# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.268 0.104 0.049 0.015 0.386 0.007 0.008 0.019 0.014 0.076 0.054 2 M 0.136 0.198 0.071 0.017 0.327 0.024 0.033 0.059 0.065 0.035 0.035 3 E 0.149 0.225 0.029 0.005 0.503 0.008 0.016 0.016 0.007 0.017 0.026 4 I 0.460 0.047 0.002 0.001 0.453 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.019 5 L 0.163 0.131 0.008 0.002 0.657 0.009 0.011 0.006 0.002 0.002 0.009 6 Q 0.350 0.030 0.001 0.001 0.605 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 7 V 0.261 0.080 0.008 0.001 0.604 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.031 8 A 0.268 0.097 0.014 0.003 0.494 0.006 0.007 0.009 0.006 0.012 0.084 9 L 0.285 0.113 0.019 0.004 0.376 0.007 0.010 0.020 0.012 0.058 0.097 10 H 0.133 0.236 0.114 0.040 0.251 0.028 0.030 0.024 0.014 0.059 0.070 11 K 0.098 0.249 0.209 0.081 0.158 0.033 0.027 0.044 0.027 0.039 0.035 12 R 0.041 0.127 0.114 0.108 0.069 0.064 0.097 0.144 0.132 0.075 0.030 13 D 0.072 0.075 0.078 0.078 0.088 0.046 0.070 0.123 0.103 0.214 0.053 14 S 0.077 0.141 0.103 0.058 0.122 0.047 0.073 0.092 0.088 0.146 0.053 15 G 0.116 0.091 0.106 0.121 0.130 0.048 0.031 0.072 0.057 0.141 0.085 16 E 0.061 0.171 0.105 0.081 0.125 0.076 0.104 0.095 0.077 0.073 0.032 17 Q 0.131 0.105 0.076 0.071 0.163 0.027 0.026 0.031 0.029 0.200 0.141 18 L 0.202 0.205 0.039 0.007 0.471 0.007 0.011 0.013 0.010 0.013 0.022 19 G 0.252 0.112 0.017 0.006 0.546 0.006 0.008 0.008 0.004 0.010 0.031 20 I 0.366 0.080 0.015 0.005 0.442 0.006 0.008 0.009 0.007 0.012 0.050 21 K 0.198 0.152 0.050 0.028 0.369 0.031 0.028 0.019 0.011 0.031 0.083 22 L 0.241 0.147 0.059 0.025 0.304 0.015 0.015 0.023 0.016 0.069 0.086 23 V 0.149 0.183 0.096 0.032 0.275 0.020 0.024 0.036 0.034 0.076 0.073 24 R 0.116 0.174 0.113 0.044 0.188 0.029 0.047 0.080 0.074 0.084 0.051 25 R 0.130 0.126 0.091 0.053 0.193 0.036 0.040 0.074 0.070 0.124 0.064 26 T 0.078 0.184 0.112 0.066 0.122 0.060 0.097 0.104 0.088 0.062 0.029 27 D 0.061 0.030 0.063 0.089 0.048 0.054 0.059 0.071 0.075 0.363 0.086 28 E 0.139 0.174 0.160 0.049 0.262 0.021 0.017 0.046 0.035 0.055 0.042 29 P 0.053 0.124 0.081 0.067 0.088 0.134 0.172 0.105 0.081 0.065 0.029 30 G 0.072 0.197 0.112 0.097 0.152 0.026 0.023 0.029 0.026 0.157 0.108 31 V 0.204 0.072 0.004 0.001 0.710 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 32 F 0.183 0.092 0.004 0.001 0.702 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 33 I 0.622 0.014 0.001 0.001 0.267 0.002 0.003 0.003 0.004 0.003 0.081 34 L 0.099 0.085 0.027 0.054 0.217 0.252 0.113 0.042 0.021 0.020 0.070 35 D 0.225 0.114 0.036 0.005 0.516 0.003 0.007 0.014 0.006 0.032 0.042 36 L 0.272 0.120 0.026 0.002 0.371 0.004 0.017 0.019 0.023 0.074 0.072 37 L 0.021 0.365 0.407 0.064 0.072 0.026 0.010 0.014 0.006 0.005 0.011 38 E 0.023 0.125 0.042 0.082 0.032 0.084 0.280 0.200 0.091 0.023 0.017 39 G 0.022 0.019 0.044 0.112 0.020 0.024 0.012 0.044 0.041 0.584 0.078 40 G 0.032 0.379 0.170 0.028 0.119 0.018 0.023 0.105 0.060 0.046 0.021 41 L 0.092 0.139 0.046 0.012 0.140 0.012 0.030 0.258 0.131 0.090 0.048 42 A 0.058 0.124 0.031 0.010 0.129 0.013 0.029 0.359 0.160 0.066 0.022 43 A 0.073 0.041 0.037 0.010 0.074 0.012 0.071 0.472 0.116 0.064 0.031 44 Q 0.031 0.040 0.062 0.069 0.030 0.092 0.100 0.395 0.078 0.081 0.023 45 D 0.017 0.414 0.146 0.109 0.047 0.070 0.088 0.052 0.020 0.026 0.011 46 G 0.023 0.024 0.033 0.067 0.019 0.024 0.010 0.028 0.056 0.480 0.236 47 R 0.051 0.412 0.127 0.008 0.255 0.006 0.016 0.037 0.024 0.037 0.027 48 L 0.266 0.240 0.072 0.006 0.272 0.006 0.015 0.007 0.007 0.046 0.063 49 S 0.008 0.261 0.653 0.044 0.020 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 50 S 0.005 0.100 0.044 0.094 0.011 0.131 0.370 0.119 0.117 0.006 0.004 51 N 0.020 0.017 0.029 0.064 0.019 0.009 0.007 0.019 0.031 0.717 0.068 52 D 0.088 0.237 0.079 0.025 0.212 0.023 0.026 0.053 0.068 0.119 0.070 53 R 0.204 0.205 0.048 0.008 0.383 0.011 0.020 0.022 0.015 0.023 0.060 54 V 0.344 0.085 0.012 0.004 0.456 0.007 0.011 0.019 0.012 0.010 0.041 55 L 0.135 0.161 0.013 0.003 0.640 0.008 0.008 0.012 0.002 0.005 0.012 56 A 0.503 0.023 0.007 0.001 0.400 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.050 57 I 0.144 0.046 0.054 0.190 0.129 0.166 0.030 0.062 0.020 0.041 0.118 58 N 0.019 0.296 0.100 0.222 0.052 0.110 0.175 0.011 0.004 0.006 0.005 59 G 0.028 0.012 0.021 0.090 0.016 0.012 0.004 0.010 0.025 0.553 0.229 60 H 0.049 0.503 0.093 0.009 0.246 0.011 0.017 0.023 0.022 0.014 0.012 61 D 0.307 0.125 0.021 0.005 0.443 0.005 0.010 0.015 0.008 0.017 0.044 62 L 0.216 0.141 0.064 0.029 0.249 0.032 0.025 0.056 0.044 0.046 0.097 63 K 0.053 0.169 0.080 0.078 0.111 0.165 0.124 0.075 0.055 0.049 0.041 64 Y 0.076 0.085 0.096 0.053 0.085 0.022 0.030 0.076 0.057 0.303 0.116 65 G 0.025 0.234 0.190 0.078 0.064 0.040 0.039 0.054 0.034 0.202 0.041 66 T 0.005 0.581 0.360 0.004 0.030 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.002 67 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.696 0.293 0.002 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.083 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.007 0.005 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.002 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.051 0.003 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.833 0.150 0.001 0.001 76 A 0.005 0.004 0.007 0.001 0.003 0.003 0.261 0.525 0.121 0.067 0.002 77 S 0.021 0.502 0.205 0.018 0.066 0.014 0.030 0.049 0.028 0.054 0.013 78 G 0.078 0.033 0.032 0.090 0.044 0.052 0.043 0.064 0.057 0.347 0.160 79 E 0.052 0.205 0.152 0.060 0.145 0.031 0.047 0.044 0.046 0.179 0.040 80 R 0.311 0.079 0.008 0.003 0.556 0.002 0.008 0.003 0.004 0.009 0.018 81 V 0.214 0.090 0.008 0.002 0.660 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.008 82 N 0.260 0.048 0.002 0.001 0.673 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 83 L 0.328 0.026 0.001 0.001 0.635 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 T 0.263 0.036 0.003 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 85 I 0.320 0.068 0.008 0.001 0.521 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.069 86 A 0.210 0.211 0.056 0.012 0.365 0.011 0.010 0.003 0.003 0.031 0.087 87 R 0.068 0.418 0.263 0.034 0.155 0.011 0.006 0.006 0.006 0.012 0.021 88 P 0.035 0.212 0.104 0.083 0.063 0.076 0.161 0.080 0.116 0.045 0.024 89 G 0.031 0.077 0.101 0.148 0.042 0.056 0.042 0.026 0.050 0.377 0.051 90 K 0.049 0.393 0.282 0.022 0.158 0.008 0.009 0.012 0.016 0.035 0.017 91 P 0.037 0.299 0.171 0.025 0.096 0.019 0.042 0.092 0.153 0.042 0.023 92 E 0.090 0.159 0.072 0.018 0.174 0.018 0.037 0.121 0.151 0.118 0.041 93 I 0.081 0.228 0.070 0.010 0.220 0.015 0.026 0.144 0.119 0.058 0.028 94 E 0.139 0.135 0.044 0.009 0.245 0.012 0.038 0.153 0.084 0.086 0.054 95 L 0.179 0.161 0.034 0.007 0.297 0.011 0.024 0.103 0.062 0.073 0.050