# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.132 0.015 0.026 0.030 0.042 0.104 0.019 0.631 2 M 0.080 0.018 0.054 0.063 0.117 0.058 0.009 0.601 3 E 0.026 0.007 0.038 0.122 0.101 0.234 0.005 0.466 4 I 0.025 0.010 0.058 0.117 0.178 0.105 0.005 0.503 5 L 0.015 0.013 0.076 0.339 0.460 0.017 0.002 0.077 6 Q 0.009 0.017 0.102 0.246 0.445 0.027 0.002 0.151 7 V 0.004 0.012 0.071 0.371 0.458 0.007 0.002 0.074 8 A 0.003 0.005 0.047 0.318 0.581 0.005 0.001 0.041 9 L 0.006 0.011 0.022 0.413 0.392 0.013 0.004 0.138 10 H 0.007 0.006 0.043 0.269 0.516 0.022 0.003 0.134 11 K 0.012 0.008 0.016 0.171 0.265 0.045 0.006 0.479 12 R 0.017 0.007 0.024 0.084 0.239 0.057 0.006 0.565 13 D 0.029 0.008 0.016 0.052 0.086 0.189 0.012 0.607 14 S 0.124 0.006 0.013 0.026 0.038 0.164 0.033 0.597 15 G 0.186 0.007 0.024 0.025 0.035 0.215 0.035 0.473 16 E 0.226 0.005 0.056 0.100 0.070 0.231 0.024 0.289 17 Q 0.039 0.003 0.061 0.061 0.087 0.215 0.005 0.528 18 L 0.010 0.001 0.093 0.261 0.398 0.032 0.001 0.204 19 G 0.003 0.001 0.140 0.273 0.484 0.026 0.001 0.073 20 I 0.003 0.001 0.096 0.315 0.351 0.029 0.001 0.204 21 K 0.001 0.001 0.146 0.274 0.517 0.012 0.001 0.049 22 L 0.005 0.002 0.083 0.248 0.339 0.041 0.003 0.279 23 V 0.009 0.003 0.125 0.186 0.379 0.056 0.004 0.238 24 R 0.011 0.005 0.071 0.162 0.248 0.091 0.005 0.406 25 R 0.029 0.009 0.030 0.086 0.153 0.148 0.010 0.536 26 T 0.063 0.008 0.024 0.047 0.108 0.134 0.013 0.603 27 D 0.057 0.006 0.017 0.023 0.041 0.141 0.019 0.696 28 E 0.171 0.006 0.026 0.049 0.048 0.158 0.013 0.531 29 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.988 30 G 0.033 0.003 0.032 0.065 0.140 0.158 0.004 0.566 31 V 0.092 0.004 0.118 0.183 0.225 0.052 0.005 0.322 32 F 0.010 0.002 0.185 0.297 0.379 0.023 0.002 0.103 33 I 0.007 0.003 0.194 0.228 0.312 0.026 0.001 0.229 34 L 0.002 0.002 0.282 0.255 0.399 0.012 0.001 0.048 35 D 0.006 0.008 0.105 0.184 0.232 0.057 0.005 0.404 36 L 0.017 0.008 0.294 0.116 0.260 0.046 0.005 0.254 37 L 0.012 0.014 0.119 0.222 0.236 0.144 0.006 0.247 38 E 0.014 0.010 0.033 0.027 0.084 0.058 0.006 0.768 39 G 0.039 0.015 0.044 0.032 0.120 0.161 0.018 0.571 40 G 0.307 0.012 0.047 0.032 0.059 0.146 0.029 0.367 41 L 0.049 0.019 0.017 0.036 0.038 0.106 0.006 0.731 42 A 0.022 0.010 0.040 0.178 0.284 0.093 0.004 0.369 43 A 0.037 0.037 0.036 0.205 0.189 0.186 0.005 0.305 44 Q 0.079 0.084 0.044 0.128 0.207 0.057 0.012 0.389 45 D 0.104 0.127 0.038 0.056 0.131 0.088 0.033 0.423 46 G 0.492 0.015 0.029 0.035 0.039 0.043 0.109 0.238 47 R 0.179 0.010 0.107 0.135 0.097 0.161 0.028 0.282 48 L 0.010 0.002 0.137 0.204 0.175 0.099 0.003 0.369 49 S 0.005 0.002 0.067 0.196 0.403 0.115 0.002 0.212 50 S 0.008 0.003 0.051 0.037 0.112 0.079 0.003 0.707 51 N 0.019 0.003 0.051 0.054 0.098 0.362 0.010 0.404 52 D 0.253 0.004 0.077 0.099 0.095 0.131 0.045 0.295 53 R 0.068 0.020 0.187 0.245 0.195 0.111 0.009 0.166 54 V 0.011 0.011 0.108 0.267 0.373 0.070 0.002 0.158 55 L 0.004 0.005 0.126 0.282 0.534 0.007 0.001 0.042 56 A 0.005 0.005 0.156 0.282 0.437 0.014 0.002 0.098 57 I 0.008 0.006 0.146 0.304 0.397 0.025 0.003 0.110 58 N 0.005 0.009 0.143 0.190 0.365 0.064 0.006 0.218 59 G 0.020 0.004 0.083 0.060 0.219 0.043 0.015 0.555 60 H 0.071 0.006 0.171 0.105 0.113 0.254 0.013 0.268 61 D 0.008 0.002 0.036 0.015 0.020 0.155 0.002 0.760 62 L 0.025 0.007 0.085 0.059 0.288 0.057 0.003 0.476 63 K 0.015 0.008 0.079 0.033 0.055 0.443 0.007 0.360 64 Y 0.339 0.006 0.042 0.014 0.021 0.058 0.067 0.454 65 G 0.426 0.024 0.113 0.016 0.020 0.152 0.020 0.230 66 T 0.025 0.010 0.021 0.009 0.010 0.465 0.003 0.457 67 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.982 68 E 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.485 0.001 0.502 69 L 0.030 0.037 0.003 0.001 0.002 0.807 0.002 0.120 70 A 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.033 71 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 73 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.008 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 76 A 0.041 0.892 0.005 0.001 0.001 0.001 0.048 0.012 77 S 0.280 0.490 0.016 0.003 0.003 0.004 0.155 0.048 78 G 0.119 0.137 0.111 0.014 0.005 0.033 0.088 0.492 79 E 0.063 0.019 0.236 0.042 0.014 0.119 0.027 0.481 80 R 0.098 0.006 0.102 0.032 0.026 0.110 0.011 0.615 81 V 0.027 0.003 0.174 0.315 0.220 0.033 0.004 0.224 82 N 0.004 0.001 0.334 0.214 0.289 0.034 0.001 0.124 83 L 0.003 0.001 0.210 0.279 0.294 0.019 0.001 0.194 84 T 0.001 0.001 0.282 0.317 0.368 0.007 0.001 0.025 85 I 0.001 0.001 0.182 0.335 0.300 0.016 0.001 0.165 86 A 0.001 0.001 0.292 0.178 0.443 0.015 0.001 0.070 87 R 0.004 0.001 0.130 0.202 0.255 0.076 0.002 0.331 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 89 G 0.005 0.001 0.032 0.022 0.077 0.113 0.003 0.747 90 K 0.129 0.002 0.024 0.016 0.030 0.072 0.005 0.722 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 92 E 0.021 0.002 0.009 0.013 0.036 0.095 0.002 0.822 93 I 0.211 0.015 0.017 0.015 0.024 0.098 0.006 0.614 94 E 0.163 0.053 0.014 0.023 0.037 0.099 0.008 0.605 95 L 0.211 0.119 0.029 0.030 0.074 0.075 0.010 0.453