# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.004 0.060 0.063 0.114 0.004 0.113 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.015 0.095 0.089 0.179 0.229 0.001 2 M 0.004 0.008 0.040 0.045 0.252 0.002 0.083 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.016 0.059 0.057 0.070 0.123 0.230 0.001 3 E 0.014 0.028 0.382 0.264 0.049 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.050 0.006 0.018 0.025 0.044 0.079 0.004 4 I 0.022 0.042 0.007 0.015 0.792 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.004 0.072 0.003 0.004 0.012 0.008 0.003 5 L 0.094 0.145 0.265 0.250 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.036 0.006 0.154 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 6 Q 0.128 0.217 0.005 0.023 0.438 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.018 0.028 0.007 0.006 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 7 V 0.280 0.328 0.069 0.045 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.105 0.016 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 8 A 0.303 0.404 0.017 0.054 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.017 0.039 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 9 L 0.391 0.330 0.039 0.030 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.035 0.003 0.022 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 10 H 0.281 0.308 0.073 0.132 0.082 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.030 0.006 0.032 0.005 0.002 0.001 0.004 0.005 0.016 11 K 0.218 0.149 0.042 0.087 0.385 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.017 0.004 0.025 0.012 0.011 0.005 0.012 0.011 0.006 12 R 0.080 0.078 0.156 0.259 0.123 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.006 0.072 0.009 0.029 0.018 0.054 0.068 0.004 13 D 0.018 0.013 0.050 0.048 0.291 0.003 0.032 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.025 0.263 0.040 0.058 0.117 0.001 14 S 0.004 0.005 0.036 0.040 0.087 0.008 0.330 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.197 0.051 0.047 0.147 0.001 15 G 0.005 0.006 0.055 0.033 0.122 0.007 0.230 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.095 0.214 0.074 0.114 0.001 16 E 0.011 0.016 0.177 0.105 0.101 0.004 0.049 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.046 0.026 0.168 0.040 0.073 0.161 0.002 17 Q 0.024 0.055 0.066 0.100 0.284 0.003 0.073 0.003 0.003 0.004 0.007 0.008 0.013 0.006 0.039 0.032 0.070 0.043 0.072 0.088 0.008 18 L 0.039 0.080 0.075 0.071 0.249 0.001 0.046 0.002 0.001 0.001 0.021 0.012 0.023 0.017 0.107 0.071 0.029 0.015 0.036 0.093 0.011 19 G 0.069 0.160 0.102 0.105 0.069 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.042 0.021 0.078 0.052 0.139 0.019 0.008 0.016 0.016 0.014 0.074 20 I 0.134 0.154 0.017 0.013 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.051 0.087 0.075 0.031 0.107 0.001 0.002 0.011 0.003 0.078 21 K 0.208 0.144 0.141 0.056 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.032 0.135 0.082 0.104 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.037 22 L 0.164 0.156 0.009 0.033 0.183 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.042 0.097 0.120 0.023 0.073 0.002 0.002 0.004 0.002 0.047 23 V 0.119 0.112 0.076 0.092 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.041 0.125 0.169 0.169 0.012 0.003 0.002 0.007 0.004 0.016 24 R 0.074 0.091 0.038 0.115 0.225 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.044 0.102 0.038 0.119 0.020 0.018 0.025 0.036 0.006 25 R 0.033 0.036 0.113 0.090 0.193 0.005 0.040 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.014 0.131 0.043 0.046 0.050 0.043 0.137 0.004 26 T 0.009 0.007 0.076 0.037 0.100 0.005 0.051 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.093 0.039 0.224 0.044 0.115 0.177 0.002 27 D 0.005 0.006 0.054 0.039 0.106 0.006 0.133 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.082 0.030 0.138 0.110 0.087 0.184 0.001 28 E 0.004 0.004 0.086 0.051 0.050 0.002 0.023 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.025 0.025 0.061 0.035 0.220 0.395 0.002 29 P 0.004 0.006 0.024 0.031 0.141 0.003 0.037 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.036 0.036 0.387 0.037 0.039 0.205 0.002 30 G 0.014 0.039 0.042 0.038 0.134 0.007 0.287 0.004 0.001 0.001 0.013 0.009 0.021 0.028 0.090 0.075 0.035 0.072 0.031 0.045 0.017 31 V 0.087 0.150 0.068 0.063 0.096 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.039 0.032 0.089 0.104 0.085 0.086 0.006 0.010 0.033 0.016 0.027 32 F 0.136 0.102 0.071 0.034 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.047 0.120 0.169 0.074 0.036 0.004 0.002 0.013 0.005 0.039 33 I 0.146 0.110 0.035 0.043 0.054 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.051 0.070 0.094 0.174 0.124 0.028 0.005 0.002 0.006 0.002 0.052 34 L 0.098 0.110 0.017 0.033 0.049 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.032 0.174 0.301 0.108 0.025 0.003 0.002 0.003 0.003 0.015 35 D 0.076 0.093 0.070 0.144 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.071 0.048 0.070 0.215 0.077 0.029 0.005 0.006 0.013 0.010 0.030 36 L 0.056 0.087 0.018 0.025 0.417 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 0.026 0.039 0.049 0.166 0.029 0.025 0.017 0.016 0.003 37 L 0.025 0.020 0.132 0.150 0.021 0.002 0.019 0.003 0.003 0.002 0.006 0.007 0.008 0.021 0.313 0.019 0.030 0.014 0.065 0.138 0.002 38 E 0.002 0.001 0.005 0.008 0.169 0.003 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.048 0.509 0.024 0.033 0.133 0.001 39 G 0.001 0.001 0.014 0.009 0.015 0.010 0.580 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.010 0.078 0.124 0.024 0.072 0.001 40 G 0.006 0.005 0.067 0.027 0.053 0.003 0.031 0.036 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.011 0.023 0.085 0.114 0.216 0.309 0.002 41 L 0.006 0.008 0.051 0.020 0.187 0.003 0.025 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.015 0.392 0.068 0.050 0.060 0.002 42 A 0.011 0.019 0.052 0.034 0.067 0.022 0.202 0.363 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.021 0.008 0.107 0.028 0.029 0.018 0.002 43 A 0.015 0.020 0.050 0.052 0.067 0.019 0.141 0.399 0.010 0.003 0.002 0.002 0.007 0.009 0.029 0.008 0.088 0.021 0.034 0.023 0.002 44 Q 0.015 0.012 0.034 0.043 0.059 0.006 0.140 0.059 0.132 0.046 0.003 0.004 0.010 0.010 0.018 0.021 0.291 0.038 0.026 0.032 0.002 45 D 0.004 0.005 0.009 0.013 0.071 0.002 0.594 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.028 0.056 0.014 0.041 0.129 0.001 46 G 0.006 0.006 0.082 0.026 0.098 0.007 0.154 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.014 0.009 0.040 0.456 0.033 0.050 0.003 47 R 0.018 0.016 0.121 0.043 0.288 0.003 0.016 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.030 0.103 0.091 0.044 0.129 0.068 0.006 48 L 0.013 0.025 0.118 0.101 0.214 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.006 0.192 0.012 0.040 0.020 0.100 0.119 0.003 49 S 0.005 0.007 0.088 0.083 0.115 0.001 0.004 0.003 0.003 0.004 0.006 0.003 0.002 0.002 0.031 0.037 0.027 0.024 0.126 0.427 0.003 50 S 0.001 0.001 0.017 0.012 0.076 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.027 0.680 0.018 0.017 0.102 0.001 51 N 0.003 0.008 0.019 0.017 0.034 0.006 0.781 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.012 0.020 0.033 0.012 0.022 0.001 52 D 0.084 0.119 0.149 0.062 0.261 0.002 0.049 0.015 0.001 0.001 0.007 0.006 0.017 0.004 0.015 0.052 0.016 0.043 0.059 0.033 0.007 53 R 0.199 0.158 0.247 0.104 0.099 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.007 0.009 0.051 0.009 0.035 0.009 0.013 0.006 0.015 0.007 0.013 54 V 0.270 0.247 0.023 0.034 0.273 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.011 0.027 0.031 0.013 0.009 0.014 0.004 0.002 0.005 0.002 0.018 55 L 0.268 0.254 0.106 0.117 0.019 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.009 0.016 0.084 0.049 0.042 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 56 A 0.204 0.344 0.021 0.081 0.120 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.024 0.023 0.055 0.052 0.013 0.008 0.005 0.002 0.003 0.002 0.021 57 I 0.260 0.184 0.101 0.083 0.061 0.001 0.008 0.008 0.020 0.008 0.015 0.026 0.049 0.027 0.081 0.009 0.018 0.003 0.008 0.007 0.020 58 N 0.094 0.058 0.031 0.049 0.393 0.002 0.045 0.005 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.007 0.063 0.027 0.084 0.004 0.016 0.090 0.005 59 G 0.027 0.029 0.055 0.030 0.222 0.003 0.168 0.007 0.002 0.001 0.007 0.005 0.010 0.008 0.041 0.026 0.026 0.265 0.024 0.033 0.012 60 H 0.024 0.035 0.223 0.095 0.064 0.003 0.012 0.008 0.001 0.001 0.010 0.009 0.023 0.027 0.104 0.076 0.039 0.030 0.070 0.132 0.014 61 D 0.021 0.026 0.053 0.051 0.422 0.002 0.011 0.007 0.002 0.001 0.008 0.009 0.023 0.028 0.062 0.052 0.047 0.019 0.093 0.054 0.009 62 L 0.015 0.015 0.120 0.070 0.104 0.003 0.028 0.006 0.003 0.002 0.011 0.009 0.011 0.025 0.236 0.063 0.108 0.033 0.067 0.065 0.005 63 K 0.011 0.009 0.057 0.069 0.076 0.024 0.112 0.017 0.003 0.001 0.005 0.007 0.012 0.029 0.107 0.048 0.186 0.032 0.057 0.137 0.002 64 Y 0.003 0.004 0.007 0.017 0.063 0.009 0.209 0.017 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.014 0.066 0.150 0.112 0.139 0.086 0.092 0.001 65 G 0.003 0.001 0.043 0.041 0.008 0.001 0.030 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.082 0.013 0.104 0.071 0.090 0.497 0.001 66 T 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.005 0.238 0.706 0.001 67 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.008 0.002 0.002 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.124 0.737 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.003 0.001 0.002 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.338 0.024 0.345 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.015 0.003 0.002 0.001 77 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.555 0.004 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.065 0.043 0.177 0.128 0.001 78 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.813 0.068 0.032 0.001 79 E 0.002 0.003 0.095 0.030 0.039 0.002 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.121 0.064 0.086 0.149 0.347 0.002 80 R 0.011 0.044 0.063 0.049 0.357 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.019 0.016 0.136 0.052 0.035 0.040 0.058 0.063 0.015 81 V 0.047 0.152 0.078 0.082 0.099 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.060 0.033 0.059 0.081 0.168 0.071 0.003 0.004 0.011 0.010 0.038 82 N 0.128 0.207 0.037 0.051 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.046 0.147 0.076 0.069 0.020 0.001 0.001 0.004 0.002 0.049 83 L 0.207 0.180 0.026 0.018 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.071 0.124 0.060 0.049 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 84 T 0.288 0.240 0.065 0.055 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.027 0.103 0.025 0.075 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 85 I 0.256 0.260 0.022 0.051 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.031 0.086 0.023 0.019 0.029 0.001 0.001 0.005 0.002 0.037 86 A 0.171 0.276 0.085 0.175 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.068 0.017 0.061 0.012 0.003 0.004 0.009 0.013 0.008 87 R 0.041 0.055 0.091 0.132 0.200 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.004 0.050 0.050 0.015 0.014 0.079 0.243 0.004 88 P 0.007 0.004 0.030 0.027 0.124 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.013 0.528 0.017 0.043 0.119 0.001 89 G 0.001 0.001 0.024 0.014 0.030 0.011 0.521 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.059 0.120 0.040 0.139 0.001 90 K 0.001 0.001 0.044 0.027 0.021 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.042 0.048 0.273 0.503 0.001 91 P 0.001 0.002 0.023 0.022 0.099 0.003 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.245 0.071 0.125 0.349 0.001 92 E 0.002 0.004 0.048 0.046 0.077 0.011 0.151 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.020 0.175 0.074 0.133 0.190 0.001 93 I 0.004 0.006 0.053 0.072 0.084 0.009 0.095 0.042 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.042 0.020 0.140 0.064 0.141 0.219 0.001 94 E 0.005 0.008 0.038 0.054 0.131 0.008 0.107 0.067 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.029 0.036 0.116 0.072 0.153 0.161 0.001 95 L 0.011 0.014 0.062 0.084 0.128 0.006 0.072 0.068 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.004 0.058 0.043 0.120 0.064 0.123 0.126 0.002