# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.025 0.037 0.120 0.260 0.106 0.002 0.127 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.023 0.016 0.037 0.050 0.072 0.105 0.004 2 M 0.067 0.081 0.055 0.046 0.490 0.001 0.037 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.003 0.022 0.026 0.033 0.040 0.023 0.053 0.004 3 E 0.118 0.175 0.253 0.232 0.088 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.003 0.045 0.006 0.005 0.006 0.009 0.020 0.008 4 I 0.109 0.289 0.017 0.039 0.444 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.017 0.005 0.008 0.024 0.003 0.003 0.003 0.002 0.017 5 L 0.171 0.387 0.118 0.145 0.042 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.006 0.020 0.006 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 6 Q 0.229 0.408 0.012 0.065 0.191 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.027 0.010 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 7 V 0.377 0.385 0.023 0.088 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.008 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 8 A 0.263 0.438 0.031 0.134 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 0.005 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 9 L 0.337 0.354 0.030 0.067 0.149 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.004 0.015 0.008 0.001 0.005 0.002 0.002 0.005 10 H 0.271 0.211 0.104 0.111 0.178 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.006 0.044 0.006 0.003 0.016 0.007 0.014 0.003 11 K 0.113 0.079 0.072 0.093 0.453 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.032 0.010 0.029 0.019 0.029 0.049 0.002 12 R 0.039 0.035 0.106 0.129 0.242 0.002 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.085 0.008 0.121 0.044 0.042 0.083 0.001 13 D 0.015 0.012 0.125 0.116 0.149 0.002 0.147 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.036 0.008 0.142 0.060 0.066 0.109 0.001 14 S 0.008 0.008 0.064 0.075 0.137 0.001 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.011 0.147 0.069 0.085 0.232 0.001 15 G 0.026 0.025 0.085 0.050 0.221 0.001 0.093 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.024 0.015 0.070 0.165 0.076 0.131 0.002 16 E 0.066 0.051 0.141 0.088 0.224 0.001 0.052 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.016 0.006 0.052 0.019 0.083 0.016 0.045 0.112 0.009 17 Q 0.085 0.180 0.116 0.077 0.208 0.001 0.046 0.002 0.001 0.001 0.022 0.020 0.046 0.025 0.066 0.028 0.015 0.013 0.014 0.016 0.021 18 L 0.197 0.220 0.048 0.038 0.148 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.030 0.044 0.071 0.043 0.052 0.027 0.005 0.003 0.007 0.004 0.048 19 G 0.173 0.280 0.073 0.069 0.056 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.034 0.095 0.080 0.040 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 20 I 0.228 0.288 0.013 0.022 0.196 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.032 0.052 0.052 0.017 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 21 K 0.237 0.362 0.048 0.069 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.064 0.045 0.067 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 22 L 0.309 0.234 0.018 0.044 0.257 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.028 0.014 0.012 0.027 0.002 0.002 0.003 0.003 0.018 23 V 0.144 0.197 0.137 0.122 0.158 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 0.019 0.011 0.122 0.017 0.009 0.008 0.009 0.010 0.006 24 R 0.105 0.080 0.106 0.121 0.316 0.002 0.020 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.003 0.049 0.019 0.026 0.035 0.042 0.048 0.005 25 R 0.048 0.027 0.157 0.080 0.201 0.002 0.025 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.046 0.008 0.060 0.051 0.088 0.195 0.001 26 T 0.003 0.003 0.068 0.079 0.049 0.001 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.391 0.037 0.059 0.176 0.001 27 D 0.001 0.002 0.023 0.007 0.036 0.001 0.585 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.233 0.034 0.013 0.058 0.001 28 E 0.004 0.002 0.139 0.047 0.029 0.001 0.159 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.042 0.065 0.129 0.369 0.001 29 P 0.007 0.007 0.020 0.014 0.548 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.015 0.226 0.031 0.013 0.057 0.002 30 G 0.067 0.106 0.321 0.091 0.092 0.002 0.102 0.002 0.001 0.001 0.011 0.015 0.031 0.009 0.078 0.011 0.006 0.017 0.013 0.014 0.012 31 V 0.122 0.160 0.023 0.026 0.403 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.032 0.035 0.069 0.026 0.022 0.033 0.002 0.003 0.009 0.004 0.026 32 F 0.245 0.257 0.071 0.062 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.034 0.092 0.052 0.075 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 33 I 0.214 0.265 0.017 0.040 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.090 0.092 0.020 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 34 L 0.187 0.224 0.027 0.040 0.045 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.022 0.031 0.064 0.098 0.212 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.021 35 D 0.125 0.165 0.064 0.088 0.059 0.003 0.016 0.007 0.002 0.001 0.035 0.026 0.051 0.124 0.072 0.098 0.012 0.015 0.017 0.012 0.009 36 L 0.060 0.080 0.023 0.022 0.260 0.002 0.025 0.008 0.001 0.001 0.008 0.012 0.031 0.065 0.115 0.121 0.056 0.036 0.036 0.028 0.009 37 L 0.049 0.031 0.109 0.087 0.049 0.003 0.017 0.010 0.006 0.002 0.007 0.004 0.009 0.018 0.144 0.022 0.043 0.046 0.170 0.173 0.002 38 E 0.002 0.002 0.008 0.027 0.116 0.002 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.034 0.648 0.014 0.026 0.061 0.001 39 G 0.009 0.019 0.040 0.032 0.057 0.008 0.556 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.043 0.007 0.023 0.111 0.023 0.052 0.001 40 G 0.005 0.003 0.015 0.048 0.048 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.074 0.040 0.267 0.437 0.001 41 L 0.011 0.015 0.061 0.057 0.101 0.005 0.029 0.064 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.036 0.020 0.288 0.037 0.040 0.220 0.002 42 A 0.020 0.042 0.046 0.040 0.105 0.034 0.213 0.222 0.002 0.001 0.006 0.004 0.015 0.003 0.019 0.009 0.111 0.029 0.052 0.025 0.002 43 A 0.029 0.042 0.045 0.057 0.065 0.012 0.128 0.440 0.005 0.004 0.005 0.004 0.011 0.004 0.028 0.003 0.046 0.025 0.029 0.015 0.004 44 Q 0.017 0.015 0.178 0.246 0.130 0.004 0.097 0.021 0.039 0.035 0.008 0.005 0.009 0.008 0.028 0.009 0.082 0.012 0.021 0.034 0.001 45 D 0.012 0.018 0.017 0.051 0.074 0.002 0.517 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.013 0.057 0.016 0.034 0.160 0.002 46 G 0.015 0.016 0.030 0.039 0.089 0.003 0.097 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.012 0.026 0.062 0.497 0.031 0.056 0.006 47 R 0.024 0.035 0.234 0.080 0.183 0.004 0.020 0.008 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 0.003 0.021 0.057 0.032 0.070 0.136 0.072 0.004 48 L 0.020 0.023 0.119 0.054 0.319 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.007 0.071 0.028 0.030 0.020 0.125 0.135 0.007 49 S 0.035 0.018 0.084 0.180 0.132 0.001 0.012 0.004 0.003 0.001 0.005 0.006 0.010 0.013 0.062 0.021 0.031 0.037 0.099 0.241 0.004 50 S 0.007 0.007 0.025 0.064 0.099 0.001 0.035 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.033 0.022 0.573 0.012 0.025 0.077 0.001 51 N 0.017 0.043 0.070 0.039 0.059 0.002 0.501 0.009 0.001 0.001 0.006 0.006 0.010 0.008 0.065 0.017 0.069 0.035 0.015 0.027 0.002 52 D 0.168 0.105 0.082 0.042 0.199 0.003 0.081 0.022 0.001 0.001 0.009 0.011 0.012 0.017 0.045 0.043 0.038 0.049 0.039 0.029 0.005 53 R 0.185 0.177 0.102 0.085 0.179 0.002 0.011 0.022 0.001 0.001 0.009 0.013 0.028 0.031 0.076 0.022 0.023 0.007 0.006 0.006 0.016 54 V 0.272 0.331 0.024 0.036 0.097 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.022 0.018 0.048 0.043 0.030 0.021 0.004 0.003 0.006 0.001 0.023 55 L 0.243 0.309 0.042 0.040 0.047 0.002 0.003 0.008 0.002 0.001 0.026 0.025 0.101 0.044 0.051 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.041 56 A 0.183 0.230 0.022 0.043 0.099 0.001 0.004 0.005 0.015 0.001 0.040 0.033 0.102 0.130 0.018 0.025 0.005 0.005 0.007 0.004 0.029 57 I 0.191 0.120 0.048 0.045 0.128 0.001 0.014 0.002 0.012 0.002 0.020 0.026 0.046 0.118 0.128 0.025 0.023 0.006 0.015 0.022 0.008 58 N 0.054 0.088 0.083 0.148 0.088 0.002 0.074 0.002 0.002 0.002 0.008 0.009 0.019 0.028 0.112 0.051 0.055 0.027 0.031 0.110 0.007 59 G 0.021 0.041 0.026 0.017 0.207 0.002 0.137 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.010 0.047 0.108 0.136 0.121 0.039 0.048 0.005 60 H 0.024 0.031 0.345 0.081 0.050 0.003 0.029 0.008 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.011 0.127 0.024 0.034 0.039 0.056 0.109 0.005 61 D 0.019 0.024 0.022 0.023 0.534 0.003 0.012 0.011 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.008 0.024 0.060 0.035 0.030 0.083 0.093 0.004 62 L 0.025 0.025 0.115 0.121 0.083 0.003 0.022 0.015 0.003 0.002 0.005 0.005 0.014 0.015 0.303 0.014 0.085 0.023 0.056 0.063 0.003 63 K 0.008 0.011 0.046 0.067 0.097 0.009 0.260 0.012 0.003 0.002 0.008 0.005 0.018 0.007 0.047 0.014 0.228 0.021 0.041 0.094 0.001 64 Y 0.003 0.003 0.022 0.019 0.032 0.003 0.434 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.010 0.052 0.195 0.095 0.103 0.001 65 G 0.001 0.001 0.031 0.020 0.044 0.001 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.101 0.178 0.132 0.411 0.001 66 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 0.007 0.120 0.832 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.004 0.010 0.037 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.003 0.001 0.003 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.067 0.796 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.004 0.002 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.019 0.334 0.100 0.148 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.029 0.013 0.015 0.001 77 S 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.002 0.427 0.008 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 0.083 0.162 0.199 0.001 78 G 0.001 0.001 0.007 0.009 0.020 0.001 0.034 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.120 0.460 0.128 0.196 0.001 79 E 0.007 0.010 0.062 0.037 0.089 0.007 0.179 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.027 0.093 0.074 0.100 0.273 0.005 80 R 0.024 0.075 0.087 0.073 0.204 0.003 0.058 0.004 0.001 0.001 0.010 0.008 0.017 0.026 0.069 0.108 0.026 0.056 0.074 0.044 0.030 81 V 0.066 0.111 0.107 0.076 0.113 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.014 0.030 0.080 0.132 0.098 0.002 0.005 0.020 0.009 0.114 82 N 0.063 0.182 0.066 0.054 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.035 0.088 0.200 0.075 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 83 L 0.170 0.245 0.010 0.018 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.029 0.059 0.204 0.028 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 84 T 0.131 0.219 0.015 0.030 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.024 0.070 0.288 0.119 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 85 I 0.152 0.226 0.016 0.040 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.022 0.050 0.166 0.039 0.156 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 86 A 0.120 0.200 0.034 0.031 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.060 0.164 0.250 0.027 0.001 0.004 0.003 0.003 0.010 87 R 0.172 0.077 0.060 0.083 0.226 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.019 0.032 0.082 0.058 0.008 0.012 0.040 0.107 0.004 88 P 0.011 0.011 0.037 0.086 0.201 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.150 0.037 0.218 0.031 0.046 0.145 0.001 89 G 0.003 0.006 0.033 0.024 0.077 0.003 0.389 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.069 0.020 0.094 0.124 0.046 0.105 0.001 90 K 0.001 0.001 0.028 0.030 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.022 0.039 0.296 0.533 0.001 91 P 0.001 0.001 0.006 0.024 0.060 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.187 0.033 0.099 0.562 0.001 92 E 0.002 0.002 0.031 0.041 0.073 0.008 0.149 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.013 0.252 0.080 0.097 0.207 0.001 93 I 0.003 0.003 0.046 0.066 0.043 0.008 0.133 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.011 0.172 0.054 0.147 0.242 0.001 94 E 0.008 0.008 0.057 0.030 0.137 0.009 0.181 0.069 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.024 0.014 0.162 0.119 0.067 0.100 0.001 95 L 0.011 0.010 0.094 0.067 0.069 0.007 0.134 0.082 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.034 0.018 0.154 0.045 0.128 0.129 0.001