# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.088 0.206 0.135 0.248 0.145 0.029 0.094 0.020 0.023 0.011 0.001 2 M 0.043 0.358 0.189 0.052 0.224 0.019 0.052 0.026 0.023 0.013 0.001 3 E 0.019 0.631 0.254 0.013 0.040 0.025 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 4 I 0.012 0.695 0.219 0.007 0.031 0.029 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 5 L 0.006 0.850 0.073 0.003 0.052 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 6 Q 0.006 0.801 0.096 0.003 0.065 0.024 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 7 V 0.006 0.880 0.051 0.002 0.042 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 8 A 0.017 0.629 0.236 0.005 0.031 0.067 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 9 L 0.044 0.586 0.204 0.018 0.060 0.044 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 10 H 0.062 0.550 0.191 0.031 0.083 0.028 0.010 0.001 0.043 0.001 0.001 11 K 0.091 0.344 0.319 0.066 0.065 0.053 0.020 0.001 0.034 0.003 0.003 12 R 0.218 0.207 0.260 0.120 0.080 0.038 0.029 0.006 0.026 0.014 0.002 13 D 0.228 0.158 0.193 0.186 0.065 0.047 0.039 0.008 0.056 0.019 0.002 14 S 0.221 0.058 0.256 0.287 0.034 0.017 0.082 0.011 0.011 0.019 0.002 15 G 0.038 0.011 0.021 0.032 0.022 0.007 0.069 0.601 0.004 0.196 0.001 16 E 0.147 0.142 0.318 0.288 0.041 0.010 0.033 0.005 0.010 0.005 0.001 17 Q 0.034 0.083 0.168 0.070 0.101 0.033 0.227 0.172 0.023 0.088 0.001 18 L 0.024 0.516 0.328 0.037 0.057 0.015 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 19 G 0.012 0.621 0.196 0.018 0.091 0.036 0.004 0.002 0.018 0.001 0.001 20 I 0.008 0.731 0.179 0.009 0.031 0.030 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 21 K 0.020 0.740 0.119 0.014 0.061 0.019 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 22 L 0.027 0.436 0.196 0.026 0.195 0.055 0.016 0.002 0.041 0.003 0.001 23 V 0.042 0.434 0.293 0.046 0.070 0.056 0.013 0.002 0.039 0.002 0.001 24 R 0.185 0.327 0.292 0.076 0.050 0.032 0.009 0.002 0.019 0.003 0.003 25 R 0.146 0.220 0.198 0.171 0.069 0.085 0.054 0.006 0.042 0.008 0.002 26 T 0.214 0.171 0.171 0.305 0.034 0.026 0.044 0.005 0.021 0.005 0.004 27 D 0.105 0.075 0.150 0.274 0.049 0.053 0.180 0.063 0.018 0.032 0.002 28 E 0.011 0.268 0.363 0.011 0.027 0.009 0.014 0.001 0.288 0.007 0.001 29 P 0.096 0.006 0.790 0.017 0.003 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.075 30 G 0.032 0.168 0.257 0.065 0.213 0.043 0.028 0.165 0.013 0.015 0.001 31 V 0.010 0.721 0.201 0.007 0.045 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 32 F 0.007 0.791 0.130 0.003 0.029 0.034 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 33 I 0.037 0.645 0.177 0.008 0.043 0.072 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 34 L 0.122 0.558 0.123 0.037 0.111 0.021 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 35 D 0.098 0.256 0.182 0.060 0.232 0.052 0.065 0.005 0.042 0.007 0.001 36 L 0.204 0.400 0.238 0.063 0.038 0.024 0.007 0.001 0.022 0.001 0.002 37 L 0.176 0.350 0.294 0.045 0.033 0.034 0.005 0.001 0.057 0.003 0.001 38 E 0.183 0.095 0.541 0.078 0.021 0.026 0.026 0.001 0.019 0.002 0.008 39 G 0.030 0.006 0.044 0.030 0.047 0.005 0.056 0.514 0.001 0.266 0.001 40 G 0.132 0.065 0.280 0.025 0.148 0.026 0.038 0.088 0.017 0.180 0.001 41 L 0.656 0.073 0.198 0.039 0.014 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 42 A 0.679 0.065 0.110 0.058 0.040 0.027 0.005 0.001 0.012 0.003 0.001 43 A 0.675 0.064 0.123 0.096 0.019 0.009 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 44 Q 0.768 0.080 0.046 0.058 0.014 0.007 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 45 D 0.123 0.017 0.103 0.602 0.007 0.006 0.133 0.002 0.005 0.002 0.001 46 G 0.007 0.001 0.006 0.004 0.006 0.001 0.141 0.776 0.001 0.057 0.001 47 R 0.048 0.289 0.553 0.040 0.028 0.020 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 48 L 0.065 0.300 0.522 0.034 0.017 0.038 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 49 S 0.030 0.507 0.285 0.021 0.053 0.033 0.004 0.001 0.063 0.002 0.001 50 S 0.178 0.179 0.421 0.098 0.051 0.021 0.014 0.001 0.022 0.004 0.012 51 N 0.021 0.031 0.057 0.055 0.144 0.017 0.074 0.425 0.008 0.168 0.001 52 D 0.055 0.255 0.327 0.146 0.147 0.020 0.022 0.005 0.016 0.005 0.002 53 R 0.019 0.690 0.111 0.026 0.118 0.015 0.008 0.002 0.008 0.002 0.001 54 V 0.007 0.856 0.090 0.003 0.020 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 55 L 0.005 0.778 0.123 0.002 0.014 0.074 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 56 A 0.007 0.723 0.167 0.003 0.012 0.076 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 57 I 0.032 0.790 0.072 0.012 0.019 0.034 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 58 N 0.034 0.046 0.147 0.126 0.048 0.027 0.530 0.005 0.019 0.018 0.001 59 G 0.003 0.002 0.004 0.010 0.023 0.002 0.092 0.757 0.001 0.107 0.001 60 H 0.046 0.424 0.439 0.023 0.036 0.010 0.005 0.001 0.014 0.003 0.001 61 D 0.057 0.144 0.610 0.024 0.013 0.117 0.007 0.001 0.021 0.002 0.006 62 L 0.285 0.234 0.252 0.108 0.050 0.032 0.006 0.001 0.020 0.003 0.008 63 K 0.346 0.252 0.139 0.142 0.049 0.018 0.014 0.002 0.035 0.002 0.001 64 Y 0.074 0.106 0.233 0.239 0.095 0.031 0.156 0.019 0.029 0.016 0.002 65 G 0.021 0.026 0.197 0.027 0.062 0.026 0.048 0.323 0.005 0.264 0.001 66 T 0.016 0.104 0.707 0.009 0.030 0.057 0.003 0.001 0.064 0.010 0.001 67 P 0.965 0.001 0.027 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 68 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.961 0.002 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.825 0.006 0.015 0.134 0.004 0.002 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 77 S 0.158 0.013 0.075 0.632 0.006 0.010 0.093 0.007 0.005 0.002 0.001 78 G 0.020 0.005 0.025 0.017 0.015 0.005 0.228 0.556 0.001 0.127 0.001 79 E 0.132 0.158 0.381 0.195 0.053 0.028 0.033 0.004 0.010 0.004 0.001 80 R 0.025 0.421 0.256 0.084 0.094 0.046 0.034 0.006 0.029 0.003 0.001 81 V 0.005 0.721 0.192 0.010 0.042 0.017 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 82 N 0.002 0.771 0.157 0.003 0.032 0.028 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 83 L 0.001 0.852 0.064 0.001 0.066 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 84 T 0.001 0.930 0.040 0.001 0.017 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 85 I 0.001 0.797 0.133 0.001 0.020 0.042 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 86 A 0.011 0.533 0.279 0.009 0.053 0.085 0.003 0.001 0.023 0.001 0.003 87 R 0.002 0.490 0.231 0.001 0.033 0.009 0.003 0.001 0.229 0.001 0.001 88 P 0.083 0.004 0.750 0.009 0.004 0.012 0.002 0.001 0.002 0.003 0.131 89 G 0.066 0.072 0.162 0.113 0.102 0.029 0.039 0.353 0.010 0.052 0.002 90 K 0.028 0.196 0.620 0.011 0.036 0.009 0.004 0.001 0.087 0.007 0.002 91 P 0.202 0.008 0.710 0.017 0.005 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 92 E 0.298 0.136 0.331 0.130 0.030 0.047 0.007 0.003 0.013 0.001 0.004 93 I 0.220 0.300 0.331 0.054 0.042 0.021 0.004 0.001 0.023 0.001 0.002 94 E 0.239 0.176 0.421 0.051 0.034 0.047 0.007 0.001 0.020 0.001 0.003 95 L 0.231 0.260 0.315 0.081 0.030 0.047 0.007 0.001 0.027 0.001 0.002