# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 270.538 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.298 0.122 0.113 0.125 0.123 0.088 0.054 0.033 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 2 M 0.126 0.066 0.085 0.133 0.172 0.149 0.101 0.074 0.043 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 3 E 0.127 0.076 0.089 0.114 0.143 0.140 0.105 0.084 0.053 0.035 0.020 0.008 0.004 0.002 4 I 0.074 0.037 0.043 0.072 0.116 0.134 0.126 0.133 0.100 0.069 0.052 0.028 0.010 0.005 5 L 0.060 0.037 0.042 0.068 0.093 0.116 0.125 0.126 0.109 0.092 0.071 0.039 0.014 0.007 6 Q 0.071 0.048 0.062 0.098 0.124 0.120 0.116 0.114 0.085 0.066 0.047 0.029 0.012 0.007 7 V 0.043 0.027 0.034 0.034 0.055 0.081 0.106 0.127 0.127 0.154 0.105 0.063 0.033 0.011 8 A 0.069 0.066 0.093 0.148 0.149 0.140 0.110 0.105 0.059 0.034 0.017 0.007 0.003 0.001 9 L 0.044 0.034 0.055 0.099 0.144 0.154 0.137 0.131 0.083 0.066 0.031 0.014 0.005 0.003 10 H 0.112 0.134 0.154 0.188 0.153 0.113 0.075 0.038 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 11 K 0.263 0.191 0.167 0.139 0.101 0.066 0.039 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 R 0.457 0.205 0.114 0.093 0.064 0.033 0.020 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.580 0.174 0.095 0.069 0.042 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.502 0.190 0.118 0.095 0.047 0.025 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.307 0.163 0.129 0.152 0.102 0.065 0.049 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 16 E 0.061 0.074 0.121 0.160 0.159 0.166 0.125 0.067 0.038 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 17 Q 0.027 0.042 0.068 0.123 0.199 0.175 0.144 0.113 0.061 0.023 0.014 0.005 0.004 0.002 18 L 0.003 0.003 0.006 0.012 0.025 0.055 0.103 0.151 0.163 0.163 0.159 0.101 0.044 0.012 19 G 0.006 0.007 0.013 0.036 0.077 0.088 0.113 0.169 0.160 0.121 0.098 0.066 0.029 0.018 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.041 0.085 0.211 0.246 0.222 0.116 0.045 21 K 0.005 0.007 0.011 0.020 0.037 0.048 0.074 0.137 0.169 0.182 0.141 0.093 0.051 0.024 22 L 0.003 0.005 0.008 0.015 0.027 0.040 0.064 0.118 0.145 0.221 0.170 0.105 0.050 0.027 23 V 0.007 0.017 0.030 0.055 0.095 0.117 0.135 0.163 0.127 0.124 0.072 0.032 0.015 0.012 24 R 0.041 0.086 0.112 0.140 0.153 0.136 0.106 0.088 0.063 0.038 0.022 0.009 0.005 0.003 25 R 0.136 0.173 0.148 0.148 0.138 0.095 0.071 0.038 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 26 T 0.267 0.210 0.162 0.130 0.091 0.059 0.041 0.018 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 27 D 0.483 0.223 0.119 0.078 0.044 0.022 0.016 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.279 0.258 0.161 0.135 0.071 0.041 0.030 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 P 0.044 0.062 0.111 0.158 0.158 0.174 0.141 0.074 0.046 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 30 G 0.017 0.024 0.045 0.073 0.136 0.171 0.180 0.147 0.092 0.055 0.031 0.015 0.010 0.005 31 V 0.004 0.004 0.005 0.009 0.022 0.041 0.060 0.113 0.161 0.182 0.181 0.137 0.057 0.023 32 F 0.003 0.004 0.006 0.009 0.017 0.026 0.043 0.077 0.117 0.188 0.196 0.182 0.087 0.045 33 I 0.002 0.002 0.003 0.004 0.007 0.012 0.024 0.049 0.105 0.206 0.229 0.184 0.115 0.059 34 L 0.010 0.017 0.021 0.028 0.044 0.057 0.082 0.109 0.153 0.152 0.135 0.091 0.068 0.032 35 D 0.031 0.051 0.065 0.114 0.139 0.114 0.114 0.108 0.109 0.065 0.043 0.020 0.015 0.010 36 L 0.007 0.009 0.020 0.038 0.074 0.122 0.170 0.184 0.138 0.104 0.070 0.040 0.016 0.009 37 L 0.039 0.068 0.103 0.138 0.146 0.150 0.114 0.102 0.068 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 38 E 0.189 0.168 0.132 0.116 0.100 0.079 0.073 0.049 0.052 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 39 G 0.148 0.129 0.140 0.142 0.128 0.108 0.083 0.051 0.036 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 40 G 0.157 0.124 0.140 0.137 0.133 0.104 0.089 0.051 0.031 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 41 L 0.088 0.064 0.097 0.128 0.169 0.151 0.100 0.095 0.050 0.028 0.016 0.008 0.004 0.002 42 A 0.123 0.083 0.096 0.126 0.156 0.143 0.105 0.075 0.042 0.024 0.015 0.007 0.003 0.002 43 A 0.244 0.131 0.127 0.130 0.114 0.090 0.070 0.042 0.027 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 44 Q 0.273 0.143 0.126 0.125 0.112 0.080 0.052 0.033 0.028 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 45 D 0.337 0.212 0.136 0.121 0.072 0.050 0.031 0.016 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.268 0.166 0.148 0.129 0.097 0.076 0.055 0.025 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 47 R 0.117 0.123 0.137 0.164 0.167 0.116 0.079 0.050 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 48 L 0.053 0.039 0.058 0.090 0.158 0.156 0.151 0.134 0.073 0.040 0.025 0.015 0.006 0.002 49 S 0.121 0.104 0.131 0.173 0.152 0.122 0.090 0.053 0.028 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 50 S 0.054 0.046 0.066 0.117 0.141 0.141 0.129 0.121 0.085 0.053 0.029 0.011 0.005 0.003 51 N 0.031 0.038 0.051 0.110 0.156 0.175 0.139 0.120 0.080 0.050 0.029 0.012 0.006 0.003 52 D 0.039 0.040 0.056 0.079 0.103 0.128 0.119 0.120 0.116 0.084 0.056 0.035 0.017 0.007 53 R 0.021 0.024 0.041 0.072 0.103 0.116 0.132 0.140 0.132 0.092 0.062 0.036 0.019 0.008 54 V 0.010 0.008 0.011 0.014 0.026 0.051 0.087 0.126 0.165 0.187 0.151 0.096 0.048 0.020 55 L 0.024 0.030 0.038 0.049 0.076 0.100 0.131 0.144 0.147 0.104 0.076 0.043 0.027 0.011 56 A 0.099 0.089 0.101 0.131 0.130 0.100 0.107 0.085 0.065 0.042 0.025 0.013 0.008 0.004 57 I 0.013 0.013 0.023 0.052 0.113 0.137 0.155 0.165 0.126 0.085 0.054 0.042 0.014 0.008 58 N 0.051 0.063 0.088 0.122 0.130 0.159 0.137 0.111 0.060 0.039 0.022 0.012 0.004 0.002 59 G 0.146 0.171 0.139 0.141 0.112 0.086 0.074 0.049 0.042 0.021 0.011 0.004 0.003 0.001 60 H 0.118 0.085 0.112 0.130 0.168 0.135 0.094 0.068 0.045 0.020 0.011 0.008 0.003 0.001 61 D 0.174 0.132 0.139 0.169 0.162 0.092 0.062 0.033 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 62 L 0.086 0.046 0.080 0.110 0.145 0.149 0.129 0.111 0.071 0.037 0.020 0.009 0.004 0.001 63 K 0.261 0.160 0.126 0.134 0.112 0.085 0.057 0.030 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 64 Y 0.288 0.138 0.129 0.113 0.104 0.083 0.060 0.034 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 65 G 0.217 0.164 0.138 0.137 0.132 0.090 0.056 0.032 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 66 T 0.160 0.125 0.113 0.137 0.141 0.116 0.097 0.054 0.032 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 67 P 0.060 0.066 0.101 0.180 0.217 0.171 0.098 0.057 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 68 E 0.489 0.253 0.114 0.062 0.035 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.080 0.098 0.136 0.185 0.176 0.154 0.084 0.052 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 70 A 0.017 0.010 0.014 0.037 0.084 0.182 0.239 0.239 0.120 0.042 0.011 0.003 0.001 0.001 71 A 0.049 0.098 0.140 0.185 0.205 0.151 0.089 0.048 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.398 0.271 0.179 0.079 0.035 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.019 0.020 0.055 0.154 0.260 0.223 0.136 0.084 0.033 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 74 I 0.031 0.024 0.044 0.087 0.173 0.209 0.191 0.152 0.064 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.306 0.325 0.177 0.100 0.052 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.315 0.266 0.195 0.113 0.060 0.028 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.077 0.066 0.117 0.192 0.238 0.160 0.095 0.033 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.213 0.215 0.175 0.186 0.120 0.051 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.438 0.225 0.122 0.080 0.055 0.038 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.053 0.069 0.090 0.170 0.199 0.165 0.118 0.070 0.039 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 81 V 0.007 0.008 0.016 0.037 0.079 0.116 0.179 0.180 0.152 0.101 0.070 0.037 0.014 0.005 82 N 0.013 0.015 0.024 0.066 0.132 0.126 0.131 0.160 0.126 0.081 0.060 0.037 0.017 0.012 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.036 0.091 0.195 0.260 0.221 0.127 0.036 84 T 0.006 0.007 0.012 0.031 0.057 0.064 0.100 0.169 0.182 0.136 0.112 0.072 0.036 0.016 85 I 0.002 0.002 0.003 0.004 0.009 0.016 0.031 0.058 0.121 0.240 0.234 0.159 0.078 0.044 86 A 0.011 0.018 0.031 0.062 0.107 0.122 0.134 0.169 0.129 0.097 0.063 0.031 0.014 0.011 87 R 0.012 0.028 0.046 0.088 0.127 0.135 0.139 0.139 0.101 0.094 0.051 0.023 0.011 0.005 88 P 0.071 0.123 0.142 0.155 0.146 0.124 0.097 0.060 0.049 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 89 G 0.261 0.207 0.164 0.127 0.104 0.060 0.038 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 90 K 0.401 0.248 0.127 0.091 0.060 0.030 0.022 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.364 0.177 0.164 0.126 0.081 0.047 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.521 0.235 0.106 0.061 0.037 0.017 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.228 0.116 0.143 0.162 0.154 0.100 0.049 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 94 E 0.368 0.199 0.144 0.108 0.080 0.045 0.034 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.144 0.066 0.100 0.131 0.185 0.144 0.091 0.072 0.036 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001