# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.186 0.067 0.089 0.586 2 M 0.011 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.013 0.011 0.002 0.005 0.003 0.002 0.003 0.204 0.135 0.101 0.436 3 E 0.010 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.019 0.004 0.015 0.009 0.007 0.005 0.549 0.106 0.044 0.159 4 I 0.004 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.018 0.014 0.008 0.525 0.063 0.047 0.260 5 L 0.004 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.014 0.005 0.796 0.040 0.016 0.072 6 Q 0.005 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.783 0.061 0.019 0.091 7 V 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.031 0.015 0.077 8 A 0.017 0.010 0.003 0.001 0.006 0.012 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.693 0.064 0.031 0.143 9 L 0.015 0.008 0.008 0.003 0.027 0.066 0.112 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.062 0.055 0.268 10 H 0.042 0.008 0.013 0.003 0.101 0.077 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.058 0.074 0.393 11 K 0.091 0.006 0.022 0.002 0.126 0.034 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.078 0.071 0.508 12 R 0.226 0.002 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.072 0.634 13 D 0.116 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.053 0.766 14 S 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.036 0.105 0.761 15 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.038 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.048 0.083 0.709 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.063 0.056 0.008 0.013 0.004 0.002 0.002 0.259 0.043 0.083 0.355 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.027 0.045 0.008 0.082 0.048 0.020 0.009 0.418 0.085 0.041 0.193 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.004 0.105 0.114 0.093 0.018 0.434 0.060 0.027 0.132 19 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.071 0.012 0.782 0.035 0.006 0.033 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.008 0.720 0.053 0.024 0.130 21 K 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.034 0.012 0.056 22 L 0.033 0.002 0.001 0.002 0.014 0.045 0.047 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.089 0.084 0.375 23 V 0.024 0.001 0.003 0.002 0.069 0.058 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.083 0.073 0.395 24 R 0.046 0.002 0.002 0.001 0.039 0.026 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.050 0.105 0.610 25 R 0.170 0.001 0.001 0.001 0.033 0.012 0.002 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.040 0.079 0.618 26 T 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.029 0.089 0.827 27 D 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.025 0.100 0.774 28 E 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.023 0.013 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.033 0.058 0.109 0.676 29 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.006 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.101 0.043 0.167 0.646 30 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.022 0.027 0.007 0.026 0.016 0.011 0.004 0.504 0.042 0.058 0.249 31 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.003 0.030 0.029 0.031 0.010 0.506 0.058 0.046 0.266 32 F 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.054 0.036 0.011 0.724 0.072 0.012 0.044 33 I 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.005 0.573 0.124 0.031 0.218 34 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.767 0.026 0.037 0.150 35 D 0.016 0.008 0.006 0.001 0.034 0.031 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.529 0.098 0.052 0.211 36 L 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.038 0.124 0.417 37 L 0.603 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.039 0.053 0.217 38 E 0.021 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.022 0.137 0.720 39 G 0.044 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.032 0.113 0.605 40 G 0.125 0.482 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.040 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.114 0.045 0.121 41 L 0.140 0.157 0.007 0.004 0.006 0.025 0.017 0.004 0.015 0.012 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.051 0.121 0.084 0.345 42 A 0.027 0.042 0.108 0.003 0.115 0.024 0.007 0.008 0.002 0.002 0.006 0.002 0.018 0.016 0.006 0.002 0.184 0.127 0.057 0.244 43 A 0.566 0.006 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.071 0.038 0.046 0.232 44 Q 0.333 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.020 0.071 0.516 45 D 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.016 0.066 0.829 46 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.021 0.085 0.618 47 R 0.004 0.001 0.002 0.001 0.033 0.045 0.017 0.007 0.097 0.065 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.036 0.045 0.334 48 L 0.003 0.001 0.006 0.001 0.119 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.178 0.030 0.078 0.552 49 S 0.362 0.002 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.108 0.036 0.004 0.002 0.115 0.105 0.035 0.207 50 S 0.425 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.035 0.029 0.092 0.406 51 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.008 0.140 0.743 52 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.449 0.030 0.061 0.376 53 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.215 0.061 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.487 0.070 0.021 0.109 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.029 0.006 0.008 0.004 0.012 0.002 0.048 0.008 0.005 0.005 0.616 0.054 0.016 0.148 55 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.290 0.076 0.028 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.033 0.015 0.003 0.409 0.019 0.006 0.056 56 A 0.014 0.001 0.007 0.001 0.189 0.009 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.005 0.569 0.037 0.016 0.115 57 I 0.693 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.042 0.022 0.141 58 N 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.025 0.111 0.752 59 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.010 0.073 0.824 60 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.002 0.002 0.500 0.133 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.029 0.027 0.137 61 D 0.012 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.180 0.179 0.044 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.082 0.049 0.054 0.377 62 L 0.059 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.040 0.007 0.296 0.087 0.007 0.002 0.106 0.063 0.040 0.277 63 K 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.078 0.036 0.007 0.077 0.055 0.074 0.550 64 Y 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.082 0.019 0.101 0.752 65 G 0.005 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.023 0.097 0.703 66 T 0.023 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.017 67 P 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 68 E 0.001 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.001 0.003 69 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 70 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 71 A 0.008 0.871 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.107 0.002 0.007 72 Q 0.026 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.005 0.025 73 I 0.023 0.410 0.100 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.373 0.022 0.058 74 I 0.045 0.073 0.426 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.323 0.032 0.090 75 Q 0.418 0.021 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.056 0.447 76 A 0.036 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.058 0.871 77 S 0.105 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.118 0.112 0.646 78 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.061 0.134 0.787 79 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.053 0.121 0.579 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.012 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.372 0.103 0.079 0.389 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.022 0.015 0.006 0.003 0.648 0.141 0.025 0.128 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.048 0.048 0.010 0.610 0.145 0.007 0.081 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.002 0.907 0.039 0.002 0.028 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.841 0.065 0.004 0.045 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.833 0.049 0.009 0.064 86 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.757 0.042 0.023 0.163 87 R 0.306 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.090 0.062 0.344 88 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.020 0.129 0.794 89 G 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.009 0.113 0.799 90 K 0.140 0.015 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.079 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.067 0.101 0.523 91 P 0.106 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.031 0.141 0.635 92 E 0.216 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.029 0.050 0.063 0.599 93 I 0.065 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.075 0.038 0.127 0.669 94 E 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.016 0.109 0.785 95 L 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.031 0.138 0.676