# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.061 0.218 0.136 0.238 0.002 0.098 0.009 0.010 0.036 0.006 0.017 0.068 0.038 0.001 0.020 0.043 2 M 0.052 0.039 0.581 0.202 0.001 0.015 0.002 0.001 0.007 0.002 0.032 0.010 0.025 0.001 0.002 0.027 3 E 0.037 0.054 0.268 0.597 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 0.001 0.001 0.003 4 I 0.003 0.019 0.147 0.787 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 5 L 0.001 0.040 0.018 0.936 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.001 0.002 0.018 0.968 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.001 0.006 0.040 0.930 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.001 0.012 0.004 0.934 0.006 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.002 0.055 0.011 0.766 0.047 0.080 0.002 0.008 0.002 0.001 0.012 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 10 H 0.006 0.127 0.034 0.576 0.067 0.098 0.013 0.029 0.006 0.004 0.011 0.010 0.010 0.003 0.002 0.004 11 K 0.012 0.081 0.061 0.304 0.068 0.200 0.027 0.100 0.021 0.015 0.053 0.014 0.016 0.007 0.011 0.009 12 R 0.020 0.085 0.036 0.113 0.086 0.235 0.017 0.064 0.050 0.022 0.164 0.042 0.027 0.005 0.016 0.017 13 D 0.030 0.075 0.022 0.047 0.186 0.047 0.061 0.051 0.016 0.015 0.231 0.097 0.020 0.084 0.010 0.010 14 S 0.036 0.111 0.069 0.056 0.013 0.029 0.013 0.264 0.031 0.008 0.032 0.062 0.028 0.006 0.227 0.017 15 G 0.039 0.028 0.144 0.074 0.026 0.051 0.042 0.016 0.189 0.094 0.033 0.029 0.055 0.023 0.023 0.134 16 E 0.409 0.164 0.123 0.141 0.001 0.018 0.003 0.028 0.011 0.003 0.013 0.012 0.018 0.001 0.025 0.029 17 Q 0.033 0.116 0.408 0.312 0.004 0.027 0.010 0.001 0.027 0.007 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.040 18 L 0.036 0.021 0.406 0.521 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 G 0.002 0.010 0.172 0.802 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 I 0.004 0.003 0.016 0.917 0.038 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.001 0.055 0.011 0.837 0.025 0.055 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.002 0.050 0.005 0.779 0.026 0.078 0.001 0.021 0.011 0.008 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.014 0.060 0.033 0.504 0.102 0.161 0.008 0.022 0.016 0.016 0.034 0.021 0.006 0.002 0.001 0.002 24 R 0.018 0.176 0.045 0.311 0.053 0.116 0.008 0.096 0.016 0.009 0.091 0.033 0.013 0.002 0.008 0.005 25 R 0.010 0.097 0.050 0.137 0.213 0.145 0.055 0.029 0.046 0.035 0.052 0.069 0.017 0.022 0.005 0.017 26 T 0.056 0.052 0.060 0.087 0.021 0.104 0.021 0.226 0.013 0.009 0.169 0.043 0.038 0.007 0.086 0.008 27 D 0.025 0.282 0.070 0.087 0.006 0.015 0.010 0.017 0.194 0.026 0.035 0.042 0.018 0.002 0.011 0.159 28 E 0.323 0.017 0.126 0.165 0.059 0.033 0.158 0.004 0.015 0.007 0.012 0.028 0.015 0.025 0.003 0.009 29 P 0.034 0.125 0.461 0.167 0.001 0.057 0.007 0.093 0.003 0.001 0.008 0.003 0.007 0.001 0.026 0.006 30 G 0.012 0.078 0.074 0.671 0.001 0.014 0.001 0.001 0.093 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.030 31 V 0.119 0.005 0.094 0.772 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.002 0.008 0.212 0.726 0.006 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.005 0.006 0.383 0.144 0.444 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 34 L 0.001 0.507 0.003 0.323 0.001 0.016 0.001 0.112 0.004 0.001 0.016 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 35 D 0.004 0.025 0.012 0.740 0.002 0.043 0.002 0.001 0.069 0.028 0.007 0.013 0.011 0.001 0.001 0.041 36 L 0.146 0.038 0.546 0.171 0.021 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.013 0.006 0.018 0.001 0.001 0.005 37 L 0.001 0.015 0.042 0.129 0.589 0.043 0.142 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 38 E 0.005 0.030 0.015 0.147 0.054 0.094 0.040 0.555 0.001 0.002 0.020 0.003 0.008 0.003 0.023 0.001 39 G 0.003 0.059 0.016 0.151 0.004 0.008 0.003 0.025 0.481 0.116 0.025 0.006 0.006 0.001 0.005 0.094 40 G 0.409 0.003 0.005 0.072 0.001 0.093 0.001 0.002 0.025 0.019 0.017 0.329 0.020 0.001 0.001 0.002 41 L 0.038 0.138 0.076 0.060 0.007 0.077 0.002 0.010 0.002 0.001 0.358 0.130 0.091 0.003 0.005 0.003 42 A 0.004 0.034 0.010 0.179 0.010 0.051 0.005 0.006 0.003 0.001 0.055 0.524 0.105 0.007 0.003 0.003 43 A 0.009 0.061 0.043 0.047 0.023 0.075 0.022 0.018 0.005 0.002 0.049 0.090 0.483 0.006 0.017 0.052 44 Q 0.003 0.004 0.006 0.009 0.122 0.006 0.410 0.007 0.002 0.003 0.034 0.017 0.029 0.339 0.003 0.006 45 D 0.008 0.010 0.026 0.010 0.001 0.007 0.005 0.245 0.008 0.001 0.008 0.013 0.037 0.001 0.615 0.004 46 G 0.006 0.011 0.021 0.023 0.001 0.005 0.002 0.001 0.180 0.138 0.012 0.008 0.045 0.001 0.002 0.545 47 R 0.891 0.006 0.038 0.025 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.013 0.002 0.001 0.004 48 L 0.006 0.038 0.776 0.070 0.010 0.025 0.011 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.035 0.001 0.004 0.007 49 S 0.002 0.008 0.018 0.054 0.633 0.144 0.073 0.007 0.001 0.002 0.006 0.005 0.010 0.036 0.001 0.001 50 S 0.003 0.016 0.005 0.027 0.009 0.032 0.003 0.664 0.003 0.001 0.127 0.007 0.008 0.001 0.093 0.001 51 N 0.002 0.073 0.008 0.053 0.001 0.004 0.002 0.005 0.575 0.069 0.009 0.048 0.008 0.001 0.004 0.137 52 D 0.747 0.013 0.093 0.069 0.001 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.007 0.019 0.001 0.001 0.025 53 R 0.020 0.046 0.751 0.051 0.001 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 0.009 54 V 0.013 0.114 0.160 0.354 0.010 0.249 0.004 0.002 0.001 0.001 0.048 0.019 0.017 0.004 0.002 0.002 55 L 0.002 0.278 0.079 0.574 0.005 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 0.018 0.008 0.001 0.004 0.006 56 A 0.007 0.009 0.103 0.449 0.273 0.069 0.026 0.004 0.005 0.003 0.004 0.006 0.018 0.005 0.001 0.018 57 I 0.004 0.004 0.036 0.021 0.655 0.012 0.170 0.026 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 58 N 0.001 0.014 0.001 0.018 0.001 0.040 0.001 0.858 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 59 G 0.005 0.018 0.002 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.697 0.120 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.117 60 H 0.864 0.008 0.049 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.002 0.016 0.328 0.041 0.008 0.570 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 0.003 62 L 0.005 0.050 0.010 0.066 0.142 0.145 0.008 0.009 0.001 0.001 0.524 0.006 0.026 0.003 0.002 0.002 63 K 0.002 0.072 0.008 0.063 0.099 0.026 0.026 0.090 0.006 0.005 0.048 0.491 0.016 0.035 0.011 0.003 64 Y 0.023 0.052 0.090 0.074 0.003 0.025 0.021 0.099 0.094 0.013 0.026 0.024 0.065 0.002 0.216 0.174 65 G 0.027 0.029 0.430 0.049 0.001 0.004 0.003 0.002 0.031 0.025 0.005 0.006 0.017 0.001 0.002 0.371 66 T 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 67 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.974 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.007 0.007 0.007 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.814 0.004 0.056 77 S 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.013 0.865 0.012 78 G 0.009 0.032 0.035 0.004 0.001 0.010 0.025 0.001 0.016 0.008 0.008 0.006 0.112 0.016 0.030 0.686 79 E 0.765 0.069 0.037 0.039 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.001 0.006 0.007 0.020 0.002 0.009 0.033 80 R 0.013 0.065 0.792 0.100 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 81 V 0.016 0.018 0.442 0.501 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.046 0.065 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.015 0.981 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.001 0.004 0.029 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.932 0.025 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.001 0.190 0.001 0.781 0.012 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.001 0.003 0.001 0.170 0.724 0.085 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.002 0.067 0.008 0.168 0.009 0.037 0.001 0.684 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 89 G 0.001 0.030 0.002 0.141 0.001 0.006 0.001 0.003 0.724 0.078 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 90 K 0.588 0.008 0.020 0.308 0.001 0.014 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.012 0.055 0.236 0.222 0.006 0.407 0.002 0.016 0.002 0.001 0.018 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 92 E 0.006 0.074 0.019 0.645 0.009 0.114 0.001 0.007 0.010 0.002 0.071 0.031 0.009 0.001 0.001 0.002 93 I 0.022 0.041 0.033 0.480 0.012 0.065 0.005 0.009 0.006 0.003 0.066 0.214 0.038 0.001 0.002 0.003 94 E 0.013 0.092 0.073 0.346 0.081 0.100 0.046 0.027 0.009 0.004 0.042 0.069 0.067 0.017 0.004 0.011 95 L 0.012 0.034 0.074 0.337 0.054 0.093 0.047 0.068 0.014 0.006 0.100 0.022 0.093 0.009 0.024 0.011