# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.031 0.087 0.003 0.032 0.064 0.161 0.094 0.003 0.001 0.054 0.469 2 M 0.025 0.086 0.002 0.037 0.134 0.161 0.081 0.003 0.001 0.050 0.420 3 E 0.021 0.120 0.002 0.052 0.190 0.359 0.041 0.002 0.001 0.046 0.165 4 I 0.018 0.093 0.002 0.051 0.128 0.291 0.053 0.002 0.001 0.053 0.308 5 L 0.013 0.046 0.001 0.088 0.301 0.393 0.030 0.001 0.001 0.023 0.104 6 Q 0.010 0.029 0.001 0.064 0.203 0.503 0.025 0.001 0.001 0.036 0.127 7 V 0.013 0.018 0.001 0.070 0.329 0.371 0.030 0.001 0.001 0.031 0.137 8 A 0.011 0.011 0.002 0.046 0.337 0.454 0.018 0.001 0.001 0.028 0.091 9 L 0.015 0.005 0.002 0.031 0.260 0.377 0.038 0.001 0.001 0.034 0.237 10 H 0.084 0.003 0.004 0.036 0.265 0.250 0.045 0.002 0.001 0.079 0.232 11 K 0.155 0.003 0.005 0.026 0.077 0.085 0.064 0.003 0.001 0.062 0.518 12 R 0.135 0.002 0.003 0.009 0.036 0.028 0.076 0.002 0.001 0.032 0.677 13 D 0.115 0.002 0.004 0.010 0.023 0.023 0.087 0.003 0.001 0.055 0.677 14 S 0.026 0.003 0.002 0.021 0.039 0.043 0.122 0.001 0.001 0.055 0.687 15 G 0.013 0.003 0.001 0.034 0.060 0.084 0.116 0.002 0.001 0.067 0.620 16 E 0.004 0.002 0.001 0.089 0.223 0.290 0.080 0.001 0.001 0.062 0.250 17 Q 0.002 0.004 0.001 0.202 0.160 0.351 0.043 0.001 0.001 0.063 0.173 18 L 0.001 0.002 0.001 0.259 0.298 0.300 0.021 0.001 0.001 0.030 0.087 19 G 0.002 0.003 0.001 0.342 0.252 0.297 0.016 0.001 0.001 0.031 0.056 20 I 0.005 0.004 0.001 0.259 0.281 0.273 0.029 0.001 0.001 0.039 0.108 21 K 0.018 0.006 0.001 0.245 0.211 0.298 0.042 0.002 0.001 0.051 0.124 22 L 0.018 0.004 0.002 0.105 0.152 0.265 0.093 0.002 0.001 0.074 0.284 23 V 0.019 0.003 0.004 0.074 0.149 0.252 0.098 0.002 0.001 0.068 0.330 24 R 0.128 0.004 0.003 0.024 0.065 0.112 0.103 0.004 0.001 0.044 0.513 25 R 0.233 0.002 0.003 0.009 0.027 0.037 0.098 0.002 0.001 0.060 0.530 26 T 0.026 0.001 0.003 0.009 0.012 0.020 0.127 0.001 0.001 0.053 0.748 27 D 0.042 0.003 0.001 0.009 0.014 0.021 0.104 0.001 0.001 0.029 0.776 28 E 0.056 0.004 0.001 0.013 0.045 0.047 0.138 0.002 0.001 0.059 0.634 29 P 0.003 0.004 0.001 0.047 0.075 0.145 0.134 0.001 0.001 0.057 0.533 30 G 0.003 0.005 0.001 0.115 0.145 0.327 0.060 0.001 0.001 0.084 0.261 31 V 0.001 0.003 0.001 0.239 0.318 0.267 0.021 0.001 0.001 0.045 0.105 32 F 0.003 0.011 0.001 0.168 0.337 0.357 0.013 0.001 0.001 0.028 0.080 33 I 0.008 0.010 0.001 0.102 0.264 0.427 0.028 0.001 0.001 0.031 0.128 34 L 0.013 0.013 0.001 0.210 0.180 0.326 0.037 0.001 0.001 0.038 0.182 35 D 0.004 0.004 0.003 0.225 0.175 0.384 0.044 0.001 0.001 0.048 0.112 36 L 0.040 0.005 0.008 0.184 0.117 0.146 0.081 0.004 0.001 0.091 0.323 37 L 0.643 0.009 0.001 0.062 0.042 0.032 0.040 0.009 0.001 0.026 0.135 38 E 0.019 0.015 0.001 0.018 0.013 0.020 0.089 0.002 0.001 0.024 0.801 39 G 0.016 0.048 0.002 0.011 0.016 0.024 0.093 0.002 0.001 0.026 0.762 40 G 0.211 0.216 0.004 0.017 0.044 0.060 0.074 0.012 0.001 0.053 0.307 41 L 0.128 0.082 0.012 0.020 0.037 0.051 0.098 0.033 0.011 0.093 0.435 42 A 0.203 0.016 0.058 0.028 0.068 0.135 0.068 0.013 0.015 0.113 0.283 43 A 0.467 0.009 0.002 0.011 0.021 0.043 0.041 0.003 0.001 0.033 0.368 44 Q 0.151 0.013 0.001 0.012 0.025 0.040 0.097 0.003 0.001 0.022 0.636 45 D 0.004 0.002 0.001 0.005 0.018 0.044 0.149 0.001 0.001 0.017 0.759 46 G 0.016 0.002 0.001 0.041 0.122 0.149 0.135 0.001 0.001 0.058 0.475 47 R 0.004 0.001 0.001 0.060 0.273 0.277 0.078 0.001 0.001 0.070 0.234 48 L 0.011 0.001 0.002 0.043 0.135 0.143 0.096 0.001 0.001 0.051 0.516 49 S 0.386 0.002 0.002 0.019 0.062 0.073 0.056 0.002 0.001 0.117 0.281 50 S 0.106 0.003 0.001 0.060 0.019 0.044 0.142 0.002 0.001 0.099 0.524 51 N 0.002 0.001 0.001 0.057 0.020 0.066 0.178 0.001 0.001 0.047 0.628 52 D 0.001 0.001 0.001 0.088 0.212 0.236 0.105 0.001 0.001 0.026 0.329 53 R 0.001 0.001 0.001 0.208 0.270 0.370 0.025 0.001 0.001 0.037 0.087 54 V 0.001 0.001 0.001 0.167 0.267 0.272 0.021 0.001 0.001 0.072 0.196 55 L 0.001 0.001 0.001 0.100 0.384 0.446 0.013 0.001 0.001 0.018 0.037 56 A 0.028 0.001 0.002 0.112 0.218 0.366 0.024 0.001 0.001 0.046 0.203 57 I 0.513 0.001 0.001 0.067 0.081 0.077 0.047 0.003 0.001 0.071 0.139 58 N 0.009 0.001 0.001 0.048 0.017 0.040 0.150 0.001 0.001 0.015 0.719 59 G 0.011 0.001 0.001 0.024 0.019 0.032 0.089 0.001 0.001 0.016 0.807 60 H 0.012 0.001 0.001 0.042 0.376 0.154 0.072 0.001 0.001 0.031 0.309 61 D 0.042 0.009 0.002 0.056 0.093 0.122 0.095 0.007 0.001 0.076 0.498 62 L 0.094 0.004 0.001 0.049 0.099 0.098 0.084 0.003 0.001 0.132 0.435 63 K 0.042 0.010 0.001 0.075 0.032 0.058 0.091 0.002 0.001 0.031 0.659 64 Y 0.002 0.002 0.001 0.028 0.027 0.043 0.129 0.001 0.001 0.041 0.728 65 G 0.001 0.036 0.001 0.045 0.029 0.030 0.140 0.001 0.001 0.054 0.663 66 T 0.023 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.011 67 P 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.002 68 E 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.004 69 L 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 70 A 0.002 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.001 71 A 0.008 0.848 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.007 72 Q 0.019 0.782 0.007 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.003 0.126 0.050 73 I 0.041 0.267 0.073 0.001 0.004 0.005 0.038 0.016 0.019 0.460 0.077 74 I 0.182 0.048 0.237 0.003 0.007 0.007 0.050 0.018 0.053 0.249 0.147 75 Q 0.131 0.008 0.007 0.001 0.005 0.007 0.084 0.001 0.003 0.047 0.706 76 A 0.056 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.064 0.001 0.001 0.021 0.848 77 S 0.090 0.002 0.004 0.004 0.003 0.005 0.144 0.001 0.001 0.038 0.710 78 G 0.020 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.095 0.001 0.001 0.017 0.858 79 E 0.007 0.001 0.001 0.033 0.031 0.035 0.140 0.001 0.001 0.032 0.721 80 R 0.002 0.001 0.001 0.135 0.045 0.100 0.121 0.001 0.001 0.092 0.503 81 V 0.001 0.001 0.001 0.395 0.163 0.207 0.040 0.001 0.001 0.048 0.146 82 N 0.001 0.001 0.001 0.554 0.102 0.193 0.016 0.001 0.001 0.023 0.111 83 L 0.001 0.001 0.001 0.218 0.364 0.286 0.018 0.001 0.001 0.012 0.102 84 T 0.001 0.001 0.001 0.243 0.331 0.346 0.010 0.001 0.001 0.017 0.052 85 I 0.001 0.001 0.001 0.176 0.306 0.331 0.033 0.001 0.001 0.017 0.136 86 A 0.020 0.001 0.001 0.150 0.210 0.188 0.059 0.001 0.001 0.033 0.336 87 R 0.229 0.001 0.001 0.055 0.081 0.064 0.087 0.003 0.001 0.051 0.428 88 P 0.004 0.001 0.001 0.006 0.012 0.019 0.115 0.001 0.001 0.014 0.829 89 G 0.007 0.001 0.001 0.008 0.014 0.021 0.081 0.001 0.001 0.010 0.858 90 K 0.178 0.008 0.001 0.005 0.017 0.013 0.067 0.004 0.001 0.024 0.682 91 P 0.085 0.017 0.001 0.010 0.023 0.025 0.104 0.007 0.001 0.035 0.692 92 E 0.081 0.013 0.002 0.006 0.011 0.022 0.053 0.002 0.001 0.028 0.780 93 I 0.062 0.010 0.001 0.017 0.045 0.065 0.089 0.001 0.001 0.025 0.685 94 E 0.025 0.011 0.001 0.010 0.020 0.041 0.086 0.001 0.001 0.027 0.777 95 L 0.039 0.011 0.002 0.019 0.061 0.086 0.122 0.002 0.001 0.042 0.615