# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.012 0.707 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.010 0.126 0.045 0.033 0.047 2 M 0.004 0.011 0.675 0.021 0.015 0.004 0.001 0.001 0.014 0.102 0.069 0.018 0.068 3 E 0.008 0.011 0.402 0.024 0.006 0.002 0.002 0.001 0.040 0.109 0.016 0.344 0.036 4 I 0.025 0.005 0.139 0.009 0.003 0.001 0.011 0.003 0.066 0.010 0.005 0.008 0.717 5 L 0.046 0.002 0.044 0.073 0.001 0.001 0.007 0.003 0.047 0.009 0.001 0.753 0.015 6 Q 0.116 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.041 0.009 0.089 0.001 0.001 0.025 0.696 7 V 0.359 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.062 0.020 0.071 0.001 0.001 0.350 0.103 8 A 0.512 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.076 0.010 0.042 0.001 0.001 0.154 0.178 9 L 0.471 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.026 0.005 0.025 0.001 0.001 0.176 0.274 10 H 0.361 0.004 0.050 0.025 0.001 0.001 0.025 0.004 0.036 0.005 0.002 0.292 0.195 11 K 0.108 0.015 0.175 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.018 0.030 0.012 0.143 0.482 12 R 0.014 0.014 0.401 0.008 0.008 0.001 0.002 0.001 0.005 0.147 0.148 0.093 0.158 13 D 0.003 0.005 0.184 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.549 0.028 0.026 14 S 0.001 0.005 0.065 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.655 0.007 0.007 15 G 0.001 0.016 0.250 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.310 0.014 0.017 16 E 0.009 0.061 0.405 0.012 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.226 0.101 0.068 0.074 17 Q 0.038 0.051 0.240 0.038 0.040 0.006 0.004 0.001 0.004 0.105 0.118 0.061 0.294 18 L 0.079 0.016 0.158 0.244 0.017 0.005 0.008 0.001 0.006 0.090 0.055 0.237 0.084 19 G 0.190 0.008 0.118 0.075 0.003 0.002 0.028 0.002 0.020 0.036 0.023 0.196 0.299 20 I 0.421 0.003 0.040 0.010 0.001 0.001 0.055 0.013 0.018 0.005 0.001 0.169 0.263 21 K 0.458 0.002 0.009 0.010 0.001 0.001 0.077 0.028 0.028 0.002 0.001 0.329 0.057 22 L 0.418 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.120 0.042 0.061 0.001 0.001 0.041 0.304 23 V 0.216 0.007 0.086 0.161 0.004 0.002 0.067 0.045 0.072 0.024 0.016 0.220 0.079 24 R 0.059 0.012 0.286 0.013 0.008 0.002 0.012 0.007 0.055 0.139 0.057 0.114 0.236 25 R 0.015 0.015 0.425 0.007 0.018 0.003 0.003 0.002 0.016 0.204 0.121 0.049 0.122 26 T 0.007 0.023 0.353 0.006 0.057 0.006 0.002 0.002 0.007 0.215 0.209 0.060 0.054 27 D 0.002 0.021 0.267 0.005 0.034 0.003 0.001 0.001 0.003 0.350 0.271 0.015 0.027 28 E 0.002 0.012 0.409 0.017 0.027 0.003 0.001 0.001 0.002 0.324 0.167 0.020 0.017 29 P 0.005 0.011 0.282 0.036 0.021 0.005 0.001 0.001 0.003 0.285 0.311 0.017 0.023 30 G 0.032 0.023 0.340 0.040 0.010 0.004 0.007 0.002 0.013 0.238 0.121 0.082 0.087 31 V 0.171 0.014 0.203 0.029 0.003 0.002 0.045 0.027 0.065 0.029 0.003 0.158 0.249 32 F 0.229 0.006 0.017 0.021 0.001 0.002 0.208 0.103 0.141 0.004 0.001 0.141 0.125 33 I 0.285 0.004 0.012 0.027 0.003 0.003 0.206 0.147 0.132 0.002 0.001 0.047 0.130 34 L 0.243 0.002 0.030 0.160 0.009 0.004 0.100 0.081 0.113 0.009 0.006 0.160 0.081 35 D 0.138 0.008 0.055 0.013 0.008 0.007 0.060 0.043 0.228 0.025 0.019 0.212 0.186 36 L 0.058 0.054 0.241 0.012 0.016 0.010 0.033 0.032 0.137 0.056 0.029 0.034 0.288 37 L 0.007 0.010 0.616 0.011 0.010 0.008 0.002 0.002 0.052 0.099 0.017 0.138 0.028 38 E 0.001 0.005 0.107 0.004 0.060 0.077 0.001 0.001 0.004 0.123 0.583 0.003 0.032 39 G 0.001 0.006 0.078 0.005 0.058 0.058 0.001 0.001 0.001 0.192 0.590 0.008 0.003 40 G 0.004 0.014 0.513 0.004 0.063 0.105 0.001 0.001 0.003 0.215 0.033 0.019 0.029 41 L 0.023 0.036 0.278 0.004 0.103 0.302 0.003 0.001 0.006 0.062 0.068 0.020 0.094 42 A 0.012 0.029 0.078 0.007 0.110 0.575 0.003 0.001 0.002 0.020 0.132 0.012 0.019 43 A 0.008 0.021 0.126 0.008 0.210 0.400 0.001 0.001 0.002 0.021 0.176 0.009 0.018 44 Q 0.005 0.004 0.103 0.010 0.238 0.309 0.001 0.001 0.003 0.040 0.262 0.010 0.015 45 D 0.001 0.002 0.061 0.005 0.076 0.064 0.001 0.001 0.001 0.084 0.693 0.004 0.008 46 G 0.001 0.002 0.118 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.246 0.596 0.012 0.005 47 R 0.005 0.067 0.612 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.020 0.145 0.058 0.032 0.040 48 L 0.002 0.178 0.557 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.035 0.106 0.012 0.019 0.078 49 S 0.001 0.009 0.894 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.004 0.015 0.026 50 S 0.001 0.003 0.091 0.031 0.101 0.027 0.001 0.001 0.003 0.089 0.635 0.003 0.015 51 N 0.001 0.002 0.059 0.015 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.261 0.602 0.021 0.002 52 D 0.017 0.007 0.604 0.009 0.037 0.014 0.002 0.001 0.012 0.118 0.019 0.019 0.140 53 R 0.268 0.011 0.121 0.011 0.008 0.026 0.046 0.016 0.091 0.034 0.007 0.193 0.169 54 V 0.616 0.003 0.013 0.021 0.003 0.011 0.108 0.037 0.015 0.003 0.002 0.045 0.125 55 L 0.700 0.002 0.005 0.024 0.003 0.010 0.100 0.021 0.015 0.001 0.002 0.060 0.058 56 A 0.674 0.004 0.015 0.017 0.006 0.017 0.081 0.018 0.023 0.002 0.005 0.061 0.077 57 I 0.274 0.003 0.109 0.028 0.021 0.029 0.032 0.019 0.052 0.016 0.026 0.102 0.291 58 N 0.021 0.002 0.099 0.051 0.009 0.010 0.006 0.001 0.027 0.163 0.435 0.130 0.046 59 G 0.002 0.003 0.142 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.253 0.560 0.007 0.019 60 H 0.005 0.031 0.511 0.005 0.008 0.005 0.001 0.001 0.022 0.176 0.020 0.199 0.018 61 D 0.006 0.059 0.347 0.001 0.010 0.013 0.005 0.006 0.050 0.091 0.032 0.012 0.367 62 L 0.009 0.046 0.462 0.041 0.103 0.043 0.007 0.009 0.022 0.108 0.052 0.058 0.040 63 K 0.005 0.014 0.173 0.032 0.140 0.044 0.004 0.002 0.022 0.147 0.353 0.031 0.033 64 Y 0.003 0.039 0.220 0.003 0.107 0.030 0.001 0.001 0.010 0.154 0.375 0.012 0.044 65 G 0.001 0.059 0.517 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.014 0.281 0.031 0.046 0.015 66 T 0.001 0.015 0.845 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.091 0.003 0.001 0.016 67 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.803 0.001 0.001 0.001 0.010 0.171 0.001 0.001 77 S 0.001 0.001 0.062 0.001 0.006 0.116 0.001 0.001 0.001 0.079 0.734 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.080 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.133 0.774 0.001 0.001 79 E 0.003 0.003 0.308 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.491 0.120 0.032 0.008 80 R 0.054 0.005 0.244 0.010 0.002 0.002 0.018 0.008 0.123 0.077 0.028 0.030 0.398 81 V 0.313 0.002 0.039 0.026 0.001 0.001 0.146 0.054 0.152 0.009 0.002 0.144 0.112 82 N 0.494 0.001 0.008 0.039 0.001 0.001 0.168 0.053 0.052 0.001 0.001 0.114 0.070 83 L 0.648 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.118 0.036 0.039 0.001 0.001 0.087 0.066 84 T 0.709 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.129 0.021 0.028 0.001 0.001 0.041 0.048 85 I 0.646 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.091 0.009 0.041 0.001 0.001 0.095 0.108 86 A 0.432 0.004 0.069 0.014 0.001 0.001 0.043 0.007 0.042 0.008 0.004 0.126 0.249 87 R 0.059 0.006 0.446 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.020 0.076 0.020 0.183 0.172 88 P 0.003 0.005 0.268 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.260 0.386 0.020 0.037 89 G 0.001 0.014 0.256 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.313 0.018 0.011 90 K 0.001 0.023 0.559 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.323 0.050 0.012 0.014 91 P 0.002 0.046 0.609 0.003 0.047 0.011 0.001 0.001 0.002 0.143 0.101 0.009 0.026 92 E 0.004 0.058 0.505 0.010 0.094 0.032 0.001 0.001 0.005 0.113 0.129 0.020 0.027 93 I 0.005 0.044 0.524 0.009 0.078 0.036 0.002 0.001 0.008 0.120 0.095 0.033 0.046 94 E 0.007 0.056 0.605 0.007 0.040 0.029 0.002 0.001 0.013 0.089 0.063 0.037 0.052 95 L 0.004 0.032 0.731 0.004 0.018 0.023 0.001 0.001 0.017 0.076 0.014 0.034 0.045