041 0.072 0.166 0.422 0.244 91 L 0.010 0.013 0.021 0.068 0.239 0.479 0.170 92 L 0.024 0.106 0.252 0.306 0.206 0.085 0.021 93 E 0.084 0.368 0.286 0.174 0.065 0.019 0.004 94 M 0.005 0.048 0.141 0.310 0.323 0.164 0.010 95 M 0.006 0.030 0.135 0.381 0.388 0.059 0.001 96 K 0.481 0.399 0.104 0.015 0.001 0.001 0.001 97 E 0.715 0.220 0.053 0.010 0.001 0.001 0.001 98 E 0.286 0.348 0.254 0.093 0.018 0.001 0.001 99 K 0.528 0.377 0.079 0.015 0.002 0.001 0.001 100 A 0.017 0.083 0.292 0.443 0.151 0.013 0.001 101 P 0.172 0.350 0.238 0.145 0.076 0.019 0.001 102 K 0.132 0.406 0.285 0.129 0.041 0.007 0.001 103 L 0.003 0.011 0.050 0.249 0.445 0.234 0.009 104 S 0.058 0.341 0.355 0.175 0.056 0.014 0.001 105 D 0.062 0.381 0.364 0.152 0.035 0.005 0.001 106 L 0.002 0.008 0.035 0.185 0.451 0.306 0.014 107 L 0.003 0.016 0.072 0.269 0.436 0.196 0.009 108 S 0.131 0.578 0.230 0.052 0.008 0.001 0.001 109 G 0.023 0.195 0.383 0.320 0.072 0.007 0.001 110 A 0.002 0.007 0.034 0.218 0.519 0.217 0.004 111 R 0.032 0.277 0.432 0.220 0.037 0.002 0.001 112 K 0.519 0.400 0.070 0.010 0.001 0.001 0.001 113 K 0.174 0.407 0.316 0.092 0.011 0.001 0.001 114 E 0.233 0.543 0.185 0.036 0.004 0.001 0.001 115 V 0.001 0.008 0.052 0.280 0.530 0.127 0.002 116 K 0.002 0.029 0.142 0.317 0.341 0.157 0.012 117 F 0.001 0.002 0.007 0.030 0.143 0.604 0.213 118 Y 0.001 0.003 0.014 0.063 0.218 0.432 0.269 119 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.052 0.327 0.609 120 C 0.001 0.004 0.014 0.063 0.148 0.335 0.435 121 Q 0.012 0.082 0.127 0.190 0.183 0.271 0.135 122 L 0.006 0.028 0.093 0.238 0.303 0.260 0.071 123 S 0.019 0.032 0.054 0.134 0.258 0.417 0.086 124 V 0.084 0.141 0.191 0.261 0.217 0.096 0.010 125 E 0.145 0.258 0.234 0.197 0.108 0.052 0.005 126 I 0.068 0.126 0.205 0.241 0.220 0.126 0.013 127 M 0.110 0.142 0.201 0.282 0.195 0.065 0.005 128 G 0.385 0.367 0.150 0.062 0.026 0.009 0.001 129 F 0.031 0.079 0.220 0.364 0.251 0.055 0.002 130 K 0.447 0.416 0.106 0.024 0.006 0.001 0.001 131 K 0.256 0.396 0.244 0.087 0.016 0.002 0.001 132 E 0.722 0.189 0.056 0.023 0.008 0.001 0.001 133 E 0.142 0.438 0.297 0.104 0.017 0.002 0.001 134 L 0.008 0.024 0.082 0.346 0.420 0.116 0.003 135 F 0.033 0.175 0.343 0.306 0.122 0.019 0.001 136 P 0.318 0.417 0.177 0.064 0.018 0.005 0.001 137 E 0.107 0.275 0.334 0.204 0.064 0.014 0.001 138 V 0.016 0.025 0.071 0.225 0.427 0.222 0.014 139 Q 0.058 0.277 0.313 0.210 0.096 0.041 0.006 140 I 0.036 0.105 0.141 0.235 0.264 0.196 0.022 141 M 0.021 0.102 0.185 0.253 0.256 0.159 0.024 142 D 0.016 0.100 0.229 0.309 0.223 0.106 0.017 143 V 0.005 0.007 0.015 0.069 0.258 0.492 0.154 144 K 0.022 0.127 0.268 0.320 0.192 0.065 0.005 145 E 0.026 0.236 0.382 0.244 0.090 0.019 0.002 146 Y 0.002 0.007 0.024 0.105 0.357 0.454 0.051 147 L 0.003 0.010 0.034 0.148 0.397 0.368 0.039 148 K 0.068 0.368 0.330 0.170 0.048 0.014 0.001 149 N 0.020 0.164 0.383 0.335 0.086 0.011 0.001 150 A 0.006 0.013 0.031 0.142 0.368 0.397 0.043 151 L 0.045 0.170 0.260 0.294 0.180 0.047 0.004 152 E 0.250 0.436 0.194 0.079 0.028 0.010 0.002 153 S 0.029 0.127 0.265 0.335 0.188 0.052 0.005 154 D 0.032 0.167 0.261 0.277 0.168 0.081 0.013 155 L 0.017 0.035 0.083 0.208 0.341 0.277 0.038 156 Q 0.020 0.026 0.061 0.142 0.284 0.391 0.077 157 L 0.024 0.026 0.024 0.038 0.112 0.433 0.343 158 F 0.025 0.037 0.050 0.111 0.207 0.331 0.240 159 I 0.019 0.029 0.055 0.119 0.231 0.327 0.221