# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.072 0.017 0.008 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.020 0.110 0.677 2 M 0.100 0.017 0.018 0.006 0.006 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.023 0.100 0.558 3 E 0.053 0.006 0.008 0.001 0.008 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.008 0.148 0.505 4 I 0.024 0.003 0.008 0.001 0.007 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.004 0.107 0.596 5 L 0.006 0.003 0.001 0.002 0.011 0.011 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.812 0.002 0.022 0.111 6 Q 0.006 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.627 0.001 0.067 0.267 7 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.851 0.001 0.022 0.109 8 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.004 0.824 0.001 0.036 0.109 9 L 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.029 0.069 0.078 0.025 0.468 0.003 0.044 0.260 10 H 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.021 0.057 0.031 0.009 0.621 0.003 0.046 0.187 11 K 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.129 0.012 0.080 0.041 0.009 0.005 0.146 0.007 0.066 0.437 12 R 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.041 0.024 0.006 0.011 0.006 0.003 0.001 0.093 0.008 0.070 0.685 13 D 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.040 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 0.009 0.199 0.590 14 S 0.131 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.052 0.169 0.545 15 G 0.111 0.024 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.037 0.200 0.565 16 E 0.099 0.008 0.041 0.003 0.019 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.034 0.196 0.517 17 Q 0.075 0.004 0.017 0.005 0.026 0.031 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.013 0.154 0.444 18 L 0.031 0.003 0.007 0.005 0.082 0.086 0.077 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.448 0.004 0.062 0.181 19 G 0.012 0.002 0.002 0.001 0.019 0.042 0.048 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.684 0.002 0.045 0.119 20 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.819 0.001 0.029 0.116 21 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.006 0.905 0.001 0.017 0.044 22 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.010 0.012 0.597 0.002 0.044 0.304 23 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.059 0.083 0.098 0.026 0.499 0.002 0.046 0.160 24 R 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 0.005 0.015 0.017 0.018 0.007 0.316 0.003 0.141 0.449 25 R 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.042 0.118 0.012 0.047 0.023 0.003 0.003 0.117 0.006 0.121 0.431 26 T 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.027 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.120 0.006 0.141 0.627 27 D 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.012 0.227 0.614 28 E 0.205 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.197 0.513 29 P 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.050 0.919 30 G 0.067 0.003 0.016 0.001 0.030 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.016 0.199 0.549 31 V 0.083 0.003 0.008 0.005 0.012 0.018 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.549 0.004 0.105 0.177 32 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.046 0.052 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.736 0.001 0.034 0.076 33 I 0.004 0.007 0.001 0.001 0.008 0.013 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.697 0.001 0.045 0.176 34 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.003 0.002 0.915 0.001 0.016 0.039 35 D 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.078 0.022 0.013 0.008 0.490 0.005 0.081 0.263 36 L 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.681 0.005 0.048 0.219 37 L 0.018 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.014 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.352 0.004 0.215 0.292 38 E 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.002 0.076 0.844 39 G 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.013 0.305 0.537 40 G 0.401 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.042 0.137 0.359 41 L 0.042 0.058 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.051 0.003 0.098 0.734 42 A 0.062 0.063 0.009 0.001 0.075 0.018 0.018 0.004 0.001 0.004 0.016 0.001 0.047 0.006 0.001 0.002 0.152 0.013 0.086 0.420 43 A 0.108 0.116 0.003 0.001 0.002 0.017 0.007 0.005 0.015 0.032 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.159 0.011 0.121 0.395 44 Q 0.153 0.172 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.018 0.091 0.377 45 D 0.157 0.306 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.090 0.036 0.035 0.353 46 G 0.357 0.049 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.089 0.107 0.070 0.303 47 R 0.190 0.010 0.125 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.006 0.002 0.061 0.036 0.165 0.376 48 L 0.021 0.009 0.016 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.456 0.004 0.050 0.389 49 S 0.009 0.009 0.003 0.001 0.051 0.082 0.018 0.002 0.036 0.060 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.080 0.003 0.273 0.348 50 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.001 0.044 0.756 51 N 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.003 0.396 0.346 52 D 0.534 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.040 0.147 0.150 53 R 0.212 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.423 0.006 0.182 0.141 54 V 0.007 0.007 0.003 0.001 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.806 0.002 0.049 0.093 55 L 0.004 0.008 0.001 0.001 0.020 0.023 0.011 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.227 0.128 0.030 0.009 0.443 0.002 0.018 0.061 56 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.004 0.002 0.010 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.003 0.826 0.001 0.021 0.094 57 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.576 0.035 0.023 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.234 0.001 0.014 0.092 58 N 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.557 0.003 0.093 0.315 59 G 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.266 0.025 0.244 0.437 60 H 0.365 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.076 0.222 0.254 61 D 0.010 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.104 0.838 62 L 0.019 0.005 0.011 0.002 0.500 0.028 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.007 0.061 0.232 63 K 0.050 0.013 0.002 0.001 0.006 0.078 0.037 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.004 0.261 0.414 64 Y 0.122 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.021 0.103 0.596 65 G 0.260 0.030 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.020 0.190 0.411 66 T 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.582 0.355 67 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 0.965 68 E 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.441 0.547 69 L 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.053 70 A 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 71 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 72 Q 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 73 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 74 I 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 76 A 0.046 0.885 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.012 77 S 0.125 0.750 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.001 0.032 78 G 0.259 0.210 0.078 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.173 0.013 0.252 79 E 0.051 0.017 0.473 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.025 0.088 0.307 80 R 0.067 0.003 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.008 0.096 0.641 81 V 0.026 0.003 0.002 0.003 0.036 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.519 0.002 0.043 0.348 82 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.033 0.017 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.707 0.001 0.042 0.136 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.001 0.015 0.059 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.965 0.001 0.006 0.020 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.017 0.008 0.826 0.001 0.014 0.095 86 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.001 0.008 0.035 87 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.014 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.491 0.001 0.086 0.355 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.978 89 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.002 0.159 0.684 90 K 0.284 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.024 0.083 0.565 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 92 E 0.012 0.002 0.004 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.044 0.877 93 I 0.179 0.009 0.001 0.001 0.004 0.016 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.006 0.052 0.626 94 E 0.127 0.021 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.005 0.101 0.663 95 L 0.115 0.071 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.197 0.008 0.087 0.493