# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.210 0.131 0.072 0.126 0.106 0.077 0.109 0.075 0.051 0.027 0.017 2 M 0.238 0.087 0.063 0.102 0.092 0.077 0.122 0.085 0.068 0.041 0.026 3 E 0.126 0.125 0.113 0.186 0.133 0.088 0.102 0.061 0.038 0.019 0.010 4 I 0.031 0.032 0.050 0.096 0.121 0.097 0.165 0.173 0.116 0.077 0.042 5 L 0.020 0.033 0.064 0.101 0.113 0.113 0.178 0.156 0.111 0.078 0.033 6 Q 0.024 0.056 0.159 0.198 0.152 0.110 0.119 0.079 0.055 0.034 0.014 7 V 0.023 0.020 0.057 0.070 0.088 0.128 0.212 0.153 0.123 0.088 0.038 8 A 0.063 0.085 0.166 0.203 0.138 0.097 0.113 0.059 0.041 0.025 0.009 9 L 0.018 0.012 0.041 0.040 0.055 0.094 0.202 0.151 0.168 0.146 0.074 10 H 0.057 0.120 0.194 0.196 0.132 0.100 0.095 0.046 0.032 0.021 0.008 11 K 0.078 0.149 0.147 0.155 0.116 0.097 0.122 0.063 0.038 0.023 0.011 12 R 0.343 0.177 0.092 0.141 0.086 0.052 0.051 0.030 0.014 0.009 0.005 13 D 0.452 0.261 0.067 0.096 0.042 0.027 0.025 0.015 0.008 0.006 0.003 14 S 0.197 0.201 0.052 0.158 0.121 0.092 0.079 0.051 0.025 0.016 0.009 15 G 0.381 0.183 0.039 0.090 0.076 0.063 0.060 0.046 0.028 0.021 0.012 16 E 0.114 0.084 0.046 0.127 0.123 0.133 0.165 0.103 0.059 0.031 0.014 17 Q 0.099 0.108 0.061 0.199 0.151 0.126 0.117 0.064 0.040 0.024 0.013 18 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.021 0.047 0.080 0.234 0.266 0.331 19 G 0.026 0.081 0.046 0.230 0.250 0.112 0.102 0.071 0.043 0.023 0.016 20 I 0.002 0.002 0.005 0.007 0.014 0.019 0.044 0.085 0.197 0.263 0.362 21 K 0.041 0.069 0.055 0.212 0.228 0.147 0.115 0.064 0.036 0.021 0.011 22 L 0.016 0.017 0.018 0.047 0.054 0.078 0.145 0.154 0.194 0.168 0.108 23 V 0.044 0.036 0.025 0.087 0.101 0.119 0.162 0.123 0.126 0.102 0.076 24 R 0.151 0.130 0.075 0.155 0.110 0.093 0.125 0.064 0.051 0.033 0.015 25 R 0.166 0.191 0.072 0.171 0.109 0.094 0.083 0.045 0.033 0.023 0.013 26 T 0.292 0.216 0.040 0.117 0.083 0.061 0.070 0.046 0.033 0.025 0.017 27 D 0.524 0.185 0.027 0.089 0.055 0.034 0.034 0.024 0.013 0.009 0.006 28 E 0.224 0.167 0.040 0.141 0.111 0.094 0.079 0.057 0.040 0.029 0.017 29 P 0.098 0.103 0.030 0.115 0.119 0.126 0.153 0.109 0.076 0.046 0.025 30 G 0.057 0.058 0.030 0.115 0.128 0.144 0.168 0.110 0.091 0.061 0.039 31 V 0.014 0.013 0.017 0.034 0.045 0.085 0.121 0.123 0.197 0.200 0.152 32 F 0.006 0.018 0.014 0.071 0.115 0.148 0.188 0.144 0.141 0.097 0.058 33 I 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.016 0.039 0.080 0.197 0.280 0.361 34 L 0.017 0.019 0.030 0.100 0.160 0.164 0.197 0.130 0.093 0.061 0.030 35 D 0.072 0.121 0.140 0.287 0.154 0.084 0.068 0.035 0.021 0.011 0.006 36 L 0.005 0.006 0.006 0.014 0.023 0.041 0.085 0.106 0.188 0.222 0.305 37 L 0.031 0.067 0.023 0.088 0.112 0.129 0.183 0.126 0.108 0.087 0.045 38 E 0.225 0.240 0.137 0.196 0.090 0.045 0.031 0.017 0.011 0.006 0.003 39 G 0.329 0.090 0.042 0.115 0.097 0.092 0.106 0.059 0.034 0.022 0.015 40 G 0.088 0.073 0.028 0.088 0.081 0.095 0.146 0.123 0.124 0.093 0.061 41 L 0.028 0.040 0.026 0.088 0.113 0.136 0.156 0.128 0.126 0.090 0.068 42 A 0.009 0.008 0.016 0.034 0.056 0.081 0.136 0.145 0.187 0.162 0.165 43 A 0.036 0.041 0.068 0.132 0.156 0.113 0.157 0.115 0.085 0.061 0.036 44 Q 0.018 0.062 0.065 0.128 0.120 0.149 0.180 0.104 0.085 0.060 0.029 45 D 0.073 0.089 0.053 0.162 0.158 0.125 0.127 0.086 0.060 0.040 0.026 46 G 0.582 0.098 0.042 0.078 0.049 0.034 0.050 0.033 0.019 0.011 0.005 47 R 0.151 0.183 0.084 0.238 0.130 0.083 0.065 0.030 0.020 0.010 0.006 48 L 0.007 0.006 0.006 0.010 0.017 0.030 0.071 0.093 0.197 0.233 0.329 49 S 0.066 0.243 0.119 0.220 0.172 0.083 0.049 0.024 0.013 0.008 0.004 50 S 0.143 0.152 0.109 0.176 0.135 0.089 0.087 0.056 0.029 0.016 0.009 51 N 0.418 0.108 0.037 0.113 0.077 0.060 0.074 0.047 0.033 0.021 0.011 52 D 0.020 0.018 0.015 0.050 0.052 0.092 0.160 0.153 0.195 0.157 0.089 53 R 0.021 0.091 0.079 0.210 0.200 0.164 0.120 0.059 0.031 0.016 0.008 54 V 0.004 0.005 0.014 0.018 0.030 0.031 0.070 0.119 0.202 0.234 0.272 55 L 0.003 0.004 0.008 0.019 0.036 0.092 0.170 0.156 0.207 0.196 0.110 56 A 0.020 0.049 0.084 0.222 0.185 0.113 0.131 0.080 0.062 0.035 0.018 57 I 0.005 0.006 0.012 0.015 0.026 0.052 0.094 0.115 0.190 0.248 0.238 58 N 0.023 0.057 0.035 0.114 0.132 0.134 0.187 0.121 0.099 0.064 0.033 59 G 0.311 0.137 0.058 0.119 0.080 0.072 0.086 0.053 0.042 0.027 0.015 60 H 0.214 0.086 0.051 0.120 0.107 0.112 0.129 0.076 0.054 0.030 0.022 61 D 0.208 0.243 0.061 0.197 0.105 0.057 0.061 0.034 0.019 0.010 0.006 62 L 0.008 0.008 0.006 0.012 0.020 0.031 0.065 0.095 0.189 0.227 0.339 63 K 0.148 0.254 0.108 0.217 0.147 0.056 0.035 0.019 0.009 0.005 0.003 64 Y 0.187 0.101 0.081 0.171 0.126 0.099 0.102 0.062 0.037 0.024 0.012 65 G 0.185 0.094 0.033 0.096 0.099 0.109 0.130 0.092 0.072 0.053 0.037 66 T 0.079 0.328 0.044 0.127 0.092 0.074 0.099 0.066 0.046 0.031 0.013 67 P 0.088 0.071 0.041 0.126 0.157 0.165 0.167 0.088 0.055 0.028 0.014 68 E 0.825 0.063 0.049 0.040 0.013 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 69 L 0.021 0.056 0.048 0.203 0.189 0.181 0.183 0.068 0.031 0.014 0.006 70 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.009 0.031 0.076 0.208 0.267 0.396 71 A 0.003 0.004 0.032 0.066 0.168 0.235 0.284 0.117 0.052 0.029 0.009 72 Q 0.002 0.019 0.787 0.142 0.034 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.008 0.017 0.043 0.113 0.269 0.195 0.162 0.119 0.072 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.049 0.209 0.339 0.368 75 Q 0.009 0.022 0.319 0.206 0.220 0.102 0.074 0.028 0.012 0.006 0.002 76 A 0.017 0.057 0.477 0.166 0.112 0.080 0.057 0.020 0.008 0.005 0.002 77 S 0.012 0.034 0.020 0.028 0.040 0.090 0.224 0.163 0.170 0.129 0.091 78 G 0.616 0.144 0.024 0.062 0.043 0.028 0.037 0.022 0.012 0.007 0.003 79 E 0.415 0.196 0.158 0.146 0.045 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 80 R 0.129 0.160 0.087 0.197 0.162 0.106 0.088 0.040 0.017 0.009 0.005 81 V 0.015 0.016 0.010 0.020 0.033 0.071 0.160 0.182 0.203 0.172 0.118 82 N 0.045 0.140 0.145 0.307 0.187 0.090 0.045 0.023 0.010 0.005 0.003 83 L 0.004 0.003 0.011 0.011 0.017 0.035 0.085 0.126 0.221 0.258 0.230 84 T 0.034 0.095 0.067 0.261 0.228 0.115 0.093 0.052 0.030 0.014 0.009 85 I 0.010 0.005 0.010 0.015 0.026 0.029 0.082 0.136 0.208 0.212 0.267 86 A 0.050 0.066 0.077 0.185 0.199 0.128 0.120 0.076 0.047 0.033 0.019 87 R 0.036 0.068 0.047 0.097 0.094 0.118 0.199 0.122 0.113 0.071 0.035 88 P 0.326 0.236 0.065 0.150 0.085 0.046 0.042 0.023 0.014 0.008 0.005 89 G 0.491 0.190 0.041 0.087 0.049 0.038 0.049 0.024 0.016 0.009 0.005 90 K 0.401 0.359 0.047 0.107 0.042 0.018 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 91 P 0.295 0.186 0.032 0.096 0.082 0.078 0.090 0.060 0.041 0.026 0.015 92 E 0.513 0.225 0.050 0.102 0.048 0.025 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 93 I 0.159 0.098 0.068 0.142 0.115 0.125 0.133 0.080 0.045 0.024 0.011 94 E 0.136 0.193 0.095 0.208 0.134 0.086 0.074 0.041 0.019 0.009 0.004 95 L 0.041 0.031 0.029 0.058 0.078 0.096 0.188 0.173 0.143 0.099 0.063