# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.026 0.004 0.001 0.012 0.021 0.047 0.118 0.001 0.001 0.007 0.764 2 M 0.035 0.003 0.005 0.013 0.021 0.033 0.027 0.001 0.001 0.007 0.856 3 E 0.019 0.004 0.002 0.015 0.056 0.066 0.500 0.001 0.001 0.006 0.331 4 I 0.038 0.005 0.002 0.023 0.061 0.113 0.155 0.001 0.001 0.006 0.595 5 L 0.018 0.016 0.001 0.025 0.380 0.459 0.015 0.001 0.001 0.001 0.086 6 Q 0.006 0.042 0.001 0.025 0.440 0.307 0.026 0.001 0.001 0.001 0.150 7 V 0.009 0.020 0.001 0.024 0.494 0.374 0.005 0.001 0.001 0.001 0.074 8 A 0.005 0.026 0.001 0.017 0.397 0.509 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 9 L 0.009 0.029 0.001 0.010 0.521 0.377 0.004 0.001 0.001 0.001 0.050 10 H 0.012 0.023 0.001 0.016 0.328 0.525 0.009 0.001 0.001 0.001 0.084 11 K 0.017 0.023 0.002 0.013 0.161 0.296 0.034 0.005 0.001 0.003 0.446 12 R 0.031 0.019 0.003 0.014 0.127 0.212 0.058 0.005 0.001 0.007 0.525 13 D 0.085 0.010 0.007 0.009 0.037 0.050 0.128 0.004 0.001 0.021 0.649 14 S 0.089 0.011 0.015 0.009 0.021 0.029 0.193 0.002 0.001 0.026 0.603 15 G 0.179 0.008 0.011 0.015 0.033 0.035 0.178 0.002 0.001 0.054 0.486 16 E 0.223 0.007 0.036 0.024 0.054 0.053 0.263 0.001 0.001 0.037 0.302 17 Q 0.032 0.007 0.005 0.065 0.109 0.194 0.208 0.002 0.001 0.014 0.364 18 L 0.016 0.003 0.003 0.048 0.332 0.470 0.030 0.001 0.001 0.003 0.095 19 G 0.003 0.003 0.001 0.093 0.299 0.486 0.024 0.001 0.001 0.002 0.089 20 I 0.005 0.002 0.001 0.055 0.369 0.431 0.012 0.001 0.001 0.001 0.125 21 K 0.002 0.003 0.001 0.116 0.298 0.500 0.015 0.001 0.001 0.001 0.064 22 L 0.005 0.002 0.001 0.066 0.296 0.451 0.022 0.001 0.001 0.001 0.156 23 V 0.008 0.003 0.001 0.074 0.261 0.487 0.022 0.001 0.001 0.001 0.144 24 R 0.011 0.005 0.001 0.048 0.229 0.372 0.073 0.001 0.001 0.004 0.257 25 R 0.016 0.008 0.001 0.036 0.141 0.204 0.125 0.001 0.001 0.009 0.459 26 T 0.065 0.008 0.003 0.025 0.063 0.119 0.116 0.002 0.001 0.020 0.578 27 D 0.125 0.005 0.007 0.013 0.020 0.025 0.126 0.002 0.001 0.032 0.644 28 E 0.124 0.003 0.012 0.010 0.016 0.013 0.280 0.001 0.001 0.020 0.521 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 30 G 0.013 0.001 0.001 0.053 0.091 0.206 0.101 0.001 0.001 0.007 0.527 31 V 0.076 0.002 0.005 0.150 0.216 0.205 0.084 0.001 0.001 0.005 0.258 32 F 0.006 0.003 0.001 0.294 0.178 0.238 0.063 0.001 0.001 0.002 0.214 33 I 0.006 0.003 0.001 0.312 0.158 0.297 0.037 0.001 0.001 0.002 0.185 34 L 0.002 0.004 0.001 0.476 0.142 0.261 0.026 0.001 0.001 0.001 0.088 35 D 0.006 0.005 0.001 0.176 0.140 0.195 0.081 0.001 0.001 0.002 0.395 36 L 0.021 0.006 0.001 0.265 0.123 0.253 0.054 0.001 0.001 0.003 0.274 37 L 0.022 0.021 0.002 0.096 0.105 0.201 0.171 0.002 0.001 0.010 0.370 38 E 0.013 0.008 0.002 0.026 0.009 0.032 0.050 0.001 0.001 0.002 0.857 39 G 0.083 0.023 0.005 0.034 0.024 0.063 0.085 0.006 0.001 0.029 0.648 40 G 0.664 0.009 0.046 0.012 0.009 0.010 0.050 0.001 0.001 0.021 0.177 41 L 0.019 0.029 0.017 0.018 0.016 0.019 0.127 0.001 0.001 0.003 0.751 42 A 0.039 0.051 0.007 0.069 0.086 0.260 0.113 0.002 0.001 0.009 0.364 43 A 0.092 0.161 0.001 0.032 0.026 0.079 0.196 0.009 0.001 0.003 0.401 44 Q 0.217 0.340 0.001 0.019 0.017 0.039 0.092 0.024 0.001 0.004 0.247 45 D 0.233 0.313 0.006 0.019 0.015 0.031 0.036 0.033 0.001 0.010 0.303 46 G 0.306 0.094 0.043 0.036 0.039 0.034 0.063 0.029 0.001 0.021 0.337 47 R 0.209 0.026 0.263 0.031 0.032 0.037 0.195 0.005 0.001 0.015 0.186 48 L 0.026 0.019 0.032 0.128 0.085 0.169 0.195 0.002 0.001 0.009 0.334 49 S 0.021 0.012 0.002 0.074 0.197 0.197 0.215 0.002 0.001 0.015 0.265 50 S 0.017 0.018 0.003 0.059 0.016 0.042 0.067 0.001 0.001 0.004 0.773 51 N 0.014 0.007 0.001 0.059 0.066 0.068 0.304 0.002 0.001 0.008 0.471 52 D 0.384 0.002 0.010 0.039 0.041 0.028 0.138 0.001 0.001 0.144 0.214 53 R 0.083 0.009 0.022 0.145 0.106 0.129 0.288 0.001 0.001 0.012 0.205 54 V 0.005 0.002 0.002 0.061 0.273 0.559 0.030 0.001 0.001 0.004 0.063 55 L 0.001 0.001 0.001 0.031 0.448 0.500 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 56 A 0.002 0.002 0.001 0.024 0.352 0.526 0.005 0.001 0.001 0.001 0.089 57 I 0.006 0.001 0.001 0.032 0.348 0.555 0.005 0.001 0.001 0.001 0.053 58 N 0.002 0.005 0.001 0.048 0.324 0.448 0.020 0.001 0.001 0.004 0.149 59 G 0.024 0.002 0.005 0.042 0.191 0.301 0.031 0.002 0.001 0.019 0.384 60 H 0.293 0.002 0.065 0.064 0.049 0.081 0.237 0.001 0.001 0.022 0.187 61 D 0.004 0.001 0.001 0.013 0.025 0.039 0.105 0.001 0.001 0.005 0.808 62 L 0.019 0.003 0.005 0.047 0.115 0.311 0.054 0.001 0.001 0.014 0.431 63 K 0.012 0.005 0.001 0.054 0.032 0.061 0.432 0.001 0.001 0.002 0.400 64 Y 0.191 0.007 0.001 0.053 0.024 0.051 0.086 0.001 0.001 0.009 0.577 65 G 0.159 0.023 0.006 0.060 0.021 0.039 0.144 0.002 0.001 0.009 0.537 66 T 0.019 0.008 0.004 0.006 0.007 0.008 0.537 0.001 0.001 0.002 0.408 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.995 68 E 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 0.001 0.001 0.001 0.444 69 L 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.001 0.001 0.001 0.117 70 A 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 71 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 72 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 73 I 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.008 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 76 A 0.040 0.856 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 0.021 77 S 0.256 0.434 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.234 0.001 0.001 0.060 78 G 0.221 0.103 0.215 0.005 0.004 0.003 0.019 0.057 0.001 0.004 0.369 79 E 0.055 0.016 0.180 0.014 0.009 0.006 0.209 0.010 0.001 0.007 0.494 80 R 0.173 0.007 0.018 0.052 0.024 0.034 0.110 0.005 0.001 0.018 0.558 81 V 0.037 0.008 0.010 0.136 0.230 0.255 0.058 0.001 0.001 0.007 0.258 82 N 0.005 0.002 0.002 0.180 0.325 0.332 0.026 0.001 0.001 0.003 0.126 83 L 0.005 0.001 0.001 0.138 0.353 0.420 0.011 0.001 0.001 0.001 0.072 84 T 0.001 0.001 0.001 0.237 0.353 0.365 0.010 0.001 0.001 0.001 0.032 85 I 0.003 0.001 0.001 0.087 0.388 0.442 0.005 0.001 0.001 0.001 0.075 86 A 0.003 0.001 0.001 0.167 0.244 0.514 0.006 0.001 0.001 0.001 0.064 87 R 0.002 0.001 0.001 0.053 0.324 0.352 0.036 0.001 0.001 0.001 0.232 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 89 G 0.003 0.001 0.001 0.010 0.020 0.094 0.045 0.001 0.001 0.004 0.824 90 K 0.180 0.001 0.002 0.008 0.010 0.021 0.091 0.001 0.001 0.008 0.679 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 92 E 0.018 0.002 0.001 0.017 0.029 0.095 0.088 0.001 0.001 0.005 0.745 93 I 0.137 0.008 0.001 0.025 0.039 0.048 0.060 0.001 0.001 0.003 0.678 94 E 0.118 0.033 0.002 0.041 0.059 0.100 0.095 0.001 0.001 0.005 0.547 95 L 0.102 0.066 0.006 0.067 0.104 0.160 0.101 0.001 0.001 0.005 0.389