# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.007 0.548 0.011 0.014 0.007 0.001 0.001 0.013 0.175 0.147 0.039 0.032 2 M 0.010 0.008 0.482 0.024 0.019 0.008 0.002 0.001 0.017 0.194 0.135 0.018 0.082 3 E 0.064 0.009 0.231 0.037 0.015 0.006 0.010 0.002 0.026 0.131 0.048 0.328 0.094 4 I 0.279 0.003 0.027 0.007 0.006 0.001 0.034 0.005 0.024 0.008 0.003 0.047 0.556 5 L 0.677 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 0.054 0.008 0.010 0.001 0.001 0.175 0.032 6 Q 0.732 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.059 0.012 0.012 0.001 0.001 0.071 0.100 7 V 0.692 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.072 0.010 0.014 0.001 0.001 0.079 0.120 8 A 0.614 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.030 0.006 0.015 0.001 0.001 0.210 0.099 9 L 0.436 0.002 0.017 0.011 0.001 0.001 0.024 0.004 0.020 0.006 0.004 0.132 0.342 10 H 0.203 0.020 0.108 0.027 0.003 0.002 0.015 0.003 0.027 0.050 0.022 0.279 0.240 11 K 0.041 0.022 0.283 0.011 0.009 0.002 0.004 0.001 0.015 0.128 0.060 0.140 0.284 12 R 0.009 0.016 0.269 0.013 0.020 0.003 0.001 0.001 0.005 0.184 0.359 0.045 0.076 13 D 0.003 0.009 0.136 0.013 0.018 0.002 0.001 0.001 0.002 0.180 0.596 0.020 0.020 14 S 0.008 0.012 0.128 0.016 0.032 0.003 0.001 0.001 0.002 0.278 0.439 0.035 0.045 15 G 0.032 0.023 0.247 0.031 0.021 0.003 0.002 0.001 0.006 0.239 0.162 0.084 0.151 16 E 0.165 0.015 0.182 0.055 0.008 0.001 0.009 0.001 0.010 0.093 0.031 0.191 0.239 17 Q 0.403 0.007 0.052 0.033 0.002 0.001 0.026 0.003 0.016 0.020 0.006 0.160 0.272 18 L 0.662 0.002 0.016 0.018 0.001 0.001 0.068 0.005 0.011 0.003 0.001 0.099 0.114 19 G 0.744 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.052 0.009 0.007 0.001 0.001 0.095 0.071 20 I 0.638 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.072 0.011 0.016 0.001 0.001 0.071 0.173 21 K 0.574 0.002 0.018 0.028 0.001 0.001 0.051 0.009 0.026 0.003 0.001 0.148 0.139 22 L 0.328 0.004 0.056 0.028 0.003 0.002 0.032 0.008 0.046 0.017 0.010 0.174 0.293 23 V 0.169 0.014 0.149 0.023 0.009 0.004 0.019 0.004 0.042 0.058 0.032 0.205 0.272 24 R 0.078 0.043 0.229 0.024 0.020 0.006 0.007 0.002 0.019 0.138 0.091 0.137 0.207 25 R 0.021 0.027 0.396 0.010 0.021 0.006 0.002 0.001 0.006 0.204 0.148 0.062 0.096 26 T 0.005 0.014 0.282 0.006 0.023 0.005 0.001 0.001 0.003 0.241 0.366 0.025 0.029 27 D 0.002 0.010 0.189 0.008 0.023 0.004 0.001 0.001 0.002 0.224 0.508 0.010 0.019 28 E 0.003 0.011 0.395 0.009 0.026 0.006 0.001 0.001 0.004 0.299 0.198 0.025 0.025 29 P 0.011 0.011 0.298 0.029 0.025 0.005 0.003 0.001 0.010 0.267 0.253 0.033 0.055 30 G 0.051 0.018 0.249 0.036 0.011 0.006 0.016 0.005 0.040 0.174 0.149 0.143 0.102 31 V 0.248 0.013 0.153 0.019 0.003 0.001 0.067 0.013 0.053 0.021 0.004 0.076 0.329 32 F 0.391 0.009 0.027 0.041 0.001 0.001 0.090 0.022 0.050 0.004 0.001 0.289 0.075 33 I 0.367 0.002 0.014 0.013 0.003 0.003 0.085 0.058 0.051 0.002 0.002 0.028 0.373 34 L 0.369 0.002 0.018 0.151 0.003 0.005 0.081 0.067 0.066 0.005 0.003 0.192 0.038 35 D 0.239 0.005 0.054 0.013 0.013 0.015 0.083 0.054 0.145 0.012 0.015 0.112 0.240 36 L 0.203 0.037 0.147 0.025 0.020 0.034 0.048 0.023 0.058 0.044 0.078 0.059 0.225 37 L 0.026 0.020 0.446 0.020 0.017 0.017 0.004 0.001 0.015 0.183 0.072 0.140 0.041 38 E 0.002 0.006 0.088 0.007 0.045 0.044 0.001 0.001 0.004 0.160 0.602 0.007 0.034 39 G 0.001 0.008 0.140 0.005 0.024 0.041 0.001 0.001 0.002 0.257 0.503 0.011 0.006 40 G 0.002 0.020 0.454 0.003 0.050 0.077 0.001 0.001 0.004 0.292 0.036 0.032 0.029 41 L 0.004 0.034 0.175 0.004 0.205 0.329 0.001 0.001 0.006 0.055 0.103 0.017 0.068 42 A 0.004 0.022 0.050 0.005 0.268 0.360 0.001 0.001 0.007 0.021 0.225 0.013 0.021 43 A 0.008 0.015 0.108 0.014 0.264 0.267 0.002 0.002 0.008 0.059 0.186 0.022 0.046 44 Q 0.006 0.010 0.114 0.020 0.121 0.233 0.001 0.001 0.007 0.111 0.323 0.026 0.026 45 D 0.006 0.005 0.111 0.019 0.055 0.032 0.001 0.001 0.002 0.105 0.636 0.013 0.015 46 G 0.010 0.007 0.187 0.014 0.023 0.017 0.001 0.001 0.004 0.219 0.456 0.044 0.020 47 R 0.042 0.046 0.373 0.003 0.021 0.010 0.005 0.002 0.019 0.109 0.064 0.088 0.218 48 L 0.031 0.366 0.234 0.008 0.012 0.003 0.005 0.004 0.028 0.049 0.011 0.108 0.142 49 S 0.004 0.017 0.734 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 0.018 0.049 0.009 0.067 0.088 50 S 0.002 0.005 0.073 0.118 0.065 0.007 0.001 0.002 0.009 0.116 0.522 0.021 0.059 51 N 0.001 0.001 0.040 0.036 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.093 0.801 0.005 0.002 52 D 0.010 0.006 0.418 0.020 0.017 0.001 0.004 0.003 0.045 0.333 0.048 0.037 0.059 53 R 0.198 0.034 0.161 0.015 0.004 0.001 0.050 0.018 0.116 0.030 0.003 0.098 0.273 54 V 0.490 0.006 0.006 0.017 0.001 0.001 0.160 0.110 0.040 0.002 0.001 0.100 0.069 55 L 0.505 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.201 0.152 0.020 0.001 0.001 0.038 0.050 56 A 0.663 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.087 0.079 0.022 0.001 0.001 0.051 0.066 57 I 0.338 0.002 0.119 0.035 0.002 0.002 0.048 0.026 0.089 0.011 0.008 0.098 0.220 58 N 0.110 0.002 0.094 0.133 0.003 0.003 0.019 0.003 0.050 0.159 0.226 0.125 0.072 59 G 0.027 0.004 0.084 0.023 0.004 0.003 0.008 0.003 0.023 0.282 0.458 0.033 0.048 60 H 0.043 0.048 0.333 0.013 0.006 0.004 0.020 0.008 0.049 0.146 0.014 0.216 0.100 61 D 0.042 0.110 0.236 0.012 0.017 0.006 0.020 0.009 0.099 0.048 0.014 0.097 0.291 62 L 0.013 0.022 0.375 0.027 0.068 0.067 0.019 0.036 0.103 0.065 0.073 0.039 0.093 63 K 0.006 0.011 0.275 0.056 0.093 0.049 0.011 0.011 0.102 0.156 0.177 0.024 0.029 64 Y 0.002 0.015 0.355 0.002 0.052 0.042 0.004 0.003 0.055 0.240 0.197 0.014 0.016 65 G 0.001 0.022 0.464 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.004 0.413 0.043 0.008 0.006 66 T 0.001 0.003 0.871 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.076 0.008 0.001 0.001 67 P 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.016 0.812 0.001 0.001 0.001 0.008 0.146 0.001 0.001 77 S 0.001 0.001 0.097 0.001 0.026 0.298 0.001 0.001 0.001 0.079 0.495 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.167 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.002 0.098 0.705 0.001 0.001 79 E 0.001 0.003 0.434 0.006 0.010 0.005 0.001 0.001 0.012 0.292 0.221 0.009 0.007 80 R 0.016 0.014 0.361 0.021 0.015 0.001 0.010 0.008 0.151 0.196 0.042 0.025 0.141 81 V 0.088 0.007 0.114 0.068 0.003 0.001 0.056 0.044 0.314 0.049 0.004 0.169 0.083 82 N 0.147 0.002 0.023 0.038 0.001 0.001 0.159 0.135 0.315 0.007 0.001 0.059 0.114 83 L 0.275 0.001 0.011 0.012 0.001 0.001 0.253 0.193 0.118 0.002 0.001 0.087 0.050 84 T 0.458 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.250 0.083 0.052 0.001 0.001 0.074 0.059 85 I 0.419 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.137 0.051 0.071 0.001 0.001 0.165 0.144 86 A 0.249 0.016 0.074 0.035 0.002 0.001 0.057 0.026 0.110 0.016 0.005 0.108 0.302 87 R 0.007 0.004 0.518 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 0.182 0.005 0.170 0.071 88 P 0.002 0.007 0.323 0.006 0.017 0.001 0.002 0.001 0.018 0.243 0.300 0.016 0.065 89 G 0.001 0.017 0.253 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.296 0.398 0.009 0.006 90 K 0.001 0.009 0.790 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.011 0.011 0.006 91 P 0.001 0.027 0.609 0.002 0.089 0.013 0.001 0.001 0.004 0.091 0.121 0.003 0.039 92 E 0.001 0.022 0.216 0.009 0.274 0.076 0.001 0.001 0.009 0.147 0.210 0.023 0.012 93 I 0.003 0.017 0.288 0.003 0.278 0.089 0.002 0.001 0.012 0.149 0.079 0.038 0.044 94 E 0.006 0.070 0.513 0.004 0.060 0.064 0.003 0.001 0.018 0.107 0.078 0.024 0.050 95 L 0.002 0.027 0.726 0.002 0.025 0.033 0.001 0.001 0.008 0.097 0.033 0.027 0.017