# TARGET TR488 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR488.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2908 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.107 0.070 0.190 0.182 0.019 0.185 0.024 0.032 0.025 0.018 0.032 0.027 0.045 0.004 0.013 0.026 2 M 0.067 0.185 0.183 0.325 0.002 0.061 0.005 0.020 0.019 0.006 0.057 0.019 0.021 0.001 0.005 0.024 3 E 0.031 0.169 0.154 0.587 0.001 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.009 4 I 0.034 0.015 0.298 0.597 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 5 L 0.002 0.153 0.223 0.617 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.111 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.967 0.014 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.001 0.018 0.001 0.893 0.025 0.060 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.102 0.002 0.584 0.063 0.203 0.001 0.018 0.004 0.004 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.004 0.158 0.015 0.152 0.068 0.381 0.002 0.056 0.011 0.017 0.107 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 13 D 0.005 0.080 0.016 0.038 0.249 0.085 0.046 0.029 0.012 0.013 0.316 0.061 0.006 0.038 0.002 0.003 14 S 0.007 0.080 0.018 0.024 0.004 0.024 0.004 0.337 0.010 0.003 0.073 0.087 0.013 0.002 0.309 0.004 15 G 0.011 0.036 0.039 0.020 0.004 0.010 0.010 0.004 0.320 0.046 0.016 0.026 0.018 0.007 0.008 0.425 16 E 0.701 0.025 0.107 0.056 0.002 0.015 0.008 0.006 0.006 0.002 0.010 0.018 0.020 0.001 0.009 0.014 17 Q 0.045 0.065 0.650 0.074 0.010 0.046 0.026 0.004 0.009 0.005 0.005 0.007 0.010 0.008 0.002 0.032 18 L 0.047 0.093 0.162 0.605 0.001 0.023 0.002 0.029 0.003 0.002 0.011 0.004 0.006 0.001 0.007 0.004 19 G 0.005 0.017 0.223 0.724 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 20 I 0.033 0.003 0.083 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.001 0.002 0.071 0.901 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.001 0.004 0.002 0.255 0.541 0.188 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.001 0.209 0.003 0.365 0.121 0.021 0.002 0.249 0.003 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 24 R 0.003 0.116 0.015 0.272 0.011 0.091 0.002 0.091 0.231 0.118 0.008 0.013 0.004 0.001 0.010 0.014 25 R 0.188 0.078 0.115 0.095 0.044 0.101 0.033 0.015 0.060 0.095 0.119 0.019 0.010 0.004 0.002 0.022 26 T 0.080 0.100 0.077 0.062 0.015 0.334 0.009 0.067 0.006 0.004 0.115 0.104 0.009 0.002 0.012 0.003 27 D 0.010 0.407 0.145 0.149 0.009 0.019 0.004 0.014 0.054 0.010 0.062 0.062 0.009 0.002 0.007 0.037 28 E 0.120 0.042 0.095 0.149 0.095 0.116 0.206 0.003 0.020 0.009 0.009 0.062 0.018 0.035 0.004 0.016 29 P 0.030 0.180 0.428 0.107 0.001 0.021 0.010 0.114 0.003 0.002 0.021 0.009 0.014 0.001 0.050 0.008 30 G 0.018 0.044 0.096 0.549 0.001 0.008 0.001 0.002 0.175 0.011 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.080 31 V 0.161 0.008 0.256 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 F 0.001 0.001 0.167 0.693 0.002 0.134 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.003 0.001 0.098 0.009 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.001 0.835 0.001 0.090 0.001 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.019 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.001 0.013 0.026 0.796 0.006 0.017 0.002 0.004 0.019 0.001 0.031 0.028 0.049 0.001 0.002 0.006 36 L 0.008 0.008 0.738 0.100 0.018 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.085 0.001 0.002 0.009 37 L 0.001 0.001 0.003 0.015 0.795 0.010 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.105 0.001 0.001 38 E 0.001 0.008 0.002 0.011 0.029 0.012 0.003 0.758 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.004 0.161 0.001 39 G 0.001 0.024 0.003 0.016 0.001 0.002 0.001 0.033 0.403 0.413 0.007 0.003 0.004 0.001 0.006 0.085 40 G 0.784 0.003 0.004 0.009 0.001 0.060 0.001 0.003 0.012 0.025 0.010 0.061 0.023 0.001 0.001 0.003 41 L 0.027 0.022 0.081 0.012 0.001 0.076 0.002 0.005 0.001 0.001 0.581 0.066 0.117 0.001 0.001 0.003 42 A 0.002 0.030 0.017 0.073 0.002 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.023 0.700 0.125 0.002 0.003 0.002 43 A 0.002 0.005 0.022 0.032 0.012 0.058 0.008 0.004 0.002 0.001 0.012 0.030 0.794 0.004 0.005 0.010 44 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.879 0.001 0.003 45 D 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.961 0.001 46 G 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.904 47 R 0.971 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 48 L 0.008 0.023 0.868 0.078 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 49 S 0.001 0.001 0.004 0.010 0.739 0.199 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 50 S 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.833 0.001 0.001 0.135 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 51 N 0.001 0.022 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.835 0.050 0.005 0.059 0.001 0.001 0.001 0.018 52 D 0.864 0.010 0.066 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 0.012 0.001 0.006 0.005 53 R 0.021 0.041 0.827 0.022 0.001 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.014 0.001 0.001 0.027 54 V 0.022 0.010 0.191 0.383 0.006 0.117 0.002 0.003 0.001 0.001 0.218 0.005 0.036 0.003 0.001 0.002 55 L 0.001 0.161 0.236 0.509 0.009 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.021 0.040 0.001 0.002 0.002 56 A 0.004 0.006 0.025 0.707 0.098 0.034 0.013 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.070 0.011 0.001 0.015 57 I 0.002 0.004 0.034 0.032 0.623 0.027 0.198 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.061 0.002 0.001 58 N 0.001 0.045 0.005 0.046 0.002 0.026 0.002 0.776 0.004 0.006 0.009 0.004 0.003 0.001 0.070 0.002 59 G 0.006 0.030 0.005 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.721 0.051 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.135 60 H 0.805 0.018 0.078 0.080 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 61 D 0.003 0.008 0.229 0.027 0.007 0.699 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 62 L 0.002 0.048 0.005 0.041 0.134 0.069 0.010 0.004 0.001 0.001 0.661 0.009 0.007 0.009 0.001 0.001 63 K 0.003 0.123 0.012 0.038 0.034 0.011 0.026 0.109 0.008 0.001 0.020 0.542 0.006 0.025 0.039 0.002 64 Y 0.008 0.031 0.085 0.048 0.002 0.013 0.008 0.044 0.146 0.031 0.008 0.010 0.051 0.001 0.177 0.337 65 G 0.244 0.054 0.314 0.104 0.001 0.002 0.003 0.002 0.018 0.036 0.008 0.008 0.015 0.001 0.002 0.189 66 T 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.982 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.003 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.007 0.007 0.015 76 A 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.087 0.814 0.005 0.046 77 S 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 0.002 0.012 0.018 0.001 0.001 0.003 0.002 0.090 0.004 0.839 0.006 78 G 0.007 0.018 0.022 0.004 0.001 0.004 0.006 0.002 0.042 0.012 0.007 0.002 0.049 0.009 0.007 0.809 79 E 0.858 0.037 0.024 0.038 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.010 0.001 0.003 0.010 80 R 0.027 0.026 0.843 0.082 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 81 V 0.011 0.007 0.255 0.723 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.064 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.938 0.023 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.001 0.042 0.002 0.918 0.017 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.001 0.006 0.001 0.100 0.745 0.132 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.001 0.212 0.007 0.091 0.005 0.028 0.001 0.610 0.002 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 89 G 0.002 0.051 0.008 0.147 0.004 0.021 0.001 0.006 0.476 0.221 0.016 0.028 0.001 0.001 0.001 0.017 90 K 0.514 0.059 0.110 0.199 0.008 0.031 0.008 0.005 0.006 0.003 0.018 0.027 0.008 0.001 0.002 0.003 91 P 0.014 0.058 0.317 0.318 0.006 0.151 0.004 0.018 0.006 0.007 0.038 0.034 0.018 0.001 0.003 0.007 92 E 0.013 0.107 0.064 0.514 0.019 0.129 0.005 0.008 0.013 0.005 0.049 0.042 0.024 0.002 0.002 0.005 93 I 0.018 0.088 0.077 0.572 0.012 0.050 0.005 0.011 0.007 0.003 0.055 0.044 0.048 0.001 0.003 0.005 94 E 0.013 0.034 0.126 0.251 0.121 0.189 0.038 0.010 0.009 0.009 0.030 0.067 0.070 0.017 0.003 0.011 95 L 0.015 0.083 0.085 0.229 0.066 0.075 0.032 0.091 0.005 0.004 0.130 0.029 0.099 0.017 0.031 0.011