# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.604 0.167 0.090 0.069 0.042 0.022 0.005 2 M 0.546 0.190 0.102 0.080 0.050 0.026 0.006 3 E 0.408 0.237 0.143 0.105 0.065 0.036 0.007 4 I 0.285 0.208 0.181 0.161 0.103 0.052 0.010 5 L 0.239 0.178 0.173 0.178 0.155 0.069 0.009 6 Q 0.388 0.299 0.152 0.091 0.050 0.018 0.002 7 V 0.162 0.153 0.198 0.233 0.184 0.066 0.004 8 A 0.243 0.289 0.251 0.145 0.056 0.015 0.001 9 L 0.140 0.149 0.262 0.280 0.138 0.030 0.001 10 H 0.443 0.315 0.157 0.064 0.019 0.003 0.001 11 K 0.550 0.281 0.105 0.050 0.013 0.001 0.001 12 R 0.751 0.207 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 13 D 0.646 0.254 0.069 0.025 0.005 0.001 0.001 14 S 0.608 0.272 0.085 0.028 0.006 0.001 0.001 15 G 0.321 0.350 0.210 0.089 0.025 0.005 0.001 16 E 0.062 0.146 0.264 0.313 0.163 0.049 0.003 17 Q 0.037 0.094 0.187 0.283 0.248 0.138 0.014 18 L 0.009 0.013 0.022 0.045 0.178 0.517 0.216 19 G 0.015 0.044 0.100 0.191 0.232 0.262 0.156 20 I 0.005 0.011 0.018 0.041 0.148 0.443 0.333 21 K 0.015 0.068 0.166 0.249 0.256 0.193 0.052 22 L 0.019 0.053 0.094 0.172 0.330 0.291 0.042 23 V 0.045 0.122 0.209 0.238 0.238 0.136 0.011 24 R 0.126 0.238 0.293 0.222 0.093 0.028 0.001 25 R 0.355 0.303 0.194 0.105 0.035 0.009 0.001 26 T 0.449 0.256 0.164 0.092 0.033 0.006 0.001 27 D 0.705 0.227 0.046 0.016 0.005 0.001 0.001 28 E 0.386 0.397 0.139 0.055 0.019 0.004 0.001 29 P 0.107 0.271 0.229 0.236 0.122 0.033 0.002 30 G 0.009 0.063 0.179 0.335 0.267 0.142 0.006 31 V 0.004 0.012 0.039 0.083 0.265 0.487 0.110 32 F 0.002 0.012 0.061 0.122 0.237 0.385 0.180 33 I 0.001 0.003 0.007 0.021 0.113 0.500 0.356 34 L 0.002 0.029 0.136 0.285 0.317 0.207 0.023 35 D 0.009 0.100 0.185 0.317 0.263 0.116 0.010 36 L 0.002 0.008 0.034 0.144 0.405 0.378 0.028 37 L 0.018 0.085 0.175 0.319 0.300 0.098 0.005 38 E 0.232 0.438 0.201 0.084 0.032 0.012 0.001 39 G 0.169 0.263 0.299 0.217 0.040 0.011 0.001 40 G 0.139 0.160 0.185 0.231 0.191 0.087 0.006 41 L 0.096 0.139 0.196 0.233 0.214 0.111 0.012 42 A 0.137 0.140 0.167 0.215 0.207 0.117 0.018 43 A 0.223 0.293 0.224 0.152 0.078 0.027 0.003 44 Q 0.222 0.270 0.215 0.168 0.087 0.034 0.005 45 D 0.285 0.270 0.200 0.143 0.070 0.028 0.003 46 G 0.313 0.261 0.179 0.145 0.071 0.028 0.003 47 R 0.172 0.265 0.249 0.177 0.092 0.040 0.005 48 L 0.093 0.081 0.125 0.250 0.274 0.156 0.021 49 S 0.163 0.263 0.250 0.183 0.099 0.038 0.003 50 S 0.224 0.267 0.195 0.161 0.100 0.047 0.006 51 N 0.184 0.247 0.195 0.178 0.123 0.062 0.012 52 D 0.058 0.105 0.159 0.239 0.259 0.154 0.025 53 R 0.043 0.113 0.201 0.245 0.223 0.142 0.033 54 V 0.025 0.035 0.054 0.107 0.217 0.396 0.166 55 L 0.014 0.036 0.074 0.143 0.286 0.359 0.090 56 A 0.061 0.173 0.227 0.253 0.180 0.091 0.015 57 I 0.023 0.051 0.107 0.211 0.323 0.246 0.038 58 N 0.073 0.165 0.216 0.247 0.200 0.091 0.008 59 G 0.234 0.316 0.227 0.139 0.063 0.021 0.001 60 H 0.244 0.303 0.245 0.153 0.045 0.011 0.001 61 D 0.171 0.276 0.254 0.189 0.085 0.024 0.001 62 L 0.088 0.076 0.139 0.261 0.292 0.135 0.010 63 K 0.307 0.391 0.176 0.085 0.035 0.007 0.001 64 Y 0.404 0.386 0.145 0.050 0.012 0.003 0.001 65 G 0.152 0.224 0.265 0.253 0.092 0.014 0.001 66 T 0.173 0.274 0.237 0.172 0.111 0.032 0.002 67 P 0.045 0.098 0.216 0.306 0.241 0.089 0.005 68 E 0.400 0.431 0.116 0.037 0.013 0.003 0.001 69 L 0.055 0.189 0.337 0.296 0.102 0.019 0.002 70 A 0.005 0.012 0.019 0.046 0.242 0.550 0.126 71 A 0.005 0.038 0.149 0.390 0.274 0.137 0.007 72 Q 0.049 0.251 0.307 0.248 0.102 0.040 0.002 73 I 0.003 0.018 0.092 0.257 0.402 0.216 0.012 74 I 0.005 0.013 0.027 0.078 0.314 0.512 0.051 75 Q 0.058 0.289 0.368 0.204 0.069 0.011 0.001 76 A 0.215 0.421 0.212 0.120 0.028 0.005 0.001 77 S 0.146 0.178 0.256 0.264 0.126 0.029 0.001 78 G 0.422 0.300 0.160 0.083 0.030 0.005 0.001 79 E 0.533 0.361 0.079 0.022 0.005 0.001 0.001 80 R 0.150 0.366 0.289 0.145 0.041 0.009 0.001 81 V 0.022 0.056 0.119 0.267 0.374 0.150 0.011 82 N 0.019 0.150 0.296 0.336 0.147 0.049 0.002 83 L 0.010 0.029 0.050 0.130 0.330 0.409 0.041 84 T 0.008 0.073 0.231 0.380 0.221 0.083 0.004 85 I 0.009 0.029 0.062 0.172 0.342 0.357 0.028 86 A 0.039 0.138 0.300 0.283 0.180 0.058 0.002 87 R 0.164 0.257 0.227 0.223 0.107 0.022 0.001 88 P 0.492 0.337 0.113 0.041 0.014 0.003 0.001 89 G 0.567 0.268 0.096 0.052 0.014 0.002 0.001 90 K 0.760 0.194 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 91 P 0.657 0.213 0.082 0.038 0.009 0.001 0.001 92 E 0.718 0.200 0.059 0.017 0.005 0.001 0.001 93 I 0.603 0.236 0.099 0.047 0.013 0.003 0.001 94 E 0.605 0.239 0.094 0.042 0.016 0.005 0.001 95 L 0.391 0.176 0.175 0.153 0.074 0.029 0.003