# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.021 0.094 0.022 0.067 0.199 0.079 0.085 0.434 2 M 0.018 0.074 0.036 0.147 0.227 0.088 0.069 0.341 3 E 0.005 0.046 0.056 0.247 0.432 0.030 0.064 0.119 4 I 0.007 0.048 0.055 0.186 0.346 0.034 0.082 0.241 5 L 0.005 0.040 0.056 0.355 0.431 0.014 0.026 0.073 6 Q 0.006 0.017 0.060 0.242 0.491 0.018 0.055 0.110 7 V 0.010 0.009 0.042 0.409 0.339 0.025 0.046 0.119 8 A 0.014 0.006 0.060 0.294 0.431 0.030 0.034 0.131 9 L 0.018 0.004 0.037 0.201 0.348 0.050 0.036 0.306 10 H 0.051 0.003 0.038 0.120 0.160 0.074 0.067 0.487 11 K 0.066 0.003 0.018 0.052 0.075 0.077 0.052 0.658 12 R 0.129 0.002 0.007 0.015 0.020 0.082 0.032 0.712 13 D 0.168 0.003 0.006 0.015 0.017 0.086 0.046 0.660 14 S 0.029 0.003 0.009 0.016 0.033 0.116 0.021 0.773 15 G 0.028 0.003 0.014 0.029 0.051 0.125 0.043 0.706 16 E 0.008 0.005 0.050 0.205 0.214 0.102 0.047 0.370 17 Q 0.007 0.007 0.090 0.099 0.244 0.073 0.056 0.425 18 L 0.004 0.004 0.088 0.340 0.322 0.037 0.047 0.158 19 G 0.005 0.006 0.176 0.220 0.373 0.028 0.052 0.140 20 I 0.009 0.004 0.091 0.327 0.358 0.034 0.032 0.144 21 K 0.011 0.003 0.134 0.271 0.340 0.038 0.040 0.162 22 L 0.015 0.002 0.079 0.189 0.335 0.057 0.051 0.272 23 V 0.025 0.002 0.056 0.148 0.204 0.089 0.061 0.414 24 R 0.061 0.001 0.029 0.073 0.084 0.099 0.035 0.618 25 R 0.176 0.002 0.013 0.025 0.038 0.082 0.083 0.581 26 T 0.035 0.001 0.006 0.010 0.019 0.108 0.022 0.799 27 D 0.036 0.002 0.010 0.021 0.024 0.115 0.028 0.764 28 E 0.036 0.004 0.016 0.029 0.046 0.141 0.070 0.659 29 P 0.005 0.006 0.084 0.072 0.109 0.138 0.045 0.541 30 G 0.001 0.004 0.135 0.122 0.439 0.035 0.051 0.213 31 V 0.002 0.006 0.230 0.305 0.221 0.028 0.068 0.140 32 F 0.003 0.005 0.381 0.266 0.250 0.012 0.039 0.045 33 I 0.010 0.010 0.222 0.199 0.259 0.029 0.077 0.194 34 L 0.031 0.015 0.286 0.169 0.261 0.041 0.037 0.159 35 D 0.014 0.004 0.324 0.137 0.183 0.064 0.046 0.227 36 L 0.062 0.005 0.123 0.048 0.070 0.106 0.045 0.541 37 L 0.551 0.016 0.025 0.020 0.014 0.071 0.083 0.221 38 E 0.018 0.025 0.006 0.004 0.011 0.125 0.014 0.797 39 G 0.029 0.069 0.007 0.011 0.023 0.111 0.029 0.720 40 G 0.112 0.216 0.015 0.096 0.074 0.089 0.135 0.264 41 L 0.127 0.102 0.038 0.049 0.067 0.097 0.140 0.380 42 A 0.167 0.012 0.070 0.067 0.103 0.082 0.138 0.361 43 A 0.312 0.005 0.024 0.017 0.029 0.075 0.045 0.493 44 Q 0.196 0.004 0.007 0.009 0.016 0.092 0.031 0.645 45 D 0.016 0.003 0.005 0.005 0.015 0.106 0.011 0.839 46 G 0.018 0.005 0.029 0.055 0.105 0.096 0.033 0.659 47 R 0.011 0.002 0.056 0.183 0.109 0.105 0.056 0.478 48 L 0.024 0.002 0.096 0.067 0.088 0.105 0.025 0.593 49 S 0.324 0.011 0.041 0.039 0.062 0.101 0.070 0.351 50 S 0.055 0.025 0.037 0.022 0.045 0.151 0.060 0.604 51 N 0.013 0.014 0.029 0.041 0.152 0.119 0.075 0.557 52 D 0.012 0.015 0.049 0.208 0.258 0.109 0.054 0.295 53 R 0.003 0.004 0.063 0.255 0.539 0.022 0.036 0.077 54 V 0.010 0.004 0.051 0.190 0.335 0.033 0.159 0.217 55 L 0.003 0.001 0.079 0.463 0.387 0.009 0.021 0.039 56 A 0.015 0.001 0.086 0.192 0.339 0.039 0.032 0.297 57 I 0.488 0.001 0.031 0.123 0.078 0.058 0.038 0.184 58 N 0.010 0.001 0.050 0.067 0.205 0.086 0.018 0.564 59 G 0.012 0.001 0.016 0.030 0.114 0.095 0.024 0.707 60 H 0.003 0.001 0.036 0.583 0.106 0.048 0.016 0.209 61 D 0.035 0.006 0.106 0.063 0.107 0.101 0.061 0.522 62 L 0.185 0.002 0.032 0.066 0.106 0.095 0.073 0.440 63 K 0.019 0.001 0.085 0.059 0.125 0.067 0.017 0.626 64 Y 0.007 0.002 0.026 0.026 0.047 0.131 0.020 0.741 65 G 0.002 0.017 0.027 0.026 0.024 0.152 0.021 0.731 66 T 0.030 0.859 0.001 0.001 0.001 0.009 0.072 0.028 67 P 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 68 E 0.004 0.895 0.001 0.001 0.001 0.003 0.083 0.014 69 L 0.002 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.004 70 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 71 A 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 72 Q 0.008 0.942 0.002 0.001 0.001 0.002 0.035 0.010 73 I 0.037 0.245 0.068 0.006 0.005 0.012 0.601 0.028 74 I 0.149 0.043 0.125 0.009 0.006 0.035 0.557 0.076 75 Q 0.208 0.005 0.008 0.004 0.005 0.077 0.021 0.671 76 A 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.005 0.918 77 S 0.044 0.001 0.006 0.001 0.002 0.203 0.035 0.706 78 G 0.027 0.001 0.006 0.001 0.002 0.170 0.018 0.775 79 E 0.007 0.002 0.051 0.017 0.023 0.126 0.029 0.747 80 R 0.002 0.001 0.341 0.023 0.071 0.087 0.076 0.398 81 V 0.001 0.001 0.524 0.091 0.145 0.036 0.067 0.136 82 N 0.001 0.001 0.580 0.113 0.183 0.013 0.043 0.066 83 L 0.001 0.001 0.432 0.291 0.204 0.008 0.021 0.043 84 T 0.002 0.001 0.512 0.190 0.186 0.015 0.036 0.059 85 I 0.004 0.001 0.291 0.248 0.280 0.040 0.019 0.116 86 A 0.018 0.001 0.169 0.180 0.257 0.061 0.026 0.286 87 R 0.149 0.004 0.046 0.100 0.133 0.090 0.068 0.410 88 P 0.016 0.003 0.020 0.029 0.049 0.117 0.020 0.746 89 G 0.017 0.007 0.015 0.020 0.033 0.087 0.020 0.800 90 K 0.186 0.061 0.011 0.024 0.023 0.084 0.108 0.502 91 P 0.114 0.074 0.009 0.015 0.018 0.093 0.048 0.628 92 E 0.168 0.051 0.010 0.012 0.020 0.076 0.047 0.616 93 I 0.133 0.035 0.019 0.038 0.041 0.106 0.045 0.584 94 E 0.041 0.010 0.023 0.020 0.040 0.126 0.046 0.694 95 L 0.064 0.011 0.024 0.022 0.029 0.134 0.078 0.639